Аналитикам западных разведок не составило особого труда определить разницу между темнокожими кубинцами и их белыми наставниками, преимущественно блондинами. Кубинцы прозвали их «ночными ползунами» за склонность к передвижениям и строительству только под покровом темноты. В целом советская операция отличалась поспешностью в ее организации и легким налетом маскировки. Временами хитрости Советов вызывали у западных аналитиков смех, но это длилось не слишком долго. Угроза конфронтации оставляла мало места для юмора.
4 сентября США выступили с протестом по поводу сооружения стартовых позиций зенитных ракет и поставок катеров, вооруженных крылатыми ракетами. Оказавшись не в состоянии и дальше скрывать размах своих военных поставок, Москва опубликовала коммюнике, в котором заявила о «праве на оказание военной помощи, пока существует опасность вторжения».
К середине сентября на Кубе находились атомные боеголовки для советских БРСД Р-12 «Двина» (SS-4). Теперь у СССР на Кубе имелись бомбардировочная эскадрилья (6 самолетов Ил-28) с атомными бомбами и три дивизиона БР «Луна» малой дальности (6 ПУ, 12 ракет, 12 боеголовок со спецзарядом и 24 ракеты с обычными боеголовками). 8 сентября министр обороны СССР Р.Я. Малиновский разрешил командующему группировкой советских войск на Кубе — в случае ожидаемой высадке американцев — применять это оружие по его усмотрению:
«В том случае, когда поражение противника становится первоочередной задачей, а возможности получения инструкций от Министерства обороны СССР нет, вам разрешается принять собственное решение и использовать ядерные средства типа «Луна», Ил-28 и ФКР-1 в качестве оружия локальной войны для уничтожения противника на земле и вдоль побережья с целью полного уничтожения захватчиков на кубинской территории и защиты Республики Куба».
С целью дальнейшего ухудшения обстановки вокруг Кубы вооруженная группа кубинских эмигрантов под названием «Альфа-66» организовала нападения на английское и кубинское суда, находившиеся у северного побережья Кубы. Теперь советские суда могли подвергнуться нападению незаконных вооруженных групп. 27 сентября Министерство морского флота СССР дало советским судам следующую телеграмму:
«В случае невозможности защиты от вооруженного нападения иностранных граждан, силой проникающих на ваше судно, начальник находящегося на судне воинского подразделения уничтожает имеющиеся на борту судна документы, содержащие сведения, которые представляют военную или государственную тайну. В случае угрозы захвата вашего судна иностранными судами, капитан и начальник находящегося на судне воинского подразделения организуют отражение нападения и высадки на судно и, в случае необходимости, топят судно, используя для спасения экипажа все средства согласно указаниям Министерства морского флота».
В это время на пути на Кубу находились еще 26 советских торговых судов, и агент ЦРУ в кубинском военном флоте сообщал о прибытии новых торпедных катеров и противолодочных кораблей в конце 1962 г. и начале 1963 г. ЦРУ также скорректировало свою оценку предполагаемой ракетной позиции в Баньес (Куба). Теперь, по прогнозу ЦРУ, с этой ракетной позиции, расположенной на высоте около 300 метров над уровнем моря и ориентированной в сторону океана, могли производиться пуски крылатых ракет по морским целям на относительно короткие дальности. Скорее всего, этими ракетами могли быть SS-N-1 или SS-N-2 с эффективной дальностью пуска от 20 до 30 и от 10 до 15 морских миль, соответственно. Не исключалось применение и более крупных ракет SS-C-1, имевших дальность пуска 150—300 морских миль и предназначенных для поражения авианосцев.
16 сентября 1962 г. директор ЦРУ предложил тщательно изучить возможность тайной доставки из СССР нескольких БРСД и их установки на Кубе. БРСД нельзя будет обнаружить, если кубинские средства обороны сделают невозможным разведывательные полеты над островом. Директор ЦРУ не хотел лишней паники, но в этот момент он считал, что на Кубе уже находится 4200 человек советского военного технического состава. С конца июля советские суда выполнили девять незаявленных рейсов на Кубу, и еще два судна были на маршруте на Кубу. По его оценкам, советские поставки значительно усилили кубинские ПВО и оборону побережья, обеспечив дальнейшее существование режима Кастро, «который, вероятно, станет более агрессивным в разжигании революционной деятельности в Латинской Америке». На этой стадии, однако, директор ЦРУ считал более вероятным создание базы советских подводных лодок в Мариэль (Куба), чем установку баллистических ракет средней и промежуточной дальности наземного базирования.
