Синаххериб захватил в Иудее огромную добычу, но взять одну из самых мощных крепостей того времени, Иерусалим, ему так и не удалось. Это было вызвано не только эпидемией, вспыхнувшей в ассирийском войске, но и обстоятельствами, заставившими Синаххериба возвратиться в Вавилон. Там его противники решили избавиться от ассирийского господства и вновь подняли восстание. Негодованию Синаххериба не было предела. Он считал виновниками восстания вавилонскую знать и жречество, которые по каждому поводу сеяли смуту, желая ослабить влияние ассирийского государства на Вавилон и его области Синаххериб, и в свою очередь, старался ослабить значение Вавилона, свести на нет его роль, ибо историческая слава и привилегированное положение этого города мешали проведению в жизнь его планов. Тем более что союз Вавилона с Эламом при поддержке Египта часто угрожал безопасности ассирийского государства.
Синаххериб вел дальновидную политику. Планируя завоевание Египта, он ставил своей целью направить торговый путь на Восток, минуя Вавилонию, чтобы свести на нет ее роль как торгового центра почти всей Передней Азии.
Вавилоняне, естественно, оказывали сопротивление этим планам. И даже ставленник Синаххериба Белибни под влиянием своих соотечественников в конечном счете откололся от Ассирии и вступил в союз против нее с халдеями.
В 700 году Синаххериб нанес поражение союзу Вавилона и Халдеи и снова захватил Вавилон. Учитывая, что Белибни был лишь слепым орудием в руках вавилонской верхушки, он ограничился возвращением его обратно в Ниневию. На вавилонский престол Синаххериб поставил своего старшего сына, Ашшурнадиншума, а сам выступил против Мардук-апла-иддина.
Мардук-апла-иддин был одним из самых опасных врагов Ассирии. Вытесненный в 702 году из Вавилона, он отступил в свои наследственные владения, защищенные болотами, казавшимися непроходимыми, в халдейскую область Бит-Якин, на берегу Персидского залива. Однако и тут его настигли войска Синаххериба. Мардук-апла-иддин не решился оказать сопротивление. Погрузив на корабли небольшое количество воинов и захватив с собой статуи богов, он пересек Персидский залив и добрался до южного побережья Элама. Не имея флота, Синаххериб не пытался его преследовать и удовольствовался захватом в плен халдеев, оставшихся на берегу (в том числе брата и сыновей Мардук-апла-иддина).
Мардук-апла-иддин получил от эламского царя Халлудуша-Иншушинака II город Нагиту, «лежащий посреди моря», т. е. на одном из островков Персидского залива. Здесь он чувствовал себя в полной безопасности.
Действительно, Синаххериб на шесть лет оставил своего злейшего врага в покое. Он подчинял воинственных горцев, обитавших на северо-востоке от среднего течения Тигра, а затем перебросил свои войска на северо-запад, в Киликию, где в 696 году было усмирено восстание наместника Кируа. На следующий год Синаххериб покорил соседнее царство Тиль-Гаримму в восточной части Каппадокии.
Только в 694 году Синаххериб решил возобновить борьбу с Мардук-апла-иддином и окончательно расправиться с этим непримиримым врагом Ассирии. Но добраться до его новой резиденции, города Нагиту, можно было только морем. И тогда Синаххериб с помощью финикийцев построил флот.
Он высадился с моря, взял город и увез с собой беглецов. Ни один из ассирийских государей не предпринимал ничего подобного, ни один из них не повторил этого. Многие одержали и более крупные сухопутные победы, чем он, но Синаххериб единственный победитель на море.
Итак, последнее убежище Мардук-апла-иддина было подвергнуто разгрому и были опустошены соседние области Южного Элама. Множество халдейских пленников (беглецов из Бит-Якина), а также эламитов было уведено в Ниневию. Однако среди пленников не оказалось самого Мардук-апла-иддина. Больше мы ничего о нем не знаем. Надо полагать, ему удалось ускользнуть и он умер в изгнании. Так завершилась 30-летняя борьба Ассирии с халдейским претендентом на царский трон Вавилона.
