Как мы уже говорили, с началом войны немецкие оккупационные власти после захвата новых территорий не препятствовали открытию на них православных храмов, чем вызвали определенные симпатии местного населения. Этот факт вынудил Сталина, пойти также на открытие храмов в пропагандистско-политических целях. Учитывая религиозный подъем русского народа во время войны и понимая, что он будет способствовать победе над врагом, Сталин решил рулить верующими, с помощью «карманной» Московской патриархии «Обновленцев». В процессе перехода от политики интернациональной, к национально шовинистической, Церковь, по замыслу Сталина, должна играть роль катализатора и цементирующего компонента, фасад которого, должны были выполнить — «обновленцы» из консервативной Московской Патриархии.
Кроме этого, Сталин, находясь в мании ВЕЛИЧИЯ и МЕССИАНСТВА, ощущал неудовлетворенность от «пресных» славословий его личности — партаппаратчиками и советско-государственными чиновниками. Для полноценного прославления «некоронованному императору» не хватало «кадильного фимиама», той самой Православной Церкви, которая в течение 16 веков давала Божественную Санкцию, сакральное помазание православным императорам, — сначала византийским, а затем и Российским; не хватало Церкви, которая и прославлению Сталина, дала бы авторитетную санкцию!
Поэтому 4 сентября Сталин пригласил к себе на дачу Л.П.Берию, Г.М.Маленкова и Г.Г.Карпова, работника НКВД. Последний в течение ряда лет занимался «церковными вопросами», то есть репрессиями попов, а потому был рекомендован на место посредника между правительством и церковью. Сталин предложил, самым срочным образом занятца церковным вопросом. Карпов тут же позвонил митрополиту Сергию в Ульяновск. Поздно вечером митрополиты Сергий, Алексий и Николай прибыли в Кремль, где и были приняты Сталиным, в компании Молотова и Карпова.
«...Когда митрополит Сергий высказал предположение, что собор может быть созван через месяц, Сталин спросил: «А нельзя ли проявить большевистские темпы?» После обмена мнениями сошлись на том, что заседание собора откроется 8 сентября, где Сергия — товарищ Берия назначил Патриархом. Некоторые наивные люди полагают, что сразу после этого события, все попы восстали из Сталинского ада, стали махать кадилом и торговать свечками. Это было совсем не так. Наоборот, именно в этот период, лишились жизни множество наиболее алдовых деятелей Русской Православной Церкви. Сталину не нужны были церковники с дореволюционными ценностями, которые могли симпатизировать РОА и Каменскому, поэтому их стали нещадно истреблять, а на НОВЫЕ ОБНОВЛЕЧЕНСКИЕ ЦЕРКОВНЫЕ курсы стали отправлять сотрудников НКВД, особенно тех, кто особенно усердствовал в пытках!
До войны в Ленинграде активно действовали тайные иосифлянские общины. В период блокады они расценивались как вражеские, активно выявлялись и уничтожались органами НКВД. В справке Управления НКВД по Ленинградской области от 1 октября 1942 г. указывалось, что в городе с начала войны вскрыто и ликвидировано 625 контрреволюционных групп, из них 7 церковно-сектантских. «Истинно-православных» власти называли сектантами. В 1942 г. в пригороде Ленинграда вскрыта и ликвидирована антисоветская организация церковников. В состав этой организации входили бывшие кулаки, церковники, монахини, лица без определенных занятий, приверженцы так называемого иосифлянского церковного течения... Показаниями арестованных установлено, что Савинский и его активные сообщники, создав в местечке Коломяги нелегальную церковь, на протяжении ряда лет совершали тайные религиозные обряды, привлекали через обряды к церковной деятельности чуждые и антисоветские элементы, молодежь и вели среди них антисоветскую агитацию... «. Аресты членов общины продолжались с 17 июня по 14 июля 1942 г. Всего по делу проходило 18 человек. 3 августа Военный Трибунал войск НКВД Ленинградского округа приговорил 3 человек — архимандрита Клавдия, монахиню Евдокию (Дешкину) и А.Ф. Чистякова к смертной казни, а остальных 15 к различным срокам заключения. Хотя страшная блокадная зима 1941-1942 гг. и массовая эвакуация многократно сократили иосифлянскую паству в Ленинграде, известны случаи разгрома тайных общин в городе и после октября 1942 г. Так, известный стрельнинский протоиерей Михаил Рождественский, освободившись из Беломорбалтлага, в 1938 г. нелегально поселился в Ленинграде, скрывался у знакомых и служил по ночам. Арестован он был только 19 января 1943 г. на Крещение Господне во время Божественной литургии вместе с другими членами тайной общины. 13 марта Военный Трибунал войск НКВД Ленинградского округа приговорил о. Михаила к 10 годам лагерей...
