Проблему представлял и сам процесс оснащения торпед стабилизаторами. До 15 октября арсенал мог собрать 30 торпед. Другая партия в 50 торпед должна была поступить в последних числах октября. Еще одна партия в 100 торпед могла быть доставлена не ранее конца ноября. Однако командование настаивало на интенсификации тренировок, что заставило ускорить работы над торпедами. В результате в период с 30 октября по 4 ноября удалось получить достаточное для учений число торпед. Первые испытания со сбросом на глубине 12 метров прошли успешно. Все оставшееся время экипажи отрабатывали элементы атаки в море между островами Кюсю и Окинава. В конце октября самолеты в двух группах прошли двухнедельную практику. Учебные воздушные бои вела группа, состоявшая из истребителей А6М2. Другая группа, составленная из бомбардировщиков-торпедоносцев B5N2 и пикирующих бомбардировщиков D3A1, отрабатывала бомбометание по надводным и наземным целям. В каждой группе из девяти бомбардировщиков-торпедоносцев четыре лучших экипажа отрабатывали сброс торпед. Летчиков доставили на базу в Кагосиме и там они отрабатывали заход на цель и уход из-под заградительного зенитного огня в районе цели. План полета заключался в следующем. На высоте 2000 м самолеты выходили к городу Сакурадзима. Далее, командир звена снижался до 500 м и вел звено по дуге над долиной реки Коцуки, имитирующей долину между горными гребнями на острове Оаху. Следующее снижение до 50 метров проводилось над долиной Ивасакидани (имитирующей район к югу от Перл-Харбора), а над базой Кагосима самолеты снижались до 15 м, отрабатывая заход на цель. Отрабатывались взлет в темноте, а также ночная торпедная атака.
К тому времени, как в строй встали авианосцы «Сёкаку» и «Дзуйкаку», экипажи четырех авианосцев находились в непрерывных тренировках. Благодаря этим мерам удалось заметно поднять боеспособность кораблей, а также наладить взаимодействие между моряками и летчиками. 8 августа в строй встал авианосец «Сёкаку» и немедленно подключился к маневрам. Покинув базу в Йокосуке, авианосец прибыл в залив Ариаке и там вошел в состав 5-го дивизиона авианосцев. В течение двух месяцев экипажи самолетов авианосца проходили курс ускоренной подготовки, отрабатывая взлет и посадку на палубу. 25 сентября в строй встал и авианосец «Дзуйкаку».
Авианосцы в северной части Тихого океана. На снимке, сделанном с палубы «Акаги», видны «Кага» и «Дзуйкаку» (справа).
Палуба «Дзуйкаку». Следом за ним идут «Кага» и «Акаги».
Снимок с кормы «Акаги». За ним видны «Кага» и «Дзуйкаку».
Кульминацией маневров стал сбор 3 ноября всех шести авианосцев с кораблями сопровождения в заливе Ариаке. На следующий день, 4 ноября, эскадра провела генеральную репетицию налета на Перл-Харбор. Авиационные дивизионы, ведомые лично Мицуо Фучидой, поднялись с палуб четырех авианосцев (5-й дивизион в операции не участвовал) и провели атаку цели в заливе Кагосима. Самолеты обнаружили и атаковали двумя эшелонами цель, удаленную на 200 миль от авианосцев. Первый эшелон атаковал в 7:00, в 8:30 атаковал второй эшелон. На расстоянии около 20 миль от Саэки полковник Фучида отдал приказ начать атаку. Пикировщики D3A1 набрали высоту, а торпедоносцы B5N2, напротив, снизились. Целями для самолетов служили японские линкоры, участвовавшие в маневрах. В составе второго эшелона были пикировщики D3A1 и самолеты B5N2 в бомбардировочном варианте. Во втором эшелоне не было торпедоносцев по той причине, что на этой стадии атаки уже не предусматривался элемент внезапности. Пикирующие бомбардировщики отрабатывали бомбометание на плавучих целях, а торпедоносцы-бомбардировщики упражнялись в районе аэродрома Саэки. В 9:30 маневры завершились. Корабли, участвовавшие в маневрах, возвратились в залив Ариаке. Вечером на авианосец «Акаги» прибыл адмирал Ямамото.
Во время совещания, состоявшегося на борту авианосца, адмирал подтвердил сведения о идущих переговорах с американцами, а также о продолжающейся параллельно подготовке к войне. Был разобран ход учений, упомянуты обнаруженные трудности, в частности, недостаточно надежное действие боевых головок торпед. Кроме того, торпеды все еще часто уходили на слишком большую глубину, что в условиях мелководья Перл-Харбора означало зарывание торпеды в грунт.
