Крупные морские битвы к тому времени уже миновали, но все же до октября 1809 года, то есть пока молодой Марриет служил под началом лорда Кокрейна, он успел принять участие более чем в пятидесяти морских сражениях у берегов Франции в Средиземном море.
Среди многочисленных эпизодов его морской биографии был и такой. Однажды «Империуз» преследовал корабль противника в заливе Аркупон, где тот пытался укрыться от огня корабельной артиллерии. Лорд Кокрейн решил захватить его, и юный Марриет оказался в составе абордажной группы. Он ни на шаг не отставал от первого лейтенанта, возглавившего отряд, и вместе с ним ступил на палубу вражеского судна. Но едва они оказались там, как офицер был сражен выстрелами из мушкетов. Падая, он сбил бегущего за ним Марриета, и того чуть было не затоптали товарищи, ринувшиеся вперед. Когда корабль был захвачен, матросы с «Империуза» стали собирать убитых и раненых. Марриета, находившегося в шоковом состоянии, посчитали убитым. Один из гардемаринов, недолюбливавший Марриета, посмотрел на неподвижно распростертого на палубе товарища и, слегка пнув его ногой, произнес: «А вот молодой петушок, который откукарекал! Да-а, каким-то чудом этот малый избежал виселицы!» Возмущенный таким «приветствием» и комментарием, Марриет собрал почти угасшие силы и сумел с трудом выдавить из себя: «Вы — лгун!», что вызвало взрыв хохота, несмотря на серьезность ситуации.
Во время службы на «Империузе» в Средиземном море Марриет не раз принимал участие в морских десантах, которые высаживались англичанами в поддержку испанцам, воевавшим с французами. Дважды в таких операциях он получил ранения: во время штурма в крепости Мангат, контролировавшей дорогу из Барселоны в Жерону, и при обороне замка Росас, занимавшего важное стратегическое положение.
Несмотря на молодость, Марриет был незаурядно отважен и находчив. Особенно он отличился, участвуя в создании плавучих заграждений на «Баскской дороге», когда англичане применили против французского флота брандеры, то есть суда, предназначавшиеся к подрыву при столкновении с противником, и был поощрен командованием. За участие в средиземноморских операциях Марриет был представлен лордом Кокрейном к правительственной награде.
Марриет никогда не был любимчиком, хотя делал больше, чем требовалось по службе. Смышленого и ловкого гардемарина заметили. Он стал получать награды и повышения. В 1812 году ему присвоили звание лейтенанта и направили на «Эспиджел» в Вест-Индию. В этих водах на «Ньюкасле 58» и «Спартанце» он участвовал в захвате пиратских судов «Утренняя звезда» и «Полли» в Хейкокской бухте. Еще два капера были захвачены на Литл Ривер.
За время службы в военно-морском флоте Марриет ходил на многих кораблях, бороздя моря и океаны в разных концах земного шара. В 1815 году он становится капитаном и получает под свое командование сначала малые, а позднее и крупные корабли.
Крейсируя в 1821 году в Атлантическом океане возле острова Святой Елены, где находился в ссылке Наполеон, Марриет присутствовал при его кончине и, неплохо владея карандашом, довольно точно запечатлел бывшего императора на смертном одре. Вернувшись в Англию на «Розерио», он привез депешу о его смерти.
Приняв в 1823 году под командование двадцатипушечный корабль «Ларн», Марриет совершил на нем переход в Ост-Индию. Там он участвовал в Бирманской войне и некоторое время в 1825 году исполнял обязанности старшего офицера военно-морских сил.
Под конец службы, с ноября 1828 года по ноябрь 1830 года, Марриет командовал «Ариадной», кораблем, выполнявшим крейсерские функции в проливе Ла-Манш и у Гебридских островов.
Морская служба сурова и не для слабых. Марриет не раз повторял, что это — соль, а не сахар. Но сам он чувствовал себя в море в своей стихии, с молодых лет проявляя бесшабашную удаль, ловкость и смелость. Он стал героем событий, когда в сентябре 1811 года в районе мыса Малабар фрегат, где он служил, попал в сильнейший шторм и лег набок со сломанными грот-стеньгой и грот-реем. Чтобы спасти судно, нужно было добраться до них и обрубить. Эту сцену Марриет описал так: «Привязав острый топор, я дал капитану понять, что попытаюсь обрубить обломки, жестом пригласил последовать за собой тех, кто захочет, и стал взбираться по такелажу. Человек пять матросов последовали за мной. Резкий толчок почти сбросил нас за борт, и обломки мачты чуть было не раздавили нас. Мы удержались, лишь крепко вцепившись в ванты руками и ногами. Затаив дыхание, весь экипаж следил за нами, пока мы не добрались до обломков. Здесь мы разделили обязанности: матросы начали разбирать талрепы на стеньге, а я занялся вантами грот-рея. Мощные толчки, ужасающий грохот волн, темень затрудняли работу. На рассвете нам все же удалось выполнить задачу, и обломки рухнули за планширь. Облегченный корабль выпрямился. Мы спустились под одобрительные возгласы команды».
А скольких людей Марриет спас лично! Казалось, ему в любую погоду ничего не стоило прыгнуть за борт при виде попавшего в беду человека, будь то юнга, матрос или офицер. При этом он рисковал подчас своей собственной жизнью. Об одном из множества эпизодов, связанных со спасением утопающих, Марриет рассказывал: «Матрос Джон Уокер, черпавший за бортом воду, сорвался и упал в море. Тотчас же был дан сигнал тревоги, и судно легло в дрейф. Я побежал на корму и, увидев, что человек не умеет плавать, прыгнул за борт ему на помощь. Прыгая с большой высоты, я глубоко ушел под воду, а когда вынырнул, то увидел только взметнувшуюся на поверхности руку матроса. Я поплыл к нему. Но, о, Боже! Я ужаснулся, обнаружив, что плыву в воде, окрасившейся от крови! Я понял, что на матроса напала акула, и испугался того, что в любой миг сам могу разделить его участь. Я удивляюсь, как не утонул, ведь я был почти парализован страхом! Я едва соображал, потрясенный увиденным и представив себе такой ужасный конец. Корабль, двигавшийся со скоростью пяти-шести миль в час, ушел уже довольно далеко, и я отказался от мысли добраться до него. Придя в себя через несколько минут, в течение которых в моей голове пронеслись события последних пяти лет, я стал молиться и клясться, что исправлюсь, если Богу будет угодно спасти меня. Корабль был уже на расстоянии мили, когда меня выловили подоспевшие на шлюпке товарищи. Добравшись до судна, мы увидели за его кормой трех огромных акул. Это они сожрали того бедного парня и, на мое счастье, сразу же последовали за кораблем в ожидании новой добычи».
Но не всегда и не все заканчивалось так благополучно. Спасая матроса Джекоба Смолла, упавшего с «Эспиджела» в бурлящее море, Марриету пришлось долго пробыть в воде — понадобилось время для остановки судна и спуска на воду шлюпки. Он был подобран в полутора милях от корабля крайне изнуренным. От перенапряжения у него полопались кровеносные сосуды. Поэтому его отправили лечиться на родину и почти на год освободили от службы.