17 октября на хуторе близ Яицкого городка был составлен первый манифест Пугачева. В нем, в частности, говорилось: «Император Петр Федорович» жалует казаков, калмыков, татар рекой Яиком «с вершин до устья», землей, травами, денежным жалованьем, свинцом, порохом и хлебным провиантом. Манифест был зачитан перед прибывшими казаками. Началось восстание.
Отряд Пугачева выступил к Яицкому городку. По пути следования к войску Пугачева присоединялись казаки, но взять Яицкий городок штурмом 19 октября не удалось, у восставших не было пушек. Кроме того, против плохо вооруженного пугачевского войска, насчитывающего едва ли 200 человек, комендант Яицкого городка полковник Симонов располагал гарнизоном свыше 1000 человек и артиллерией, но слабость правительственных войск заключалась в том, что часть гарнизона — казаки, поддавшись агитации Пугачева, перебегали на сторону восставших. В город проникали копии пугачевских манифестов. Возможно, возник бы бунт и город захватили восставшие, если бы полковник Симонов не объявил своим казакам: «ежели они поползнутся оного злодея впущать к себе в город и станут к нему приставать», то комендант сожжет город и расправится с их семьями. Несмотря на увеличившийся отряд, Пугачеву не удалось взять Яицкий городок. Он отступил, но его отступление было лишь тактическим маневром. Теперь Пугачев направился к Оренбургу.
Целый комплекс причин способствовал тому, что Оренбург и его окрестности стали основной ареной действий восставших в первый период Крестьянской войны 1773–1775 гг. Яицкие казаки рассматривали Оренбург как важнейший административно-политический центр края, откуда исходила главная беда — лишение их казачьих прав и «вольностей». Именно здесь, в Оренбурге, недалеко от Яицкого городка концентрировались правительственные войска; именно отсюда, из Оренбурга, поступали правительственные распоряжения, направленные на уничтожение казачьих вольностей, и шло непосредственное подавление восстания на Яике в 1772 г. В Оренбурге в этот период заседала Секретная комиссия по разбору дел восставших. Сюда свозились все виновные по делу о «яицком бунте». В середине 70-х годов XVIII в. Оренбург являлся крупным центром. Это был стратегический узел той цепи военных форпостов, которые располагались на территории южной Башкирии, Яицкого войска и тогдашней юго-восточной государственной границы Российской империи. Вся так называемая «Оренбургская линия», состоявшая из крепостей и городов (Магнитная, Кизильская, Орская и другие), замыкалась на Оренбурге. Захват той или иной крепости или даже ряда военных форпостов составлял лишь определенный тактический успех. Оренбург сковывал развитие дальнейших военных действий повстанцев, его падение означало бы крупнейший стратегический успех. Уничтожение центрального звена обороны позволило бы восставшим полностью контролировать громадный район, располагать средствами для маневрирования по всей территории обширнейшей Оренбургской провинции.
В силу своего географического положения Оренбург был крупным экономическим центром. Через него шла не только вся местная торговля, но и торговля с южными соседями России. Захват Оренбурга давал возможность восставшим пополнить свои запасы продовольствия, вооружения. Вот почему осаду Оренбурга нельзя считать ошибкой Пугачева.
Захватив ряд крепостей Оренбургской линии в конце сентября 1774 г., Пугачев подошел к ближним подступам города. К вечеру 5 октября пугачевские войска блокировали город. Началась осада. Вопреки ожиданию местной администрации немедленного штурма не произошло. Восставшие вначале перерезали все коммуникации, только затем последовал штурм Оренбурга. Штурм начался после интенсивного артиллерийского обстрела. Однако овладеть городом не удалось. Несмотря на пожары, осажденные отбили все атаки. Через несколько дней штурм был повторен, но также безрезультатно. Положение осажденных было чрезвычайно тяжелым. Единственным спасением оставался подход правительственных войск. Екатерина II срочно отправила регулярные части на выручку осажденным. Воинские команду генерал-майора Кара и полковника Чернышева были наголову разбиты войсками Пугачева недалеко от Оренбурга. Осада города продолжалась.
Между тем перед зимними морозами «Петр III» перенес свою «штаб-квартиру» в пригородную слободу Берду. Здесь он занял большой дом местного казака Ситникова. Дом был окружен стражей, в сенях стояли часовые, выбранные из числа наиболее доверенных яицких казаков. Возглавлял караул тоже казак, «дежурный генерал» Яков Давилин.
