года Боярская дума распорядилась освободить Ивана Никитича Романова и князя Ивана Черкасского и перевезти их в Нижний Новгород «на государеву службу». 17 сентября 1602 года опальным объявили царскую милость — Борис велел вернуть их ко двору в Москву. Приставам указывалось везти Ивана Романова в Москву осторожно, по состоянию его здоровья.
Князья Сицкие также были освобождены и назначены на службу в понизовые города. Но не все они добрались до новых мест. Старший сын опального боярина Сицкого князь Василий Иванович умер в дороге, не добравшись до Москвы. Его смерть тут же приписали злому умыслу царя Бориса.
Летом 1602 года Боярская дума объявила о прощении вдов и детей опальных бояр. Борис приказал вдову Бориса Черкасского с дочерью и вдову Александра Романова освободить и перевезти в бывшую вотчину Романовых село Клин под Юрьевом-Польским, куда они благополучно добрались.
Приставам было приказано содержать опальные семьи в полном довольствии. Царь Борис сложил свою ответственность за притеснения опальных на приставов, якобы действовавших не по его указу, а «своим воровством и хитростью».
В ноябре 1602 года Фёдор Никитич (Филарет) сказал своему приставу: «Государь-де меня пожаловал, велел мне по-вольность дать». Филарет и впрямь получил послабления. Ему позволено было часто покидать келью и стоять «на крылосе». Борис велел выдать Филарету новую одежду и «покой всякий к нему держати».
В октябре 1604 года войско Лжедмитрия I вторглось в Россию. К этому времени все Романовы, за исключением Филарета, оказались на свободе. Кто состоял на царской службе, а кто вольготно жил в своих поместьях. В частности, восьмилетний Михаил Фёдорович жил в селе Клин в вотчине отца. Его опекали тётки — Марфа Никитична, вдова Бориса Камбулатовича Черкасского и вдова Александра Никитича Романова. Вместе с Михаилом жила и его сестра Татьяна. Надо ли говорить, что эта дамская компания тряслась над мальчиком и воспитала из него не рыцаря, а слабовольного и капризного барчука.
Сам же монах Филарет, в миру Фёдор Никитич Романов, тихо поживал в Антониево-Сийском монастыре. Этот монастырь был основан в 1520 году преподобным Антонием на реке Сие, притоке Северной Двины, в 90 верстах от города Холмогоры. Это был один из самых богатых северных монастырей России. В 1589 году в монастыре был построен каменный соборный храм Святой Троицы. Десятки окрестных сёл принадлежали монастырю. Кстати, через 60 лет, при царе Алексее Михайловиче, крестьяне подняли восстание против монастырских властей.
В монастыре за Филаретом наблюдал пристав Богдан Воейков, который регулярно слал в Москву отчёты о поведении опального инока.
Филарет вёл себя довольно тихо, конфликты с приставом Воейковым носили мелкий, чисто бытовой характер. Так, Филарет говорил приставу: «Не годится со мною в келье жить малому. Чтобы государь меня, богомольца своего, пожаловал, велел у меня в келье старцу жить, а бельцу с чернецом в одной келье жить непригоже». На что Воейков писал в своём донесении царю Борису: «Это он говорил для того, чтоб от него из кельи малого не взяли, а он малого очень любит, хочет душу свою за него выронить. Я малого расспрашивал: что, с тобою старец о каких-нибудь делах разговаривал ли или про кого-нибудь рассуждает ли? И друзей своих кого по имени поминает ли? Малый отвечал: „Отнюдь со мною старец ничего не говорит“. Если малому вперёд жить в келье у твоего государева изменника, то нам от него ничего не слыхать. А малый с твоим государевым изменником душа в душу. Да твой же государев изменник мне про твоих государевых бояр в разговоре говорил: „Бояре мне великие недруги. Они искали голов наших, а иные научали на нас говорить людей наших, я сам видал это не однажды“. Да он же про твоих бояр про всех говорил: „Не станет их ни с какое дело, нет у них разумного. Один у них разумен Богдан Бельский, к посольским и ко всяким делам очень досуж“. Велел я сыну боярскому Болтину расспрашивать малого, который живёт в келье у твоего государева изменника, и малый сказывал: „Со мною ничего не разговаривает. Только когда жену вспоминает и детей, то говорит: „Малые мои детки! Маленьки бедные остались. Кому их кормить и поить? Так ли им будет теперь, как им при мне было? А жена моя бедная! Жива ли уже? Чай, она туда завезена, куда и слух никакой не зайдёт! Мне уж что надобно? Беда на меня жена да дети: как их вспомнишь, так точно рогатиной в сердце толкает. Много они мне мешают: дай господи слышать, чтобы их ранее бог прибрал, я бы тому обрадовался. И жена, чай, тому рада, чтоб им бог дал смерть, а мне бы уже не мешали, я бы стал промышлять одною своею душою. А братья уже все, дал бог, на своих ногах““».
На это донесение царь Борис отвечал приставу: «Ты б старцу Филарету платье давал из монастырской казны и покой всякий к нему держал, чтоб ему нужды ни в чём не было. Если он захочет стоять на крылосе, то позволь, только б с ним никто из тутошних и прихожих людей ни о чём не разговаривал. Малому у него в келье быть не вели, вели с ним жить в келье старцу, в котором бы воровства никакого не чаять. А которые люди станут в монастырь приходить молиться, прохожие или тутошные крестьяне и вкладчики, то вели их пускать, только смотри накрепко, чтобы к старцу Филарету к келье никто не подходил, с ним не говорил и письма не подносил и с ним не сослался».
В итоге из кельи Филарета «малого» вытурили, а вместо него поселили старца Иринарха, чтобы тот приглядывал за ссыльным. Надо ли говорить, что новый сосед-старец не понравился Филарету, и, видимо, от некоторых утех с «малым» пришлось отказаться. Тем не менее, вёл себя Филарет тихо и богобоязненно.
Но вот до Антониево-Сийского монастыря дошли слухи о походе Лжедмитрия на Москву, и смиренный инок Филарет буквально начинает скакать от радости.
В начале 1605 года пристав Воейков шлёт несколько доносов в Москву о бесчинствах Филарета и жалобы на игумена монастыря Иону, который смотрит на них сквозь пальцы.
В марте 1605 года царь Борис делает игумену Ионе строгое внушение: «Писал к нам Богдан Воейков, что рассказывали ему старец Иринарх и старец Леонид: 3 февраля ночью старец Филарет старца Иринарха бранил, с посохом к нему прискакивал, из кельи его выслал вон и в келью ему к себе и за собою ходить никуда не велел.
