В последующих учениях по перестроению кораблей на ходу в Северном море «Кайзер Вильгельм II» не принимал участие.
Поскольку 2 апреля флагманский линкор «Кайзер Фридрих III» временно вышел из строя, сев на мель, на период с 17 июня по 24 октября 1901 г. на «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» возложили обязанности флагманского корабля 1-й эскадры. 17 июня командующий 1-й эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский поднял свой флаг на борту линкора «Кайзер Вильгельм дер Гроссе», так что «Кайзер Вильгельм II» временно перестал быть флагманским кораблём эскадры. С 29 сентября принца замещал контр-адмирал Фишель.
В это время в рамках проходящей Кильской недели «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» принял участие в торжественном открытии памятника Великому Курфюрсту перед зданием Морской академии в Мюрвике на берегу Фленсбургского залива.
Тем временем произошли некоторые изменения в составе эскадры. Сначала из её состава вывели броненосный крейсер «Фрейя». На его место 19 июля 1901 г. в состав 1-й эскадры срочно ввели новый линкор «Кайзер Барбаросса», чтобы он принял участие в переходе эскадры в Кадис для встречи возвращающейся в это время с Дальнего Востока дивизии линкоров типа «Бранденбург».
В конце июля 1-я эскадра во главе с линкором «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» и несколько крейсеров направились в учебный поход к берегам Испании, чтобы в районе Кадиса встретить и приветствовать возвращающуюся с Дальнего Востока дивизию линкоров. Недружелюбно настроенное к Германии французское правительство приняло решение не разрешать заход немецкой эскадры в Брест. После встречи 1-я эскадра снова прибыла в Киль и начала подготовку к большим осенним манёврам учебного флота, начало которых назначили на 11 августа.
Тем временем организационные и персональные перемены в составе командования флота и корабельного состава, в соответствии с которыми и во взаимосвязи с уходом в отставку вице- адмирала Гофмана всё большую роль должно было играть высшее командование военно-морского флота, в основном закончились.
Эта тенденция находилась в явном противоречии с мнением статс-секретаря имперского морского ведомства адмирала Тирпица, который предлагал, чтобы командующего учебным флотом выбирали каждый год из ряда соответствующих предъявленным требованиям должностных лиц, не принимая во внимание ни ранг, ни старшинство по службе. В то же время командующий эскадрой принц Генрих Прусский настаивал, чтобы для осенних манёвров, по возможности, был бы определён постоянный командующий флотом. Мнение принца поддержал кайзер.
Ко всеобщему удовлетворению назначение на первый пост произвели быстро. Капитан 1-го ранга Брёйзинг (до того времени начальник отдела морского генерального штаба) стал начальником штаба учебного флота и занимал этот пост довольно длительное время.
Выбор начальника штаба 1-й эскадры, на посту которого в то время временно занимался делопроизводством корветтен-капитан Рииве. оказалось более трудным.
Принц Генрих Прусский категорически отклонил предложенную ему морским кабинетом кандидатуру капитана 1-го ранга фон Гольцендорфа и со своей стороны высказал желание иметь своим начальником штаба капитана 1-го ранга Боркенхагена или капитана 1-го ранга фон Дрески. Последнего начальник морского кабинета считал превосходным строевым офицером, но не подходящим для поста начальника штаба. Всё же принц Генрих сумел настоять на своём, и капитан 1-го ранга Боркенхаген после своего возвращения с дивизией линкоров с Дальнего Востока стал начальником штаба 1-й эскадры.
Для предстоящих осенних маневров 1901 г. решили флот собрать в Вильгельмсхафене.
Общее руководство маневрами возложили на адмирала фон Кёстера. Маневры предполагали произвести в Северном море в пространстве между островом Гельголанд, устьями рек Эльба и Яде и островом Боркум, в так называемом «мокром треугольнике», и они должны были состоять из эскадренных и разведывательных упражнений, блокадных действий и десантных учений. На время проведения маневров предусматривалось присутствие на борту военных кораблей 360 сухопутных офицеров. Длительность маневров составляла 34 дня, с 11 августа по 15 сентября. Фактически собранный для осенних маневров 1901 г. флот номинально разделили на две эскадры, два разведывательных отряда и две флотилии миноносцев.
Полный состав штабов был следующий.
Учебного флота: командующий флотом главный командир портов Балтийского моря и главный инспектор флота адмирал фон Кёстер. начальник штаба капитан 1-го ранга Брёйзинг, офицеры морского генерального штаба фрегаттен-капитаны Пошман и Якобсон, капитан-лейтенант Нордман, адыотант капитан-лейтенант Алерт, флаг-лейтенанты капитан-лейтенант Кюнеман, обер-лейтенант Шубарт.
