Эта независимость вызывала недовольство в Москве еще при жизни старого гетмана, но с ней мирились, зная, что ситуация в Малороссии находится под его полным контролем. Сейчас же, в условиях начинающейся смуты, возникала настоятельная необходимость в усилении российского военно-политического присутствия на ее территории. Прежде всего, была сделана попытка примирить враждующие стороны, в связи с чем запорожцы и Пушкарь, а также Выговский были уведомлены о том, что, идя навстречу их пожеланиям, царь повелел провести новую раду с участием всего запорожского войска и выбрать на ней гетмана, за которого проголосует большинство. Однако, рада была назначена не на Запорожье, а в Переяславле, куда проще было добраться со всех концов Малороссии. По-видимому, это решение объяснялось и присутствием в городе войска князя Григория Григорьевича Ромодановского.
17 января в Переяславль прибыл окольничий Хитрово, которому было поручено проведение рады по выборам гетмана. Боярин привез и весьма расстроившее Выговского уведомление о том, что в Чернигове, Переяславле, Нежине и ряде других городов будут назначены царские воеводы, то есть вводится прямое московское правление. Хитрово передал гетману и выговор от царя за то, что тот в грамоте к Алексею Михайловичу назвал себя «вольным подданным», а не «верным слугой и подданным», как прежде подписывался Богдан Хмельницкий.
В этот раз в Переяславле на раду, помимо старшины съехалось и много черни, однако не явились запорожцы и Пушкарь. Их некоторое время подождали, но, опасаясь, что в случае дальнейшего промедления разъедутся и остальные, Хитрово объявил раду открытой и предложил Войску избрать гетманом того, кого хочет. Все крикнули Выговского, но он сложил гетманскую булаву и заявил, что не желает быть гетманом, так как многие из черни утверждают, будто он сам себя назначил на эту должность. Старшина и чернь стали его упрашивать принять булаву, что он в, конечном итоге, и сделал, а затем принес присягу царю Алексею Михайловичу.
В этот раз сомнений в легитимности избрания гетманом Выговского уже не оставалось. Правда, к окончанию рады прибыл гонец от Пушкаря, сообщавший, что тот на раду в Переяславль не приедет, а требует, чтобы она была проведена в Лубнах. Хитрово направил своего гонца к нему, предложив Пушкарю прибыть в Переяславль, но тот туда не явился. Тем не менее, позиция Пушкаря уже не могла оказать влияние на итог рады — гетманом был провозглашен Выговский.
Подтвердив свои гетманские полномочия, теперь, после Переяславской рады, как бы полученные непосредственно от великого государя, Выговский, решил использовать сложившуюся в его пользу ситуацию, чтобы нанести Пушкарю окончательное поражение. Но предыдущий опыт показывал, что городовые казацкие полки, состоящие из малороссиян, мало пригодны для такого дела и казаки не пойдут воевать против своих братьев по оружию. Однако в Запорожском Войске помимо городовых полков, казаки которых входили в реестр, имелись и наемные формирования, создававшиеся еще Богданом Хмельницким. В этих, так называемых кампанейских полках, служили и поляки, и немцы, и венгры, и волохи. Крупное конное формирование, состоявшее из сербов, привел запорожскому гетману в 1653 году Иван Юрьевич Сербин, как он о себе рассказывал, выходец из сербского города Нови-Пазар, шляхтич по происхождению и родственник сербского митрополита Гавриила. Сербин отличался личной храбростью, участвовал во многих сражениях и за несколько месяцев до своей смерти Богдан Хмельницкий назначил его брацлавским полковником. Ему и решил Выговский поручить внезапным ударом овладеть Полтавой и положить конец восстанию дейнек. В помощь сербам гетман послал и полк Ивана Богуна.
Сербин стремительным броском своей конницы дошел до самой Полтавы, однако из-за незнания местности, сбился с пути и в условиях зимней непогоды потерял целые сутки. Богун воспринял приказ гетмана без энтузиазма, так как плечом к плечу с Пушкарем воевал почти во всех крупных сражениях Освободительной войны, а под Берестечком они вместе спасли казацкое войско от гибели. Не выполнить приказ Выговского он не мог, но двигался к Полтаве не торопясь. Знаменитый полковник понял, что Сербин торопится туда в надежде отличиться перед гетманом и мешать ему приобрести лавры победителя не стал. В результате, проплутав целый день под Полтавой, Сербин остановился на отдых при урочище Жуков Байрак. Однако, о передвижении сербов Пушкарь уже узнал и 27 января Барабаш со своими запорожцами скрытно подобрался к месту, где сербы, не ожидая нападения, расположились на обед. Стремительная атака запорожцев увенчалась блестящим успехом: триста сербов полегли на месте, не успев обнажить оружие, других пленили и позже Пушкарь отправил их воеводе в Каменное, иные спаслись бегством. Богун, получив известие о разгроме полка Сербина, повернул назад. Миргородский полковник Лесницкий, наоборот, попытался призвать своих казаков выступить против Пушкаря, но те вместо этого стали переходить на сторону восставших.
