В Вильну пришел универсал 24 марта, в Лазареву субботу, и тотчас был опубликован. С понедельника Страстной седмицы начали хватать самых богатых и знатных православных купцов города, тащили их в ратушу, которая обыкновенно на эту Великую неделю запиралась; здесь допрашивали их, подвергали пыткам и одних сажали на ратушу, других под ратушу, в подземную темницу. Членов ратуши, которых заподозрили в приверженности к православию, иных отставили от лавицы, других подвергли аресту в самой ратуше. У ремесленников отбирали ключи от их привилегий и общих касс, а которые не хотели отдавать, тех принуждали пытками и как изменников исключали из цеховых сходок. И эти преследования и истязания продолжались всю Страстную седмицу. На улицах Вильны раздавались вопли и стоны православных. Некоторые из заключенных просили, хоть на короткое время, освобождения из темницы, чтобы в такие дни побывать в церкви, исповедаться и приобщиться Святых Тайн, и предлагали за себя в заложники своих жен, детей, но напрасно. На Свято-Духовский монастырь делали нападения; в ограду его бросали камни, горящие поленья, стрелы. В скорби и слезах встретили православные великий праздник Воскресения Христова и провели всю Светлую седмицу. Такое жестокое и, по убеждению православных, совершенно несправедливое гонение только еще усиливало в них приверженность к тем, из-за кого они страдали, и ненависть к гонителям-униатам. Патриарх Феофан, которого король назвал самозванцем и шпионом, сделался предметом особенного уважения.
Его изображение, как святыню, вывесили на стенах Свято-Духова монастыря, на Большой улице, в виде хоругви. А один из братчиков, Евстратий Жиловский, нарочно отправился в Немецкую землю, отпечатал там множество этих изображений, открыто привез их в Вильну, нанял особую лавочку и даром раздавал и раздал все православным, как святыню.
Мелетий Смотрицкий, который в продолжение гонения на православных в Вильне сумел уберечься за стенами своего монастыря, отнюдь не переставал, как уверяли униаты, совершать архиерейские священнослужения и рассылать свои послания по епархии Полоцкой и в то же время писал в защиту православных сочинение, которое Свято-Духовское братство издало от своего имени под заглавием «Verificatia neiwinnosci» («Оправдание невинности») сряду два раза – в начале апреля и в половине июня. Для показания невинности своей и вообще православных братство говорило: а) что оно не прежде вошло в сношения с патриархом Феофаном, как уже после того, когда сам король написал к нему, дозволил ему пребывание в своих владениях, приглашал его даже к своему двору, и что не одни православные признавали Феофана патриархом, но и сам король и его сенаторы, духовные и светские, для очевидности в конце напечатаны самые их письма к Феофану; б) что Феофан был действительно патриарх, а не самозванец, имел грамоту и уполномоченность от Константинопольского патриарха, был не враг, а благожелатель Польши, как свидетельствует его грамота к казакам, обе эти грамоты патриархов также напечатаны в книге, и в) что, наконец, православные, испрашивая себе у Феофана посвящение митрополита и епископов, вовсе не думали оскорблять короля, нарушать его право патронатства по отношению к православной иерархии в Литве и Польше; они испросили себе у патриарха только то, о чем могли просить и что он мог дать им на основании церковных канонов, но потом имели намерение испросить инвеституру и утверждение своим новым владыкам и от короля и вполне надеялись получить просимое на основании торжественных обещаний короля, выраженных в сеймовом постановлении 1607 г. и других, тут напечатаны церковные каноны, относящиеся к делу, и постановления польских королей, сеймов, трибуналов в пользу православных. Затем братство излагало в книге свои жалобы на те несправедливости и обиды, какие терпели православные от униатов, особенно в Вильне, и довольно подробно объясняло, что Литовская уния вовсе не похожа на Флорентийскую. Тогда, говорило братство, обе Церкви, Римская и Греческая, соединились на правах равенства: латинянин точно так же мог называться униатом в отношении к греку, как грек в отношении к латинянину; обе стороны оставались при своих пастырях и при своих членах веры. Литовские же униаты отступились от своего законного патриарха и подчинились папе; отступились и от православных верований и приняли латинские; обязались содержать все, что постановлено не только на Флорентийском, но и на Тридентийском Соборе, для доказательства в книге напечатана самая присяга, произнесенная Потеем и Терлецким в Риме. Безмолвствовать в виду такой книги униаты не могли, и завязалась в Вильне жаркая литературная полемика между двумя монастырями – православным Свято-Духовским и униатским Троицким. В ответ на эту книгу троицкие монахи скоро издали свою книгу под названием «Sowita wina» («Сугубая вина»), сочиненную будто бы самим митрополитом Рутским. Здесь доказывалось, что схизматики, т. е. православные, и их новые архиереи очень виновны. Они нарушили королевское право патронатства, или подаванья, потому что должны были наперед, еще до посвящения своих владык, испросить им у короля инвеституру и утверждение; король подает не одни церковные бенефиции или имения, но и самые