Двадцатидвухлетний российский царь Алексей Михайлович, прозванный в народе Тишайшим за свой простодушный характер, медлил. Он хотел знать больше, кто такой этот Богдан. По одним сведениям, он был православным, русского роду-племени шляхтич, служивший в польской пограничной страже, по другим — будто отец гетмана Украины Берко — мясник из Хмельника, что в Подолии, он сам был пленником крымских татар, тайно обративших его в «бусурманскую веру» и заславших на Украину, что он не против того, чтобы принять покровительство оттоманского султана. Не имея уверенности в поддержке стремления Хмельницкого воссоединиться с Россией со стороны казацкой Рады, царь боялся подвоха, ошибки.
Для устранения «незнания великого» московский правитель послал на Украину лицо особо доверенное, друга детства Артамона Матвеева. Миссия последнего выходила далеко за рамки дипломатической практики того времени. К концу 1653 г. Россия уже не возражала официально против появления у нее новых, гораздо буйнее донских казаков, подданных. Уже через день после решения Рады от 8–9 января 1654 г. (18 января по новому стилю) Артамон Матвеев, принимавший участие в ее заседании, отправился с докладом к царю. Объективная информация, собранная его посольством, стала основой для принятия окончательного решения самодержцем. В «Очерках истории российской разведки» сказано, что Матвеев вывел Богдана на чистую воду: отцом гетмана Украины действительно был еврей-мясник, а сам Хмельницкий начинал самостоятельную жизнь с того, что содержал кабак, хотя выдавал себя за дворянина. Самодержец благосклонно воспринял информацию, в марте того же года созвал Земский собор, который решил, что ради «православной веры и святой церкви Божьей государю следует принять их под свою высокую руку». Гетманы были признаны царским правительством главной властью на Украине, а Хмельницкий, в свою очередь, пошел на признание протектората московского царя над Гетманщиной — автономным казацким государственным образованием, именуемым в России Малороссией, просуществовавшим де-факто с постоянно меняющимися границами с 1649 по 1764 г. После Переяслава Хмельницкий получил титул, который использовал при подписи всех документов: «Гетман Его Царского Величества Войска Запорожского».
Многие историки считают, что факт добровольного перехода большей части заселенных этническими украинцами территорий под юрисдикцию Москвы кардинально изменил в целом и характер национально-освободительного движения украинского народа. С этого момента у Малороссии исчезли предпосылки для борьбы за полную независимость.
Потеря Польшей значительной территории и переход ее под юрисдикцию России поляки считали для себя пощечиной. Ее обиженная национальная элита в своих трудах начала обосновывать необходимость возврата российского юга под польское владычество. Понимая, что ввиду мощи России этот край потерян для Польши, предпринимается попытка сделать так, чтобы он был утрачен и «обидчицей». А для этого нет лучшего средства, чем культивирование розни между Южной и Северной Русью и пропаганда идеи их национальной обособленности. Таким образом поляки становятся отцами доктрины украинского национализма. Впервые в литературе они стали насаждать употребление слов «Украина» (выведено из географического положения Малой Руси) и «украинцы», а чуть позже термин «украинец» благодаря их усилиям наполняется расовым содержанием. Поляков не устраивала ни «Малороссия», ни «Малая Русь». Поэтому ими вводится в употребление слово «Русь», не распространяющееся на «москалей».
В итоге в этом процессе постепенно выработалась вся сумма воззрений на русских и украинцев, которая в XIX в. была систематизирована, получила наукообразную форму и берется на вооружение галичанами как руководство к действию, как евангелие украинского национального движения.
Таким образом под заинтересованным влиянием поляков формируется национальное самосознание населения УкраинскойРуси, оказавшегося оторванным от своей исторической родины и находящегося под властью малороссийских соседей, которое свято хранило свое духовное, языковое и культурное единство с ней, стремилось к единению со своими братьями и сестрами. В приграничных с Малороссией государствах в местах компактного проживания украинцев зарождаются национально-освободительные движения, носящие эгоцентричный характер, предусматривающие последовательное решение в перспективе триединых задач: получение автономии в рамках своего государства, приобретение независимости, объединение под своим началом всех исторических украинских земель, в том числе и инертной Малой России, но Большой Украины, удовлетворенной автономным статусом в составе Российской империи. По логике лидеров украинских националистов близкого зарубежья того времени, Большая Украина (то есть Малороссия) потеряла свое объединяющее начало, теперь центром, вокруг которого сплотится вся украинская элита, должна стать диаспора (причем каждая из них стремилась возглавить этот процесс «одноосібно»). В конечном итоге неуступчивость «братьев по крови», их претензии на единоличное гетманство так и не привели к ожидаемым результатам: забегая на много лет вперед, мы знаем, что украинские земли помогла объединить та же Россия — лидер будущего Советского государства, управляемого диктатором Сталиным. Однако это не привело к миру на земле украинской. И в независимой Украине также (уже традиционно) продолжаются те же дискуссии о главенстве целого и частного, претендующего на свою исключительность и ведущую роль в функционировании единого государственного организма, причем уже национального и независимого и угрожающего раздробленностью всей стране.
