К общей скорби жителей Кронштадта, во второй период своей жизни, период своей всероссийской славы, о. Иоанн должен был оставить преподавание Закона Божия в Кронштадтском городском училище и в Кронштадтской классической гимназии, где он преподавал свыше 25-ти лет. А был он замечательным педагогом-законоучителем. Он никогда не прибегал к тем приемам преподавания, которые часто имели место тогда в наших учебных заведениях, то есть ни к чрезмерной строгости, ни к нравственному принижению неспособных. У о. Иоанна мерами поощрения не служили отметки, ни мерами устрашения — наказания. Успехи рождало теплое, задушевное отношение его как к самому делу преподавания, так и к ученикам. Поэтому у него не было «неспособных». На его уроках все без исключения жадно вслушивались в каждое его слово. Урока его ждали. Уроки его были скорее удовольствием, отдыхом для учащихся, чем тяжелой обязанностью, трудом. Это была живая беседа, увлекательная речь, интересный, захватывающий внимание рассказ. И эти живые беседы пастыря-отца с своими детьми на всю жизнь глубоко запечатлевались в памяти учащихся. Такой способ преподавания он в своих речах, обращаемых к педагогам перед началом учебного года, объяснял необходимостью дать отечеству прежде всего человека и христианина, отодвигая вопрос о науках на второй план. Нередко бывали случаи, когда о. Иоанн, заступившись за какого-нибудь ленивого ученика, приговоренного к исключению, сам принимался за его исправление. Проходило несколько лет, и из ребенка, не подававшего, казалось, никаких надежд, вырабатывался полезный член общества. Особенное значение о. Иоанн придавал чтению житий святых и всегда приносил на уроки отдельные жития, которые раздавал учащимся для чтения на дому. Характер такого преподавания Закона Божия о. Иоанном ярко запечатлен в адресе, поднесенном ему по случаю 25-летия его законоучительства в Кронштадтской гимназии: «Не сухую схоластику ты детям преподавал, не мертвую формулу — тексты и изречения — ты им излагал, не заученных только на память уроков ты требовал от них; на светлых, восприимчивых душах ты сеял семена вечного и животворящего Глагола Божия».
Но этот славный подвиг плодотворного законоучительства о. Иоанн должен был оставить ради еще более плодотворного и широкого подвига своего всероссийского душепопечения.
Надо только представить себе, как проходил день у о. Иоанна, чтобы понять и прочувствовать всю тяжесть и величие этого его беспримерного подвига. Вставал о. Иоанн ежедневно в 3 часа ночи и готовился к служению Божественной литургии. Около 4 часов он отправлялся в собор к утрени. Здесь его уже встречали толпы паломников, жаждавших получить от него хотя бы благословение. Тут же было и множество нищих, которым о. Иоанн раздавал милостыню. Заутреней о. Иоанн непременно сам всегда читал канон, придавая этому чтению большое значение. Перед началом литургии была исповедь. Исповедь, из-за громадного количества желавших исповедываться у о. Иоанна, была им введена, по необходимости, общая. Производила она — эта общая исповедь — на всех участников и очевидцев потрясающее впечатление: многие каялись вслух, громко выкрикивая, не стыдясь и не стесняясь, свои грехи. Андреевский собор, вмещавший до 5,000 человек, всегда бывал полон, а потому очень долго шло причащение и литургия раньше 12 часов дня не оканчивалась. По свидетельству очевидцев и сослуживших о. Иоанну, совершение о. Иоанном Божественной литургии не поддается описанию. Ласковый взор, то умилительный, то скорбный, в лице сияние благорасположенного духа, молитвенные вздохи, источники слез, источаемых внутренне, порывистые движения, огонь благодати священнической, проникающий его мощные возгласы, пламенная молитва — вот некоторые черты о. Иоанна при богослужении. Служба о. Иоанна представляла собою непрерывный горячий молитвенный порыв к Богу. Во время службы он был воистину посредником между Богом и людьми, ходатаем за грехи их, был живым звеном, соединявшим Церковь земную, за которую он предстательствовал, и Церковь небесную, среди членов которой он витал в те минуты духом. Чтение о. Иоанна на клиросе — это было не простое чтение, а живая восторженная беседа с Богом и Его святыми: читал он громко, отчетливо, проникновенно, и голос его проникал в самую душу молящихся. А за Божественной литургией все возгласы и молитвы произносились им так, как будто своими просветленными очами лицом к лицу видел он пред собою Господа и разговаривал с Ним. Слезы умиления лились из его глаз, но он не замечал их. Видно было, что о. Иоанн во время Божественной литургии переживал всю историю нашего спасения, чувствовал глубоко и сильно всю любовь к нам Господа, чувствовал Его страдания. Такое служение необычайно действовало на всех присутствующих. Не все шли к нему с твердой верой: некоторые с сомнением, другие с недоверием, а третьи из любопытства. Но здесь все перерождались и чувствовали, как лед сомнения и неверия постепенно таял и заменялся теплотою веры. Причащающихся после общей исповеди бывало всегда так много, что на святом престоле стояло иногда несколько больших чаш, из которых несколько священников приобщали верующих одновременно. И такое причащение продолжалось нередко более двух часов.