20 сентября ЦРУ опять занялось изучением варианта баллистических ракет. Персональный летчик Кастро Клаудио Молинас заявил 9 сентября, что «у нас есть управляемые ракеты с дальностью
пуска сорок пять миль, это ракеты класса «земля—земля» и класса «земля—воздух»; есть у нас и сеть РЛС, которая перекрывает не только все воздушное пространство Кубы, сектор за сектором, но захватывает и Флориду. Также мы имеем много подвижных пусковых установок для ракет промежуточной дальности».
Приходило много сообщений от агентов, которым довелось случайно увидеть тягачи, сходные с теми, которые используются для транспортировки ракет SS-N-4. Американцам надо было что-то срочно делать. 4 октября Роберт Кеннеди выразил президентскую «озабоченность но поводу успехов программы «Мангуст» и высказал его пожелание усилить диверсионные операции». В связи с «плачевными результатами» он настаивал на «массированной деятельности». Рассматривались разные варианты, например, облет на малой высоте острова самолетами ВМС или же минирование кубинских вод. Указывалось, что «имеются мины неамериканского производства, напоминающие самодельные, которые можно ставить с небольших суденышек, имеющих кубинские экипажи. Генеральный прокурор завершил встречу следующими словами: «Должны быть предприняты все усилия по разработке новых и оригинальных подходов к возможности избавления от режима Кастро».
Участие советского ВМФ в мероприятиях по плану «Анадырь» осуществлялось в рамках операции «Кама», которой руководил подводник контр-адмирал Леонид Рыбалко. Цель операции заключалась в переброске на Кубу эскадры военных кораблей и одиннадцати подводных лодок, из которых семь являлись дизель-электрическими лодками «Проект 629» (по классификации НАТО — класс «Гольф»), вооруженными новыми ракетами промежуточной дальности с атомной боеголовкой. Надводные корабли включали два пушечных крейсера класса «Чапаев», два эсминца УРО и две эскадры кораблей противоминной борьбы. Подводные лодки и надводные корабли их поддержки вместе с кораблями обеспечения должны были постоянно базироваться на глубоководный порт Мариэль в 25 милях западнее Гаваны. Потом последовало измените приказов. Капитал 1-го ранга Рюрик Кетов вспоминает об этих днях так:
«В середине 1962 г. для временного базирования на Кубу была создана 20-я эскадра дизель-электрических подводных лодок. В состав эскадры, которой предстояло базироваться на Мариэль (Куба), входили тендер «Дмитрий Галкин», дивизион ракетных подводных лодок и бригада торпедных подводных лодок. Было обычным явлением, что, по мере изменения политического климата в мире, в высших эшелонах правительства и командования ВМФ менялись взгляды на состав и задачи упомянутой подводной эскадры. Эскадра была сокращена до бригады торпедных лодок с тендером «Дмитрий Галкин», а потом, накануне убытия, всего до четырех подводных лодок класса «Фокстрот». Соответственно, были изменены и наши задачи — от постоянного базирования на Мариэль до временного базирования на тендер «Дмитрий Галкин», а еще позже, всего за неделю до похода, наша задача стала заключаться в простом переходе на Кубу. Следует отметать, что сначала планировалось, что лодки будут совершать переход в надводном положении и по установленному маршруту, однако последние боевые приказы требовали выполнить весь переход в подводном положении... Самое важное, лодки должны были быть вооружены «спецбоеприпасами», т.е. торпедами с ядерной боевой частью. Подобные приказы не так беспокоили офицеров штаба бригады, как командиров подводных лодок. На подводных лодках царило тревожное ожидание того момента, когда возникнет необходимость в применение такого оружия».
Бригада в составе четырех дизельных ударных подводных лодок начала 1 октября 1962 г. выполнение своей необычной задачи.
16 и 18 октября ЦРУ пришло к выводу, что в горах Сьерра дель Розарио, примерно в пятидесяти морских милях на юго-запад от Гаваны, выполняются первичные мероприятия по развертыванию советских БРСД. Размеры трейлеров позволяли говорить о баллистических ракетах «SS-3» или SS-4. Ожидалось также, что рядом с Гаваной будут разворачиваться БРПД «SS-5» с дальностью пуска 2200 морских миль. Операция «Анадырь» увенчалась успехом — баллистические ракеты были незамеченными доставлены на Кубу. Единственным свидетельством присутствия ракет были сообщения агентов, действовавших на Кубе: «Наступательные ракетные системы ввозятся на Кубу преимущественно через порт Мариэль». Однако ЦРУ посчитало, что «отсутствует подтверждение по линии проверки судоходства или из других источников, которые бы свидетельствовали о прибытии на Кубу ракетных частей».