Так как при особенно критических событиях такие отъезды из центра уже практиковались нами и я сильно боялся за Ольгу Любатович, не хотевшую уезжать без меня, то сейчас же поехал и узнал о взрыве в Зимнем дворце из немецких телеграмм на пути в Вену.
Оттуда я отправился прямо в Женеву и поселился сначала вместе с Кравчинским и Любатович, а потом мы переехали в Кларан, где впервые близко сошлись с Кропоткиным. Написав там брошшюру «Террористическая борьба», где я пытался дать теоретическое обоснование наших действий, я поехал в Лондон, где познакомился через Гартмана с Марксом, и на возвратном пути в Россию был вторично арестован на прусской границе 28 января 1881 г. под именем студента Женевского университета Лакьера. Я был отправлен в Варшавскую цитадель, где товарищ по заключению стуком сообщил мне о гибели императора Александра II, и я был уверен, что теперь меня непременно казнят. Я тотчас же был привезён в Петербург, где в охранном отделении узнал из циничного рассказа одного из сыщиков в соседней комнате о казни Перовской и её товарищей, и был переведён в дом предварительного заключения, где кто-то обнаружил жандармам моё настоящее имя, вероятно, узнав по карточке. Меня вызвали на допрос, прямо назвали по имени, а я отказался давать какие-либо показания, чтобы, говоря о себе, не повредить косвенно и товарищам. Меня пробовали сначала запугать, намекая на какие-то способы, которыми могут заставить меня всё рассказать, а когда и это не помогло, отправили в Петропавловскую крепость, в изолированную камеру в первом изгибе нижнего корридора, и более не допрашивали ни разу.
На суде особого присутствия правительственного сената я не признал себя виновным ни в чём и до конца держался своего метода, как можно меньше говорить со своими врагами, благодаря чему меня и осудили только на пожизненное заточение в крепости, а тех, кто более или менее подробно описал им свою деятельность, — к смертной казни. (Которая была смягчена всем, кроме Суханова. — прим. В. Фигнер.)
Через несколько дней после суда, часа в два ночи, ко мне в камеру Петропавловской крепости с грохотом отворилась дверь, и ворвалась толпа жандармов. (Н.А. Морозова судили в особом присутствии сената по «процессу двадцати» в феврале 1882 г. вместе с А.Д. Михайловым, Н.В. Клеточниковым, М.Ф. Фроленко, А.В. Якимовой и другими. Кроме общего обвинения в принадлежности к тайному революционному обществу, Н.А. Морозову ставилось в вину участие в покушении на взрыв царского поезда в ноябре 1879 г. Виновным он себя не признал и отказался давать показания по существу, так как это «могло бы повредить его друзьям и знакомым и послужить целям правительства» («Былое», № 1, 1906, стр. 246; очерк «Айзик Арончик», в т. III). В «Отчёте о процессе 20-ти народовольцев», составленном одним из присутствовавших на суде и появившемся в печати четверть века спустя, имеется следующая характеристика Н.А. Морозова: «Больше среднего роста, очень худощавый, темнорусый, продолговатое лицо, мелкие черты лица, большая шелковистая борода и усы, в очках, очень симпатичен; говорит тихо, медленно» («Былое», № 6, 1906, стр. 245). Во время обвинительной речи прокурора Н.В. Муравьёва некоторые подсудимые, в их числе Н.А. Морозов, часто протестовали против его заявлений. Суд приговорил Н.А. Морозова в числе пяти обвиняемых к вечной каторге. К смертной казни, заменённой потом каторжными работами, приговорены десять человек, в их числе А.Д. Михайлов, Н.В. Клеточников, М.Ф. Фроленко. Жандармы, однако, считали Н.А. Морозова «весьма опасным революционным деятелем вследствие его особенности характера его деятельности, не дающей возможности уличить его во вредном направлении» («Былое», № 8, 1907, стр. 122). — прим. ред.) Мне приказали скорей надеть куртку и туфли и, схватив под руки, потащили бегом по корридорам куда-то под землю. Потом взбежали снова вверх и, отворив дверь, выставили через какой-то узкий проход на двор. Там с обоих сторон выскочили ко мне из тьмы новые жандармы, схватили меня под мышки и побежали бегом по каким-то узким застенкам, так что мои ноги едва касались земли. Преграждавшие проход ворота отворялись при нашем приближении как бы сами собою, тащившие меня выскочили на узенький мостик, вода мелькнула направо и налево, а потом мы вбежали в новые ворота, в новый узкий корридор и, наконец, очутились в камере, где стояли стол, табурет и кровать.