Во время службы письма и телеграммы приносились о. Иоанну прямо в алтарь, и он тут же прочитывал их и молился о тех, кого просили его помянуть.
После службы, сопровождаемый тысячами верующих, о. Иоанн выходил из собора и отправлялся в Петербург по бесчисленным вызовам к больным. И редко когда возвращался домой ранее полуночи. Надо полагать, что многие ночи он совсем не имел времени спать.
Так жить и трудиться можно было, конечно, только при наличии сверхъестественной благодатной помощи Божией!
Но и самая слава о. Иоанна была его величайшим подвигом, тяжким трудом. Подумать только, что ведь всюду, где бы он ни показался, около него мгновенно вырастала толпа жаждавших хотя бы лишь прикоснуться к чудотворцу. Почитатели его бросались даже за быстро мчавшейся каретой, хватая ее за колеса с опасностью быть изувеченными.
По желанию верующих о. Иоанну приходилось предпринимать поездки в разные города России. Эти поездки были настоящим триумфом смиренного Христова служителя. Стечение народа определялось десятками тысяч, и все бывали объяты чувствами сердечной веры и благоговения, страхом Божиим и жаждою получить целительное благословение. Во время проезда о. Иоанна на пароходе толпы народа бежали по берегу, многие при приближении парохода становились на колени. В имении «Рыжовка», около Харькова, где поместили о. Иоанна, уничтожены были многотысячной толпой трава, цветы, клумбы. Тысячи народа проводили дни и ночи лагерем около этого имения. Харьковский собор во время служения о. Иоанна 15 июля 1890 года не мог вместить молящихся. Не только весь собор, но и площадь около собора не вместила народа, который наполнял даже все прилегающие улицы. В самом соборе певчие принуждены были поместиться в алтаре. Железные решетки оказались всюду сломанными от давки. 20 июля о. Иоанн совершал молебен на Соборной площади — народу было более 60,000. Точно такие же сцены происходили в поволжских городах: в Самаре, Саратове, Казани, Нижнем Новгороде.
О. Иоанн находился в царском дворце в Ливадии при последних днях жизни Императора Александра III, и самая кончина Государя последовала в его присутствии. Больной Государь встретил о. Иоанна словами: «Я не смел пригласить вас сам. Благодарю, что вы прибыли. Прошу молиться за меня. Я очень недомогаю»... Это было 12 октября 1894 года. После совместной коленопреклонной молитвы Государя наедине с о. Иоанном последовало значительное улучшение здоровья больного и явились надежды на его полное выздоровление. Так продолжалось пять дней; 17 октября началось снова ухудшение. В последние часы своей жизни Государь говорил о. Иоанну: «Вы — святой человек. Вы — праведник. Вот почему вас любит русский народ». «Да, — отвечал о. Иоанн, — Ваш народ любит меня». Умирая, по принятии Св. Таин и таинства елеосвящения, Государь просил о. Иоанна возложить свои руки на его голову, говоря ему: «Когда вы держите руки свои на моей голове, я чувствую большое облегчение, а когда отнимаете, очень страдаю — не отнимайте их». О. Иоанн так и продолжал держать свои руки на главе умирающего Царя, пока Царь не предал душу свою Богу.
Достигнув высокой степени молитвенного созерцания и бесстрастия, о. Иоанн спокойно принимал богатые одежды, преподносимые ему его почитателями, и облачался в них. Это ему даже и нужно было для прикрытия своих подвигов. Полученные же пожертвования раздавал все, до последней копейки. Так, например, получив однажды при громадном стечении народа пакет из рук купца, о. Иоанн тотчас же передал его в протянутую руку бедняка, не вскрывая даже пакета. Купец взволновался: «Батюшка, да там тысяча рублей!» — «Его счастие», — спокойно ответил о. Иоанн. Иногда, однако, он отказывался принимать от некоторых лиц пожертвования. Известен случай, когда он не принял от одной богатой дамы 30,000 рублей. В этом случае проявилась прозорливость о. Иоанна, ибо эта дама получила эти деньги нечистым путем, в чем после и покаялась.