В 1900 году молодой выпускник Юнг переехал в Цюрих и стал работать ассистентом у известного в то время врача-психиатра Юджина Блейлера в больнице для душевнобольных Бургхольцли (пригород Цюриха). Он поселился на больничной территории, и с этого момента жизнь молодого сотрудника стала проходить в атмосфере психиатрического монастыря. Блейлер был зримым воплощением работы и профессионального долга. От себя и сотрудников он требовал точности, аккуратности и внимательности к пациентам. Утренний обход заканчивался в 8.30 утра рабочей встречей медперсонала, на которой заслушивались сообщения о состоянии больных.
Два-три раза в неделю в 10.00 утра происходили встречи врачей с обязательным обсуждением историй болезни как старых, так и вновь поступивших пациентов. Встречи проходили при непременном участии самого Блейлера. Обязательный вечерний обход происходил между пятью и семью часами. Никаких секретарей не было, и персонал сам печатал на машинке истории болезни, так что порой приходилось работать до 11 часов вечера. Больничные двери и ворота закрывались в 10 вечера. Младший персонал ключей не имел, так что, если Юнг хотел вернуться из города домой позже, он должен был просить ключ у кого-либо из старшего медперсонала. На территории больницы царил сухой закон. Юнг упоминает, что первые шесть месяцев он провел совершенно отрезанный от внешнего мира и в свободное время читал пятидесятитомную «Allgemeine Zeitschrift fur Psychiatric».
Первоначальный интерес Юнга к работе в клинике был, скорее, теоретическим, нежели практическим. Он хотел наблюдать, «как человеческий ум реагирует на зрелище своего собственного распада», полагая, что распад этот был изначально предопределен физическими причинами. Юнг надеялся, что, изучая психические «отклонения от так называемой нормы», он узнает что-то определенное о природе человеческой души. Его сослуживцы, более занятые постановкой диагноза и составлением статистики, часто подсмеивались над его странными занятиями, но Юнг все больше приходил к убеждению, что понятие «душа» не только означает нечто реальное, но «является самым основным, самым реалистическим понятием в психологии».
Вскоре он начал публиковать свои первые клинические работы, а также статьи по применению разработанного им же теста словесных ассоциаций. Юнг пришел к выводу, что посредством словесных связей можно обнаружить («нащупать») определенные совокупности (констелляции) чувственно окрашенных (или эмоционально «заряженных») мыслей, понятий, представлений и тем самым дать возможность выявиться болезненным симптомам. Тест работал, оценивая реакцию пациента по временной задержке между стимулом и ответом. В результате выявилось соответствие между словом-реакцией и самим поведением испытуемого. Значащее отклонение от норм отмечало присутствие аффективно-нагруженных бессознательных идей, и Юнг ввел понятие «комплекс», чтобы описать их целокупную комбинацию.
В феврале 1903 года Юнг женился на двадцатилетней дочери преуспевающего фабриканта Эмме Раушенбах (1882—1955), с которой прожил вместе пятьдесят два года, став отцом четырех дочерей и сына. Вначале молодые поселились на территории клиники Бурхгольцли, заняв квартиру этажом выше Блейлера, а позже — в 1906 году —переехали во вновь отстроенный собственный дом в пригородное местечко Кюснахт, что неподалеку от Цюриха. Годом раньше Юнг начал преподавательскую деятельность в Цюрихском университете. В 1909 году вместе с Фрейдом и другим психоаналитиком — венгром Ференчи, работавшим в Австрии, Юнг впервые приехал в Соединенные Штаты Америки, где прочел курс лекций по методу словесных ассоциаций. Университет Кларка в штате Массачусетс, пригласивший европейских психоаналитиков и праздновавший свое двадцатилетие со дня основания, присудил Юнгу вместе с другими почетную степень доктора.
Международная известность, а с ней и частная практика, приносившая неплохой доход, постепенно росли, так что в 1910 году Юнг оставляет свой пост в Бурхгольцльской клинике (к тому времени он стал клиническим директором), принимая все более многочисленных пациентов у себя в Кюснахте, на берегу Цюрихского озера. В это время Юнг становится первым президентом Международной Ассоциации психоанализа и погружается в свои глубинные исследования мифов, легенд, сказок в контексте их взаимодействия с миром психопатологии.
Появляются публикации, довольно четко обозначившие область последующих жизненных и академических интересов Юнга. Здесь же более ясно обозначилась и граница идеологической независимости от Фрейда во взглядах на природу бессознательного психического. Последовавшее «отступничество» Юнга привело, в конечном итоге, к разрыву в 1913 году личных отношений, и каждый далее пошел своим путем, следуя своему творческому гению.