Как царь и предполагал, поляки начали воевать с Россией. После смерти Богдана Хмельницкого (27.07.1657) его наделенные властью и не обиженные богатством преемники стали переходить на сторону Речи Посполитой, однако они не были поддержаны всем казачеством.
В 1658 г. в Гадяче между гетманом Войска Запорожского Иваном Выговским и представителями Речи Посполитой был подписан Гадячский договор. Согласно статьям этого документа Великое княжество Русское в составе Киевского, Черниговского и Брацлавского воеводств, находясь в союзе с Россией, одновременно становилось третьим сувереном Речи Посполитой на равных условиях с Польской короной и Великим княжеством Литовским. В 1659 г. Гадячский договор был ратифицирован сеймом Речи Посполитой.
Такое состояние было закреплено разделением образования между Россией и Польшей по условиям Андрусовского перемирия 1667 г. В итоге Украина раскололась по Днепру, и в каждой ее части вплоть до 1704 г. управлял свой гетман. В 1669 г. гетман Правобережной Украины Петр Дорошенко перешел в подданство турецкого султана, получив за это наследственную власть. После вторжения турок на Украину поляки заключили с султаном Бучачский мир, по которому они отказывались от Правобережья. При этом незыблемость власти Дорошенко поляками гарантировалась. Однако для страховки в 1674 г. он отправил посланником в Крымское ханство и Турцию своего верного друга — ротмистра надворной хоругви (начальник гетманской гвардии) Ивана Мазепу. (Делегация везла султану несколько десятков левобережных казаков в качестве невольников-заложников. По дороге в Константинополь возле речки Ингул миссия была перехвачена кошевым Иваном Сирко. Схватившие Мазепу запорожские казаки переправили его левобережному гетману Самойловичу. После чисто символического наказания посланника Самойлович поручил пленному воспитание своих детей, присвоил ему звание войскового товарища, а через несколько лет — в 1682 г. — пожаловал его чином генерального есаула, командовавшего сердюками — наемными полками, которые служили лишь за жалованье, не привлекались к сезонным хозяйственным работам и представляли собой самое боеспособное войско.)
Украинское население правого берега Днепра расценило происходящее как гетманское предательство и массово бежало на левую сторону. В 1674 г. левобережный гетман — российский подданный Иван Самойлович вместе с проукраински настроенным польским воеводой Ромодановским тайно переправился через Днепр. В том же году объединенная казацкая Рада провозгласила первого гетманом обоих берегов Днепра, тем самым фактически устранив от власти Дорошенко. На стороне Петра Дорошенко выступили турки и татары. Объединить Украину не удалось, а правобережная ее часть временно опустела и потеряла свое стратегическое значение. В 1676 г. правобережная часть Гетманщины была упразднена польской властью, в 1684 г. — восстановлена (в Гетманщине реестровых казаков стали называть городовыми казаками). Такое разделение украинской территории подтверждено «Вечным миром» между Россией и Польшей 1686 г.
25 июля 1687 г. на раде под Коломаком при содействии князя Голицына гетманскую булаву на Левобережье принял Иван Мазепа. (По поручению Самойловича Мазепа с 1679 г. ежегодно посещал Москву. Гму удалось завоевать благосклонность царевны Софьи и ее фаворита Голицына. По утверждению историкаН.И. Костомарова, представитель Украины участвовал в интригах последнего против Самойловича, что в конечном итоге привело к его свержению. В Государственном архиве России сохранилась записка нового гетмана, свидетельствующая, что за содействие в получении должности тот дал князю Голицыну взятку: 11 тысяч рублей червонцами и ефимками, более трех пудов серебряной посуды, драгоценных вещей на 5 тысяч рублей и трех турецких коней с убором.)
