В борьбе за трон соперничали две партии: одна избрала Филиппа Швабского, брата Генриха VI, другая — Вельфа Оттона Брауншвейгского, сына Генриха Льва. На стороне Филиппа Швабского были воспоминания о его предках-императорах, их владения, поддержка большей части князей и французского короля Филиппа Августа. Среди влиятельных покровителей у Оттона был только его дядя Ричард Львиное Сердце, поэтому он старался приобрести расположение папы.
Папа решил выступить в роли судьи в этом споре. Тот, кто посвящает императора, писал он немецким князьям, имеет право распоряжаться императорской короной. Иннокентий «освобождал» князей, епископов и даже отдельных горожан от присяги императору и призывал всех поддерживать лишь того кандидата, который признает за папством право утверждения и даже избрания германского императора.
Иннокентий выступил против Филиппа Швабского под предлогом заботы папства о «свободе» германского народа. Если Филипп станет императором, утверждал Иннокентий, то в Германии упрочится династия Гогеншта-уфенов и «свобода Германии», заключающаяся в праве князей избирать по собственной воле императора, погибнет и уступит место наследственной монархии, что явится смертельным ударом для германской свободы.
В марте 1201 года Иннокентий призвал признать императором Оттона Брауншвейгского и освободил от клятвы верности приверженцев Филиппа. Оттон в ответ поклялся сохранять в целости «владения, регалии и права Римской церкви», в том числе и наследство Матильды. Однако Филипп продолжал борьбу, и в 1206 году ему удалось отвоевать у Оттона Брауншвейгского его столицу Кельн Иннокентий III вынужден был вступить с Филиппом Швабским в переговоры и признать его права на престол. Но уже в июне 1208 года Филипп погиб в Бамберге от руки пфальцграфа Оттона Виттельсбахского, которому он отказал в руке своей дочери.
Иннокентий III оказался в затруднительном положении, выйти из которого ему помог Оттон Брауншвейгский. Чтобы привлечь на свою сторону приверженцев Гогенштауфенов, Оттон женился на дочери Филиппа Швабского, Беатрисе; а для того, чтобы удовлетворить Иннокентия III, принял титул императора «милостью Божьей и папы».
В октябре 1209 года Оттон был коронован в Риме. Почувствовав силу, он быстро забыл все свои обещания и клятвы. Оттон овладел землями маркграфини Матильды и напал на владения сицилийской короны в Южной Италии. Обманутый Иннокентий писал: «Многие поносят меня теперь, они говорят, что я заслужил то, что терплю, что я собственными руками выковал меч, который теперь так жестоко ранит меня. Пусть ответит им за меня Всевышний, который знает чистоту моей души и который некогда сказал о самом себе: „Я раскаиваюсь, что создал человека“». Лишенный своих светских владений, Иннокентий III обратился к французскому королю Филиппу Августу и заключил с ним союз.
В ноябре 1210 года папа отлучил Оттона от церкви и освободил его подданных от клятвы верности. С той же энергией, с которой он несколько лет назад защищал Оттона, теперь создавал коалицию против него.
Свидетельством дипломатической гибкости и неутомимости Иннокентия III может служить его огромная переписка. Она характеризует папу как изворотливейшего политика, который не брезговал никакими средствами в дипломатической деятельности, лишь бы добиться своего. Запугивая небесными и земными карами одних, внушая обманчивые надежды другим, вступая в тайные соглашения с третьими, он прокладывал дорогу к установлению верховенства папства не только в Германской империи.
Иннокентий III добросовестно исполнял свои обязанности опекуна над Фридрихом. Он боролся с Марквальдом Анвейлером, который, пробравшись на юг, пытался провозгласить себя королем Сицилии; позднее не позволил уже Оттону отнять владения у Фридриха.
В сентябре 1211 года король Богемский, герцоги Австрийский и Баварский, ландграф Тюрингский и другие князья, собравшись в Нюренберге, избрали Фридриха императором Германии Иннокентий утвердил этот выбор, хотя раньше выступал против того, чтобы Сицилия и Германия оказались в одних руках. Однако вызывающее поведение Оттона заставило его забыть о непосредственном интересе святого престола.
В марте 1212 года Фридрих прибыл в Рим; он присягнул на верность Иннокентию III за Сицилийское королевство. Затем 9 декабря 1212 года он принял корону Германии.
