Книгопечатание в конце XV века делало лишь первые шаги, но Александр сумел оценить возможности и опасности нового изобретения. В булле от первого июня 1501 года он под угрозой отлучения воспрещает печатать сочинения, которые «противоречат добрым обычаям и католической вере или наносят иной вред благочестию». Любопытно, что в данном случае кара направлялась против издателя, а не автора. Сомнительная честь создания первого в Европе списка запрещенных книг — «Index Expurgatorius» note 12 — также принадлежит Александру.
В общем, насколько мы можем теперь судить, он относился к своему архипастырскому званию вполне серьезно, и приписывать ему безбожие нет никаких оснований. Истинный атеизм в средние века и в эпоху Возрождения был чрезвычайно редким явлением, в отличие от разнообразных сект и ересей. Очень трудно представить себе человека, способного всю жизнь, изо дня в день, играть труднейшую роль религиозного вождя миллионов верующих, не признавая при этом догматов церкви и тайно насмехаясь над собственным положением.
Родриго де Борджа, безусловно, всегда оставался христианином и католиком, но вера его была лишена фанатизма — а это было подозрительным недостатком в глазах современников.
Вытеснив Карла VIII из Италии, союзники приступили к наведению в стране прежнего государственного порядка. Предстояло восстановить трон Арагонского дома, и неудивительно, что Фердинанд и Изабелла пожелали внести в это свою лепту, выслав на помощь итальянцам войско под командованием знаменитого полководца Гонсало де Кордобы.
Высадившись в Калабрии в начале 1496 года, «великий капитан» соединился с отрядами папских гвардейцев и венецианцев, которыми предводительствовал Гонзага Мантуанский. Герцог Лодовико к этому времени счел за лучшее отделиться от Лиги — близость Милана к альпийским перевалам заставила его возобновить контакты с Францией. Но его двоюродный брат, Джованни Сфорца, с шестьюстами копейщиками находился в рядах папских войск, тем самым сглаживая впечатление от двусмысленных маневров кузена. Другим отрядом в 700 копий командовал молодой Жофре Борджа, именовавшийся отныне принцем Скуиллаче — титул он получил после свадьбы с донной Санчей Арагонской, юной особой королевского рода, но столь свободного нрава, что это вызывало нарекания даже при веселых и легкомысленных дворах итальянских владык.
Французы потеряли Неаполь так же быстро, как и захватили. Уже седьмого июля 1496 года Фердинанд II занял отеческий трон, а французский комендант д'Обиньи бесславно отбыл на родину.
Теперь у папы появилась возможность навести порядок в собственном доме и усмирить наконец мятежных аристократов, доставивших столько беспокойств и неприятностей. Первого июня консистория опубликовала буллу, объявившую вне закона Джентиле Орсини, Джанджордано Орсини и его сына Паоло, а также Бартоломео д'Альвиано. Земли и имущество перечисленных лиц, перешедших на сторону французов, подлежали конфискации в пользу церкви. Этот декрет необходимо было подкрепить военной силой, и герцог Гандийский получил приглашение срочно прибыть в Рим, чтобы возглавить экспедицию против Орсини. Он отплыл в Италию в начале августа, оставив в Гандии свою молодую жену Марию Энрикес, племянницу Изабеллы Испанской.
При въезде в Рим герцога и его свиту встретила кавалькада во главе с Чезаре, и оба брата, обменявшись приветствиями, направились в Ватикан.
Впоследствии распространился слух, что среди даров, которые привез с собой Джованни Борджа, был и особый сюрприз для папы — некая андалусийская красавица. Правда это или нет, сказать трудно — во всяком случае, в «Дневнике» Бурхарда на сей счет никаких упоминаний не имеется. Однако нельзя отрицать, что Александр был вполне способен по достоинству оценить подобный подарок. Но все же царственный прием, оказанный герцогу в Риме, объяснялся не личными, а государственными соображениями.
Непосредственное командование войсками святейшего престола папа поручил знаменитому кондотьеру Гуидобальдо Урбинскому. Молодому герцогу, формально разделявшему с ним пост главнокомандующего, предстояло на деле обучиться искусству войны под руководством признанного мастера. Двадцать пятого октября Джованни Борджа был торжественно провозглашен знаменосцем церкви, и в тот же день в соборе святого Петра состоялось освящение трех знамен — ватиканского, со скрещенными ключами и тиарой, и личных штандартов обоих полководцев. Два герцога — Гуидобальдо тоже носил этот титул — в полном вооружении, с белыми маршальскими жезлами в руках, склонив головы, приняли благословение святого отца.
На следующий день армия выступила из Рима. Поначалу военные действия складывались очень удачно для папских войск — в течение нескольких недель им сдались одно за другим десять вражеских укреплений. Но три последние крепости рода Орсини: Браччано, Тревиньяно и Ангуиллара — неожиданно оказали упорное сопротивление. Особенно ожесточенные бои разгорелись на подступах к Браччано — там оборонялся гарнизон под командованием отважного молодого воина, лихого кавалериста Бартоломео д'Альвиано.
Приближалась зима. Война затягивалась, постепенно принимая позиционный характер. Утрата инициативы всегда губительна для нападающей стороны — это фундаментальное положение военной теории подтвердилось в очередной раз. На помощь Орсини пришел Вителлоццо Вителли, тиран Читта-ди-Кастелло, вскоре к нему присоединился Бальони из Перуджи, затем сторонники делла Ровере — словом, постепенно зашевелились все враги Александра VI. Вдохновленные отвагой защитников осажденных крепостей, они начали стягивать войска. Но семейства Колонна и Савелли сохранили верность святейшему престолу, поскольку и сами имели кое-какие претензии к семейству Орсини.
Овладев Тревиньяно, почти вся папская армия сосредоточилась вокруг Браччано, полностью отрезав крепость от внешнего мира. Защитники голодали, и Бартоломео уже подумывал о капитуляции, как вдруг на далеких холмах появились всадники, и ветер принес звуки боевых труб — к осажденным спешили отряды Вителли и Карло Орсини. После короткой схватки союзники опрокинули войска Борджа и обратили их в бегство; Гуидобальдо, пытавшийся остановить своих солдат и организовать отпор, попал в руки врагов. Герцог Гандийский, раненный в голову, с трудом избежав плена, ускакал в Ронсильоне. С ним остались лишь Фабрицио Колонна и папский легат, кардинал Лунате.
Так бесславно закончилась кампания, начатая двумя месяцами раньше в столь выгодных условиях. Однако практический результат был не так уж плох. На долю Джованни Борджа выпал позор поражения, меж тем как папа оказывался в выигрыше — ценой единственной проигранной битвы он получил одиннадцать крепостей. Конечно, Орсини надеялись — и пытались — развить успех, но Александр окончательно лишил их шансов на стратегический перевес, призвав на помощь Гонсало де Кордобу, благо испанская армия еще стояла между Неаполем и Римом. После нескольких стычек испанцы рассеяли отряды Орсини, а вскоре пала последняя цитадель — крепость Остия, которую обороняли сторонники кардинала делла Ровере. Гонсало с триумфом въехал в Рим, ведя за собой в цепях коменданта гарнизона Остии и его офицеров.