С 1763 года Панин помимо Коллегии иностранных дел руководил еще и Тайной канцелярией, занимавшейся расследованием наиболее серьезных преступлений, в том числе и вопросами контрразведки.
Взяв в свои руки внешнюю политику, Никита Иванович быстро стал ее не только формальным, но и фактическим руководителем. Разработка внешней политики — изучение положения, обдумывание дальнейших шагов, подготовка детальных инструкций для русских представителей за границей — все это было сосредоточено в руках Панина.
Первым делом ему пришлось решать польский вопрос. После смерти Августа III Екатерина в инструкции своим агентам поставила задачу — добиваться избрания на польский престол Станислава Понятовского, короля, «интересам империи полезного, который бы, кроме нас, ниоткуда никакой надежды в достижении сего достоинства иметь не мог».
События в Польше развивались благоприятно для России. После того как сейм постановил выдвигать в кандидаты только поляков, иностранные послы — французский, австрийский, испанский и саксонский — в знак протеста покинули Варшаву. 26 августа 1764 года Коронационный сейм в спокойной обстановке избрал стольника литовского графа Станислава Понятовского королем.
Получив сообщение об этом событии, Екатерина написала Паниь записку: «Никита Иванович! Поздравляю Вас с королем, которого мы делали. Сей случай наивяще умножает к Вам мою доверенность, понеже я вижу сколь безошибочны были все Вами взятые меры; о чем я не хотела обойтш показать Вам мое удовольствие…»
У Панина были все основания быть довольным. Россия добилась избрания на польский престол своего кандидата, причем так, что и в Польша сохранялось спокойствие и прочие европейские державы восприняли событие как должное. Начинала складываться его, Панина, внешняя политическая система.
В ее основу легла идея создания Северного союза. Панин считал, что «…самое верное для поддержания в Европе равновесия против союза двух домов: австрийского и бурбонского, заключается в том, чтобы северные державы составляли между собою систему, совершенно независимую. Они гарантируют себя этим от вмешательства во внешние раздоры…» Иными словами, профранцузской коалиции следовало противопоставить союз северных держав — России, Пруссии, Англии, Дании, Швеции и Польши.
Автором этой программы, однако, нельзя считать одного Панина В феврале 1764 года барон Я.А. Корф представил Екатерине соответствующий проект о Северном союзе. Панин эти идеи оценил, взял на вооружение и с тех пор понятие Северный союз (Северная система) связывалось главным образом с его именем.
В проекте фигурируют понятия держав «активных» и «пассивных» Со стороны «пассивных» предполагалось довольствоваться их нейтралитом. «Активными» державами Панин считал те, которые могли решить вступить в прямую открытую борьбу со странами южного союза. К первым Панин относил Россию, Англию, Пруссию, отчасти Данию; под «пассивнь ми» подразумевались Польша, Швеция и другие страны, которые удалось привлечь к союзу.
Никита Иванович Панин рассчитывал с помощью Северной системы укрепить влияние России в Речи Посполитой и Швеции, а также в Турции, переложить на союзников часть расходов по борьбе с французским влиянием в этих странах. Пользуясь словами самого Панина, необходимо было «единожды навсегда системой вывесть Россию из постоянной зависимости, поставить ее способом общего Северного союза на такой степени, чтоб она как в общих делах знатную часть руководства иметь, так особливо на север тишину и покой ненарушимо сохранять могла».
В Петербурге отдавали себе отчет, что в полной мере осуществить задуманное нереально. Но благодаря идее Северного союза внешняя политика России приобретала программный характер. Действия, предпринимаемые в отдельных странах, увязывались в единое целое.
Первым серьезным шагом в деле создания Северной системы можно считать заключение в 1764 году союзного договора между Россией Пруссией. Фридрих II начал искать пути к сближению сразу же после вступления на престол Екатерины II. В Петербурге к его просьбам относились благосклонно, хотя Панин сознательно откладывал заключение соглашения, стараясь добиться от короля все больших уступок. Наконец, когда России потребовалось активное участие Пруссии в польских делах, договор был подписан. Союз с Пруссией позволил Петербургу влиять на польские дела, сдерживать Турцию, «первенствовав на севере» и «играть первую роль в Европе… без больших затрат со стороны России».
