По мнению Г. И. Невельского, вслед за присоединением Приамурского края было необходимо освоить и присоединить к России Приуссурийский край — современное Приморье и побережье Японского моря, а граница между Россией и Китаем должна проходить по левому берегу Амура. С этим вначале был не согласен Н. Н. Муравьев.
Стратегическое значение открытий Г. И. Невельского было подтверждено начавшимися военными действиями. Во время Крымской, или Восточной, войны 1853–1856 гг. англофранцузская эскадра, крейсеровавшая на востоке, будучи уверенной в полной безнаказанности своих действий, подошла к Петропавловску с целью уничтожить его огнем бортовой артиллерии. 24 августа 1854 г. начальник Сибирской флотилии контр-адмирал В. С. Завойко со своим войском (доблестной тысячью, как тогда говорили) блестяще отразил их атаку и вынудил с позором ретироваться.
Известия о славной Петропавловской победе Завойко Невельской получил в Николаевске. Но радуясь этой победе, начал беспокоиться о ее последствиях. Он предвидел, что, несмотря на блестящие подвиги защитников Петропавловска, отстоять его в случае следующего нападения большими силами противника будет трудно. Недостаток провианта, боеприпасов, а главное, значительная удаленность и изолированность Камчатки от материка и главных сил — все это могло поставить важный и удобный во всех отношениях порт Петропавловска и размещенную в нем Сибирскую флотилию в критическое положение, под удар. Заперев флотилию в узкой бухте Петропавловска, противник мог ее уничтожить огнем своих фрегатов. Г. И. Невельской убеждал Н. Н. Муравьева в необходимости временного оставления порта и сосредоточения флотилии в непривычном для противника укромном месте типа Николаевска или вообще на Амуре. Муравьев понял и оценил доводы Невельского, и ранней весной 1855 г. по его приказу суда Сибирской флотилии, погрузив имущество порта, оставили Петропавловск. Предвидения Г. И. Невельского полностью оправдались. Война продолжалась, и англо-французская эскадра, желая взять реванш за прошлогодний позор, подошла с большими силами к Петропавловску. Там неприятеля ждали пустые магазины и склады. Уничтожив их, вражеская эскадра начала поиски Сибирской флотилии.
Два передовых корабля противника настигли эскадру адмирала Завойко в заливе Де-Кастри, развернулись и ушли известить свою эскадру. Всего через 11 часов грозная вражеская эскадра подошла к заливу, флагманский пароход влетел в залив с целью осмотреть расположение наших судов. И никого не нашел… Наших судов там уже не было. Завойко их благополучно провел через Татарский пролив в Амурский лиман. Разъяренный промахом противник, уверенный в том, что Сахалин является полуостровом, что вход в лиман с юга невозможен, блокировал именно эту часть лимана до наступления холодов в конце октября в ожидании прихода русских судов в залив Де-Кастри на зимовку. Не дождавшись этого, соединенная эскадра снялась с якорей и ушла на юг…
Генерал-губернатор Восточной Сибири Н. Н. Муравьев прибыл летом 1855 г. в Мариинский пост с предписанием Г. И. Невельскому: 1) Амурская экспедиция заменяется управлением камчатского губернатора контрадмирала Завойко, местопребыванием которого назначается Николаевск; 2) Г. И. Невельской назначается начальником штаба при главнокомандующем всеми морскими и сухопутными силами Приамурского края; 3) все чины, состоящие в Амурской экспедиции, поступают под начальство контрадмирала Завойко; 4) главной квартирой всех наших войск назначается Мариинский пост.
Г. И. Невельской сдал экспедицию адмиралу В. С. Завойко, представил генерал-губернатору отчет о деятельности
Амурской экспедиции за 1850–1855 гг. и в конце 1856 г. возвратился в Петербург. Закончился главный этап жизни и деятельности Г. И. Невельского. Ушли его лучшие годы…
Труды Г. И. Невельского были отмечены многими Высочайшими милостями: за основание Петровского зимовья и за опись лимана реки Амур он получил в 1850 г. орден Св. Владимира 4-й степени; за основание постов. Александровского, Мариинского, Константиновского, Ильинского и Муравьевского — орден Св. Анны 2-й степени с императорской короной; за открытие сообщения между заливом Де-Ка-стри и Амуром — орден Св. Владимира 3-й степени; 26 августа 1854 г. произведен в контр-адмиралы; 26 августа 1956 г. Невельскому был пожалован орден Св. Анны 1-й степени и пенсион в 2000 рублей в год; 6 декабря 1866 г. он был награжден орденом Св. Анны 1-й степени с императорской короной, а 17 апреля 1870 г. — орденом Св. Владимира 2-й степени; 1 января 1864 г. произведен в вице-адмиралы, а 1 января 1874 г. — в адмиралы.
