Не обошлось, конечно, и в Киеве без столкновений с униатами и латинянами и вообще без огорчений, особенно для самого Петра Могилы. В феврале 1637 г. скончался униатский митрополит Иосиф Велямин Рутский в Дерманском монастыре, где скончался и Смотрицкий. На место Рутского назначен был его коадъютор Рафаил Корсак, епископ Пинский и Туровский, который вскоре по просьбе униатских епископов (от 1 марта) и утвержден папою. Новый митрополит прибыл было в Киев, предъявляя свои права на владения и доходы Киево-Софийского собора. Но принужден был Могилою удалиться, так как по известным «Статьям» примирения эти имения оставлены были за униатскою митрополиею только до смерти Рутского. Воеводою в Киеве был Ян Тышкевич, ярый католик, старавшийся всячески вредить православным. «Я терплю великое преследование от пана воеводы киевского, – писал Могила в 1640 г. Минскому братству, – тут, в Киеве, вновь начали чинить над нами тиранство и проливать кровь. Досадуя, что в моем коллегиуме обучается великое множество (громада) молодежи русской, и опасаясь, что юноши эти, изучив науки, могут показать правду всему свету и могущественно оборонять св. Церковь, воевода приказал своему замковому наместнику взвести клевету на какого-либо студента в важном преступлении, чтобы студенты, устрашившись, все разбежались по другим училищам, в которых прежде учились. И вот в первый понедельник Великого поста, когда студент Федор Гоголевский шел через площадь, его схватили и повлекли в замок. Там слуга наместника Сепач удостоверял, будто ночью, когда он с другими находился в корчме, студенты сделали нападение на дом и кого-то ранили. Наместник, вместо того чтобы произвесть расследование, приказал тотчас студента обезглавить, – и это случилось в мое отсутствие из Киева». Может быть, студент действительно был виноват, но как дело не было расследовано законным порядком, то Могила и мог подозревать здесь одну злонамеренность. Латиняне имели уже в Киеве два монастыря на Подоле: доминиканский и бернардинский. Но монашествующие этих орденов не в состоянии были бороться с православными. Потому воевода Тышкевич с общего совета своих единоверцев решился водворить в Киеве иезуитов с их школою и назначил для будущей иезуитской коллегии фундуш. С этою целию в 1645 г. вызваны были из Кракова в Киев предварительно только два иезуита, Станислав Сметка и Николай Циховский. Они начали совершать исповедь в храмах доминиканском и бернардинском и будто бы совратили в латинство четырех православных. Затем Циховский открыл в бернардинском храме ряд проповедей об исхождении Святого Духа и возбудил ими общее внимание, так что славившийся между своими единоверцами «ректор могилянской коллегии и профессор философии» Иннокентий Гизель пригласил проповедника иезуита к себе в коллегию и предложил ему иметь с ним публичный диспут. С обоюдного согласия диспут об исхождении Святого Духа состоялся 8 июня 1646 г. и продолжался три дня. Обе стороны по обычаю остались при своем, и каждая усвояла себе победу. Вскоре иезуитская коллегия при покровительстве воеводы Тышкевича, к великому негодованию православных, действительно основалась в Киеве.
Кроме столкновений с униатами и латинянами имел еще митрополит Петр Могила в Киеве столкновения, может быть самые тяжелые и прискорбные, с своим предместником Исаиею Копинским. Мы уже упоминали, как отнесся Исаия с своими попами к новому митрополиту, прибывшему на свою кафедру, и как поступил последний с теми попами и с самим Исаиею. Отпущенный из лавры в Михайловский монастырь, Исаия продолжал управлять им до 10 августа 1635 г., когда выехал из монастыря и уже навсегда. Об этом выезде сохранились два почти противоположные известия. Спустя восемь дней иноки Киево-Михайловского монастыря Дометиан и Геронтий будто бы от лица своей братии внесли в овручские городские книги протест, в котором заявляли, что Исаия Копинский по смерти митрополита Иова сам устроил себе «елекцию» на игуменство Киево-Михайловского монастыря, на