В далеком 1925 году после окончания маневров вышли постановления РВС СССР, впервые направленные на всестороннее решение вопросов по восстановлению, достройке и проектированию кораблей. Как можно было предвидеть, заключения по итогам маневров, представленные руководством РККА, в корне отличались от выводов, к которым пришли руководители РККФ, что не позволило определить место флота в Вооруженных Силах страны. Не подготовленный к решению вопроса Председатель РВС СССР К.Ворошилов передал его наскоро созданной Морской комиссии РВС СССР. После нескольких заседаний члены комиссии так и не смогли согласовать свои позиции относительно организации флота, его места в государственной структуре, выполняемых им задач и соответствующей этому кораблестроительной программы. В конце концов, кавалерийский штаб РККА, оказав давление на РВС, сумел «приторочить» флот к армейскому правлению. Так вполне самостоятельное Управление Военно-Морских Сил СССР преобразовалось в Управление Военно-Морских Сил РККА. Оно отвечало за руководство Боевой, организационно-мобилизационной и технической подготовкой флота, проведение гидрографических работ и безопасность мореплавания. Штаб РККФ подлежал упразднению, а силы флотов поступали в оперативное подчинение штаба РККА через его морской отдел и непосредственно через Командующих сухопутными войсками приморских округов.
Желание политического руководства страны избавиться от части образованных командиров дореволюционной закалки, которыми славился флот, исполнилось. Руководство РККА сумело убедить РВС в необходимости готовить флот к «малой войне» на море с участием исключительно легких сил, что сулило сравнительно низкие финансовые затраты.
Приняв программу военного судостроения, политбюро принимает решение сократить ее финансовый план на 85 миллионов рублей. Не согласный с такой постановкой дела, Наморси Р.А. Муклевич пытается сохранить для флота выделенные постановлением СТО ассигнования. В письме, направленном Сталину, первый морской министр СССР пытается объяснить вождю ошибочность позиции, занятой политбюро в отношении флота, и для убедительности заканчивает его словами: «Мы практически перешли в ранг провинциальных морских держав». 10 января 1930 года РВС СССР решает «снова поднять перед правительством вопрос о восстановлении снятых с морского судостроения 84 000 000 рублей».
История теории и практики строительства советского ВМФ почти не сохранила следов диалектической концепции «старой» школы, разгромленной в течение года, отдав предпочтение догматизму идеологического продукта, опиравшегося на пропаганду и именуемого «малой войной». Теоретические споры по вопросам военно-морского строительства, постепенно переросшие в политическое противостояние участников, в конце концов, привели к устранению одних и непродолжительному преуспеванию других. Восторжествовавшая единственная точка зрения привела к потере творческого начала в работе и погасила инициативу.
Потеряв опытных и образованных представителей дореволюционного флота, новые теоретики так и не сумели укрепить свои ряды. Лишенные возможности и права на широкое обсуждение решаемых вопросов с различных позиций, а не только с единственно утвержденной партийной позиции, военные советы всех уровней свои постановления стали оформлять загодя, не дожидаясь дискуссий, долженствующих сопровождать работу любого совета.
Вскоре репрессии обрушились и на теоретиков «молодой» школы, так и не сумевших обучить и воспитать новых руководителей, которые обладали бы совершенной теоретической и практической подготовкой. На верхних «этажах» руководства Военно-Морского флота возникла кадровая пустота. Постепенно расширяясь, она спускалась вниз, захватывая новые «этажи». Так карьеризм одних – «красных академиков» привел к расцвету других – «червонных валетов», чья подготовка и опытность оставляли желать лучшего. Печально, что накануне грядущей войны командирами подводных лодок и их соединений становились военморы, чья командирская подготовка не соответствовала требуемому уровню, а других, отправленных в застенок, просто не оказывалось рядом. Именно таким Военно-Морской флот СССР застанет Вторая мировая война.