А вот как происходил арест и убийства из группы подмосковных «катакомбных» священников и их последователей весной 1943г. Из воспоминаний В.Я. Василевской о Серафиме:
— «Домик, где жил батюшка, выглядел заброшенным и необитаемым. Внутри же он был полон людей, собравшихся встретить светлый праздник, как прежде встречали его в храме. Батюшка был занят устройством алтаря и иконостаса. Маленькая комната должна была превратиться в храм. Я не знала никого из присутствующих ... Батюшка позвал меня к себе:
«Чувствуйте себя как среди самых близких людей», — и я почувствовала вскоре, что все эти люди, приехавшие сюда в эту пасхальную ночь, действительно являются близкими мне людьми, с которыми связывают меня самые глубокие, еще не совсем понятные мне нити. Прежде чем начать богослужение, батюшка послал меня убедиться в том, что пение не слышно на улице. Началась пасхальная заутреня и маленький домик превратился в светлый храм, в котором всех соединяло одно, ни с чем несравнимое чувство — радость Воскресения! Крестный ход совершался внутри дома, в сенях и коридоре.
— «Здесь катакомбы, — говорил о.Серафим, — я здесь не потому, что желаю кому-нибудь делать зло или хочу с кем-то бороться. Я здесь только для того, чтобы сохранить чистоту православия». ...Батюшка говорил, что война эта не случайно началась в день всех русских святых и значение ее в истории России будет очень велико! — Через два часа, после начала таинства, к дому подъехал грузовик НКВД, я успела выпрыгнуть из окна и скрыться во мгле. Оттуда я видела, что происходило дальше. Под руководством человека похожего на еврея, из дома вынесли все иконы, сложили кучу и зажгли костёр. Потом всех, кто не убежал, толкали в костёр, люди дико орали от страшных ожогов. Потом, человек похожий на еврея, ударил лопатой о. Серафима, после чего бросили в костёр. Я не могла больше смотреть на этот АД и убежала в сторону станции Марфино. Несмотря на дикие вопли, ни в одном соседнем доме не загорелись окна, и никто не вышел!..............................................................................
6 ноября в Москве состоятся арест о.Иеракса (Бочарова). Он был пострижеником Троице-Сергиевой Лавры, духовным чадом известного московского чудотворца старца схиархимандрита Зосимы, в Лавре исполнял послушание регента. Отец Иеракс после закрытия Лавры до 1932 года служил в церкви Кира и Иоанна на Солянке (Сербское подворье). С 1932 года после закрытия храма жил на нелегальном положении у своей духовной дочери Нины Владимировны Трапани у станции Лосиноостровская под Москвой. Наконец его выследили. Дело прошло очень тщательную и долгую агентурную подготовку. В круг знакомых о. Иеракса, была внедрена женщина, которую вывезли из Ленинграда, и где у неё осталось двое детей. Женщине пригрозили, что если она не внедритца в секту ЦЕРКОВНИКОВ, то её детей отдадут на съедение Ленинградским каннибалам. Полученные сведения она передавала в органы госбезопасности. И вот, наконец о. Иеракса арестовали, а саму Ленинградскую женщину убили при аресте. Под пытками, Иеромонах Иеракс признал себя виновным и, что интересно, его ответы на предъявленное обвинение являлся слово в слово точным повторением обвинения в формулировке следователя. Воистину следователь не перегружал себя необходимостью разнообразить протокол, где ответы были написаны им самим. Вместе с иеромонахом Иераксом была арестована его духовная дочь Нина Владимировна Трапани, которую избивали и насиловали 13 дней подрят. В обвинение указывалось, что она была "активной участницей антисоветского подполья церковников, не признаёт легально существующую церковь, в связи с тем, что легальная церковь заняла в Отечественной войне патриотическую позицию". Это были особенности новой фазы отношений между властью и церковью. Усугубление раскола и искусственное противопоставление легальной церкви и тайных церковных групп — признак изменившейся ситуации. Она обвинялась за укрывание «крупного нелегала иеросхимонаха Иеракса. Обвинение также было предъявлено и Ксении Ивановне Гришановой, "укрывавшей крупного нелегала архимандрита Серафима". При аресте 6 ноября 1943 года, сотрудники органов безопасности обнаружили в подполе дома гроб с телом умершего в 1942 году архимандрита Серафима (Битюкова). В деле сохранились фотографии рослых молодых и жизнерадостных чекистов с папиросками во рту, весело вытаскивающих гроб с телом архимандрита из деревянного дома. Ксения призналась в том, что 10 лет укрывала у себя архимандрита Серафима.