В монастыре, расположенном на горе Хиэй, он занимается религиозным служением и изучением священных писаний. Вскоре он сталкивается с мучительной и неразрешимой на первый взгляд проблемой: «Как эзотерические, так и экзотерические учения говорят о том, что природа Будды изначально присуща всем живым существам. Если это так, то почему все будды и бодхисаттвы так страстно стремятся к просветлению и ведут аскетический образ жизни?» Этот вопрос о взаимосвязи между природой Будды и просветлением, или, выражаясь техническим языком Махаяны (то есть в соответствии с «Махаяна Шраддхотпада-сутрой»), между присущим и обретенным просветлением, тревожил пытливый ум молодого Догэна и заставил его покинуть уединенную келью на горе Хиэй, где никто не сумел дать ему удовлетворительного ответа.
С этим же вопросом Догэн обращается к известному монаху Кёину (1145–1216) из тэндайского монастыря Миидэра на озере Бива. Кёин был искренним и глубоко религиозным человеком, который в зрелые годы пытался постичь истину, но со временем сжег все свои записи и отказался от умозрительных спекуляций школы Тэн-дай в пользу примитивной веры в Амиду. Убедившись в искренности намерений вопрошающего, он направил его к Эйсаю, который после возвращения из Китая обучал новому способу достижения просветления за счет внезапного интуитивного прозрения. Точно неизвестно, встречались ли Догэн и Эйсай, так как в то время (осень 1214 года) последний мог уже покинуть Камакуру. Как бы там ни было, письменных свидетельств этой встречи не существует.
Примерно в это же время Догэн появляется в храме Кэнниндзи и примыкает к общине Мьёдзэна, который наследовал Эйсаю как настоятель монастыря. В этом храме дзэн практиковался в сочетании с учениями Тэндай и Шингон. Согласно хроникам, Мьёдзэн передал «три экзотерические религиозные доктрины, эзотерические учения и Разум», то есть знание сутр, тантрических ритуалов и дзэн. Однако к тому времени Догэн уже был знаком со священными писаниями и широко распространенными эзотерическими практиками. Новым было лишь учение дзэн; в Кэнниндзи ему обучали в строгом стиле школы Риндзай, то есть с применением практики коанов, сопровождавшейся окриками и битьем. Между Мьёдзэном и новым учеником установились теплые отношения, но религиозные чаяния Догэна не были реализованы. Его влекло в Китай, и наставник без колебаний дал разрешение отправиться за море. В действительности учитель решил сопровождать ученика, и весной 1223 года они оба отплыли в Поднебесную.
В апреле они высадились в центральном порту Китая. Какое-то время Догэн, желая приспособиться к новому окружению, оставался на борту корабля. Он получил первое глубокое впечатление от дзэн из знакомства с монастырским экономом, который приехал в город для пополнения запасов провизии. Этот достойный буддийский монах отклонил настойчивое приглашение Догэна посетить корабль, ибо стремился как можно скорее приступить к своим обязанностям в монастыре. В дзэн повседневная работа в кухне считается религиозной практикой, которая может привести к просветлению. Таким образом, эконом продемонстрировал традицию китайского дзэн, которая со времен четвертого и пятого патриархов и наставника Бай-чжана предусматривала не только сидячую медитацию и изучение сутр, но и ежедневную работу на благо общины как необходимую практику и признак просветленного поведения.
Вскоре у Догэна появилась возможность самому испытать особенности монастырской жизни китайского дзэн. В процветающем храме Тьен-дунь-жу, который, согласно свидетельствам современников, объединил в своих стенах около пятисот монахов во главе с настоятелем У-цзи, Догэн занимался религиозной практикой и получил отчетливое представление о жизни общины. Но, несмотря на отчаянные усилия, он так и не получил печать Просветления. Он вновь начинает свои скитания от одного монастыря к другому, знакомится со многими школами и сектами китайского буддизма и вступает в контакты со знаменитыми наставниками. В то время как он уже склонялся к мысли о возвращении в монастырь Тьен-дунь-жу, приходит известие о смерти наставника У-цзи. Опечаленный, он возвращается в Японию.
На родине Догэн встречает старого монаха, который сообщает ему о том, что по просьбе императорского двора и монастырской общины настоятелем Тьен-дунь-жу стал известный и опытный наставник Цзю-цинь (1163–1268). Вернувшись в Китай 1 мая 1225 года, Догэн впервые знакомится с новым настоятелем. Уже на первой встрече он прислушался к своему внутреннему голосу, который говорил о том, что «Догэн наконец-то обрел достойного наставника». Цзю-цинь тепло встретил японского новичка и без колебаний дал ему разрешение навещать себя в любое время, даже вопреки монастырскому уставу.
