Не маловажный вопрос предстояло решить Прохору: куда и в какой монастырь идти ему. Слава подвижнической жизни иноков Саровской пустыни, где были уже многие из Курских жителей и настоятельствовал о. Пахомий, Курский уроженец, склоняла его идти к ним, но ему хотелось предварительно быть в Киеве, чтобы посмотреть на труды Киево-Печерских иноков, испросить наставление и советы от старцев, познать чрез них волю Божию, утвердиться в своих мыслях, получить благословение от какого-нибудь подвижника и, наконец, помолиться и благословиться у св. мощей преп. Антония и Феодосия, первоначальников иночества. Прохор отправился пешком, с посохом в руке, и с ним шли ещё пять человек Курских купцов. В Киеве, обходя тамошних подвижников, он прослышал, что недалеко от св. лавры Печерской, в Китаевской обители, спасается затворник, по имени Досифей, имеющий дар прозорливости. Придя к нему, Прохор упал к ногам его, целовал их, раскрыл пред ним всю свою душу и просил наставлений и благословения. Прозорливый Досифей, видя в нём благодать Божию, уразумев его намерения и провидя в нём доброго подвижника Христова, благословил его идти в Саровскую пустынь и сказал в заключение: "Гряди, чадо Божие, и пребуди тамо. Место сиё тебе будет во спасение, с помощью Господа. Тут скончаешь ты и земное странствие твоё. Только старайся стяжать непрестанную память о Боге чрез непрестанное призывание имени Божия так: Господи, Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешнаго! В этом да будет всё твоё внимание и обучение; ходя и сидя, делая и в церкви стоя, везде, на всяком месте, входя и исходя, сиё непрестанное вопияние да будет и в устах, и в сердце твоём: с ним найдёшь покой, приобретёшь чистоту духовную и телесную, и вселится в тебя Дух Святый, источник всяких благ, и управит жизнь твою во святыне, во всяком благочестии и чистоте. В Сарове и настоятель Пахомий богоугодной жизни; он последователь наших Антония и Феодосия!"
Беседа блаженного старца Досифея окончательно утвердила юношу в добрых намерениях. Отговевши, исповедовавшись и причастившись Святых Таин, поклонившись ещё раз св. угодникам Киево-Печерским, он направил стопы свои на путь и, охраняемый покровом Божиим, благополучно прибыл опять в Курск, в дом своей матери. Здесь он прожил ещё несколько месяцев, даже ходил в лавку, но торговлей уже не занимался, а читал душеспасительные книги в назидание себе и другим, которые приходили поговорить с ним, расспросить о святых местах и послушать чтения. Это время было его прощанием с родиной и родными.
Как уже сказано, Прохор вступил в Саровскую обитель 20-го ноября 1778 года, накануне праздника Введения во храм Пресвятой Богородицы. Стоя в церкви на всенощном бдении, видя благочинное совершение службы, замечая, как все, от настоятеля до последнего послушника, усердно молятся, он восхитился духом и порадовался, что Господь указал ему здесь место для спасения души. О. Пахомий с малолетства знал родителей Прохора и потому с любовью принял юношу, в котором видел истинное стремление к иночеству. Он определил его в число послушников к казначею иеромонаху Иосифу, мудрому и любвеобильному старцу. Сперва Прохор находился в келейном послушании старца и с точностью исполнял все монашеские правила и уставы по его указанию; в келии он служил не только безропотно, но и всегда с усердием. Такое поведение обратило на него внимание всех и приобрело ему расположение старцев Иосифа и Пахомия. Тогда ему стали назначать, кроме келейного, ещё послушания по порядку: в хлебне, в просфорне, в столярне. В последней он был будильщиком и исполнял довольно долго это послушание. Затем он исполнял пономарские обязанности. Вообще, юный Прохор, бодрый силами, проходил все монастырские послушания с великою ревностью, но, конечно, не избег многих искушений, как печали, скуки, уныния, которые действовали на него сильно.