церковные достоинства. Несмотря на все письма короля и его сенаторов к Феофану и на все церковные каноны и гражданские привилегии, дарованные в Литве схизматикам, они не должны были принимать посвящение от этого чужеземца, так как и Константинопольский патриарх не имеет никаких прав в Литовско-Русском крае, а имеет их один папа, верховный пастырь всего христианства. Схизматики посвятили своих владык вопреки церковных правил на кафедры, еще занятые (т. е. униатскими владыками). Схизматики несправедливо жалуются на обиды и притеснения от униатов, напротив, сами причиняют им разные обиды словом и делом. Нехорошо поступил Смотрицкий, а униаты поступают хорошо. Против этой книги, изложенной в двенадцати небольших отделах, Свято-Духовское братство скоро издало новое сочинение Смотрицкого, под именем «Obrona Verificaciey» («Защита оправдания»), в котором автор по порядку разбирал и опровергал одну за другою все двенадцать глав рассматриваемого им сочинения. Троицкие монахи с своей стороны не замедлили выпустить в свет две новые брошюры, из которых одна была названа «List do zakonnikow monast. Sw. Ducha» (напечатана в августе), а другая «Examen Obrony». Здесь уже начались прямая брань, насмешки и упреки, направленные против Свято-Духовского братства, и особенно против Смотрицкого. Братство порицали за то, что оно несколько лет назад отказалось, к стыду своему, от публичного диспута с униатами, на который прежде само же изъявило согласие; также за то, будто братство возбуждает казаков обращаться к королю с дерзкими требованиями и пр. Смотрицкому подробно припоминали его прежние сношения с вождями унии, его склонность к унии, ревность о ней и называли его изменником, честолюбцем и пр. Полемика перешла и в следующий, 1622 г. В начале февраля Свято-Духовское братство напечатало брошюру «Elenchus pism uszczypliwych» («Опровержение едких писем») и при ней другую «Appendix nа Examen Obrony Verificaciey». Тут Смотрицкий называл своих противников невеждами и недобросовестными, наполнившими свои книжки ложью, клеветами и всем, что могла внушить слепая ненависть, опровергал эти клеветы одну за другою и снова отстаивал дело православных – посвящение их митрополита и епископов. «Вы спрашиваете, – говорил он, между прочим, – искали мы духовных кафедр? Отвечаем: искали, потому что уже 26 лет они оставались праздными, будучи заняты нашими апостатами. Спрашиваете: приняли наши духовные вожди посвящение от того гречина? Отвечаем: приняли от Иерусалимского патриарха Феофана, ибо Церковь наша Русская не могла жить без духовных, как тело без души. Спрашиваете: позволял ли посвящаться от него король своими письмами? Отвечаем: теми письмами, которые он писал к патриарху, не запрещал и не позволял, но своими королевскими обещаниями, повторенными на нескольких сеймах, дать нам архипастырей, посвященных нашим патриархом, позволял... Спрашиваете, наконец: позволил король нашим епископам занять их епископские кафедры? Отвечаем: не позволял, но они и не занимают этих кафедр, а спокойно ожидают, полагаясь на милость короля» (л. 9). На книгу Смотрицкого «Elenchus» в том же году издал свой «Antelenchus» настоятель Троицкого монастыря Анастасий Селява. Он, впрочем, не входил в подробности и остановился только на главных обвинениях против унии, изложенных в книге противника, и старался доказать верховную власть папы над всею Церковию, состоятельность унии и несостоятельность схизмы – православия.
Какое действие имел королевский универсал против православных, архиереев и мирян, в других местах, кроме Вильны? Все эти архиереи после прощания с патриархом Феофаном в городе Буше возвратились в Киев вместе с войском запорожским, и одни до времени проживали в Киеве, например епископ Исаия Копинский на подворье Межигорского монастыря, другие же, вероятно, в своих прежних монастырях. А в Киеве и вообще в тамошнем крае под охраною казаков православные владыки могли быть безопасными от всяких нападений. Мало того, митрополит Иов, если верить униатскому свидетельству, действовал даже слишком смело. «Он в то самое время, когда по городам прибивались для опубликования королевские универсалы, чтобы его схватить, прибивал также свои указы, чтобы священники ехали к нему на Собор, и имел в Киеве Собор с священниками, а в Житомире Собор с дворянами». Но если владыки православные ничего тогда не потерпели, зато преданные им миряне, особенно в тех местах, где некому было их защищать, потерпели весьма много. В 15-й день мая митрополит Иов вместе со всеми своими архиереями подал протест на митрополита и епископов униатских за то, что они возмущают народ против православных владык, законно поставленных Иерусалимским патриархом Феофаном, и преследуют православных. В протесте этом после указания на недавнее гонение, какому подверглись православные в Вильне, говорилось: «В Могилеве, Минске и Орше (у православных) отобраны церкви; в Перемышле умерщвлены в тюрьме 24 человека мещан; в Ярославле, Кременце, Гродне и Пинске отняты церкви; в Бресте Дорофея с братьями вбросили в колодезь; в Красноставе ворвались в каменную церковь и многих в церкви убили; то же сделали в Сокале, Бельске и Бусне, и взрослых без покаяния предавали смерти, а детей без крещения».