Наиболее крупные озёра Т.-Ш. тектонического происхождения и расположены в пределах днищ межгорных впадин. К ним относятся бессточное, незамерзающее, солоноватое озеро Иссык-Куль, высокогорные (на высоте более 3000 м ) озёра Сонкёль и Чатыркёль, большую часть года покрытые льдом. Распространены также каровые и приледниковые озёра (в том числе озеро Мерцбахера, расположенное между ледниками Северного и Южного Иныльчек). Из озёр Восточного Т.-Ш. наиболее крупное озеро Баграшкёль, связанное р. Кончедарья с озером Лобнор. На сыртовых равнинах, главным образом в верховьях р. Нарын, и в понижениях моренного рельефа много мелких озёр. Ряд озёр завально-запрудного происхождения и отличается значительной глубиной и крутыми берегами (например, озеро Сары-Челек в южных отрогах Чаткальского хребта).
Оледенение. Площадь оледенения 10,2 тыс. км2 (из них около 80% на территории СССР). Наибольшее оледенение сосредоточено в хребтах Центрального Т.-Ш., др. центрами являются хребты Заилийский Алатау, Терскей-Алатау, Акшийрак, Кокшалтау, а в Восточном Т.-Ш. — хребты Ирен-Хабырга и Халыктау. С хребтов Центрального Т.-Ш. стекают сложные долинные ледники; крупнейшие — Южный Иныльчек (длина 59,5 км ), Северный Иныльчек (38,2 км ) и самый значительный ледник Восточного Т.-Ш. — Кара-джайляу (34 км ). Характерны главным образом небольшие долинные, каровые и висячие ледники, а для Внутреннего Т.-Ш. обычны ледники плоских вершин, залегающие на высоко расположенных поверхностях выравнивания. Большая часть ледников Т.-Ш. находится, по-видимому, в стадии сокращения, однако в 1950—70 отмечалось наступание отдельных ледников (ледники Мушкетова, Северный Карасай и др.).
Основные типы ландшафтов. Сухость и континентальность климата обусловливают преобладание в Т.-Ш. горных степей и полупустынь. Подгорные наклонные равнины, предгорья многих хребтов (главным образом южной экспозиции) и наиболее засушливые участки в пределах некоторых межгорных котловин (например, на З. Нарынской и Иссык-Кульской котловин) занимают ландшафты пустынь в комплексе с полупустынями (преобладающие высоты на внешних склонах гор западной части Т.-Ш. 800—1300 м, на южных склонах гор Восточного Т.-Ш. 1600—1800 м, в межгорных впадинах Внутреннего Т.-Ш. местами до 2000 м ). Основные почвы — малогумусные серозёмы на лёссах и лёссовидных суглинках, встречаются солончаки и участки каменисто-щебнистых пустынь. Растительность покрывает обычно 5—10% поверхности. В Юго-Западном Т.-Ш., где осадки выпадают преимущественно весной, многочисленны эфемеры и эфемероиды (мятлик, пустынная осока, астрагалы и др.). На остальной территории преобладают полукустарнички — полыни и солянки, в Восточном Т.-Ш. — также эфедра, местами заросли саксаула.
Верхние части предгорий и значительные участки в пределах межгорных впадин занимают полупустыни. На северных склонах и по днищам впадин они обычно располагаются на высоте 1600—2100 м (по более увлажнённым долинам местами спускаются до 800 м ), на южных склонах хребтов Восточного Т.-Ш. поднимаются до 2200 м. Почвы — тёмные серозёмы и серо-бурые полупустынные с содержанием гумуса 2,5—3,5%, по понижениям рельефа — солончаки и солонцы. Растительность покрывает 15—25% поверхности; преобладают полынно-ковыльно-солянковые сообщества, во Внутреннем и Восточном Т.-Ш. — также поташник, карагана. Полупустыни используются в основном как весенне-осенние пастбища (продуктивность 1—5 ц/га ).
Степи распространены наиболее широко, располагаясь на высотах от 1000—1200 до 2500—2600 м на склонах северной экспозиции в западной части Т.-Ш. и от 1800 до 3000 м на южных склонах Восточного Т.-Ш. Они занимают также днища межгорных впадин до высоты 3000—3200 м. Почвы светло-каштановые и светло-бурые горно-степные. Преобладают злаково-разнотравные мелкодерновинные степи. Растительность покрывает около 50% поверхности. Основу растительности покрова составляют полынь, типчак, ковыль, житняк; в восточном направлении усиливается роль чия, караганы. В хребтах Юго-Западного Т.-Ш. — высокотравные (до 70 см ) субтропические степи на тёмных выщелоченных серозёмах и коричневых почвах с участием пырея, луковичного ячменя, девясила, прангоса, ферулы, над которыми поднимаются отдельные деревья и кустарники (абрикос, боярышник и др.). В пределах наиболее увлажнённых восточных частей межгорных впадин формируются разнотравно-злаковые лугостепи на темно-каштановых почвах. Растительность покрывает обычно 80—90% поверхности. В верхней части степного пояса встречаются стелющиеся формы можжевельника. Степи используются главным образом как весенне-летние пастбища (продуктивность до 10 ц/га ).
