В конце 1734 года Бестужева-Рюмина снова перевели в Данию. Благодаря покровительству фаворита русской императрицы Бирона Алексей Птрович был аккредитован посланником при нижнесаксонском дворе и пожалован тайным, а 24 марта 1740 года действительным тайным советником. Бестужев-Рюмин переехал в Петербург, где занял место кабинет-министра.
Первый министерский опыт дипломата оказался недолгим и едва стоил ему жизни. В результате переворота, свергнувшего ненавистного русскому дворянству регента Бирона, Бестужев-Рюмин был арестован заговорщиками во главе с Минихом и брошен в каземат Шлиссельбургско крепости. Под допросом он дал показания на Бирона, но при первом удобном случае отказался от всех обвинений в адрес временщика, сославшись на угрозы и плохое содержание в тюрьме. Бестужев-Рюмин был привлечен к суду и приговорен к четвертованию. Но Анна Леопольдовна, бывшая недолгое время на престоле, заменила ему казнь ссылкой в лозерский уезд. Вскоре Бестужев-Рюмин получил оправдание, но от дел его отстранили.
Дворцовый переворот 25 ноября 1741 года привел к власти младшую до Петра I Елизавету Петровну. В первые полгода царствования Елизаветы значительное влияние при дворе имел французский посланник И.Ж. Шетарди и лейб-медик императрицы граф Лесток. Во многом благодаря их стараниям Бестужев-Рюмин вернулся ко двору, был награжден орденом Андрея Первозванного, назначен сенатором, а затем вице-канцлером. Шетарди даже советовал Елизавете назначить его канцлером. Француз надеялся, что обязанный ему своим возвышением Бестужев-Рюмин будет послушным орудием в его руках.
Вице-канцлер Бестужев-Рюмин имел вполне определенные, сложившиеся взгляды на основные задачи русской дипломатии. Главным он считал возвращение к продуманному внешнеполитическому курсу Петра I, что позволило бы России укрепить свой престиж и расширить влияние на международной арене. Когда Шетарди попытался склонить Елизавету к переговорам со Швецией на условиях пересмотра решений Ништадтского мира, он получил решительный отказ. Алексей Петрович полностью разделял позицию императрицы, твердо убежденный в том, что «невозможно начинать никаких переговоров иначе, как приняв в основания Ништадтский мир».
Летом 1742 года возобновились военные действия между Россией и Швецией; закончились они полным разгромом шведской армии. В этих условиях шведское правительство решило быстрее начать переговоры о заключении мира.
В августе 1743 года в Або был подписан мирный договор России и Швеции. В разработке условий договора Бестужев-Рюмин принимал активное участие. Шведское правительство подтвердило условия Ништадтского мира. Территориальные приобретения России оказались весьма незначительными. Подобные уступки со стороны русской дипломатии, на первый взгляд, могут показаться неоправданными. Тем не менее это был верный и весьма дальновидный шаг. Хорошо зная, что Швеция постоянно становится объектом интриг французской и прусской дипломатии, Бестужев-Рюмин предпочитал заключить длительный мир на умеренных условиях, чем подписывать договор, который вызовет желание пересмотреть его сразу же после подписания. Расчет вице-канцлера оправдал себя уже к осени 1743 года, когда шведское правительство, совершенно неожиданно для версальского двора, подписало с Россией Декларацию о военной помощи, опасаясь нападения Дании и роста крестьянских волнений внутри страны.
Бестужев-Рюмин представлял собой довольно редкую фигуру в политической жизни России этого периода, когда фаворитизм набирал силу. Пользуясь большим влиянием на Елизавету, он никогда де был ее фаворитом. Огромное трудолюбие, проницательный ум, блестящие дипломатические способности, умение убеждать позволили ему стать победителем в сложнейшей и жесточайшей борьбе с «французской партией» и ее сторонниками. Однако, считая, что цель оправдывает средства, Алексей Петрович весьма часто пользовался далеко не честными методами, среди которых были и перлюстрация корреспонденции противника, и подкуп, а иногда и шантаж. Но проводимый Бестужевым-Рюминым внешнеполитический курс отличался продуманностью, принципиальностью и четкостью в защите интересов России.
В 1742 году возобновились русско-английские переговоры о союзе. Победы русской армии в войне со Швецией сделали ненужной помощь Англии на Балтике. В августе в связи с бесперспективностью попыток французской дипломатии навязать России свое посредничество в мирных переговорах со Швецией французский посол Шетарди был отозван в Париж. Его отъзд ускорил переговоры, завершившиеся 11 (23) декабря подписанием Московского союзного договора России и Англии.