Опасаясь, что Пушкарь взбунтует весь левый берег Днепра, Выговский прибегнул к помощи вновь избранного митрополита Дионисия Балабана, своего сторонника. Тот написал Пушкарю увещевательное послание, пригрозив церковным проклятием за непослушание гетману. Но полтавский полковник зашел уже слишком далеко, поэтому ответил довольно дерзко, что гетманом Выговского не признает.
«Хотя ваша святительская милость, — писал он в ответном письме, — и возложили свое благословение на Ивана Выговского, но Войско Запорожское не признает его гетманом, Когда будет полная рада, на которой вся чернь украинская единомысленно с чернью Войска Запорожского изберут его гетманом, тогда и я признаю его. А ваше архипастырское неблагословение извольте возлагать на кого-нибудь такого, кто не желает добра его царскому величеству и ищет неверных царей; мы же почитаем царем одного царя православного…»
После этого Пушкарь выступил из Полтавы, а дейнеки, распространившись по всему Левобережью, грабили значных казаков и старшину. К Пушкарю примыкали все новые люди, но с другой стороны, и значные, отбросив старые распри, стали сплачиваться вокруг Выговского, не потому что вдруг прониклись к нему любовью, а затем, чтобы вместе защищать самих себя. Лесницкий, забыв старую вражду, снова стал преданным другом гетмана.
Пушкарь расширял свое влияние по берегам Псела, помимо полтавчан нему присоединилась значительная часть казаков Миргородского, Чигиринского и других полков. Ситуация складывалась благоприятно для полтавского полковника и он мог бы попытаться захватить Переяславль, но там до 18 февраля находился царский посланник Богдан Хитрово и такие действия могли быть расценены, как бунт против царя. К тому же и его казаки не особенно стремились уходить далеко от Полтавы, опасаясь, что Выговский в их отсутствие захватит город. Поэтому, укрепившись в Гадяче, Пушкарь посылал доносы на Выговского к Хитрово в Переяславль, к путивльскому воеводе и к царю в Москву, утверждая, что гетман вступил в тайный союз с Крымом и готовит нападение на царских ратных людей.
Возвращаясь в Москву, Хитрово в конце февраля встретился по дороге с Пушкарем и имел с ним длительную беседу. Боярин ссылался на то, что выборы гетмана прошли с его личным участием, он убедился, что не только старшина, но и казацкая чернь стоит за Выговского.
— Тебе надобно оставить вражду, — увещевал он полковника, — и повиноваться гетману. А его царское величество, помня твои прошлые заслуги, расположен к тебе и оказывает тебе милость.
Царский посланник одарил Пушкаря, как и ранее Выговского и других полковников, подарками и деньгами, высказывая к нему свое полное расположение. Тот в свою очередь пытался очернить гетмана, обвиняя его в измене. Окольничий внимательно слушал его, но все же приказал прекратить вражду и подчиниться Выговскому.
С одной стороны, Пушкарь вроде и подчинился, не став переходить к эскалации вооруженного конфликта, но с другой мириться с Выговским не собирался и продолжал посылать на него доносы в Москву. Царское правительство, получая их, хвалило его за преданность и службу государю, но поскольку они были большей частью бездоказательны, всерьез их не принимало. По большому счету Москве было выгодно держать Пушкаря в качестве противовеса против амбициозных устремлений Выговского и его сторонников, но развязывание гражданской войны в Малороссии никому не было интересно. Предпочтительнее было помирить Пушкаря с Выговским, чтобы они ревниво приглядывали друг за другом и объективно информировали Москву о ситуации в Малой Руси. Поэтому вскоре после возвращения Хитрово в столицу, к Пушкарю были направлены стольник Иван Олфимов и дворянин Никифор Волков передать полковнику царское повеление не нападать на гетмана. «Не я нападаю на Выговского, — ответил тот на это распоряжение, — а Выговский нападает на меня. Он хочет принудить меня не мешать его замыслам, но я, верноподданный его царского величества, не хочу нарушать своей присяги. Я замечаю из поступков Выговского недоброжелательство, а потому отделился от его властолюбия и прошу, как себе, так и всем верноподданным царского заступления и покровительства».
