Большой вклад в развитие флотской агентурной разведки и контрразведки внес один из первых руководителей разведки (в том числе и контрразведки) военного морского флота России М.И. Доливо-Добровольский. Под его началом были разработаны многие базовые документы, регламентирующие разведывательную и контрразведывательную деятельность в морском ведомстве. При нем получила официальное «закрепление» специальная терминология: «военно-морской агент» — офицер разведки флота, работающий за рубежом под дипломатическим прикрытием; «тайный агент» — офицер разведки флота, работающий за рубежом или на своей территории под «крышей» или под легендой, призванной скрыть его принадлежность к агентурной разведке; «наблюдательный агент» — офицер контрразведки флота, работающий под легендой, призванной скрыть его принадлежность к спецслужбе, «агент» — все лица, тайно сотрудничающие с разведкой или контрразведкой и не относящиеся к первым трем категориям агентуры.
4 (17) мая 1915 г. секретным приказом по флоту и морскому ведомству № 203 введены новые постоянные штаты штабов командующих флотами. Они состояли из частей:
— оперативной;
— распорядительной;
— специальной (вошли все флагманские специалисты);
— подводного плавания.
Каждую часть возглавлял флаг-капитан.
В кадровом отношении штаб состоял из:
— 1 вице-адмирала;
— 17 офицеров;
— 4 чиновников;
— 9 кондукторов (делопроизводители);
— 48 нижних чинов.
В подчинении флаг-капитана по оперативной части находились:
— оперативное отделение;
— статистическое отделение;
— 2 кондуктора;
— 4 унтер-офицера (писари);
— 4 матроса (ординарцы).
Распорядительная часть состояла из:
— распорядительного делопроизводства;
— общего делопроизводства;
— телеграфно-сигнального отделения.
6 июня 1915 г. Верховный главнокомандующий утвердил «Инструкцию наблюдательному агенту контрразведки», излагавшую общие требования к качеству подготовки агентурных источников военного контроля. Согласно документу, основная функция военного контроля заключалась в выявлении вражеских агентов и координации действий по их обезвреживанию: «Наблюдательный агент должен прибегать к личному задержанию подозреваемых, лишь в крайних случаях, поручая таковые при малейшей к тому возможности жандармским чинам или общей полиции, имея в виду, что задержание упоминаемых лиц самим агентом может обнаружить принадлежность последнего к контрразведке».
4 (17) сентября 1915 г. вступило в силу Положение об оперативной части штаба командующего флотом Балтийского моря, в соответствии с которым в оперативной части было сформировано разведывательное отделение во главе со старшим лейтенантом И.И. Ренгартеном. К предметам ведения отделения относились «установление заданий для агентурной разведки и контрразведки; сбор и обработка сведений о противнике, получаемых от указанных выше учреждений, а также от войсковой (в прибрежных районах) и судовой разведки; своевременное осведомление об обстановке надлежащих начальников; издание постановлений о пользовании телефоном, телеграфом и проч.».
В конце сентября 1915 г. морской министр И.К. Григорович направил руководителю военного ведомства А.А. Поливанову проект «Положения о морских контрразведывательных отделениях (КРО)», разработанный Морским Генеральным штабом (МГШ). Положение о морской контрразведке предусматривало, кроме существования контрразведывательных отделений в составе МРП, создание отдельных особых морских контрразведывательных пунктов в стратегически важных населенных пунктах. Немного раньше был утвержден аналогичный документ о морских разведывательных отделениях агентурной разведки.
На флоте предполагалось открыть 7 морских разведывательных и контрразведывательных пунктов:
— Архангельский морской особый контрразведывательный пункт (МОКРП) штаба Северного флота в составе двух контрразведывательных отделений с дислокацией в г. Архангельск и Беломорск (возглавил МОКРП бывший сотрудник Отдельного корпуса жандармов П.В. Юдичев);
— Архангельский МРП штаба Северного флота;
— Мурманский морской особый контрразведывательный пункт штаба начальника Кольского оборонительного района, состоящий из двух контрразведывательных отделений (во главе МОКРП был назначен штабс-капитан А. Петров);
— Мурманский МРП штаба Северного флота;
— Петроградский МРП штаба Балтийского флота;
— Одесский МРП штаба Черноморского флота;
— Дальневосточный МРП.
