Первой заботой епископа Игнатия по управлению паствой было устроение богослужения в надлежащем церковном чине и восстановление должных отношений между духовенством и народом, как в городах, так и в селах. Сам он в обращении с духовенством был приветлив, прост и прям, постоянно заботился о его быте, образовании и взаимных отношениях, приличествующих священному сану; внимательно входил в действия благочинных, в нравственное состояние тех, кои подвергались наказаниям и замечаниям, стараясь, сколько возможно, отделять служебную виновность лица от его семейных обстоятельств и всяких домашних нужд. В исходе августа Преосвященный объехал юго-восточную часть епархии, посетил города Моздок и Кизляр и селениями восточной части губернии возвратился в Ставрополь, где на зиму и перешел во вновь построенный дом.
Преосвященный Игнатий обращал свое внимание также и на воспитание юношества в подведомственных ему учебных заведениях. Так, он нашел необходимым ограничить меры наказания, бывшие в обычаях в этих училищах, предложением семинарскому правлению, чтобы воспитатели обращали более внимания на нравственную сторону взысканий, развивали в детях и юношах совестливость, как более гарантирующую их доброе поведение, и тщательно обсуждали правдивость наказаний, соразмеряя их с виновностью; чтобы самые наказания эти были разумно-человечные, без увлечения гневом или горячностью.
С наступлением весны 1859 года Преосвященный Игнатий весьма сочувственно отнесся к делу об улучшении быта крестьян с уничтожением крепостного права. Его глубоко огорчило кривое толкование воли Государя-Освободителя, извращение смысла слов «свобода» — «воля», благоволением Монарха дарованных своим подданным. По этому поводу Преосвященным были сделаны два предложения, разосланные циркулярно по епархии: в том и другом излагался евангельский взгляд на дело, и предлагалось духовенству руководствоваться этим взглядом в случаях сношения с прихожанами, когда эти будут обращаться за советом или вразумлением касательно крестьянского вопроса.
Летом того же года Преосвященный объезжал западную часть своей епархии; посетил приходы и монастыри Черноморья и около двух месяцев прожил в Тамани. С осени он занялся приисканием и устройством нового помещения для семинарии, помещавшейся в наемном по контракту доме, тесном и неудобном, которому уже приближался исходный срок найма. При содействии местного гражданского начальства состоялся весьма выгодный наем на продолжительный срок частных домов под это заведение в нагорной и самой здоровой части города, рядом с церковью Святого Апостола Андрея Первозванного, что на архиерейской лесной даче, примыкающей в этом месте к главной торговой площади города. Множество следственных дел, тянувшихся производством, множество давних неудовольствий между прихожанами и духовенством и еще большее число дел, возникших от немирных столкновений уездных гражданских властей с духовными, или были окончены мирными соглашениями, или разобраны и решены; из множества их осталось разве ничтожное количество неоконченных, так что вообще можно сказать, что епархия была приведена в полное благосостояние.
Но скорби не оставляли преследовать епископа Игнатия и в этом его положении, а кончина митрополита Григория лишила его ближайшего человека, принимавшего в нем дружеское участие. К тому же его постигла очень тяжкая болезнь: натуральная оспа, соединенная с сильной горячкой. Продолжительно тянулось его выздоровление, силы его стали заметно слабеть, он решился проситься прямо на покой в знакомый уже Николо-Бабаевский монастырь; в конце июля 1861 года подал о том рапорт в Синод и обратился с письмом к Государю Императору.
Вот содержание этого письма:
«Августейший Монарх,
Всемилостивейший Государь!
Чувствуя изнеможение сил от болезненности, продолжающейся около 40 лет, и постоянно питая в душе моей желание окончить дни в уединении, я подал в Святейший Синод рапорт, в котором, донося о состоянии своего здоровья, прошу об увольнении меня от управления епархиею и предоставлении мне в управление общежительного Николо-Бабаевского монастыря, на Волге, в Костромской епархии, по тому образцу, как это делалось для многих архиереев, уволенных от дел епархиальных. То милостивое внимание, которого удостаивали меня Ваши Августейшие Родители, называя меня своим воспитанником, дозволяет мне обратиться к Вашему Императорскому Величеству с всеподданнейшею и убедительнейшею просьбою. Не во внимание к какой-либо заслуге или достоинству, — коих нет у меня — в память Ваших почивших Родителей окажите мне милость, повелите удовлетворить моему прошению, даруйте мне просимый приют, в котором я мог бы окончить в мире дни мои, вознося недостойные и убогие молитвы к Богу о благоденствии Вашем и всего Вашего Августейшего Дома, о покое и вечном блаженстве Ваших приснопамятных Родителей.
С чувствами верноподданническими благоговейнейшего уважения и совершеннейшей преданности имею счастье быть», и проч. 24 июля 1861 года».
Августа 5-го состоялось увольнение с назначением пенсии по 1000 руб. в год; впоследствии она по Высочайшему повелению увеличена прибавкой 500 рублей.