С осени 1856 г. дальнейшая деятельность нашего героя протекала вдали от присоединенного им к России Приамурья, в Морском ученом комитете в Петербурге. Одновременно он участвовал в работе Общества для содействия русскому торговому мореходству и был председателем петербургского отделения этого общества.
Многие описатели жизни и деятельности адмирала оставляли в тени его замечательные личные качества, которые он пронес через всю свою жизнь и которые передал своим молодым соратникам. Это — справедливость и демократичность, свойственные лучшим сынам нашего Отечества. Именно такое отношение к своим подчиненным определило успех Амурской экспедиции.
Всего за несколько лет младшие морские офицеры Казакевич, Гроте, Орлов, Гейсмар, Попов, Чихачев, Бошняк, Разградский, Петров, позже Блинников, Воронин и другие переняли стиль руководства и работы Невельского, превратились в опытных исследователей природы труднодоступных районов нового для них Дальнего Востока. Их детальные маршрутные работы, статистические описания и глазомерные съемки рельефа в бассейнах и долинах неведомых рек, на морском побережье и ими же открытом огромном острове Сахалин были положены в основу дальнейших исследований, начиная с составления карт этих девственных мест. Все молодые морские офицеры совершили подвиги, по заслугам описанные Г. И. Невельским в его посмертно изданной книге.
Издавна в России умеющие принимать самостоятельные решения, неординарно мыслящие, энергичные офицеры высших рангов были не в почете. Невельской не был исключением. Правительственные круги России XIX в., начиная с графа Нессельроде и кончая Н. Н. Муравьевым-Амурским, с момента появления на Дальнем Востоке Г. И. Невельского и до последних дней его пребывания в этих краях несправедливо оценивали результаты благородной и плодотворной деятельности адмирала, слишком рано упразднили его детище — созданную им Амурскую экспедицию — и лишили его возможности усилить развитие Дальнего Востока, ставшего его трудами российским.
Даже его единомышленник генерал-губернатор Восточной Сибири граф Н. Н. Муравьев-Амурский, получивший дополнение к фамилии «Амурский» не только за успешно проведенный первый амурский сплав, которым он руководил, но и за все достижения Амурской экспедиции — детища Невельского, повел себя не лучшим образом. После второй поездки по Амуру в письме своему офицеру для особых поручений М. С. Корсакову он писал: «Невельской просит меня не обездолить его народом и строит батарею в Николаевском порте на увале, кажется, против своего дома, а не там, где приказано, — против входа в реку. Он оказывается так же вреден, как и атаман (имелся в виду атаман и губернатор Забайкальской области Запольский, которым Н. Н. Муравьев был очень недоволен. — В. Ч.). Вот к чему ведет честных людей самолюбие и эгоизм… Для успокоения Невельского я полагаю назначить его при себе исправляющим должность начальника штаба. Таким образом, Невельской не будет никому мешать и докончит свое там поприще почетно…»
Опыт, деловые качества и отношение Г. И. Невельского к подчиненным достойны подражания. Направив его работу в чиновничье русло, правящие круги лишились заслуженного, не старого адмирала, который мог быть полезен в воспитании новых поколений российских морских офицеров, героев и патриотов.
Представители прогрессивной русской интеллигенции, передовой общественной мысли по достоинству оценили подвиги Г. И. Невельского и его соратников — первооткрывателей Приамурья, Приморья и Сахалина, закрепивших принадлежность этих новых земель к России. Дадим первое слово гидрографам.
Известный русский гидрограф М. Е. Жданко писал в 1908 г.: «История говорит, и этого никто не забудет, что первая мысль и действительный почин этого великого дела исходили от Невельского, и в этом его неоспоримая и бессмертная заслуга».
В 1857 г. Герцен так оценивал деятельность Амурской экспедиции: «Завоевание устья Амура является одним из самых крупных шагов цивилизации». В 1860 г. Н. Г. Чернышевский, будучи одним из редакторов «Военного сборника», в рецензии на помещенный материал об Амурской экспедиции в «Морском сборнике» писал: «Действительно, занятие русскими устья Амура, основание там первого нашего поселения, прибытие туда эскадры контр-адмирала Завойко и проведение ее к Николаевску через перекаты устья Амура — все это такие дела, которыми по справедливости может гордиться всякий русский».