Открытие театра, состоявшееся 6 января 1825 года (кстати, до Октябрьской революции именно этот день считался датой основания Большого театра), было обставлено с большой торжественностью. На первом представлении публика увидела аллегорический пролог «Торжество муз» М. А. Дмитриева на музыку А. А. Алябьева и А. Н. Верстовского. Название и сам спектакль были очень символичны: на сцене Гений России при помощи муз из обгоревших развалин старого театра создавал новый прекрасный храм искусства — Большой Петровский театр. В спектакле участвовали лучшие артисты труппы: Гения России играл знаменитейший актёр Павел Мочалов, бога искусств Аполлона — певец Николай Лавров, роли муз исполняли танцовщицы Фелициата Виржиния Гюллень-Сор и Анжелика Каталани.
Утро 11 марта 1853 года выдалось морозным и пасмурным. Москвичи, как обычно, спешили по своим делам, но, дойдя до центра столицы, останавливались, поражённые страшным зрелищем. Большой театр, гордость России, пожирали огромные языки пламени, он пылал так, что было ясно — здание не спасти. Два дня бушевал огонь, и только на третьи сутки пожар удалось погасить. Погибло не только само здание, сгорели уникальные костюмы, музыкальные инструменты, архив и библиотека театра.
Через два года после пожара, в мае 1855 года, на Театральной площади вновь начались строительные работы. Реконструкцией Большого театра руководил архитектор Альберт Кавос. Сохранив практически без изменения общую планировку здания и его внешний вид, Кавос изменил форму, пропорции и отделку зрительного зала. «Я постарался украсить зрительный зал как можно более пышно и в то же время по возможности легко, во вкусе Ренессанса, смешанном с византийским стилем, — писал архитектор. — Белый цвет, усыпанные золотом ярко-малиновые драпировки внутренностей лож, различные на каждом этаже штукатурные арабески и основной эффект зрительного зала — большая люстра из трёх рядов светильников и украшенных хрусталём канделябров — всё это заслужило всеобщее одобрение».
Возрождённый театр открылся 20 августа 1856 года, представив публике оперу В. Беллини «Пуритане». В истории Большого начался так называемый «итальянский период». Миланский импресарио Мерелли, ставший на некоторое время фактическим арендатором театра, привёз в Москву очень сильную труппу. С одной стороны, москвичи могли ежедневно лицезреть звёзд мировой оперы, таких как, например, Аделина Патти и Полина Виардо, но с другой — русская опера оказалась в роли падчерицы, а русские артисты не всегда имели возможность играть хотя бы второстепенные роли. Ситуация коренным образом изменилась в 70-х годах XIX века — одна за другой на сцене Большого ставились оперы, ставшие классикой мирового оперного искусства: «Демон» А. Г. Рубинштейна (1879), «Евгений Онегин» (1881), «Пиковая дама» (1891) и «Иоланта» (1893) П. И. Чайковского, «Борис Годунов» М. П. Мусоргского (1888), «Снегурочка» Н. А. Римского-Корсакова (1893), «Князь Игорь» А. П. Бородина (1898). Однако публика не сразу приняла русское искусство. В 80–90-х годах позапрошлого столетия Большой театр пребывал в серьёзном кризисе. Из труппы уходили ведущие артисты и балетмейстеры, сборы неуклонно падали, едва ли не каждая премьера оканчивалась провалом. О чём говорить, если даже на премьере классического балета всех времён и народов, «Лебединого озера» П. И. Чайковского, публика неистово свистела, а в прессе затем появились разгромные отклики. Одно время вполне серьёзно рассматривался вопрос о роспуске труппы Большого театра. К счастью, до этого дело не дошло. Начало XX века ознаменовало новую эру в истории театра, вернувшего себе звание эталона русского театрального искусства.
Новое время требовало нового искусства — революционные события 1917 года не могли не коснуться Большого театра. Репертуар был серьёзно изменён, из программы исключили оперы «князь Игорь», «Борис Годунов» и некоторые другие. Естественно, что «революционно настроенная общественность» не могла со спокойным сердцем слушать оперу «Жизнь за царя». Вот если бы опера называлась «Жизнь за народ» — это другое дело, но такой оперы, к сожалению (а может быть, и к счастью), не было, так что художественному руководителю театра известному тенору Леониду Собинову (он был избран на эту должность единогласным решением артистов и работников театра 8 марта 1917 года) пришлось возвращать в репертуар аполитичные «Снегурочку» и «Садко», а в 1918 году на сцене Большого была поставлена превращённая в балет симфоническая поэма А. К. Глазунова «Стенька Разин».