19 сентября 1861 года Государь посетил Кавказ, но в Ставрополе не был, а осматривая вновь покоренные земли за Кубанью, спрашивал у графа Евдокимова (главная квартира которого была в Ставрополе) о Преосвященном и через него прислал ему орденские знаки Святой Анны 1-й степени, которые уже не застали Владыку в Ставрополе, а отправлены к нему по почте на новое место жительства.
При отъезде из Ставрополя, так же, как и прежде из Петербурга, у Преосвященного не имелось собственных денежных средств; он должен был опять прибегнуть к посторонней помощи, чтобы рассчитаться с некоторыми долгами и покрыть путевые издержки. На пути следования через Москву он остановился у старого знакомца своего Преосвященного Леонида, епископа Дмитровского, викария Московского, и прогостил у него за болезнью до двух недель. У него сделался нервный удар в правой ноге, и хотя принятыми медицинскими мерами и получил некоторое облегчение, но с того времени стал постоянно страдать слабостью этой ноги.
Во время пребывания своего на Кавказе Преосвященный Игнатий не оставлял своих духовно-литературных трудов. Кроме устно сказанных поучений, он написал здесь всю книгу «Приношение современному монашеству», составляющую 5-й том его творений. В ней преподает он современному монашеству советы жизни иноческой в правилах наружного поведения и во внутренней душевной деятельности применительно к тем многоразличным служениям, какие возлагаются на монашествующих в наше время. Составил слова: «О различных состояниях естества человеческого по отношению к добру и злу», «О видении духов» и «О спасении и христианском совершенстве».
«Слово о видении духов» составлено Преосвященным на основании собственных опытов. Такого рода опыты он изведывал в течение большей половины своей духовной жизни и изображал их в своих книгах, смотря на них как с духовной, так и с физической сторон.
В Николо-Бабаевский монастырь Преосвященный приехал 13 октября 1861 года. С ним прибыли: управлявший при нем Кавказским архиерейским домом игумен Иустин, присный духовный сын епископа; ризничий, иеромонах Каллист, из послушников Сергиевой пустыни; иеромонах Феофан, состоявший духовником при Андреевской церкви Ставропольского архиерейского дома, из иноков Никифоровской пустыни Олонецкой епархии, и несколько послушников. Последние состояли на Кавказе под духовным руководством иеромонаха Феофана, который, равно как и игумен Иустин и иеромонах Каллист, пользовался сам советами и духовными наставлениями владыки Игнатия. Таким образом, все лица, прибывшие с Кавказа в Бабаевскую обитель, составляли одну духовную семью, и их дружный образ действий скоро повлиял на весь внутренний и внешний быт обители.
Николо-Бабаевский монастырь расположен на правом берегу реки Волги при впадении в нее небольшой речки Солонины, которая отделяет Костромской монастырский берег от границы Ярославской губернии. За обеими реками в этой смежной губернии монастырь владеет небольшими сенокосными лугами. Жители Ярославля издавна расположены к Николо-Бабаевскому монастырю и с особенным благоговением и верой чтут имеющуюся в нем святыню — чудотворную икону Святителя Николая. По-видимому выгодное положение обители, стоящей на полпути между двумя губернскими городами Ярославлем и Костромой и при одном из первых водных сообщений, должно намекать на материальное благосостояние ее, но на самом деле было не то: пришельцы с Кавказа застали этот общежительный монастырь всего с 60 рублями наличных денег, при двух тысячах рублей долгу, притом пред самым вступлением в зиму, без всякого запаса хлеба и заготовки дров; хлебопашеством в монастыре вовсе не занимались. Благоустроению обители много помогло то обстоятельство, что, еще до приезда Преосвященного Игнатия, бывший настоятель ее игумен Парфений, по собственному желанию и просьбе, был перемещен епархиальным начальством в Надеевскую пустынь той же Костромской епархии, и должность его была сряду занята игуменом Иустином; благочинным монастыря был назначен иеромонах Каллист, а иеромонах Феофан сделан вторым духовником. Чин богослужения, порядки келейного жительства, братская трапеза и жилища, — все было поведено к улучшению. Заведено правильное хлебопашество на земле, принадлежащей монастырю, около 80 десятин, частью болотной, частью наносно-песчаной, для чего была произведена разбивка полей, прорыты канавы для осушки болот и через них болотная вода спущена в Волгу. Начата перестройка келлий, назначенных для самого епископа, капитальное исправление корпуса братских келлий и настоятельских. Корпус этот, с одной стороны обращенный к Волге, — двухэтажный, с другой, внутрь монастыря, — одноэтажный; его нашли нужным сшить поперечными железными полосами, так как он от сырости места и от неравномерной осадки значительно истрескался в этом направлении. Гостиница для приезжающих, расположенная у самой ограды монастыря, была вся переделана внутри и прилично меблирована.