Переговоры с Данией оказались для Панина сравнительно легкими. Никита Иванович настоял на том, чтобы в секретных статьях договора Дания взяла на себя обязательства помогать России против Турции и противодействовать французскому влиянию в Швеции. Взамен Дания получила голштинские владения великого князя Павла Петровича. В феврале 1765 года договор был подписан.
Затем Панин предпринял энергичные шаги, чтобы склонить и лондонский кабинет к подписанию союзного соглашения. Но ему удалось заключить лишь торговый договор (1766). Англию связывали теперь с Россией и более широкие политические соображения, поскольку у них оказался общий противник — Франция.
Чтобы остановить успешную деятельность российской дипломатии, Австрия и Франция прибегли к содействию Турции. В результате хитроумных интриг австрийского и французского послов Турция в конце 1768 года объявила войну России.
Дружественные отношения с Пруссией, Данией и Англией, то есть той частью Северной системы, которую удалось создать к началу войны, позволяли Панину не беспокоиться за северные границы и полностью сосредоточиться на турецкой проблеме.
Уже в 1770 году под впечатлением понесенных поражений Турция обратилась к Пруссии и Австрии с просьбой о посредничестве в мирных переговорах с Россией.
В Петербурге хотели покончить с войной как можно скорее. Для удачного завершения войны требовались усилия не только военные, но в не меньшей степени и дипломатические. Поводом для начала войны послужили волнения в Польше. События складывались так, что польские дела оказались тесно переплетены с делами турецкими, и решать их следовало комплексно.
Еще в начале войны Фридрих II выступил с проектом раздела Польши. С величайшим мастерством Панин уходил от прямого ответа, несмотря на чрезвычайную настойчивость прусското короля. Но после того как летом 1771 года Австрия заключила оборонительный союз с Турцией, правительство Екатерины II было вынуждено пойти на раздел Польши.
Вопрос об участии в разделе был решен между Екатериной и Паниным еще до его обсуждения на Государственном совете. 16 мая 1771 года Никита Иванович «открыл» членам Совета предложение прусского короля Панин не только сообщил идею Фридриха II, но и обосновал необходимость ее принятия, иными словами, предложил готовое решение. Екатерина же демонстративно покинула заседание, тем самым дай понять, что других Мнений не потерпит. Члены Совета единодушно одобрили предложенный проект.
«Соглашаясь на раздел, Россия, получала тройной выигрыш, — считает биограф Панина А.В. Гаврюшкин. — Во-первых, безопасную границу с Польшей. Во-вторых, как сказал на Совете Панин, успокоение „польского замешательства“ и соответственно возможность вывести, наконец, из этой страны свои войска. И, в-третьих, нейтрализацию Австрии в вопросе о русско-турецкой войне. Но, для того чтобы решить эту третью задачу, необходимо было провести очень тонкую дипломатическую работу. Фридрих II предлагал попросту ухватить то, что плохо лежит. Панину же надо бы; сделать так, чтобы действия России, Пруссии и Австрии оказались взаимс связаны, причем согласие Петербурга на раздел было бы обусловлено изме нением австрийской политики в турецком вопросе».
Панин обратился с проектом раздела Польши к австрийскому канцлеру Кауницу и получил его принципиальное согласие. Никита Иванович применил маленькую хитрость. Конвенция по польскому вопросу между Россией и Пруссией была подписана 6 февраля 1772 года и ратифицировав 4 марта. Панин предложил проставить другие даты: подписание — 4 января, и ратификация — 4 февраля. Благодаря этому в начавшихся переговорах с австрийцами на конвенцию можно было ссылаться как на свершившийся факт и, соответственно, лишить их возможности предлагать изменения в ее содержание. Хитрость удалась, потому что, как только началось обсуждение деталей соглашения, Фридрих II и Кауниц сцепились из-за размеров захватываемых территорий, и Панину приходилось постоянно призывать своих партнеров к сдержанности.
В начале 1772 года уже было достигнуто предварительное соглашение между заинтересованными державами. Окончательно оно было скреплено в августе тремя двусторонними актами между Россией, Австрией и Пруссией. Россия получила польскую часть Ливонии и часть Восточной Белоруссии, в свое время отторгнутой от русских земель великими князьями литовскими.