1-й эскадры: командующий эскадрой вице- адмирал принц Генрих Прусский, начальник штаба капитан 1-го ранга Боркенхаген, офицер морского генерального штаба корветтен- капитан Рииве, флаг-лейтенант обер-лейтенант Рихтер. Младший флагман: контр-адмирал Фишель, флаг-лейтенант обер- лейтенант фон Хиппель.
2-й эскадры: командующий эскадрой (одновременно начальник 3-й дивизии) вице- адмирал фон Арним, начальник штаба корветтен-капитан Шульц, флаг-лейтенант капитан-лейтенант фон Бголов.
Младший флагман (одновременно начальник 4-й дивизии) контр-адмирал Шукман. офицер морского генерального штаба капитан-лейтенант фон Абекен.
Соединение разведывательных кораблей: 1-я разведывательная группа офицер морского генерального штаба капитан-лейтенант Вурмбах, 2- я разведывательная группа офицер морского генерального штаба капитан- лейтенант Утеман.
Согласно распоряжению начальника морского кабинета корабельный состав был следующим: флагманский корабль командующего флотом, временно выделенный из состава 1-й эскадры линкор «Кайзер Вильгельм II», репетичный корабль авизо «Грилле», посыльный корабль миноносец №40.
1-я эскадра: линкоры «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» (флагманский корабль командующего эскадрой принца Генриха Прусского на время ремонта линкора «Кайзер Фридрих III»), «Кайзер Барбаросса», «Курфюрст Фридрих Вильгельм» (флагманский корабль младшего флагмана контр-адмирала Фишеля), «Бранденбург», «Вейсенбург» и «Вёрт».
2-я эскадра: броненосцы 3-го класса «Баден» (флагманский корабль командующего эскадрой вице-адмирала фон Арнима), «Саксен», «Вюрттемберг», броненосцы 4-го класса «Аэгир» (флагманский корабль младшего флагмана контр-адмирала Шукмана), «Зигфрид», «Хаген» и «Один».
Корабли разведывательных групп. 1-я разведывательная группа: броненосный крейсер «Виктория Луиза», крейсер «Хела», авизо «Яагд» (до 11 августа), затем авизо «Вахт»; 2-я разведывательная группа: крейсера «Нимфе», «Газелле», «Ниобе».
На баке
Миноносцы: 1-я флотилия в составе 2-х дивизионов (7 миноносцев). Командир флотилии корветтен-капитан Шеер (флагманский миноносец S-101), 2-я флотилия в составе 2-х дивизионов (13 миноносцев). Командир флотилии капитан- лейтенант Беринг (флагманский миноносец D-9). В дальнейшем в маневрах временно принял участие минный транспорт «Пеликан». Манёвры начались с учений в Германской бухте и закончились имитацией нападения на оборонительные сооружения в устье реки Эльба. С 14 по 20 августа 2-я эскадра и 2-я флотилия миноносцев провели в тактических и других упражнениях, крейсируя у Гельголанда.
22 августа весь предназначенный для учений флот, теперь уже включая линкоры типа «Бранденбург», собрался в Киле, где адмирал фон Кёстер поднял свой флаг на борту линкора «Кайзер Вильгельм II». Одновременно с ним па борт флагманского корабля прибыл командующий австро-венгерским флотом адмирал князь фон Шпаун, по приглашению кайзера принявший участие в манёврах.
После ставших привычными учебных артиллерийских стрельб в Кильской бухте весь учебный флот в приближенных к боевой обстановке условиях перешёл в Данцигскую бухту.
Только что введённый в состав флота «Кайзер Барбаросса» с 22 августа по 21 сентября принял участие в осенних манёврах и в параде в Данцигской бухте в честь прибытия русского царя Николая II.
Ещё 10 августа кайзер Вильгельм II повелел передать руководству верфи «Фридрих Шихау» в Данциге, что. согласно представленному командованием флота докладу, «Кайзер Барбаросса» построен не только с пониманием и достаточно доброкачественно, но также своей быстроходностью, качеством своих механизмов и устройств, уютом жилых помещений отличается от своих систершипов в лучшую сторону.
24 августа утром в присутствии адмирала фон Кёстера состоялся смотр десантных отрядов кораблей.
26 августа соединённый флот ушёл в море, откуда вернулся в Киль 31 августа, проведя неделю в различных тактических упражнениях и эволюциях.
В ночь на 29 августа обе флотилии миноносцев произвели атаку крупных кораблей флота, но так как корабли были предупреждены об этом заранее и держались наготове, а ночь была лунная и море не совсем спокойное, то их атаки не удались.