которое еще прежде избран был всею братнею наместник лавры Филофей Кизаревич, и, насильно выгнав последнего из обители, занял его место, что потом, живя в монастыре, заботился только о своих пожитках, а о братии не радел и утеснял ее тирански и что, наконец, 10 августа своевольно, без всякого повода и причины от кого-либо, выехал из монастыря неизвестно куда и забрал с собою разные монастырские документы и многие наиболее ценные церковные вещи, как-то: омофор, три фелони, два стихаря, четыре чаши, два креста, два Евангелия, две кадильницы, разные книги и пр. Другое известие сохранилось в «Протестации» самого Исаии Копинского, которую он спустя уже два года, т. е. в 1637 г., занес во владимирские градские книги. Здесь, именуя себя «архиепископом Сиверским» (известно, что пред избранием на митрополию он назывался архиепископом Смоленским, Черниговским и всего Севера, т. е. всего Северского княжества, или края, где находился Новгород Северский), Исаия говорил, что Петр Могила, не довольствуясь «першими великими кривдами и опрессиями», как ему самому, так и монахам и челяди Михайловского монастыря, продолжал делать нападения на маетности этой обители и довел ее до совершенного обнищания; что, опасаясь за свою жизнь, он, Исаия, «оставивши монастырь свой во всем целый и наместника от себе и инших законников угрунтовавши», отправился к королю, «о привилей и кглет стараючисе», и что во время отсутствия его, Исаии, из монастыря Петр Могила «неслушне и неповажне, чрез упор и потугу» взял этот монастырь с его маетностями и неизвестно по какому праву отдал в управление отцу Филофею Кизаревичу, назвав его игуменом. В обоих этих известиях, без сомнения, есть преувеличения, как обыкновенно бывало в протестах, но есть и доля правды. Петру Могиле естественно было желать, чтобы Исаия не оставался в Киево-Михайловском монастыре, где была прежде кафедра митрополита, так как, живя в Киеве, Исаия служил как бы постоянным укором для нового митрополита, а в православных, особенно из простого народа, мог возбуждать недоумение, кому же из двух наличных митрополитов должно повиноваться. Потому неудивительно, если Могила старался всячески выжить Исаию из Михайловского монастыря и с этою целию позволял разные нападения на монастырь и его имения. Всего вероятнее, нападения делал не сам Могила, а его наместник по лавре Кизаревич, который мог оправдывать себя тем, что он домогается возвратить себе законные права на Михайловский монастырь, отнятые у него насильно Исаиею. С другой стороны, естественно и то, что Исаия нашелся, наконец, вынужденным этими нападениями своего совместника удалиться из Киево-Михайловского монастыря, но, удаляясь, взял с собою из монастыря некоторые церковные вещи, которые, может быть, сам же и устроил во время своего здесь игуменства. Как бы ни было, впрочем, только, оставляя монастырь, Исаия вовсе не думал отказываться от него; напротив, затем и отправился теперь к королю с жалобою на Петра Могилу, чтобы отстоять монастырь за собою. В это-то время, если верить униатскому писателю, Исаия прибег за помощию к врагу Петра Могилы, униатскому митрополиту Рутскому, и Рутский будто бы принял Исаию с участием и, может быть, походатайствовал за него пред королем или королевскою канцеляриею. По крайней мере жалоба Исаии имела успех, и Петру Могиле последовала от короля напоминальная грамота, чтобы «отец митрополит опрессий больше чинити занехал», монастырь Михайловский с маетностями возвратил Исаии Копинскому и «шкоды починенные нагородил (вознаградил)», под опасением пени в шестнадцать тысяч коп грошей литовских. Тогда Могила начал искать случая войти в соглашение с Исаиею, и случай скоро представился. Приехав 1 февраля 1637 г. в Луцк, Петр Могила узнал, что там же находится и архиепископ Сиверский Исаия, и пригласил его к себе в дом Луцкого епископа Афанасия Лузины. Здесь в присутствии многих духовных лиц оба соперника вели между собою прения и переговоры, и кончилось тем, что Исаия «квитовал» (освободил) Могилу «изо всех на него починенных протестаций» и отказался от всех против него процессов. Но лишь только соперники расстались, как Исаия поспешил отправить чрез волынского возного Станислава Кчумовского для внесения в градские владимирские книги ту самую протестацию 1637 г., о которой мы упоминали выше, и в ней, изложив подробно весь ход своих препирательств с Могилою, нами только что описанных, заявлял, что Могила насильно принудил его во время луцкого свидания отказаться от всех прежних процессов (трудно представить, как это могло случиться в присутствии многих духовных лиц) и что, только «охраняючи здоровье свое», он, Исаия, согласился на уничтожение тех процессов. Не довольствуясь этим, Исаия отправился еще к королю жаловаться на Петра Могилу. Король грамотою от 27 мая 1637 г. назначил комиссию, в состав которой вошли волынский воевода Адам Сангушко, киевский архидиакон Николай Ланцкоронский, киевский судья Стефан Аксак, киевский подсудок Лукаш Витовский и несколько других лиц, и приказал, чтобы члены комиссии немедленно съехались в Киев и, расследовав дело с подробностию, возвратили Михайловский монастырь Исаии, а самый акт следствия представили ему, королю. Неизвестно, как происходило следствие, но несомненно, что оно окончилось не в пользу Исаии, потому что Михайловский монастырь не был ему возвращен. Да иначе и не могло случиться, так как при подробном расследовании дела должно было выясниться, что Филофей Кизаревич избран был в игумены Михайловского монастыря местною братиею прежде Исаии и, значит, имел на монастырь более права, почему и все нападения на монастырь со стороны Петра Могилы и Кизаревича, все покушения их отнять монастырь у Исаии являлись некоторым образом законными. Исаия после этого поселился где-то в Полесье, не прерывая, однако ж, сношений с своими прежними монастырями, лубенским Мгарским и двумя прилуцкими – Густынским и Ладинским, где монашествующие признавали его своим общим отцом и пастырем и называли «епископом Лубенским». Не к чести Исаии надобно сказать, что он начал теперь вредить своему противнику ложными о нем известиями и в Великом посту 1638 г. писал из Полесья в Лубенский и прилуцкие монастыри к игуменам и всей братии следующее: «Одноконечно, король польский, и паны радные, и ляцкие арцибискупы приговорили на сейме, что в их Польской и в Литовской земле православной хрестьянской вере не быть, и хрестьянские церкви поломать, и книги русския вывесть. А Киевской-де митрополит Петр Могила веры хрестьянской ныне отпал, и благословен-де митрополит Петр Могила от папы Римскаго ныне в Великой пост в патриархи, будто быть патриархом хрестьянския веры. А присегал-де он, Петр Могила, королю, и всем панам радным, и арцибискупам ляцким, что ему хрестьянскую веру ученьем своим попрать и уставить всее службу церковную по повеленью папы Римского, римскую веру, и церкви хрестьянския во всех польских и литовских городах превратить на костелы ляцкие, и книги русские все вывесть. А в митрополиты-де в Киев, в Печерский монастырь, на Петрово место Могилы благословлен ныне Карсак, бывший владыко Пинский. А быть-де в киевском Печерском монастыри ляцким чернцом борнадином, а в Никольском киевском монастыри быть приговорено ляцким восаком, а в Михайловском монастыри быть домниканом». Правда, Исаия прибавлял, что о всем этом писал ему из Луцка князь Коширский, воевода волынский, но если бы и действительно воевода писал, все-таки Исаии не следовало разглашать такие важные известия, прежде нежели достоверность их не подтвердится. Между тем известия оказались совершенно ложными. В старом помяннике Антониевой пещеры, при которой некогда Исаия был настоятелем, сохранилась заметка, что он «року 1640, окт. 5 преставися». Но где преставился и где погребен, остается неизвестным. Вообще вся эта печальная история столкновений между двумя митрополитами, Исаиею Копинским и Петром Могилою, нам кажется, более бросает тени на первого, чем на последнего.