7-8 ноября 1941 года Минору Генда прибыл в Кагосиму на совещание с пилотами торпедоносцев. Главной темой совещания был способ уменьшить глубину погружения торпед. Было предложено два способа. Первый, уже известный способ заключался в сбросе торпед с высоты 20 м на скорости не более 100 узлов. Второй способ состоял в том, что при той же скорости самолет следовало снизить до 10 м, а его нос наклонить вперед на 1,5°. Второй, совершенно новый способ, был тут же опробован командующим авиабазой в Кагосиме Сего Масудой. Ему удалось добиться 80 % попаданий. 5 ноября проводились учения с участием истребительных групп. В 9:00 истребители «Зеро» начали бой на удалении 8 миль к северу от атакованной цели, имитируя отражение контрудара американской авиации с баз на острове Оаху. Учения завершились в 11:40. Была отработана техника отражения атаки американских истребителей.
Тем временем адмирал Ямамото старался убедить начальство в необходимости провести неожиданный налет на Перл-Харбор. План нападения был представлен начальнику Генерального Штаба адмиралу Осами Нагано. Подробный план, подготовленный Ямамото, должен был стать последним аргументом, убеждающим морское командование в успешности всей операции. В период с 11 по 16 сентября в Императорской Академии ВМФ проводились штабные учения, отрабатывающие план воздушной атаки Перл-Харбора. В ходе учений стало ясно, что затопленные в мелководном заливе американские линкоры могут быть в короткое время подняты, отремонтированы и возвращены в строй. Атака была бы более эффективной, если бы ее проводили в глубоких водах Лахайни. Затопленные там корабли были ли бы потеряны для американцев навсегда. В ходе учений была назначена первая дата налета на Перл-Харбор — 16 ноября 1941 года. Однако эта дата была слишком близкой, чтобы авиация и флот смогли подготовиться к операции. Официально штабные учения завершились 20 сентября 1941 года.
В Генеральном Штабе ВМФ 24 сентября 1941 года, в оперативном отделе главнокомандующий флотом адмирал Ямамото участвовал в дискуссии, посвященной налету на Перл-Харбор. Одним из аргументов был тот факт, что имевшихся запасов топлива хватало бы на 18 месяцев боевых действий. Если Япония думала о проведении войны, то ее следовало бы начать немедленно, или забыть о ней навсегда. В ходе дискуссии столкнулись взгляды двух школ. Консерваторы считали необходимым сначала ударить на юге, и лишь в случае вступления Соединенных Штатов в войну, подготовиться к решающей битве, которая должна была произойти недалеко от Японии. Фактически, эти адмиралы намеревались провести еще одно Цусимское сражение. Сторонники адмирала Ямамото думали иначе. Они видели перспективы, открываемые авианосцами. Эффективность палубой авиации уже была доказана в ходе войны с Китаем. Конец спорам положил адмирал Ямамото, который заявил, что раз он занимает должность командующего, то всем следует исполнять его приказы.
24 сентября министр иностранных дел в зашифрованной телеграмме японскому консулу в Гонолулу приказал выяснить расположение американских кораблей. Особое внимание следовало уделить кораблям, пришвартованным парами. Базу в Перл-Харборе поделили на пять зон, это должно было облегчить обмен информацией.
4 ноября 1941 года во время заседания командования императорского ВМФ было принято решение о начале войны. На следующий день объединенный флот получил приказ № 1.7 ноября датой нанесения удара по Перл-Харбору было объявлено 8 декабря.
13 ноября «Акаги» поднял якоря и направился в сторону Кагосимы. На борт авианосца прибыли летные офицеры: Мурата, Фучида и Масуда. После полудня на борт «Акаги» прибыл адмирал Нагумо со своим штабом. Тем временем другие авианосцы эскадры принимали авиационные экипажи. Переброска большого числа техники и живой силы на авианосцы оказалось делом достаточно сложным. Провести операцию незаметно для американцев можно было только при известной подготовке и растянутости во времени. 16–17 ноября авианосцы «Сёкаку», «Дзуйкаку», «Сорю» и «Хирю» приняли на борт полный комплект самолетов.
17 ноября 1941 года все авианосцы, предназначенные для участия в операции, прибыли в залив Саэки. Линкор «Нагато» с адмиралом Ямамото на борту покинул Ивакуни и также бросил якоря в Саэки. В 15:00 Ямамото прибыл на «Акаги» вместе со своими начальниками штабов. На борту авианосца собралось около 100 высших морских и летных офицеров, в том числе вице-адмирал Нагумо со штабом, капитаны кораблей с помощниками, а также командиры авиачастей, перебазировавшихся на авианосцы. Ямамото произнес короткую речь, которую закончил заверением в успешности предстоящей операции.
