У церкви не было ни определенного взгляда, ни установившегося правила; то строго преследовали еретиков, то относились к ним снисходительно; все зависело от характера прелата, ведшего дело. Теодвин, преемник Вазо по кафедре в Льеже, писал в 1050 году французскому королю Генриху I, убеждая его наказать всех единомышленников Беранже Турского и не слушать их объяснений. Эти колебания от строгости к прошению отразились в замечаниях св. Бернара, сделанных им по поводу событий в Кельне в 1145 году, когда чернь, несмотря на сопротивление духовенства, схватила катаров и сожгла их живыми. Он утверждает, что еретики должны быть обращаемы убеждениями, а не силой; если же они продолжают упорствовать, то нужно прекратить с ними всякое общение; одобряя ревность жителей Кельна, он не хвалит самого их поступка.
Папа Александр III явно склонялся к прощению, когда в 1162 году отказался судить присланных к нему реймским архиепископом катаров, сказав, что лучше простить виновных, чем предать смерти невинных. Даже еще в конце XII столетия Петр Кантор утверждал, что апостол приказал избегать еретиков, а не убивать их, и он указывал, как непоследовательно строго карать самые незначительные отступления от веры и оставлять безнаказанными самые возмутительные преступления против нравственности. Первые мероприятия Иннокентия III против альбигойцев в 1199 году ограничивались изгнанием и конфискацией; он ни словом не намекает на более тяжелые наказания; да и указанные им могли заменяться такой легкой епитимией, как путешествие на поклонение святыням Рима или Компостеллы.
Но по мере того как разгоралась борьба, наказания становились более жестокими. В 1212 году в Страсбурге было сожжено восемьдесят еретиков. Мы уже упоминали, что Петр II Арагонский первый ввел в свод законов эдиктом 1197 года эту варварскую форму наказания. Пример его не скоро нашел подражателей. Оттон I в своей конституции 1210 года ограничивает наказание еретиков изгнанием их из империи, конфискацией имущества и разрушением домов. Фридрих II в своем знаменитом статуте 22 ноября 1220 года, которым преследование еретиков было введено в государственное право Европы, ограничился по отношению к ним конфискацией имущества и признанием их вне закона; последнее, в сущности, равнялось смертной казни, так как ставило жизнь еретика в зависимость от каприза первого встречного. В своей конституции, опубликованной в марте 1224 года, он пошел дальше и постановил, чтобы еретики предавались смертной казни или через сожжение, или через вырывание языка, предоставив суду право выбора того или другого наказания. И только в своей Сицилийской конституции 1231 года Фридрих сделал обязательным сожжение на костре; этот вид казни особенно часто практиковался в неаполитанских владениях императора. Равеннский эдикт, изданный в марте 1232 года, определяет смертную казнь за принадлежность к ереси, но не указывает ее вида; зато Кремонский эдикт, изданный в мае 1238 года, распространил сицилийский закон на всю империю. В Венеции с 1249 года дож, вступая в управление, давал присягу сжигать всех еретиков. В 1255 году король Кастильский Альфонс Мудрый назначил сожжение на костре за переход из христианства в магометанство или иудейство. Во Франции законодательство, принятое Людовиком Святым и Раймундом Тулузским для выполнения постановлений договора 1229 года, хранит глубокое молчание относительно рода наказания, хотя в это время костер уже вошел во всеобщее употребление. Только в 1270 году в «Установлениях» Людовика Святого появилась статья, осуждавшая еретиков на сожжение живыми. В Англии, которая почти не знала ереси, статья «О сожжении еретиков» была установлена статутом только в 1401 г.
Однако этот жестокий обычай — сжигать еретиков живыми — не был придуман законодателями, только лишь принявшими ту форму мщения, в которой в ту эпоху народная грубость находила себе удовлетворение. В 1219 году в Труа был схвачен чернью сумасшедший, утверждавший, что он Святой Дух; его связали, бросили в ивовую корзину, обложили хворостом и сожгли. Ужасная смерть мучеников в эпоху преследования христианства, по-видимому, внушала, если не оправдывала, применение подобных же наказаний в отношении еретиков. Так как ересь считалась одним из наиболее тяжелых преступлений, то желание, общее и у духовных и у мирян, покарать ее казнью, как можно более строгой и ужасной, нашло подходящим костер. К тому же при существовавшем тогда способе толкования Священного Писания нетрудно было найти в нем указание на казнь через сожжение. В Евангелии от Иоанна мы читаем: «Кто не пребудет во мне, извергнется вон, как ветвь, и засохнет; а такие ветви собирают и бросают в огонь; и они сгорают». Буквальное толкование текстов Священного Писания было таким частым источником заблуждений и преступлений, что нечего удивляться и подобному толкованию данного места. Люди, посвятившие свою жизнь служению инквизиции, категорически заявляют, что виновный должен быть сожжен живым в присутствии народа; они добавляют, что можно сжечь население целого города, если он является притоном еретиков.