Однако Иннокентию все-таки удалось обезопасить папский престол, получив от Фридриха ленную присягу в отношении Сицилии. Фридриху пришлось также уступить папству и ряд привилегий в нарушение Вормсского конкордата. Отныне папа мог заявить, что в Германии избрание епископов происходит «исключительно свободно», то есть без вмешательства светской власти. Между тем епископы представляли в Германии огромную силу: они были не менее могущественными, чем самые сильные князья. На их землях в Майнце, Кельне, Трире, Зальцбурге, Вюрцбурге сидели сотни и тысячи вассалов и сотни тысяч крепостных и зависимых крестьян. В те времена земля «служила», и в распоряжение духовных князей поступали материальные средства и военные силы. Обширнейшие архиепископские и монастырские земли выпадали из-под власти императора и в военном смысле, и в финансовом. Поэтому предоставление папе права назначения духовных князей равносильно было подрыву императорской мощи и созданию грозной опасности внутри империи со стороны зависимых от папы прелатов церкви.
Иннокентий III воспользовался борьбой между Капетингами и Плантагенетами для подчинения Англии. Когда освободилась Кентерберийская архиепископская кафедра, Иннокентий III, несмотря на противодействие Иоанна Безземельного, отдал ее Стефану Лангтону (1206), затем наложил интердикт на Англию, отлучил короля от церкви, объявил его низложенным и предложил английскую корону Филиппу Августу. Вынужденный уступить, Иоанн Безземельный отдал Римской церкви Англию и Ирландию и принял их обратно как лен (1213).
Но Англия не хотела делить унижение со своим королем. Во время своей борьбы с баронами и народом вынужденный подписать Великую хартию (1215) Иоанн Безземельный обратился к папе за помощью. Иннокентий III заступился за него: «Во имя всемогущего Бога, именем св. Петра и Павла и принадлежащей нам властью мы всецело осуждаем и проклинаем эту хартию и под страхом анафемы запрещаем королю исполнять ее, а баронам — требовать ее исполнения». Он отлучил прелатов и баронов, сопротивлявшихся королю, но последние продолжали упорствовать, междоусобие разоряло Англию, и англичане считали виновником своих бедствий папу. «Первосвященник, — пишет Матвей Парижский, — который должен был бы быть источником святости, зеркалом благочестия, стражем справедливости и защитником истины, покровительствует такому человеку! Почему он поддерживает его? Чтобы пучина римской жадности могла поглотить богатства Англии».
Англия была надолго превращена в вассальное государство римского престола.
Одним из важнейших направлений международной политики Иннокентия III была организация новых крестовых походов, теперь уже не только против «неверных» мусульман, но и против «язычников» — прибалтийских народов и славян Восточной Европы, а также против еретиков, не признававших папской власти. Денежные сборы, проводившиеся под благочестивыми предлогами (для финансирования крестовых походов), фактически обогащали папскую казну; проповедь этих походов служила усилению папского авторитета; действительной целью крестовых походов в глазах папы было сокрушение его врагов и подчинение власти римской курии новых народов и областей.
По инициативе Иннокентия III был организован Четвертый крестовый поход на Восток (1202–1204). Вокруг этого похода было много дипломатических интриг, в которых первая роль принадлежала главной торговой державе Европы — Венеции. Венеция, предоставившая флот крестоносным воинам, хотела с их помощью сокрушить своего торгового соперника — Константинополь. Филипп Швабский рассчитывал, действуя через вождя крестоносцев, своего родича маркиза Монферратского, укрепить позиции Германии в Византийской империи: к нему обратился за помощью низвергнутый византийский император Исаак II Ангел, на дочери которого — Ирине — Филипп был женат. Иннокентий III, со своей стороны, увидел в походе удобный случай реализовать старые антивизантийские замыслы папской курии; он рассчитывал, создав угрозу Константинополю, добиться подчинения греческой церкви католическому Риму.
Хитроумные интриги Венеции, не без участия тайной дипломатии Иннокентия III, привели этот поход к совершенно «неожиданным» результатам: вместо Египта, являвшегося официальной целью похода, рыцари креста, «уклонившиеся с пути», разгромили сперва далматинский город Задар, а затем направились к византийской столице. Иннокентий III если неформально, то по существу одобрил перемену направления крестоносной экспедиции. Приличия ради, однако, папа грозил крестоносцам церковными мерами в случае, если они поднимут меч на христианский Константинополь. В 1204 году рыцари креста захватили и жестоко разграбили столицу Византийской империи. Здесь было образовано новое государство крестоносцев — Латинская империя. Взятие Константинополя папа тотчас объявил «чудом божьим».