Иногда в покоях «императора» устраивали торжественные обеды, куда приглашались наиболее близкие к «Петру III» казаки. Один из них так описывает эти праздники: «яицкие казаки певали песню, нарочно или в честь самозванцу составленную. А исецкого полковника писарь Иван Васильев игрывал на скрипице. Во время же таких веселостей яицкие и все другие казаки напивались допьяна, а самозванец от излишнего питья воздерживался и употреблял редко…» Как видим, «лихой казак» был скромен в «рассуждении горячительных напитков». Очевидцы, описывая Пугачева, подчеркивали его энергию, ум, природную сметку, жизнерадостность, неприхотливость в быту.
Физически сильный, с плотной, крепко сбитой, коренастой фигурой, он тем не менее не производил впечатления грузного человека. Пугачев любил шутку, речь свою пересыпал прибаутками, пословицами. Был красноречив, по замечанию современника «наречие имел чистое», употреблял словесные обороты донских казаков: «Ребяты», «поди-ка сюды», «откель ты?», «погоди трохи». Одевался «император» в яркое казачье платье, носил желтые сафьяновые сапоги. «Самозванец никаких прежде знаков на себе не носил, а отличался от прочих богатым казачьим, донским манером, платьем и убором лошадиным, тож отменными ото всех поступками, как-то: легкостью походки, бодростию, отменным станом и прищуриванием одним глазом».
Пугачев отличался личной смелостью и мужеством. Эти качества отмечали даже его враги, в том числе и «матушка императрица». В письме к Вольтеру от ноября 1774 г. Екатерина писала: «Он, Пугачев, не умеет ни читать, ни писать, но это человек чрезвычайно смелый и решительный». А один из приближенных «Петра III» показал на допросе: «По неустрашимости своей всегда был он (Пугачев — Ю. Л.) на переди и подавал пример прочим». Пугачев знал и любил военное дело. Был превосходным наездником, хорошо знал артиллерию, понимал тактику боя. В своих сражениях применял массированный артиллерийский огонь и минные подкопы при штурме крепостей, умело использовал конницу, бросая ее в бой лавой, применяя тактику рассыпного строя пехоты. Отдавал должное и пропаганде. Сотни и тысячи его сторонников агитировали за «волю» на огромной территории России — на Урале, в Сибири, в Поволжье, в казахских степях. Было составлено большое число манифестов на русском и на татарском, башкирском, киргизском и казахском языках. В них учитывались специфика положения отдельных социальных и национальных групп, их чаяния и стремления.
В Берде была создана пугачевская Государственная военная коллегия. По названию она копировала Государственную коллегию в Петербурге. Но функции ее были значительно шире петербургской. Пугачевская коллегия — орган, направляющий и координирующий деятельность отрядов, входящих в Большое войско. Кроме того, коллегия создавала и рассылала манифесты и указы на территории действий повстанцев и за ее пределы, ведала сбором и распределением денежной казны, провианта, боеприпасов и фуража, назначала и смещала начальников воинских отрядов и гражданской администрации, чинила суд и расправу. Коллегия состояла из четырех членов, секретаря, думного дьяка и повытчиков, а также толмачей. Была создана Походная канцелярия, которая непосредственно ведала текущими делами.
С наступлением зимы войско Пугачева пополнилось тысячами добровольцев. Огромный лагерь расположился под Оренбургом, осада которого продолжалась. Воспользовавшись разгромом карательной экспедиции генерала Кара и полковника Чернышева, Пугачев вместе с частью войска отправился под Яицкий городок. Еще за несколько дней до его прибытия казаки захватили город, но не смогли взять крепость.
С приездом Пугачева осада активизировалась, были сделаны подкопы, минирована крепость. Однако, несмотря на взрыв мин, крепость продолжала упорно сопротивляться.
В Яицком городке Пугачев женился на местной казачке Устинье Кузнецовой. Брак был основан на политическом расчете. «Ты как женишься, — говорили Пугачеву казаки, — так войско яицкое все к тебе прилежно будет». Но свадьба «императора» вызвала среди многих недовольство. «Как-де, — говорили многие, — этому статца, чтобы царь мог жениться на казачке». Один из приближенных Пугачева Творогов показал на следствии: «народ тут весь так как бы руки опустил и роптал: для чего он, не окончив своего дела, то есть не получа престола, женился».