Леонардо пишет новые картины, открывает физический закон отражения света, участвует в споре о сравнительных достоинствах живописи и поэзии. По приглашению Чезаре Борджа он поступает к нему на службу. По пути в Милан художник посещает свои родные места, вспоминает детство, годы ученичества, семью.
В дорожном трактире Леонардо знакомится с Никколо Макиавелли; они подолгу разговаривают о политике и этике. Макиавелли считает, что только такой беспринципный государь, как Чезаре Борджа, сможет стать объединителем Италии. Леонардо сомневается: по его мнению, истинная свобода достигается не убийствами и предательствами, а — знаниями. При дворе Чезаре Борджа Леонардо много работает — строит, рисует, пишет. Джованни бродит по Риму, рассматривает фреску «Пришествие Антихриста», беседует с немцем Швейницем о реформации церкви.
Папа Александр VI вводит цензуру. Через некоторое время он умирает. Дела Чезаре Борджа становятся плохи, обиженные им государи объединяются против него и начинают войну.
Леонардо приходится возвратиться во Флоренцию и поступить на службу к гонфалоньеру Содерини. Перед отъездом художник вновь встречается с Макиавелли. Бродя по Риму, друзья говорят о своей похожести, обсуждают, как опасно открытие новых истин; глядя на древние развалины, беседуют об античности.
В 1505 г. Леонардо занят портретом моны Лизы Джоконды, в которую он, сам того не понимая, влюблен. Портрет похож одновременно и на модель, и на автора. Во время сеансов художник разговаривает с девушкой о Венере, припоминая забытые древние мифы.
У Леонардо появляются соперники — ненавидящий его Микеланджело, талантливейший Рафаэль. Леонардо не желает соперничать с ними, не вступает в споры, у него — своя дорога.
Последний раз видя мону Лизу, художник рассказывает ей таинственную сказку про Пещеру. Художник и модель тепло прощаются. Через некоторое время Леонардо узнает, что Джоконда умерла.
После неудачного осуществления очередного проекта Леонардо — строительства канала — мастер переезжает в Милан, где встречает своего старого друга — ученого-анатома Марко-Антонио. Леонардо поступает на службу к Людовику XII, пишет трактат по анатомии.
К 1511 г. Джованни Бельтраффио вновь встречается со своей старой знакомой моной Кассандрой. Внешне она соблюдает христианские обряды, но на самом деле остается язычницей. Кассандра рассказывает Джованни о том, что олимпийские боги воскреснут, о скорой смерти христианства. Девушка показывает Джованни изумрудную скрижаль, обещая объяснить в другой раз начертанные на ней таинственные слова. Но в Милан приезжает свирепый инквизитор фра Джордже; начинается охота на ведьм; хватают и мону Кассандру. Вместе с остальными «ведьмами» ее сжигают на костре. Джованни чувствует, что Дьявол имеет эллинские корни, что он и Прометей — одно. В бреду он видит Кассандру, предстающую перед ним в виде Афродиты с лицом Девы Марии.
В Италии все время идет гражданская война, власть постоянно меняется. Леонардо вместе с Джованни и новым верным учеником франческо переезжает в Рим, ко двору меценатствующего папы Льва X. Художнику не удается здесь прижиться, в моде Рафаэль и Микеланджело, считающий Леонардо изменником и настраивающий папу против него.
Однажды Джованни Бельтраффио находят повесившимся. Прочтя дневник своего ученика, Леонардо понимает, что тот ушел из жизни, так как понял, что Христос и Антихрист есть одно.
Леонардо бедствует, болеет. Некоторые ученики предают его, бегут к Рафаэлю. Сам художник с восхищением рассматривает фрески Микеланджело, чувствуя, с одной стороны, что тот превзошел его, а с другой, что в замыслах он, Леонардо, был сильнее.
Чтобы избежать насмешек, инспирируемых самим папой, Леонардо поступает на службу к французскому императору Франциску I. Здесь он имеет успех. Король дарит ему замок во Франции. Леонардо много работает (впрочем, его смелые проекты, как правило, так и не приводятся в исполнение), начинает писать Иоанна Предтечу, похожего на Андрогина и Вакха. Франциск, посетив мастерскую Леонардо, очень дорого покупает у художника «Предтечу» и портрет Джоконды. Леонардо просит оставить «Мону Лизу» у него, пока он не умрет. Король соглашается.
