Как будто этого мало для того, чтобы навлечь на себя вражду Чингисхана! Шах Мухаммед еще и поставил под сомнение дипломатический статус делегации из трех человек, которую Чингисхан прислал с протестом против отрарского разбоя. Старшему из делегации отсекли голову, а остальным обрили бороды, что было тяжким оскорблением, и отправили назад.
После такой провокации жителям Отрара надеяться на милость монголов не приходилось, оставалось только отчаянно защищаться. Сначала монголами командовали двое сыновей Чингисхана — Чагатай и Угэдэй. Они не пытались скрыть от горожан, что те обречены. Когда часть гарнизона вышла из города и стала просить пощады, монголы построили всех и тут же казнили. Отрар держался пять месяцев. После того как город пал, цитадель обреченного правителя держалась еще месяц. Но в конце концов по приказу Чингисхана Инальджика взяли живым и, согласно мусульманскому историку ан-Насави, казнили, залив ему в глаза и уши расплавленное серебро.
В это время Чингисхан перевел свой смертоносный взор на цель более крупную и богатую — Самарканд. Это был большой и процветающий город, его население приближалось к полумиллиону человек. Совсем недавно Мухаммед сделал его столицей и приказал построить новую стену, чтобы защитить цветущий оазис. Для такого грандиозного проекта требовалась стена длиной в 50 миль. Но почти все средства на ее постройку были израсходованы, а к приходу монгольской армии ничего не сделали, и пришельцы вскоре продемонстрировали мощь своей осадной техники.
Поначалу жителей Самарканда ввели в заблуждение, заставив думать, что город окружен бесчисленными врагами. Чингисхан пригнал всех пленников и построил в боевом порядке, чтобы создать видимость огромного войска. Свои резервы он поставил в заслон, чтобы помешать Мухаммеду сбежать из города. Пленных он использовал и как живой щит во время приступов, когда монголы наступали, закрываясь ими от стрел, летящих со стен. Вероятно, китайская техника быстро разуверила горожан в крепости стен, потому что на третий день осады большая часть самаркандского гарнизона отправилась в массовую вылазку. Чингисхан применил классическую монгольскую тактику нападения и засады. Монгольская кавалерия бежала, заманивая тюркские войска подальше от городских стен и забирая их в кольцо. Потом монголы развернули коней и начали убивать. Так полегла половина гарнизона, 50 000 человек. Спустя 48 часов город сдался, только пара тысяч упрямцев заперлась в стенах цитадели и продолжала сопротивление. Монгольские командиры нарочно медлили принимать капитуляцию основной части гарнизона. Они обложили цитадель и быстро овладели ею. Тысяча защитников прорвала окружение и бежала, остальных перебили. От начала и до конца на осаду Самарканда военной машине Чингисхана потребовалось пять дней.
Чтобы разграбить город, времени ушло больше. Чингисхан презирал перебежчиков, поэтому около 30 000 тюркских наемников, добровольно предавших шаха, были перебиты. Затем из города вывели все гражданское население, чтобы было удобнее грабить. Народ разделили, как скот на рынке. Мастеровых, ремесленников, умелых работников отправили на работы в Монголию. Мужчин «призывного» возраста взяли для живых щитов. Немощных и старых оставили самих заботиться о себе. Через год, когда Чан Чунь добрался до Самарканда, лишь четверть жителей вернулась в свои дома. Сердце Самарканда вырвали из его груди. Еще 180 лет город не мог вернуть утраченное величие, пока, по злой иронии, не стал «Золотым Самаркандом» под властью Тамерлана, того самого «Тамерлана великого», о котором писал Кристофер Марло. Тамерлан подражал Чингисхану и объявлял себя его прямым наследником. Он даже вступил в брак с представительницей «Золотого семейства» и именовал себя «зятем».
Скорое падение Самарканда показало Чингисхану, насколько непрочна власть шаха в огромном царстве. Великий хан решил не разорять царство, но включить большую часть Хорезмского государства в Монгольскую империю. Он отправил своих сыновей с войсками по стране, убеждать местное население, что теперь они подданные Чингисхана и его династии. Города были легкой добычей, и это обстоятельство позволило сохранить их как монгольские владения. Но прошли месяцы, и в задачи монголов вкрались коррективы. Счастливы были те городки, которые монгольские отряды пролетали, не имея времени остановиться дольше, чем на день. Если еду и все, что требовалось пришельцам, приносили сразу же, такие местечки отделывались тем, что из них по-быстрому забирали самое ценное. Меньше повезло тем местам, где монголы не спешили двинуться дальше. Если города сдавались сразу, едва монголы предъявляли свои требования, там поступали, как в Самарканде. Жителей выводили за городские стены, чтобы они не мешали грабить. Грабеж мог продолжаться неделю или больше, а когда жители возвращались в свои дома, жить под властью монгольского наместника, они оставались нищими и могли радоваться, что вообще остались в живых. Но если город отказывался сдаться, его атаковали без всякой жалости. Большую часть гарнизона убивали, затем начинался брутальный разбой. Полезных пленников угоняли в Монголию, остальных обращали в рабство или бросали спасать свои жизни в том, что осталось от домов.
При этом всегда соблюдались три условия. Ни один город не мог рассчитывать на милость, если его граждане убивали монгольских посланников, приносивших требование сдаться; если, приняв решение подчиниться, от него отступались; и — самый тяжкий грех — если в сражении за город был убит кто-то из семьи Чингисхана. Великий афганский город Герат снесли почти до основания. Вначале, во время кампании 1220 года, правитель города подчинился Чингисхану. Гарнизон пытался оказать сопротивление и был перебит, но большую часть жителей не тронули. Однако через шесть месяцев Герат взбунтовался и разбил силы монголов, оставшиеся в тех краях. Наказание было ужасным. Вскоре город был взят снова, захватчики получили приказ обезглавить всех жителей до единого. Семь дней продолжалась бойня, головы рубили всем, кого находили. Потом монгольское войско ушло, а горстка выживших бродила по руинам города, хороня мертвецов. Но спастись не удалось и им. Внезапно появился монгольский карательный отряд, и последние горожане тоже были обезглавлены.
Дальше к западу стоял североиранский город Нишапур. Казалось, грозные события лета 1220 года его миновали, и горожане отделались легким испугом, снабдив продовольствием монгольский летучий отряд. Но к осени настроения в городе изменились, и когда появился очередной отряд монголов, ему было оказано сопротивление. В бою погиб командир отряда по имени Тогачар, родственник Чингисхана, и месть была ужасной. Когда Нишапур наконец сдался, в нем были убиты все живые существа, включая кошек и собак. Вдова Тогачара лично принимала участие в резне и раскладывала отрубленные головы по полу и возрасту. Затем были разрушены стены и здания Нишапура, и последовал приказ разрушить все начисто и распахать землю, на которой стоял город.