На следующий день, 16 августа, заседание Собора происходило в Киево-Михайловском монастыре, и в этом заседании присутствовали кроме прежних архиереев Мелетий Смотрицкий, архиепископ Полоцкий, епископ Витебский и Мстиславский, и Исаия Копинский, называвшийся теперь уже архиепископом Смоленским и Черниговским. Здесь было доложено Собору повеление короля, состоявшееся на предшествовавшем варшавском сейме, чтобы и чуждающиеся унии русские духовные съехались и между собою обсудили, как бы по примеру католического духовенства и униатского принять участие в посильном вспоможении Речи Посполитой при тогдашних военных обстоятельствах. Это-то королевское повеление и было законным предлогом, по которому митрополит Иов безбоязненно разослал свои грамоты по всему государству, приглашая свое духовенство и мирян на Собор в Киев к празднику Успения, хотя воспользовался созванным Собором и для своих, собственно церковных целей. Обсуждая предложение короля, присутствовавшие на Соборе хотя и указывали, что православные архиереи за непринятие унии живут вдали от своих епархий и не пользуются своими церковными имениями, да и все православное духовенство живет в бедности и довольствуется только приношениями и милостынею от мирян, однако ж положили сделать какие-то пожертвования и от православного духовенства на нужды отечества и об этом довести до сведения следующего сейма чрез русских послов. На том же заседании составлена и подписана была грамота от лица Собора ко всему православному русскому народу, в которой митрополит и архиереи, в том числе и Мелетий Смотрицкий, удостоверяли, что они как доселе не мыслили ни о каком отступничестве в унию, так и впредь клятвенно обещаются беречься от того при помощи Божией до самой своей кончины, а вместе просили и убеждали всех православных пребывать твердыми в христианском благочестии и в вере, Богом преданной, апостолами проповеданной. Соборами Вселенскими утвержденной и кровию мучеников запечатленной. Чрез несколько дней, когда Смотрицкий уже уехал из Киева, некоторые начали распространять молву, будто «Апологию» Смотрицкого рвали, жгли и топтали в печерской церкви только пресвитеры. И митрополит вместе с остававшимися еще при нем архиереями для успокоения народа издал 24 августа новую грамоту, которою свидетельствовал, что и он сам, митрополит, и сам Смотрицкий, и прочие владыки прокляли «Апологию», рвали, жгли и попирали ногами. Обе эти грамоты, равно как и другие документы, относящиеся к Собору, осудившему «Апологию» Смотрицкого, тогда же, 30 августа, напечатаны в небольшой брошюре под названием «Аполлия (Погибель) Апологии», и брошюра посвящена от лица присутствовавшего на Соборе духовенства экзарху Константинопольского престола Львовскому епископу Иеремии Тиссаровскому, который почему-то не мог присутствовать на Соборе.
Непродолжительно, однако ж, было раскаяние Смотрицкого. Как только он вырвался из Киева и возвратился в свою Дерманскую обитель, он тотчас написал на польском языке «Протестацию против Киевского Собора 1628 года» и 7 сентября уже напечатал ее во Львове. В ней, излагая историю дела по-своему, Мелетий жаловался особенно на митрополита Иова и Петра Могилу, что они обходились с ним слишком сурово и несправедливо, не хотели выслушать никаких его оправданий, действовали на него одними угрозами; объявлял всем, что отрекся от своей «Апологии» не добровольно, а по принуждению, из страха смерти; выражал сожаление, что не вкусил славной смерти за истину; отрекался пред всем русским народом от всего, что говорил, писал и подписал на этом Соборе; исповедовал свой грех пред Богом и всею католическою Церковию и просил молиться за него и пр. Вскоре явилось и другое сочинение Смотрицкого. Еще в день своего приезда в Киев, 13 августа, он получил письмо от виленского Свято-Духовского братства и монастыря, которые просили его разрешить их недоумение, «так как одни считают его униатом, а другие утверждают, что он замышляет какие-то новости и покушается разорвать Русь на три части». Смотрицкий тогда же кратко отвечал, что вовсе не думает троить Русь, а желает и старается, чтобы и раздвоенную Русь привести к соединению. Теперь, живя спокойно в своей Дерманской обители, он написал и 12 декабря отправил в Вильну обширный ответ, который в следующем году и напечатал под заглавием «Паренесис (Увещание) к виленскому Свято-Духовскому братству, а в лице его и ко всему тамошнему русскому народу». Здесь Смотрицкий уже не скрывается, что принял унию, и объясняет, почему принял; убеждает всех последовать его примеру; напоминает братчикам, как они еще в 1623 и 1626 г. высказали желание войти в соглашение с униатами, да только не решились отказаться от Константинопольского патриарха; советует им избрать себе отдельного, самостоятельного патриарха у себя дома; утверждает, что они напрасно борются против унии, что уния непременно восторжествует и Русь рано или поздно сделается униатскою и пр. ...Со стороны православных выступил против Смотрицкого слуцкий протоиерей Андрей Мужиловский и издал «Антидотум (Противуядие)» против его «Апологии». В «Антидотуме» доказывалось, по местам довольно резко и бранчиво, что Смотрицкий говорит неправду в своей «Апологии», излагая побуждения, заставившие его путешествовать на Восток, и умствует неосновательно и несправедливо, усвояя всей Русской Церкви заблуждения только некоторых ее писателей; опровергались рассуждения Смотрицкого об исхождении Святого Духа и от Сына, о главенстве папы, о чистилище, об опресноках и пр., приложенные к «Апологии», и сам Смотрицкий изображался как человек двуличный, беспокойный и крайне непостоянный, перешедший в унию только по своекорыстию и гордости. «Антидотум» посвящен был митрополиту Иову и вышел из печати не позже конца 1628 или начала следующего года, так как 3 апреля последнего года Смотрицкий издал уже свое опровержение на эту книгу под названием «Экзетесис, или Росправа, между Апологиею и Антидотумом». Тут Смотрицкий нападает с бранью не только на самого Мужиловского, но и на всю православную Церковь, на Константинопольского патриарха Кирилла Лукариса, называя его прямо кальвинистом, на прочих восточных архипастырей, представляя их совершенными невеждами, на русских архипастырей и пастырей, величая их еретиками, наемниками, невеждами, и на всех православных русских, укоряя их в жестоком обращении с униатами, оправдывает себя против обвинений, взведенных на него Мужиловским, и оканчивает убеждениями к русским принять унию для их собственного блага.