Разведывательные и контрразведывательные пункты на флотах были сформированы к исходу 1915 г. (Мурманский МОКРП открылся в январе 1917 г.). Личный состав, назначенный для организации и ведения разведки и контрразведки, оказался неподготовленным к работе в условиях войны и вынужден был начинать организацию своей деятельности в самый ответственный момент практически с нуля. Если ведение контрразведки на местах возлагалось на жандармские команды, находящиеся в подчинении одновременно двух силовых ведомств — ОКЖ и МЕШ, то разведчики были в одиночестве.
14 октября 1915 г. (по новому стилю 27-го числа) начальник штаба Верховного главнокомандующего ВС империи генерал от инфантерии М.В. Алексеев утвердил «Положение о разведывательном и контрразведывательном отделениях Штаба Черноморского флота в военное время», которые были сформированы в г. Севастополь. С этой даты ведется отсчет существования военной агентурной разведки и контрразведки ЧФ.
Данный документ «родился» по инициативе флаг-капитана по оперативной части штаба Черноморского флота капитана 1-го ранга К.Ф. Кетлинского.
Цель учреждения разведывательного отделения — руководство местной агентурной разведкой в пределах Черноморского театра военных действий. На нее возлагалось специфическое кураторство над Турцией, Балканским полуостровом и Австро-Венгрией.
Целью учреждения контрразведывательного отделения штаба Черноморского флота (ЧФ) являлось «охранение флота в иностранных портах, учреждений и заведений Морского ведомства, Черноморского побережья от иностранного соглядатайства». На него возлагалось обслуживание всего Черноморского побережья, начиная от г. Рени до Турецкой границы.
Руководил деятельностью обоих отделений единолично третий помощник флаг-капитана оперативной части, назначаемый из штабных офицеров флота, основательно знакомых на практике с разведкой и контрразведкой. В его полном распоряжении находились три старших флаг-офицера (из штата штаба, береговых частей и плавсостава). Первый — ведал разведкой по морской части, второй — по сухопутной части, третий отвечал за контрразведку (возглавлял контрразведывательное отделение; мог назначаться из числа офицеров отдельного корпуса жандармов). Они фактически являлись заместителями своего начальника и одновременно офицерами связи по вопросам разведки и контрразведки со всеми частями, кораблями ЧФ и учреждениями морского ведомства.
На должность «третьего помощника флаг-капитана оперативной части», возглавившего оба созданных отделения, был назначен капитан 2-го ранга А.А. Нищенков, заведовавший ранее Черноморским столом Особого делопроизводства МЕШ.
С 6 декабря 1915 г. (по новому стилю) начал свою деятельность Одесский МРП агентурной разведки и контрразведки Черноморского флота в составе 10 офицеров. Для размещения разведчасти было выделено одно из зданий на улице Дерибасовской.
В разгар Первой мировой войны МГШ удалось организовать сотрудничество по линии агентурной разведки с англичанами, а уже к ее завершению — с Межсоюзническим разведывательным бюро. Однако в большей степени по политическим причинам результаты взаимодействия были весьма скромными.
В январе 1916 г. образован Морской штаб Ставки Верховного главнокомандующего. До 1917 г. новой структурой руководил являющийся одновременно и начальником МГШ вице-адмирал А.И. Русин. Морской штаб Ставки ликвидирован осенью 1917 г.
В начале июля 1916 г. в командование Черноморским флотом (ЧФ) вступил самый молодой военачальник империи вице-адмирал А.В. Колчак. В это время по указанию Ставки штаб ЧФ развернул интенсивную подготовку крупной десантной операции в районе Босфора с целью блокады пролива и установления над ним российского контроля, намеченной на май 1917 г. Колчак и его начальник штаба контр-адмирал М.И. Смирнов энергично включились в ее разработку, рассматривая успешное выполнение поставленной задачи в качестве главного направления своей деятельности на Черном море.
Для этой цели на Черном море была сформирована специальная транспортная флотилия в количестве более 100 судов, способная одновременно поднять 2684 офицера (из расчета 1 офицер на 7–8 солдат), 20 097 солдат, 21 259 лошадей, 1137 гужевых повозок. В порядке подготовки к этой операции создавались части и соединения морской пехоты.