На празднествах по случаю рождения у короля сына во Францию съезжается много гостей — в том числе и из России. В посольстве есть несколько иконописцев. Многие «развращены» западным искусством, идеей перспективы, разными ересями. Русские обсуждают «слишком человеческую» западную живопись, противопоставляя ей строгую византийскую иконопись, спорят, писать ли иконы по «Подлиннику» или — как портреты. Евтихий, один из мастеров, пририсовывает к иконе «Всяко дыхание да славит Господа» языческие аллегорические изображения. Леонардо рассматривает иконы, «Подлинник». Не признавая эти картины за настоящую живопись, он чувствует, что по вере они гораздо сильнее западных икон-портретов.
Так и не построив своей летательной машины, Леонардо умирает. Евтихий, потрясенный «Предтечей» Леонардо, пишет своего, совершенно другого Иоанна — с крыльями, похожими на летательную машину Леонардо. Иконописец читает «Повесть о вавилонском царстве», предвещающую Русской земле царство земное, и «Повесть о Белом Клобуке» — о будущем небесном величии России. Евтихий размышляет над идеей Третьего Рима.
III. АНТИХРИСТ (Петр и Алексей) (1904)
В Петербурге в 1715 г. царевич Алексей слушает проповедь старика Лариона Докукина, предвещающего явление Антихриста и проклинающего Петра. Алексей обещает ему, что при нем все будет иначе. Сам он в этот день должен присутствовать на празднествах в Летнем саду — по случаю установки там статуи Венеры. Бродя по парку, он сталкивается сначала с отцом, затем — слушает чиновника Аврамова, утверждающего, что вера христианская забыта и что сейчас поклоняются богам языческим. Царь Петр сам распаковывает статую. Это — та самая Венера, которой когда-то молился будущий император Юлиан и на которую смотрел ученик Леонардо. Все присутствующие обязаны поклониться Венере. Начинается роскошный фейерверк. На бочках приплывают петровские собутыльники — члены Всешутейского Собора, выряженные Бахусами. Произносятся церемониальные речи. В общий разговор вступает Аврамов, заявляющий, что языческие боги — не просто аллегории, но живые существа, а именно — бесы. Беседа заходит о ложных чудесах; Петр приказывает, чтоб принесли якобы чудотворную икону, секрет которой он раскрыл; царь показывает всем механизм, позволяющий иконе «плакать». Проводится эксперимент. Гремит гром, начинается гроза. Люди в панике разбегаются; Алексей с ужасом наблюдает, как брошенная икона валяется на земле, никому не нужная. Кто-то наступает на нее, она раскалывается.
В это же время на другом берегу Невы у костра сидит компания, состоящая из кликуш, беглых матросов, раскольников и прочих маргиналов. Разговор идет о Петре, которого считают Антихристом; толкуется Апокалипсис. Все надежды возлагаются на кроткого наследника — царевича Алексея.
Беседующие расходятся по домам. Старец Корнилий зовет своего ученика Тихона Запольского (тот — сын казненного Петром стрельца, прошедший весь обычный путь русского дворянина при царе-плотнике: насильное обучение, Навигацкая школа, заграница) бежать из Петербурга. Тихон вспоминает разговоры со своим немецким учителем Глюком, его беседы с генералом Брюсом о комментариях Ньютона к Апокалипсису. Глюк зовет Тихона в Стокгольм — дальше идти по пути Петра. Тихон выбирает Восток и уходит со старцем искать град Китеж.
Алексей посещает полубезумную царицу Марфу Матвеевну, вдову Федора Алексеевича. Здесь ему передают письма от насильно постриженной в монахини матери. Царевича уговаривают не сдаваться, ждать смерти отца.
Книга третья написана в форме дневника дамы Арнгейм — фрейлины жены царевича Шарлотты. Она — просвещенная немка, знакомая с Лейбницем. В своем дневнике она пытается понять, как может сочетаться в русском царе дикое варварство с стремлением к европеизации. Арнгейм рассказывает о странном нраве Петра, о том, как строился Петербург; пишет об отношениях царевича с нелюбимой женой. В дневник включено описание смерти и похорон Марфы Матвеевны — последней русской царицы. Новая Россия хоронит старую, Петербург — Москву.
Приводится и дневник самого Алексея, в котором он сокрушается о подмене православия лютеранством, комментирует петровские указы, пишет о положении церкви при Петре-Антихристе.
Несмотря на предупреждение о начинающемся наводнении, Петр устраивает в доме Апраксина ассамблею. В самый разгар бесед с архимандритом Феодосием, призывающем закрыть монастыри и уничтожить иконопочитание с разными ересиархами и прочими ненавистниками православия, в дом врывается вода. Петр участвует в спасении людей. Проведя много времени в холодной воде, парь сильно простужается. Ходят слухи, что он при смерти. К царевичу, наследнику, то и дело являются разные чиновники с уверениями в своей лояльности. О. Яков Игнатьев настаивает, чтобы Алексей не отступался.