В январе 1930 года подводные лодки Отдельного дивизиона приступили к отработке взаимодействия с авиацией флота. 25 января подводная лодка АГ-23 и АГ-21 выполняли тактическое упражнение: «наведение подводных лодок самолетами для атаки крейсера». После занятия подводными лодками своих позиций в районе западнее мыса Херсонес, с евпаторийского рейда в море вышел крейсер «Коминтерн», а из Качи вылетели два самолета. Подлетая к району Евпатории, самолеты тут же обнаружили крейсер, но передать радиодонесение им не пришлось, поскольку на два самолета оказалась только одна радиостанция, у которой в радиопередатчике сгорела генераторная лампа. Тогда один самолет, оставшись в районе обнаружения крейсера, продолжал следить за ним, а другой полетел к подводным лодкам, чтобы передать им информацию «из рук в руки». В те времена для этого использовался вымпел, представлявший собой капсулу, в которую заключалось написанное на бумаге донесение, к которой крепился длинный матерчатый хвост яркой расцветки. Подлетая к адресату, аэроплан снижался, и летчик-наблюдатель сбрасывал вымпел, стараясь, чтобы он попал на палубу корабля. Подлетев к одной из подводных лодок, самолет сбросил вымпел, который упал рядом с подводной лодкой в воду. А когда его поймали, он оторвался, а капсула с донесением пропала в черноморских волнах. В конце концов, самолеты стали наводить подводников своими разворотами и подлетами в сторону крейсера. Одной из подводных лодок удалось сблизиться с целью и атаковать с дистанции 5 кабельтовых. 30 января те же подводные лодки совместно с теми же самолетами попытались повторить в лучшем виде упражнение, которое они не выполнили 25 января. Если наведение прошло хорошо, то подводные лодки, выходя в совместную атаку, чуть не столкнулись, несмотря на то, что им назначили разграничительную линию.
15 и 16 апреля 1930 года подводные лодки АГ-24 и АГ-26 провели скрытую разведку Севастопольского рейда. С 26 мая по 4 июня АГ-24 и АГ-26 совершили штурманский поход по маршруту Севастополь – Тендра – Одесса – Николаев – Скадовск – Севастополь. На переходах отрабатывались покладка на грунт, продолжительное плавание задним ходом в подводном положении, поиск жидкого грунта и покладка на него, постановка на подводный якорь. Также определили действительную дальность обнаружения ночью подводной лодки, освещенной прожектором. Она составила 4–5 кабельтовых. АГ-24 выполнила стрельбу двумя боевыми торпедами по неподвижному броненосцу «Чесма» с дистанции 4–5 кабельтовых. Попала одна торпеда.
2 августа подводная лодка «Нерпа», удифферентовавшись на траверзе Константиновской батареи, вышла из Севастополя в море для выполнения наблюдений с целью определения успешности прохождения радиопередач с подводной лодки и на подводную лодку в различных районах моря, погодных условий и использования штатных антенн и антенны, поднимаемой воздушным змеем. Подводная лодка выполнила три похода (2–5 августа, 18–21 августа и 28 августа – 7 сентября), пройдя 1186 миль в надводном положении и 82 мили под водой. Гирокомпасы Сперри и лаг Форбса работали исправно. Результаты испытаний связи признаны 19–21 декабря АГ-23 и АГ-24 получили приказ на проведение скрытой разведки в районе черноморского побережья от Кара – Бурну. Обе подводные лодки не смогли выполнить приказ, так как у одной вышел из строя гирокомпас, а на другой пролили кислоту из нескольких элементов аккумуляторной батареи, также помешал шторм. 30 декабря подводная лодка АГ-21 вошла в состав МСЧМ.
Число подводных лодок в Подплаве Черноморского флота резко увеличилось в конце 1930-х годов. 3 февраля 1931 года в связи с вступлением в строй вновь построенных подводных лодок приказом РВС СССР на МСЧМ отдельный дивизион был переформирован в Бригаду подводных лодок, состоящую из двух дивизионов. В марте 1931 года в Севастополе сформирована Бригада подводных лодок МСЧМ. Первоначально Бригада включала два дивизиона: 1-й дивизион уже к лету оказался укомплектованным тремя новыми подводными лодками тип «Д»: Д-4, Д-5 и Д-6, в состав второго дивизиона вошли все остальные.
8 июня 1931 года подводная лодка АГ-21 затонула в районе Севастополя у устья р. Бельбек в результате столкновения с эсминцем «Фрунзе» во время выполнения учебной торпедной атаки. 10 июня 1931 года АГ-21 поднята усилиями двух плавкранов, килектора, вспомогательных сил ЭПРОНа и подводных лодок Бригады (подача сжатого воздуха на продувание балласта аварийной лодки). Позднее подводная лодка введена в строй.