Леса в Т.-Ш. не образуют сплошного пояса, а встречаются в сочетании со степями и лугами. В периферийных хребтах Северного и Юго-Западного Т.-Ш. они располагаются в среднегорьях на высоте 1500— 3000 м, во внутренних районах гор нижняя и верхняя границы лесов повышаются (соответственно до 2200 и 3200 м ). Леса почти повсеместно (за исключением юго-западной Киргизии) расположены на северных склонах, занимая наибольшие площади в хрбтах Заилийский Алатау, Кунгей-Алатау, Терскей-Алатау, Кетмень, в восточной части хребта Атбаши, а также в хребтах Богдо-Ула и Ирен-Хабырга в Восточном Т.-Ш. В горном обрамлении Ферганской долины леса произрастают на юго-западных и южных наветренных склонах, что обусловливает их высокое увлажнение. Нижнюю часть лесного пояса хребта Заилийский Алатау образуют дикая яблоня, дикий абрикос (урюк), боярышник, осина, клён Семенова; в подлеске — кустарники (барбарис, крушина, жимолость, бересклет, шиповник и др.) на серых лесных почвах. Выше 2000—2200 м лиственные леса сменяются еловыми на горно-лесных темноцветных почвах с высоким (до 15%) содержанием гумуса. Во Внутреннем и в Восточном Т.-Ш. основной лесообразующей породой является ель, приуроченная к участкам склонов северной экспозиции. По днищам широких долин и отрогов и на более освещенных участках склонов леса растут в сочетании с разнотравными (из герани, манжетки, зопника, ириса) лугами субальпийского типа, используемыми как летние пастбища с продуктивностью 15— 20 ц/га. На склонах южной ориентации в пределах лесолуговостепного пояса преобладают степи с участками арчовых (можжевеловых) редколесий.
Своеобразны орехово-плодовые леса Юго-Западного Т.-Ш., формирующиеся на горно-лесных черно-бурых почвах. Отдельные исследователи рассматривают их как реликтовые, сохранившиеся с неогена. Леса эти паркового типа из грецкого ореха, яблони, клёна с богатым подлеском (жимолость, алыча, миндаль, шиповник, крушина и др.). В отдельных долинах (например, у Арсланбоба) леса из грецкого ореха почти не имеют примеси др. деревьев. Выше 2000 м орехово-плодовые леса замещаются хвойными (из ели и пихты). В Юго-Западном Т.-Ш. местами встречаются фисташковые рощи. Леса Т.-Ш. имеют важное водоохранное значение. Орехово-плодовые леса используются для заготовки орехов и поделочной древесины.
Субальпийские и альпийские луга располагаются главным образом на склонах северных экспозиции выше 3000—3200 м; они обычно не образуют сплошного пояса, чередуясь с почти лишёнными растительности скалами и осыпями. На маломощных горно-луговых и лугово-болотных почвах — разнотравно-осоковые, часто заболоченные низкотравные луга; они используются как кратковременные летние пастбища (продуктивность 5—10 ц/га ).
На высоко расположенных (от 3000—3200 м до 3400—3700 м) сыртовых равнинах Внутреннего и Центрального Т.-Ш. распространены ландшафты так называемых «холодных пустынь», растительность которых представлена отдельными куртинами дерновинных злаков, подушковидными сообществами (дриаданта и др.), на более прогреваемых участках — также полынью, на малогумусных, часто такыровидных почвах; местами — осоково-кобрезиевые луга. Используются как летние пастбища (продуктивностью от 3—5 до 15 ц/га, на коорезиевых лугах).
Выше 3400—3600 м повсеместно распространены ландшафты гляциально-нивального пояса (ледники, снежники, осыпи, скалы). Почвенный покров несформирован, растительность представлена в основном редкими мхами и лишайниками.
Животный мир. Для равнинных, предгорных и низкогорных районов Т.-Ш. характерны представители пустынной и степной фауны — джейран, хорёк, заяц-толай, суслик, тушканчики, песчанки, слепушонка, лесная мышь, туркестанская крыса и др.; из пресмыкающихся — змеи (гадюка, щитомордник, узорчатый полоз), ящерицы; из птиц — жаворонок, каменка, дрофа, рябки, кеклик (куропатка), орёл-могильник и др. Представители лесной фауны среднегорий — кабан, рысь, бурый медведь, барсук, волк, лисица, куница, косуля, акклиматизирована белка-телеутка; из птиц — клёст, кедровка. В высокогорьях и местами в среднегорьях обитают сурки, пищуха, серебристая и узкочерепная полёвки, горные козлы (теке), горные бараны (архары), горностай, изредка встречается снежный барс; из птиц — альпийская галка, рогатый жаворонок, вьюрки, гималайский улар, орлы, грифы и др. На озёрах — водоплавающая птица (утки, гуси), на Иссык-Куле во время пролёта — лебеди, на Баграшкёле встречаются баклан, чёрный аист и др. Многие озёра богаты рыбой (осман, чебак, маринка и др.).