Жизнь этого человека была посвящена ревностному служению дзэн, и даже в преклонные годы он был полон сил и энтузиазма. Цзю-цинь вел аскетический образ жизни и довольствовался грубой монастырской пищей и простой одеждой. Враг честолюбия и внешней мишуры, он избегал императорского двора и все свое время посвящал наставлению молодых монахов на пусть истины. Внешняя строгость сочеталась в нем с добросердечием. О его методах мы узнаем со слов Догэна:
«Мой покойный учитель Цзю-цинь, настоятель монастыря Тьен-дунь-жу, порицал тех, кто засыпал во время созерцания в зале для медитации. Он пинал их ногой и называл оскорбительными именами. И все же все без исключения монахи воздавали ему хвалу за то, что он их бил. Однажды он обратился к ним со следующими словами: «Я старею и посему должен оставить общину, чтобы в уединении позаботиться о своих старых косточках. Но поскольку я знаю о том, что происходит в общине, я остаюсь на своем посту, чтобы помочь каждому из вас справиться со своими страстями. По этой причине вы слышите от меня грубые слова и получаете удары бамбуковой палкой. Это удручает меня. Но в обители Будды дисциплина должна восторжествовать. Простите меня, братья!» После этих слов все монахи заплакали».
В монастыре Тьен-дунь-жу ученики медитировали денно и нощно. Престарелый наставник устанавливал распорядок дня, раздавал удары нерадивым, предостерегал их от мирских соблазнов, рассказывал о тяготах воинов и тяжком крестьянском труде. В этой связи он указывал на недопустимость сна для монахов, стремящихся к столь высокой цели. Он пропускал мимо ушей предложения о сокращении времени медитации и сожалел лишь о том, что возраст не позволяет ему наводить порядок и укреплять монастырскую дисциплину так, как бы ему хотелось.
Такое рвение было беспрецедентным в Китае того времени, и атмосфера, царившая в обители, подготовила Догэна к великому просветлению. Однажды во время ночной медитации один из монахов заснул. Это не осталось без внимания Цзю-циня, и он заметил: «В дзэн тело и разум едины. Как же ты умудрился заснуть?» Услышав слова учителя, Догэн достиг внезапного просветления. Не мешкая, он воскурил ладан в зале Дхармы и воздал хвалу Будде.
Убедившись в истинности просветления Догэна, учитель возликовал душой, а сам Догэн, освободившись от иллюзий, страстей и привязанности к эго, обрел свободу просветленного. Цзю-цинь вручил ему печать Дхармы и патриаршее одеяние согласно обычаю секты Сото. Это случилось летом, вскоре после того, как Догэн вернулся в монастырь Тьен-дунь-жу. Тем не менее он оставался там еще два года, совершенствуясь в практике дзэн. По возвращении в Японию ему предстояло возглавить движение, так как Мьёдзэн умер.
В отличие от других японских монахов Догэн вернулся из Китая в 1227 году с «пустыми руками». Он не привез с собой ни новых сутр, ни ритуальной атрибутики, ни священных образов. Сразу же по возвращении он отправился в Кэнниндзи, где предал земле кости своего наставника и соратника Мьёдзэна. У него не было намерения стать основателем новой школы; он лишь мечтал о том, чтобы посвятить свою жизнь реализации истинной Дхармы посредством медитации. Так увидел свет его первый трактат — «Фукандзадзэнги» («Основные положения для занятий дзадзэн»). Этот труд, записанный не менее чем 1000 китайских иероглифов, представлял собой своего рода инструкцию по занятиям медитацией (дзадзэн).
После смерти Мьёдзэна дисциплина и моральный климат в монастыре Кэнниндзи подверглись серьезному испытанию, и Догэн, не представляя себя в роли реформатора, удаляется в небольшой сельский храм Аньёин неподалеку от Фукакусы (1230 г.). Вскоре этот храм становится медитационным центром и местом паломничества многих ревнителей веры из Киото. Догэн учил своих учеников обретать собственную природу Будды в процессе сидячей медитации. Он не сомневался в том, что даже в период, когда попирается Закон (мэппо), страна может обрести мир за счет реализации истинной Дхармы.
Именно в этот период (1231 г.) Догэн пишет первую главу своего фундаментального труда по буддийской философии — «Сёбогэндзё» («Драгоценное знание истинной Дхармы»), — посвященного дзадзэн (бендова). Вскоре он поселился в более крупном храме Каннондё-риин, расположенном по соседству с древним храмом Гокуракидзи (1233 г.). Именно там он обрел своего наиболее верного ученика Эйо (1198–1280), который передал потомкам его литературное наследие.