Ещё в конце 1980-х годов Купер начал публиковать материалы, посвящённые «Операция «Маджорити»». Одна из редакций краткого пресс-релиза на эту тему была им озвучена (а впоследствии размещена в сети Интернет) 1 октября 1989 года. В Рунете с ней достаточно легко ознакомиться, набрав в любой из поисковых систем два слова: «Операция «Маджорити»».
В 1991 году, в продолжение заявленной темы, выпустил книгу «Вот он, Конь Бледный!» («Behold a Pale Horse»), которая, как свидетельствуют некоторые из его биографов, стала самой продаваемой по неофициальным каналам книгой. В 1980—1990-х годах, на протяжении десяти лет, в разных странах выступал с чтением лекций. И был единственным, кто (не являясь поп-звездой, римским папой и т. п.) выступил с лекцией на лондонском стадионе «Уэмбли».
Вместе со своим коллегой по расследовательской деятельности Уэйном Бентсоном (Wayne Bentson) в журнале «Veritas» (№ 6, сентябрь 1995 г.) опубликовал статью, в которой были изложены данные, позволявшие говорить о масштабных нарушениях законодательства США со стороны Федерального агентства по контролю за продажей алкоголя, табака и огнестрельного оружия (Bureau of Alcohol, Tobacco and Firearms; BATF), налогового ведомства США (Internal Revenue Service) и Министерства финансов США (Department of the Treasury). В статье, в частности, утверждалось, что в строгом соответствии с идеями Карла Маркса и Фридриха Энгельса, изложенными ими в «Коммунистическом манифесте» ещё в XIX веке, правительственные структуры США с помощью прогрессивного подоходного налога фактически ведут дело к уничтожению среднего класса, при этом поощряя деятельность экономических аферистов и мошенников.
Публикация вызвала скандал, который даже называли «Файлгейт». В сообщениях на англоязычных сайтах, посвящённых этому эпизоду, приводились данные о том, что Президент Билл Клинтон отдал негласное указание начать собирать на Купера любой доступный компромат, с тем чтобы в ходе последующего судебного преследования надёжно закрыть правдоруба, как говорится, в местах не столь отдалённых.
Результат не заставил себя ждать. В июне 1998 года Купер был обвинён в уклонении от уплаты налогов за период 1992–1994 годов, а также в мошенничестве при получении банковских кредитов. Так как Купер не явился по повестке в федеральный суд, 1 июля 1998 года был выдан ордер на его арест.
Уильям Купер в ответ на своём веб-сайте заявил, что в той части штата Аризона, где он проживает, федеральное законодательство — в рамках разграничений полномочий между федеральным правительством и местным самоуправлением штата Аризона — не действует, а поэтому все повестки и ордеры на арест, выдаваемые федеральными структурами, являются юридически ничтожными. А в случае, если его всё-таки попытаются арестовать, он пойдёт на применение огнестрельного оружия.
Сложно сказать, что больше возымело действие: угроза применения оружия в случае насильственного ареста или апелляция к действующему законодательству. Но федералы отступили, заявив, что они не могут допустить кровопролития.
Купер, тем не менее, на некоторое время был вынужден покинуть Соединённые Штаты. Но в начале 2000-х годов он вернулся. И в радиоэфире, который состоялся 28 июня 2001 года, заявил, что руководство США готовит крупномасштабный террористический акт, вина за осуществление которого будет возложена на Усаму бен Ладена.
Это было уже слишком! И тогда федералы решили зайти с другой стороны. В июле и сентябре 2001 года против Уильяма Купера было подано два заявления на имя шерифа графства Апачи (штат Аризона), в которых говорилось, что Купер, проживая в своём доме в городке Игар (Eagar), угрожал проходившим мимо гражданам применением огнестрельного оружия. Так как Купер на повестки и прочие приглашения не реагировал, было принято решение о его аресте и принудительном приводе в правоохранительные органы. Операцию по задержанию, как и полагается, назначили на тёмное время суток: она началась 6 ноября 2001 года в 11 часов 40 минут по местному времени.
Несколько кварталов, прилегающих к дому Уильяма Купера, были оцеплены милицией графства, которые получили предупреждение о том, что Купер вооружён и очень опасен. Из заметки, которая на следующий день, 7 ноября 2001 года, была опубликована в газете «Los Angeles Times» («Arizona Militia Figure Is Shot to Death»; дословно можно перевести так: «Милиция Аризоны стреляет на поражение») невозможно понять, как именно развивались события. А из интернет-публикаций картина складывалась такая.