Однако в то же примерно время, когда тысячи людей были преданы смерти в Лангедоке, Латеранский собор 1216 года запрещал духовным лицам произносить смертные приговоры или присутствовать при казнях. В 1255 году собор в Бордо запретил им даже писать или диктовать бумаги, относящиеся к смертным приговорам. При преследовании ереси духовный суд не выносил смертных приговоров; он ограничивался признанием обвиненного еретиком, после чего его «отпускал», то есть предавал в руки светской власти, лицемерно при этом заклиная ее отнестись к нему снисходительно, пощадить его жизнь и не проливать крови. Тем не менее инквизиторы придумали формулу, согласно которой всякий, даже только подозреваемый в недостаточно энергичном преследовании еретиков, сам совершал преступление, равное ереси, и заслуживал такого же наказания.
В начале XII века, как только успехи ереси приняли заметные размеры, Гонорий Отенский провозгласил, что необходимо прибегать к мечу светских властей в отношении тех, кто, противясь слову Божию, будет упорно отказываться слушаться церковь. В сборниках канонического права XII века содержится очень много положений об обязанностях светского монарха в деле искоренения ереси и о послушании его в этом предписаниям церкви. Второй Латеранский собор 1139 года предписывает всем владетельным лицам приводить еретиков к послушанию; Третий Латеранский собор 1179 года заявляет, что церковь не жаждет крови, но что она обращается за помощью к светской власти, потому что люди, чтобы избежать телесных наказаний, готовы принять исцеление души. Декрет Луция III, изданный на Веронском соборе 1184 года, обязывал всех светских суверенов давать в присутствии епископа присягу, что они будут исполнять все духовные и гражданские законы против ереси. Всякий отказ или упущение наказуемы отлучением от церкви, потерей власти или ограничением ее; виновный город должно изолировать и лишать всякого общения с другими. Церковь дала почувствовать всем облеченным властью, что занимаемые ими места были, в сущности, должностями всемирной теократии, в которой все интересы были подчинены одной главной обязанности — поддерживать чистоту веры.
Фридрих II заявлял, что он получил императорское достоинство для того, чтобы поддерживать и распространять веру. В булле Климента VI, подтверждающей избрание Карла IV, на первом месте стоят обязанности императора распространять веру и уничтожать ересь. Принципы, примененные в деле Раймунда Тулузского, были внесены в каноническое право, и всякий суверен должен был знать, что его земли отдадут на разграбление, если он не будет решительно преследовать ересь. В таком же положении были и все светские должностные лица. Тулузский собор 1229 года постановил, что всякий бальи, проявивший недостаточно рвения в преследовании ереси, должен быть лишен имущества и права избрания на общественные должности. В 1244 году Нарбоннский собор объявил, что, если кто-либо из светских судей промедлит в деле подавления ереси, он должен считаться единомышленником еретиков и подвергнуться равному с ними наказанию; это постановление было распространено и на тех, кто не схватит или не придет на помощь задержавшим еретика. Обязанность преследовать еретиков, под угрозой всех духовных и телесных кар, какими располагала церковь XIII века, была возложена на всех, начиная от императора и кончая последним крестьянином.
Эти идеи были введены в государственное право Европы; из указов Фридриха II против ереси они вошли в сборники гражданского и феодального права и даже в местное законодательство. Так, например, в 1228 году, согласно Веронским статутам, всякий начальник города при своем вступлении в должность дает присягу изгонять из города всех еретиков; в «Швабском зерцале» говорится, что суверен, небрежный в преследовании еретиков, должен быть лишен всех своих владений и что если он не предает сожжению всех тех, кого передаст ему духовный суд как еретиков, то он должен быть сам наказан за ересь. Церковь настояла на том, чтобы указы Фридриха читались и объяснялись в высшей юридической школе в Болонье как основное положение законоведения и были внесены в каноническое право. Папы неоднократно приказывали вносить эти указы в сборники законов городов и государств; на обязанности инквизитора лежало требовать их исполнения от всех должностных лиц под страхом отлучения нерадивых от церкви. Но даже и само отлучение, лишавшее судью власти и компетенции, не избавляло его от обязанности наказывать еретиков по требованию епископа или инквизитора.