Однако эламский царь Халлудуш-Иншушинак II и его преемник, Кудур-Наххунте, не оставили мысли об отторжении Вавилонии от Ассирии и превращении ее в государство, зависимое от Элама. В Вавилоне появляются новые ставленники эламитов. Опустошив южные области Элама, Синаххериб пытается нанести врагу новый удар и в 693 году направляется в северо-западные горные области Элама. Этот поход начался удачно. Тридцать четыре эламских города с окрестными селениями были разорены, и спорные пограничные районы присоединены к ассирийской провинции Дер (на восточном берегу Тигра). Эламский царь Кудур-Наххунте покинул свою укрепленную резиденцию Мадакту и удалился в отдаленную горную твердыню — Хидалу. Синаххериб двинулся через горы по направлению к покинутому «царскому городу» Мадакту, но его поход из-за неблагоприятных погодных условий был внезапно прерван. Наступил месяц кислим (ноябрь-декабрь). В горах Загра разразились стремительные ливни, а затем начался снегопад. Горные ручьи разлились, и переправиться через них не было никакой возможности. Синаххериб «устрашился» (как он сам откровенно признает) не противника, отказавшегося от сопротивления, а разбушевавшейся стихии и повернул назад.
Вскоре он получил радостную весть. Царь Элама, Кудур-Наххунте, внезапно скончался. На престол вступил его младший брат — Умман-Менан. Однако, как и его предшественник, новый царь решил продолжить борьбу с Синаххерибом за господство в Вавилонии.
В это время в Вавилоне престол захватил халдей Мушезиб-Мардук. Опираясь на «беглых арамейцев, бунтовщиков, кровожадных убийц и разбойников», как сообщается в ассирийских анналах, он организовал оборону столицы. Новый эламский царь двинулся к нему на помощь.
В 691 году войска Вавилона, халдеев и Элама соединились и смело пошли навстречу ассирийцам, чтобы дать бой. В кровопролитном, ожесточенном сражении при Халуле, на Тигре (к северу от Вавилона), Синаххериб разгромил и этот союз. Но от похода на Вавилон временно пришлось отказаться. Мушезиб-Мардук еще год оставался царем Вавилона.
В это время на западной границе Ассирии начались новые волнения. Иудейский царь Езекия и северо-арабские царьки снова попали под влияние египетского фараона эфиопской династии Тахарки.
Синаххериб же, в свою очередь, не отказался от своего плана покорения Египта. В 690 году он снова у стен Иерусалима. Однако эта осада не дала желаемых результатов. Взять город на этот раз помешали события, разыгравшиеся в самой Ассирии. Царь Элама, воспользовавшись тем, что Синаххериб находится далеко на юге, напал на Вавилон и захватил в плен его царя, сына Синаххериба. Ассирийский царь решил отомстить. Он вторгся в Элам и разгромил его города.
В одной из своих надписей Синаххериб сообщал о том, как он подкупил эламского полководца Хумбан-Ундаша, который сообщил Синаххерибу о военных планах своего господина. Воспользовавшись этим предательством, ассирийский царь легко одержал победу над войсками эламитов и халдейских мятежников и пленил более 150 000 человек. В числе пленников оказался и сын вавилонского царя Мардук-апла-иддина, который присоединился к мятежным войскам.
Опустошив наименее защищенные города Элама, Синаххериб вернулся обратно в Ниневию, твердо решив на этот раз навсегда покончить с Вавилоном. Этот город был одним из наиболее чтимых (в том числе и самими ассирийцами) культовых центров Месопотамии, а его Бог-покровитель Мардук (Вел) почитался наравне с Богом Ашшуром. Но Синаххериб не слишком благоговел перед городами и храмами, даже ассирийскими.
В 689 году он подошел к городу во главе своих полчищ и потребовал его немедленной сдачи. Вавилоняне отказались. Тогда ассирийский царь силой взял Вавилон. Город был отдан войскам на разграбление. Население его частью переселили, частью отдали в рабство.
Синаххериб торжественно перевез в Ниневию в качестве трофея своей победы статую бога Мардука, а также царскую печать. Как только сокровища города были перевезены в Ассирию, Синаххериб приказал снести жилые дома Вавилона, улицы, кварталы, храмы богов с высокими, «до неба», башнями. Во всех уголках большого города бушевало пламя пожарищ, за десятки километров было видно красное зарево огня, пожирающего один из величайших центров древнего Востока, в котором завоеватель видел лишь источник «крамол».
Так ассирийский царь стер прославленный древний город Вавилон с лица земли.
После этого мощные воды Евфрата были пущены по разрушенному городу, чтобы Вавилон, который не желал повиноваться Синаххерибу, более никогда не встал из развалин. Местность превратилась в болото. Желая раз и навсегда покончить с вавилонским царством, царь отмечал в своих надписях: «…дабы в грядущие времена никто не мог найти даже место этого города, я залил его водой. Город и дома в нем, с основания до верхних покоев, я срыл, разрушил, сжег огнем». Но и всего этого Синаххерибу было мало. Уничтожив город физически, он пожелал проделать это же символически. По его приказу на корабли была погружена вавилонская земля, затем ее отвезли в Дильмун и там развеяли по воздуху.
