Не найдя себе дела на суше, через несколько лет Шмидт запросился обратно во флот. В 1904 с началом русско-японской войны он был мобилизован на Балтийский флот. Шмидт был назначен старшим офицером угольного транспорта «Иртыш», входившем в эскадру адмирала Рожественского, направляющуюся на Дальний Восток.
В сентябре 1904 Шмидт в Либаве, где готовился к походу «Иртыш», устроил драку на балу организованном обществом Красного Креста. Местная газета писала: «В самый разгар бала, во время передышки в танцах, старший офицер транспорта «Анадырь», лейтенант Муравьёв, танцевавший с голубоглазой, белокурой красоткой — баронессой Крюденер, сидел и разговаривал со своей дамой. В это время, старший офицер транспорта «Иртыш» — лейтенант Шмидт, бывший на другом конце зала, подошел вплотную к Муравьёву и, не говоря ни слова, закатил ему пощёчину. Баронесса Крюденер вскрикнула и упала в обморок. К ней бросились несколько человек из близ сидевших, а лейтенанты сцепились в мертвой схватке и, нанося друг другу удары, свалились на пол, продолжая драться. Из под них, как из под дерущихся собак, летели бумажки, конфети, окурки. Картина была отвратительная. Первым кинулся к дерущимся 178-го пехотного полка штабс-капитан Зенов, его примеру последовали другие офицеры, которые силою растащили дерущихся. Тотчас же они были арестованы и отправлены в порт. Когда их вывели в прихожую, большие окна хрустального стекла которой выходили на кургаузский проспект, где стояли в очереди сотни извозчиков, то лейтенант Шмидт схватил тяжелый желтый стул и запустил им в стекла».
Протекция дяди помогла опять, и его перевели служить на Сибирскую лотилию. Работа во флотилии у мичмана не ладилась. За пять лет службы Шмидт поменял десяток кораблей, иногда по два-три в год. Наконец он стал начальником пожарной команды в порту и получил звание лейтенанта.
В конце концов, его определили на канонерскую лодку «Бобр», входившую в состав Сибирской флотилии на Дальнем Востоке. Семья была с ним, но Петру Петровичу от этого было только хуже. Жена все его рассуждения и поучения считала придурью, в грош его не ставила и открытоизменяла. Тяготы ли морской службы, семейные ли неурядицы или все вместе взятое угнетающе действовало на психику Шмидта, но через некоторое время произошло обострение нервной болезни, которое настигло мичмана во время заграничного похода. Он оказался в морском лазарете японского порта Нагасаки, где его осмотрел консилиум врачей эскадры. По рекомендации консилиума Шмидта списали в запас.
Старый адмирал помог опять, и лейтенант Шмидт в 38 лет явился в Севастополь в распоряжение штаба Черноморского флота и получил назначение на должность командира миноносца № 253 в порту Измаил на реке Дунай.
Став командиром миноносца в составе 20 человек и двух офицеров Шмидт возненавидел все. Капитан парохода «Кострома» получал 500 рублей в месяц, а командир миноносца, запертый в тесной каюте, имел жалованье 89 рублей. Естественно, у Петра Петровича была большая человеческая обида. За что?
И через месяц в июле Шмидт совершил двойное должностное преступление: командир боевого корабля бросил свой корабль и выкрал всю корабельную кассу — 3000 рублей, по тем временам деньги немалые.
За то и за другое даже в мирное время полагалось заключение в крепость до трех лет. Шмидт вернулся на корабль без денег. Вскоре миноносец перевели в Севастополь и завели дело о пропаже корабельной кассы, потребовав вернуть деньги в казну.
Шмидт объяснил пропажу денег так: будто он катался на велосипеде по городу и утерял кассу. Позже, в 30-е годы, говорили, что Шмидт потратил деньги на революцию.
Были все основания думать, что Шмидт проиграл эти деньги на бегах, ибо, что ему было делать на киевском ипподроме? Именно там его видели в это время. На бегах в деньгах счастья он не нашел, но на балконе увидел необыкновенную женщину, подслушал ее разговор и узнал, что вечером она уезжает в Курск. Вечером он пришел на вокзал дождался поезда и сел в ее вагон. Ее звали Зинаидой Изберг. Они говорили минут сорок, потом дама вышла, сообщив Шмидту свой адрес, а он вернулся в Киев. Чуть позже он написал ей свое первое письмо.
Далее был неукротимый поток писем, в которых перемешались бывшая жена, одиночество, жажда общения, сочувствие. Именно ей он доверяет главную тайну души — его ждет великое будущее!