С 1919 года в здании Большого театра стали проходить съезды партии и торжественные заседания, посвящённые годовщинам революции и другим юбилейным датам. В это время прозвучало мнение, что «опера и балет — это чуждое пролетариату искусство» и Большой театр надо закрыть, а труппу распустить. Однако, надо сказать, высшее партийное руководство всегда с уважением относилось к Большому театру. Несмотря на все трудности переходного периода, театр по-прежнему сохранял статус культурного и музыкального символа страны. Артистам повысили зарплату и выдавали усиленные спецпайки. Когда в 1921 году специальная комиссия установила, что полукольцевая стена зрительного зала, служившая опорой для основных конструкций зрительного зала, находится в таком катастрофическом состоянии, что из неё уже начали вываливаться кирпичи, и она в любой момент может обрушиться, строительные работы, несмотря на нехватку стройматериалов, были начаты немедленно и завершены в кратчайшие сроки.
В середине 20-х годов впервые появляется такое понятие, как «советская опера». Большой театр ставит оперы «Декабристы» В. А. Золотарёва, «Сын солнца» С. Н. Василенко и «Тупейный художник» И. П. Шишова, немногим позже — «Алмаст» А. А. Спендиарова и «Леди Макбет Мценского уезда» Д. Д. Шостаковича, а в 1927 году увидел свет первый советский балет — «Красный мак» Р. М. Глиэра. Постепенно в репертуар Большого возвращалась и классика оперы.
30-е — годы расцвета Большого театра. В это время на сцене блистают «золотые голоса» Большого — Валерия Барсова, Надежда Обухова, Мария Максакова, Иван Козловский, Сергей Лемешев. Москвичи и гости столицы с ночи занимали очередь в билетные кассы, чтобы увидеть божественный танец в исполнении Ольги Лепешинской и Марины Семёновой.
Последней предвоенной премьерой, показанной на сцене Большого театра, стала «Хованщина» М. П. Мусоргского, представленная публике 13 февраля 1941 года. После начала войны облик Театральной площади (тогда она называлась площадью Свердлова) преобразился — вместо публики, с нетерпением ожидающей очередной премьеры, появились зенитки и аэростаты противовоздушного заграждения. В октябре 1941 года часть труппы Большого театра была эвакуирована в Куйбышев. Здание театра опустело, но Большой не прекратил своего существования. И в эвакуации театр продолжал ставить премьеры — в конце 1942 года были исполнены опера «Вильгельм Телль» Д. Россини (за эту работу артисты Большого театра были награждены Сталинской премией) и «Алые паруса» В. М. Юровского. Немногим ранее, 5 марта 1942 года, оркестр Большого театра под управлением Самуила Самосуда впервые исполнил знаменитую Седьмую («Ленинградскую») симфонию Дмитрия Шостаковича, ставшую символом всемирной борьбы с фашизмом.
Продолжали работать и оставшиеся в столице артисты Большого. После того как в октябре 1941 года в здание попала бомба, сброшенная с немецкого бомбардировщика, театр был закрыт, и актёры давали концерты в других, иногда совсем для этого не приспособленных помещениях. Часто представления приходилось прерывать — объявлялась воздушная тревога, артисты и зрители спускались в бомбоубежище, а когда налёт заканчивался, возвращались в зал. Часть артистов Большого (всего 16 артистических бригад) непосредственно выезжали на фронт, поддерживая своим искусством моральный дух советских солдат.
В середине 1943 года труппа Большого театра воссоединилась, из Куйбышева вернулись артисты, находившиеся в эвакуации. В сентябре этого же года Большой открыл новый театральный сезон патриотической оперой М. И. Глинки «Иван Сусанин». И хотя в этой опере речь шла о событиях начала XVII века, её тема — борьба народа с иноземными захватчиками — была актуальна как никогда.
В 1944 году главным балетмейстером Большого театра стал Леонид Михайлович Лавровский, легендарный танцовщик и педагог. Незадолго до войны он поставил на сцене Ленинградского Малого оперного театра балет «Ромео и Джульетта» Сергея Прокофьева, ставший, по мнению критиков, вершиной советского балета довоенного времени. В 1946 году этот балет был перенесён на сцену Большого театра. И снова успех — «Ромео и Джульетту» в исполнении артистов Большого театра называют одной из самых выдающихся постановок в истории мирового балетного искусства. Среди других постановок Л. М. Лавровского — «Раймонда» А. К. Глазунова (1945), «Красный мак» Р. М. Глиэра, «Вальпургиева ночь» Ш. Гуно (1949), «Фадетта» Л. Делиба (1952), «Сказ о каменном цветке» С. С. Прокофьева (1954), «Паганини» С. В. Рахманинова (1960), «Ночной город» Б. Бартока и «Страницы жизни» А. М. Баланчивадзе (1961). Именно в 60-е советская балетная школа по праву завоёвывает признание во всём мире, становится эталоном балетного искусства.