Сотрудники милиции графства окружили дом Купера и потребовали, чтобы тот сдался. Сложно сказать, кто именно открыл стрельбу, но в завязавшейся перестрелке был ранен один из заместителей шерифа. Купер в своём автомобиле попытался скрыться, но на одной из автомобильных трасс ему преградил путь автомобиль с сотрудниками милиции, которые потребовали, чтобы тот сдался. Купер резко развернул автомобиль и помчался обратно к своему дому. Около дома он наткнулся на отряд представителей закона. Те в очередной раз предложили ему сдаться, но Купер приказу не подчинился. В ходе завязавшейся перестрелки Уильям Купер был убит.
В рапорте шерифа о финале событий той ночи сказано: «Отказавшись выполнять приказ сотрудников милиции, Купер выскочил из автомобиля и побежал в сторону своего дома, открыв на 6eiy стрельбу в сторону сотрудников правоохранительных органов». Правда, как замечают биографы Купера, в рапорте шерифа почему-то не упомянуто о том, что бегать Купер не мог — ещё во время службы в армии в ходе боевых действий он потерял правую ногу и носил протез.
Вернёмся к разоблачениям Уильяма Купера. В своём манифесте «Operation «Majority»» он утверждал, что изложенную в нём информацию он получил в то время, когда служил в разведывательных структурах ВМФ США, находясь в звании младшего офицера. Как объяснял сам Купер, источником информации для него послужили документы и реальные события того времени, когда он с 1972 года служил при главкоме Тихоокеанского флота США.
В тот период военно-морская контрразведка «ONI» («Office of Naval Intelligence») по заказу ВМФ проводила оперативные мероприятия относительно управляющей «Operation «Majority»» группы «MJ-12» с целью выяснить, что же это за проект и чем он на самом деле занимается. В результате противодействия спецслужб, как говорил Уильям Купер, военно-морское ведомство США потерпело поражение: его штат был существенно сокращён, и, кроме того, ВМФ США потерял контроль над рядом проектов, осуществлением которых он до этого занимался.
Купер, как уже говорилось, утверждал, что в рамках «Operation «Majority»» действует несколько взаимосвязанных подпроектов, наиболее любопытные из которых есть смысл перечислить.
В рамках проекта «Сигма» («Sigma») впервые была установлена связь с инопланетянами — и эта работа продолжается до сих пор.
Существует проект «Плато» («Plato»), в рамках которого осуществляются дипломатические отношения с инопланетянами. По утверждению Купера, было заключено формальное соглашение (с точки зрения Конституции США, конечно же, незаконное), согласно которому инопланетяне согласились снабжать Землю новыми технологиями. А в обмен на это они получили согласие на их тайное присутствие на Земле, гарантию невмешательства в их деятельность (в частности, разрешение на похищение людей и животных). При этом пришельцы согласились предоставлять «MJ-12» информацию о частоте и объёмах этих похищений.
В рамках проекта «Водолей» («Aquarius») исследуется история посещения пришельцами Земли и история их взаимоотношений с землянами в течение последних 25000 лет.
В рамках проекта «Гарнет» («Garnet») осуществляется контроль над делопроизводством, документооборотом и хранением информации.
В документах, как писал Уильям Купер, упоминается четыре типа пришельцев. «Большие носатые серые» («Large nosed grey») — те, с кем имеется соглашение. «Серые» («Grey») — часто упоминаются в случаях похищений людей. «Скандинавы» («Nordic») — похожи на людей-блондинов. «Рыжие» («Orange»), которые прозваны так за сходство с обычными людьми с соответствующим цветом волос. «Как описано в документах, — утверждает Уильям Купер, — пришельцы прилетают к нам из созвездий Ориона, со звезды Бернарде (Barnards) и 1-й и 2-й Зета Ритикули (Zeta Riticuli 1&2). Но даже под гипнозом я не могу вспомнить, кто именно и — откуда».
Пришельцы утверждают, что создали homo sapiens методом гибридизации. В документах говорится, что доказательством тому являются разные группы крови у людей. Они также утверждали, что создали все четыре основных земных религии, и даже показали голограмму распятия Христа, которую Правительство США засняло на пленку. Они утверждают, что Иисус был создан именно ими.
В рамках «Operation «Majority»» существует также проект «Коготь» («Pounce»), созданный для восстановления всех приземлившихся или разбившихся аппаратов и осуществления медицинского контроля над пришельцами.
Есть сходный с ним проект, который называется «Обманчивая птица» («Snowbird») — проект прикрытия, в рамках которого было воссоздано несколько летательных аппаратов (типа «летающих тарелок») с использованием привычных земных технологий: эти аппараты были представлены в печатных СМИ и поднимались в воздух перед журналистами. Цель проекта состояла в том, чтобы объяснить общественности природу многочисленных наблюдений НЛО.