Он пишет письмо Зинаиде: «Задача моей жизни объединить всех социалистов России в одну партию. Я совершу это дело, после чего уйду на покой». На другой день пишет: «Здешние социалисты относятся ко мне очень сухо». Потом: «Я в Севастополе, делаю больше, чем две социалистические партии вместе».
Ей пишет в минуты ясности ума: «Все, что я делаю, — это не упорная борьба, а фейерверк, способный осветить другим дорогу, но который медленно потухает». Севастопольские рабочие избрали Шмидта пожизненно в Севастопольскую думу. Но этого ему уже было мало, он видел себя на всероссийской сцене — в Думе или Всероссийском собрании.
Наконец пришла его очередная отставка, но Шмидт не спешил снять с себя ненавистную военную форму. Напоследок он надел погоны капитана 2 ранга и сфотографировался.
После опубликования в октябре 1905 года царского манифеста о даровании свобод нижние чины требовали разъяснений. Им сказали, что на них дарованные свободы не распространяются! У входа на севастопольский Приморский бульвар по-прежнему красовалась позорная табличка: «Вход с собаками и нижним чинам запрещен», задерживалось увольнение в запас выслуживших сроки. Семьи призванных из запаса с окончанием войны перестали получать пособия, а кормильцев домой все не отпускали, и каждое письмо из дома действовало на служивых сильнее любой революционной прокламации. Все это до крайности накаляло ситуацию в городе и на судах, а начальство, верное заветам старины, стремилось «держать и не пущать», что и привело к первым столкновениям и жертвам.
Известие об объявленных в манифесте 17 октября царских свободах было уже на следующий день отмечено в Севастополе кровопролитием. На митинг, проходивший 18 октября у Музея героической обороны Севастополя, по приказанию полицмейстера прибыли войска. Начавшееся кровопролитие остановил воинский начальник полковник Де Роберти.
Но генерал Неплюев, несмотря на уговоры градоначальника контр-адмирала А.М. Спицкого, отказался «потакать требованиям толпы», которая направилась к городской тюрьме, и вызвал туда войска. По манифестантам открыли огонь. 8 человек убиты, более 40 — ранены.
Еще через несколько дней забастовали рабочие адмиралтейских мастерских, повсеместно прекратилась работа, многие вступили в боевые дружины народной милиции, которые поддерживали порядок в городе и не допускали черносотенных погромов. Забастовка рабочих переросла в общегородскую, народ вышел на улицы, в первых числах ноября начались выборы депутатов в совет.
11 ноября 1905 г. в казармах флотской дивизии начался стихийный бунт, охвативший до двух тысяч ее матросов и часть солдат. На грани мятежа оказались оба расквартированных в городе пехотных полка — 50-й Белостокский и 49-й Брестский. Лишь уговорами и обманом офицеры смогли увести их за город и отделить от проникших в полковые казармы городских манифестантов.
«Матросы овладели дивизией и положением дел», мастеровые порта присоединяются к социальной партии, для подавления силой указанного движения необходима присылка больших военных сил с артиллерией или подчинение всем требованиям», — докладывал царю в Петербург вице-адмирал Чухнин 12 ноября.
В тот же день на заседании Севастопольского совета депутаты избрали «матросскую комиссию» и поручили ей подготовку перехода власти вруки совета, организацию охраны порядка в городе и обеспечение продовольствием и топливом.
Утром 13 ноября Севастополь был объявлен на военном положении. Южная бухта, Исторический бульвар, Морское собрание, гостиницы, рестораны, парки, Корабельная сторона, Лазаревские казармы и морской завод — все это пребывало в ожидании чего-то значительного.
Лазаревские казармы становились то сценой, то залом. Сначала матросы наблюдали за происходящим в городе, как зрители, затем они сами стали актерами и выступали на сцене Корабельной стороны. Город внимательно наблюдал, как матросская буза, начатая в казармах, затем выплеснулась на улицы и как бушевали многотысячные матросские толпы. Агитаторы внушали, что свобода — это когда на работу ходить не надо, кто больше получает, тот пусть и работает.
Что еще усугубляло ситуацию осенью 1905 года? Только закончилась русско-японская война, но солдат не демобилизовывали. Адмирал Чухнин — главный командир Черноморского флота — отправил в Петербург запрос, когда выйдет указ об увольнении тех, у кого вышел срок службы? Нрав адмирала был тяжелым, и матросы его не любили, в то же время Чухнин был хорошим моряком. Чтобы не создавать чрезвычайной ситуации, Чухнин отдал распоряжение не поддаваться на провокации.