Дело Смотрицкого возбуждало живейшее участие в Риме. Там была великая радость, когда получены были известия о принятии им унии. И сам папа Урбан VIII удостоил его своим посланием (от 7 октября 1628 г.), в котором, приветствуя его с обращением из схизмы к католической Церкви, выражал желание, чтобы он старался обратить и других схизматиков. Все сочинения Смотрицкого, начиная с «Апологии», написанные в защиту унии и латинства против православия, вызывали между католиками неумеренные похвалы. Многие, в том числе кардиналы, писали к нему письма и величали его ученейшим мужем и польским Цицероном. Сам папа пожелал иметь эти сочинения в латинском переводе – Мелетий перевел свои сочинения и переслал папе, а папа приказал положить манускрипт Мелетиев в своей избранной апостолической библиотеке в замке Святого ангела.
Потерпев такое тяжкое уничижение и неудачу с своим проектом унии на Киевском Соборе, где присутствовали одни только православные, Смотрицкий употреблял все усилия, чтобы состоялся другой Собор, больший, на котором сошлись бы между собою православные и униаты и на котором он надеялся увидеть торжество своего проекта. При содействия князя Александра Острожского-Заславского, теперь уже воеводы киевского, особенного покровителя Смотрицкого, мысль эта была доведена до сведения короля на варшавском сейме 1629 г., бывшем в начале года, – мысль не новая, возникавшая и на прежних сеймах. Многие сенаторы и некоторые даже из православных послов выразили ей полное сочувствие и ходатайствовали пред королем об осуществлении ее, находя, что это послужило бы лучшим средством к успокоению обеих враждующих сторон. И король еще на сейме издал универсал, которым приказывал, чтобы 28 октября того же года православные и униаты съехались на один общий Собор во Львове для взаимного соглашения и примирения, а предварительно те и другие для лучшего приготовления себя к этому Собору составили свои частные Соборы, или съезды, 9 июля, православные в Киеве, униаты же во Владимире Волынском, о чем Рутского известил король от 29 марта. Униаты действительно имели в назначенное время свой съезд на мызе Фалимиче, неподалеку от Владимира, принадлежавшей Луцкому епископу. Разослал и православный митрополит от 12, 21 и 24 апреля грамоты и письма к своим духовным и мирянам и, ссылаясь на королевский универсал, приглашал их съехаться в Киев к 9-му числу июля, которое, по старому календарю, падало на 29 июня, т. е. на праздник Петра и Павла. Но многие из православных начали протестовать против предполагавшихся Соборов в Киеве и Львове, понимая замыслы униатов. Первый протест заявили от 29 апреля православные воины, находившиеся в королевском войске под Мальбурком; второй, от 25 июня, – все запорожское войско; третий, от 5 июля, – киевское дворянство. В это последнее число приехал в Киев комиссар от короля Адам Кисель (православный), назначенный быть блюстителем порядка на Киевском Соборе, и настаивал, чтобы Собор непременно открылся в положенное время. И он действительно открылся 9 июля (29 июня) в Киево-Печерской лавре после Божественной литургии, которую совершал сам митрополит. Но на первом же заседании присутствовавшие напали на своих послов, бывших на сейме, на чашника земли Волынской (Лаврентия Древинского), подсудка брацлавского и какого-то пана Баковецкого, за участие их в ходатайстве пред королем об издании этого универсала и заявили, что отказываются ехать на Львовский Собор, так как он имеет целию распространение унии. Хотели, чтобы к этому протесту подписался и митрополит, но Борецкий не согласился. Воевода киевский князь Заславский пытался прогнать казаков, находившихся на Соборе и, вероятно, много шумевших, но ничего не мог сделать. На следующий день Собор вновь открылся в лавре с дозволения настоятеля, но львовские послы противились этому; обвиняемые – чашник волынский и подсудок брацлавский – начали было оправдываться пред Собором и всю вину слагали на одного Баковецкого, но казаки тотчас подняли крик и своими угрозами заставили всех разойтись. На четвертый день от начала Собора Борецкий, встретившись в Пустынно-Николаевском монастыре с князем Заславским, просил у него совета, что делать, так как дворянство протестовало против Собора и не явится на него, а казаки постановили не дозволять этого Собора под страхом смерти. В тот же день (12 июля) митрополит и прочие духовные объявили Адаму Киселю, что не могут продолжать Собора вследствие протестации от дворян, а Кисель занес об этом в киевские городские книги. По закрытии Киевского Собора православные отправили трех своих послов к королю просить у него извинения, что они не могут явиться на Собор во Львове, так как этому противятся киевское дворянство, Львовский епископ и все братства, причем поручили послам сказать королю: мы думали, что Собор во Львове назначается для того, чтобы униты и неуниты согласились на нем только относительно распределения между собою церковных имуществ, монастырей и приходских церквей, а не относительно унии в вере; на последнее мы никак не можем решиться без согласия патриархов, чтобы опять не произошли такие же волнения, если даже небольшие, какие были при первоначальном принятии унии. Неизвестно, как принял король эти оправдания православных, но Собора во Львове не отменил.