Договор с Англией и активизация русско-австрийских отношений вызывали большую озабоченность в Версале и в Берлине. Деятельность Бестжева-Рюмина могла не только привести к дискредитации версальского посла (Шетарди) при дворе Елизаветы, но и противоречила всем внешнеполитическим планам французского правительства. Поэтому неудивительно, что одной из важнейших задач французской дипломатии в 1742–1745 годах было свержение Бестужева-Рюмина. В этом деле французских представителей полностью поддерживала прусская дипломатия. Фридрих Ц ставил в прямую зависимость от отстранения Бестужева-Рюмина свои успехи в деле изоляции и полного разгрома Австрии. Если же вице-канцлер удержится на своем месте, следовало «для приобретения его доверия и дружбы» израсходовать значительную сумму денег на его подкуп. Хотя Бестужев-Рюмин, как и большинство государственных деятелей того времени, довольно охотно брал взятки, тем не менее ни французской, ни прусской дипломатии не удалось его подкупить. Он вел ту политику, какую считал нужной.
Вице-канцлер нанес ответный удар по «французской партии». По его указанию переписка Шетарди с версальским двором была перехвачена, расшифрована и представлена Елизавете. Помимо весьма откровенных высказываний о целях и задачах политики Франции по отношению к России императрица нашла в письмах нелестные отзывы и комментарии о придворных нравах и быте Петербурга, а главное — о себе самой. В июне 1744 с громким скандалом Шетарди был выслан из Петербурга. Разоблачение Шетарди привело к падению влияния «французской партии» и укреплению положение Бестужева-Рюмина, который в июле 1744 года был назначен канцлером.
Новый канцлер руководствовался во внешней политике такими принципами, в которых видел основу могущества России. Свою концепцию Бестужев-Рюмин называл «системой Петра I». Суть ее состояла в постоянном и неизменном сохранении союзнических отношений с теми государствами, с которыми у России совпадали долговременные интересы. В первую очередь, по мнению канцлера, к ним относились морские державы — Англия и Голландия. С этими странами у России не могло быть территориально споров, их связывали давние торговые отношения, а также общие интересы на севере Европы.
Несомненное значение имел и союз с Саксонией, так как саксонски курфюрст с конца XVII века был еще и королем польским. Бестужев-Рюмин понимал, что Польша с ее нестабильным внутренним положением и постоянной борьбой шляхетских группировок за влияние на очередного избраного короля всегда может стать объектом для антирусских интриг.
Важнейшим союзником для России Бестужев-Рюмин считал Австрию, поскольку Габсбурги являлись старыми противниками французских Бурбонов на континенте, а поэтому были заинтересованы в поддержании определенного баланса сил в Центральной и Восточной Европе и не допускали усиления влияния там версальского двора. Основное же назначение русско-австрийского союза Бестужев-Рюмин видел в противодействии Османской империи, которая была в то время весьма опасным южным соседом и для России, и для Австрии. С помощью этого союза он рассчитывал противостять не только антирусским интригам французской дипломатии в Турции, но и решить одну из важнейших внешнеполитических проблем России — получить выход в Черное море и обеспечить безопасность южных границ.
Среди тайных и явных противников России на международной арене Бестужев-Рюмин выделял Францию и Швецию, так как первая опасалась усиления влияния России на европейские дела, а вторая — мечтала о реванше, который восстановил бы ее позиции на Балтике и северо-западе Европы. Хотя у России с названными странами были столь различные интересы, Бестужев-Рюмин считал, однако, что следует поддерживать с ними нормальные дипломатические отношения.
Особое внимание Бестужев-Рюмин уделил характеристике «неприятеля потаенного», а потому и более опасного — Пруссии. Канцлер считал, что верить слову и даже договору, подписанному с Пруссией, нельзя: это доказала вся вероломная внешняя политика прусского короля, поэтому союз е ним невозможен и опасен. «Коль более сила короля Прусского умножится, — подчеркивал канцлер, — толь более для нас опасности будет, и мы предвидеть не можем, что от такого сильного, легкомысленного и непостоянного соседа… империи приключиться может». Тем не менее Бестужев-Рюмин не отрицал возможность и необходимость поддерживать между Россией и Пруссией дипломатические отношения.
