2 февраля нового, 1520 года флотилия снялась с якорной стоянки неподалеку от будущего Монтевидео и направилась на юг. После пересечения просторов устья Ла Платы суда достигли мыса Святой Марии, до которого в свое время дошел Жоау де Лишбоа и где начинались неизведанные земли. Как и раньше, стараясь не пропустить возможного места пролива, Магеллан шел близко от берега, но соблюдая безопасное расстояние. Через одиннадцать дней экспедиция оказалась у бухты Баиа Бланка, где ей пришлось пережить страшный шторм, которая тоже подверглась тщательному, но безуспешному обследованию. Еще 10 дней спустя по пути на юг перед ней возник новый залив шириной около 60 миль с такой глубиной, что экипажи при измерении ее не смогли достать дна.
За полуостровом на его южной стороне была обнаружена очень уютная спокойная гавань, носящая сегодня название Гольфо Нуэво, где флотилия получила несколько дней передышки в своих трудах, а 27 февраля перед ней открылся очередной широкий залив, который был назван Баиа-де-лос-Патос, или Заливом уток. Никаких уток там не было, но вода и побережье кишели массами пингвинов, для которых у европейцев пока не существовало названия, и они называли их утками без крыльев. Там же было множество тюленей, которые вместе с пингвинами стали для путешественников одним из местных источников питания. Здесь начинались огромные холмистые пространства, покрытые в зависимости от сезона сочной зеленой или бурой травой, питавшей огромные стада южной породы лам-гуанако. В этих же землях европейцы обнаружили пум и американского страуса pea. От побережья Атлантического океана эта гигантская по своим размерам территория простирается до восточных склонов Анд, откуда берут свое начало многочисленные реки, пересекающие ее с запада на восток.
Не обнаружив пролива, каравеллы продолжали путь на юго-запад, следуя вдоль берега незнакомой земли в тисках злых и продолжительных штормов, сильно сдерживавших их продвижение, пока в последний день марта они не достигли удобной бухты, названной Магелланом Пуэрто Сан-Хулиан. С каждым днем погода становилась все более холодной, предвещая конец местного лета и наступление месяцев зимы. Глава экспедиции отдал приказ расположиться здесь на стоянку до существенного потепления для продолжения поиска неуловимого залива. Помня о поведении и настроениях ряда своих подчиненных, Магеллан расположил свой флагман в узком проходе в гавань стоянки, а всем остальным каравеллам приказал бросить якоря в ее расширенной внутренней части. Эта предусмотрительность позволяла главе флотилии контролировать выход из залива, и она, как подтвердили последующие события, оказалась чрезвычайно важной.
По записям Антонио Пигафетты, «они оставались там в течение двух месяцев, не встречая никого. Но однажды случилось, что они увидели на берегу гавани огромного как гигант человека, который плясал и пел, посыпая при этом свою голову землей. Капитан тогда послал одного из своих людей к нему делать то же самое как свидетельство мирных намерений. Он это сделал и привез человека к капитану на маленький остров. Когда человек оказался перед капитаном, его охватило огромное удивление, и своим вверх поднятым пальцем он сделал знак, давая понять, что они пришли с неба. А был он такой высокий, что они не доставали даже до его пояса». Так итальянский аристократ-спутник Магеллана запечатлел встречу с первым местным жителем новой земли. Хорошо сложенный гигант был одет в шкуры гуанако, а ноги его были обуты в шкуры, набитые соломой, отчего они казались просто громадными, что и побудило Магеллана назвать его «патагон» от испанского «огромная нога», а его землю соответственно «Патагонией».
Патагонцы вели кочевой образ жизни, перемещаясь следом за стадами гуанако, охота на которых обеспечивала их практически всем необходимым в их суровых условиях. Их главным оружием были короткие луки и примитивные дубинки. Некоторые из них вслед за первым своим соплеменником, получившим щедрое количество европейских безделушек, несколько раз побывали на каравеллах, надеясь приобрести такие же подарки или получить их в обмен на скудные предметы своего охотничьего и рыбачьего промысла. Других индейцев путешественники здесь больше не встречали за все пять с лишним месяцев своего пребывания в этой гавани.
Бесплодные к этому времени поиски пролива и недавно введенное главой экспедиции сокращение рациона продуктов стали вызывать определенное роптание среди некоторых членов экипажей, подогревавшееся его недругами из числа офицерского состава. Желая предотвратить разрастание недовольства, накануне прибытия в Сан-Хулиан Магеллан собрал на флагмане представительные группы всех каравелл, чтобы выслушать их мнения о складывавшемся положении. Собравшиеся призывали капитана восстановить рацион, прекратить бесполезные поиски несуществующего, по их суждению, пролива и вернуться в Испанию, чтобы избежать голодной и холодной смерти. Магеллан ответил им, что он скорее был готов расстаться с жизнью, нежели нарушить приказ короля о нахождении пролива. Он заверил их, что на судах еще оставалось достаточно хлеба и вина, а остальное они могли найти в достатке прямо на месте, что залив существует и будет непременно найден, что он приведет их к великолепным тропическим островам, которые сделают их всех богатыми и счастливыми, но что до этого им необходимо проявить достойное кастильцев мужество и терпение. Рядовые члены экипажей поверили заверениям главы экспедиции и вернулись к своим обычным делам, но офицеры остались при своем мнении.
На следующий день выпало Вербное Воскресенье, и по этому случаю Магеллан пригласил офицеров на службу, которая должна была состояться на берегу, а затем в его каюту на праздничный обед. Однако это приглашение было принято только родственником главы экспедиции Альваро Мескитои, что было зловещим предзнаменованием мятежных действий со стороны остальных приглашенных. Ночью того же дня Кесада и Мендоса взяли под свой полный контроль каравеллы «Консепсьон» и «Виктория», на которых они были капитанами, а лишенный своего поста на «Сан-Антонио» Картахена серьезно ранил кинжалом распорядителя этого парусника и вслед за этим посадил в кандалы нерасторопного Мескиту. Все три судна оказались в руках мятежников.
Наступило утро понедельника, и Кесада, собрав подписи двух других восставших капитанов под письмом с их требованиями, направил длинную лодку во главе с Кокой к флагману. В письме мятежники обвиняли Магеллана в нарушении королевских указаний заведением флотилии слишком далеко на юг, отказывались выполнять его приказы в качестве генерал-капитана экспедиции, признавали его лишь как старшего капитана в случае его согласия на немедленное возвращение в Испанию. Для Магеллана и его не столь многочисленных сторонников положение в эту лунную ночь складывалось чрезвычайно серьезно.