Юнг очень остро переживал свой разрыв с Фрейдом. Фактически это была личная драма, духовный кризис, состояние внутреннего душевного разлада на грани глубокого нервного расстройства. «Он не только слышал неведомые голоса, играл, как ребенок, или бродил по саду в нескончаемых разговорах с воображаемым собеседником, — замечает один из биографов в своей книге о Юнге, — но он серьезно верил, что его дом населен привидениями».
В момент расхождения с Фрейдом Юнгу исполнилось тридцать восемь лет. Жизненный полдень — притин, акмэ — оказался одновременно и поворотным пунктом в психическом развитии. Драма расставания обернулась возможностью большей свободы развития своей собственной теории содержаний бессознательного психического. В работах Юнга все более выявляется интерес к архетипическому символизму. В личной жизни это означало добровольный спуск в «пучину» бессознательного. В последовавшие шесть лет (1913— 1918) Юнг прошел через этап, который он сам обозначил как время «внутренней неопределенности» или «творческой болезни» (Эллен-бергер). Значительное время Юнг проводил в попытках понять значение и смысл своих сновидений и фантазий и описать это — насколько возможно — в терминах повседневной жизни.
В результате получилась объемистая рукопись в 600 страниц, иллюстрированная множеством рисунков образов сновидений и названная «Красной книгой». (По причинам личного характера она никогда не публиковалась.) Пройдя через личный опыт конфронтации с бессознательным, Юнг обогатил свой аналитический опыт и создал новую систему аналитической психотерапии и новую структуру психического.
В творческой судьбе Юнга определенную роль сыграли его «русские встречи» — взаимоотношения в разное время и по разным поводам с выходцами из России — студентами, пациентами, врачами, философами, издателями.
Начало «русской темы» можно отнести к концу первого десятилетия XX века, когда в числе участников психоаналитического кружка в Цюрихе стали появляться студенты-медики из России. Имена некоторых нам известны: Фаина Шалевская из Ростова-на-Дону (1907 г.), Эстер Аптекман (1911 г.), Татьяна Розенталь из Петербурга (1901 — 1905, 1906—1911 гг.), Сабина Шпильрейн из Ростова-на-Дону (1905—1911) и Макс Эйтингон. Все они впоследствии стали специалистами в области психоанализа. Татьяна Розенталь вернулась в Петербург и в дальнейшем работала в Институте мозга у Бехтерева в качестве психоаналитика. Являлась автором малоизвестной работы «Страдание и творчество Достоевского». В 1921 году в возрасте 36 лет покончила жизнь самоубийством.
Уроженец Могилева, Макс Эйтингон, в 12 лет вместе с родителями переехал в Лейпциг, где изучал философию, прежде чем вступить на медицинскую стезю. Он работал ассистентом Юнга в клинике Бурхгольцли и под его руководством в 1909 году получил докторскую степень в Цюрихском университете. Другая «русская девушка» Сабина Шпильрейн была пациенткой начинающего доктора Юнга (1904 г.), а впоследствии сделалась его ученицей. Завершив образование в Цюрихе и получив степень доктора медицины, Шпильрейн пережила мучительный разрыв с Юнгом, переехала в Вену и примкнула к психоаналитическому кружку Фрейда. Некоторое время работала в клиниках Берлина и Женевы, у нее начинал свой курс психоанализа известный впоследствии психолог Жан Пиаже. В 1923 году вернулась в Россию. Она вошла в состав ведущих специалистов-психоаналитиков образованного в те годы в Москве Государственного психоаналитического института. Дальнейшая ее судьба сложилась весьма трагично. После закрытия Психоаналитического института Сабина Николаевна переехала в Ростов-на-Дону к родителям. Запрет на психоаналитическую деятельность, арест и гибель в застенках НКВД трех братьев и, наконец, собственная смерть в Ростове, когда она вместе с двумя дочерьми разделила участь сотен евреев, расстрелянных в местной синагоге немцами в декабре 1941 года.
Вена и Цюрих издавна считались центрами передовой психиатрической мысли. Начало века принесло им известность и в связи с клинической практикой соответственно Фрейда и Юнга, так что ничего удивительного не было в том, что туда устремилось внимание тех русских клиницистов и исследователей, которые искали новые средства лечения разнообразных психических расстройств и стремились к более глубокому проникновению в человеческую психику. А некоторые из них специально приезжали на стажировку или для краткого ознакомления с психоаналитическими идеями. В 1907—1910 годах Юнга в разное время посещали московские психиатры Михаил Асатиани, Николай Осипов и Алексей Певницкий.