Тут я впервые увидел при свете лампы сопровождавшего меня жандармского капитана зверского вида (известного Соколова), который объявил, что это — место моего пожизненного заточения, что за всякий шум и попытки сношений я буду строго наказан и что мне будут говорить «ты». Я ничего не отвечал и, когда дверь заперлась за ним, тотчас же лёг на кровать и закутался в одеяло, потому что страшно озяб при пробеге в холодную мартовскую ночь почти без одежды в это новое помещение — Алексеевский равелин Петропавловской крепости, бывшее жилище декабристов.
Началась трёхлетняя пытка посредством недостаточной пищи и отсутствием воздуха, так как нас совсем не выпускали из камер, вследствие чего у меня и у одиннадцати товарищей, посаженных со мною, началась цынга, появившаяся страшной опухолью ног; три раза нас вылечивали от неё, прибавив к недостаточной пище кружку молока, и в продолжении трёх лет три раза снова вгоняли в неё, отняв эту кружку. На третий раз большинство заточённых по моему процессу умерло,а из четырёх выздоровевших Арончик уже сошёл с ума, и остались только Тригони, Фроленко и я, которых вместе с несколькими другими, привезёнными позднее в равелин и потому менее пострадавшими, перевезли во вновь отстроенную для нас Шлиссельбургскую крепость.
В первое полугодие заточения в равелине нам не давали абсолютно никаких книг для чтения, а потом, вероятно благодаря предложению священника, которого к нам прислали для исповеди и увещания, стали давать религиозные. Я с жадностью набросился на них и через несколько месяцев прошёл весь богословский факультет. Это была область, ещё совершенно неведомая для меня, и я сразу увидел, какой богатый материал даёт древняя церковная литература для рациональной разработки человеку, уже достаточно знакомому с астрономией, геофизикой, психологией и другими естественными науками. Потому я не сопротивлялся и дальнейшим посещениям священника, пока не перечитал всё богословие, а потом (в Шлиссельбурге) перестал принимать его, как не представлявшего по малой интеллигентности уже никакого интереса, и тяготясь необходимостью говорить, что только сомневаюсь в том, что для меня уже было несомненно (я говорил ему до тех пор, что недостаточно знаком с православной теологией, чтобы иметь о ней своё мнение, и желал бы познакомиться подробнее).
Тогда же сложились у меня сюжеты и моих будущих книг: «Откровение в грозе и буре», «Пророки» и многие из глав, вошедших в I и II томы моей большой работы «Христос». Но я был тогда ещё бессилен для серьёзной научной разработки Библии, так как не знал древнееврейского языка, и потому по приезде в Шлиссельбург воспользовался привезёнными туда откуда-то университетскими учебниками и курсами, чтобы прежде всего закончить своё высшее образование, особенно по физико-математическому факультету, но в расширенном виде, и начал писать свои вышедшие потом книги: «Функция, наглядное изложение высшего математического анализа» и «Периодические системы строения вещества», где я теоретически вывел существование ещё неизвестных тогда гелия и его аналогов, а также и изотропов и установил периодическую систему углеводородных радикалов как основу органической жизни. Там же были написаны и некоторые другие мои книги: «Законы сопротивления упругой среды движущимся в ней телам», «Основы качественного физико-математического анализа», «Векториальная алгебра» и т.д., напечатанные в первые же годы после моего освобождения или не напечатанные до сих пор…
Революционная вспышка 1905 г., бывшая результатом японской войны, выбросила меня и моих товарищей из Шлиссельбургской крепости после 25-летнего заточения, и я почувствовал, что должен прежде всего опубликовать свои только что перечисленные научные работы, которые и начали выходить одна за другой. Почти тотчас же я встретил и полюбил одну молодую девушку, Ксению Бориславскую, которая ответила мне взаимностью и стала с тех пор самой нежной и заботливой спутницей моей новой жизни, освободив меня от всех житейских мелочных забот, чтобы я безраздельно мог отдаться исполнению своих научных замыслов.
Естественный факультет «Вольной высшей школы» избрал меня приват-доцентом по кафедре химии тотчас же после выхода моих «Периодических систем строения вещества», а потом меня выбрали профессором аналитической химии, которую я и преподавал в Высшей вольной школе вплоть до её закрытия правительством. Вместе с тем меня стали приглашать и для чтения публичных лекций почти все крупные города России, и я объездил её, таким образом, почти всю.