Жизнь юного Прохора до пострижения в монашество ежедневно распределялась так: в определённые часы он был в церкви на богослужении и правилах. Подражая старцу Пахомию, он являлся как можно раньше на церковные молитвы, выстаивал неподвижно всё богослужение, как бы продолжительно оно ни было, и никогда не выходил прежде совершенного окончания службы. В часы молитвы всегда стоял на одном определённом месте. Для предохранения от развлечения и мечтательности, имея глаза опущенными долу, он с напряжённою внимательностью и благоговением слушал пение и чтение, сопровождая их молитвою. Прохор любил уединяться в своей келии, где у него, кроме молитвы, были занятия двух родов: чтение и телесный труд. Псалмы он читал и сидя, говоря, что утруждённому это позволительно, а св. Евангелие и послания Апостолов всегда стоя пред св. иконами, в молитвенном положении, и это называл бдением (бодрствованием). Постоянно он читал творения св. отцов, напр. Шестоднев св. Василия Великого, беседы св. Макария Великого, Лествицу преп. Иоанна, Добротолюбие и проч. В часы отдохновения он предавался телесному труду, вырезывал кресты из кипарисного дерева для благословения богомольцам. Когда Прохор проходил столярное послушание, то отличался большим усердием, искусством и успехами, так что в расписании он один из всех назван Прохором - столяром. Он также ходил на общие для всей братии труды: сплавлять лес, приготовлять дрова и т.п.
Видя примеры пустынножительства о. игумена Назария, иеромонаха Дорофея, схимонаха Марка, юный Прохор стремился духом к большему уединению и подвижничеству, а потому испросил благословение своего старца о. Иосифа оставлять монастырь в свободные часы и уходить в лес. Там он нашёл уединённое место, устроил сокровенную кущу и в ней совершенно один предавался богоразмышлению и молитве. Созерцание дивной природы возвышало его к Богу, и, по словам человека, бывшего впоследствии близким к старцу Серафиму, он здесь совершал правило, еже даде Ангел Господень Великому Пахомию, учредителю иноческого общежития. Это правило совершается в следующем порядке: Трисвятое и по Отче наш: Господи, помилуй, 12. Слава и ныне: приидите поклонимся - трижды. Псалом 50: Помилуй мя, Боже. Верую во единого Бога... Сто молитв: Господи Иисусе Христе, Сыне Божий, помилуй мя грешного и по сём: Достойно есть и отпуст.
Это составляло одно моление, но таких молитв надлежало совершить по числу суточных часов, двенадцать днём и двенадцать ночью. С молитвою он соединял воздержание и пост: в среду и пятницу не вкушал никакой пищи, а в другие дни недели принимал её только один раз.
В 1780 году Прохор тяжко заболел, и всё тело его распухло. Ни один врач не мог определить вида его болезни, но предполагали, что это сделалась водяная болезнь. Недуг длился в продолжение трёх лет, из которых не менее половины Прохор провёл в постели. Строитель о. Пахомий и старец о. Исаия попеременно ходили за ним и почти неотлучно находились при нём. Тут-то и открылось, как все, и прежде других начальники, уважали, любили и жалели Прохора, бывшего тогда ещё простым послушником. Наконец, стали опасаться за жизнь больного, и о. Пахомий настоятельно предлагал пригласить врача или, по крайней мере, открыть кровь. Тогда смиренный Прохор позволил себе сказать игумену: "Я предал себя, отче святый, Истинному Врачу душ и телес, Господу нашему Иисусу Христу и Пречистой Его Матери; если же любовь ваша рассудит, снабдите меня, убогого, Господа ради, небесным врачевством - причастием Св. Тайн". Старец Иосиф, по просьбе Прохора и собственному усердию, особо отслужил о здравии больного всенощное бдение и литургию. Прохор был исповедан и причащён. В скором времени он выздоровел, что весьма удивило всех. Никто не понимал, как мог он столь скоро оправиться, и только впоследствии о. Серафим открыл тайну некоторым: после причащения Св. Таин ему явилась Пресвятая Дева Мария, в несказанном свете, с Апостолами Иоанном Богословом и Петром и, обратясь к Иоанну лицем и указывая перстом на Прохора, Владычица сказала: "Этот Нашего рода!"
"Правую-то ручку, радость моя, - говорил о. Серафим церковнице Ксении, - положила мне на голову, а в левой-то ручке держала жезл; и этим-то жезлом, радость моя, и коснулась убогого Серафима; у меня на том месте, на правом бедре-то, и сделалось углубление, матушка; вода-то вся в него и вытекла, и спасла Царица Небесная убогого Серафима; а рана пребольшая была, и до сих пор яма-то цела, матушка, погляди-ка, дай ручку!" - "И батюшка, бывало, сам возьмёт, да и вложит мою руку в яму, - прибавляла матушка Ксения, - и велика же она была у него, так вот весь кулак и взойдёт!" Много душевной пользы принесла Прохору эта болезнь: дух его окреп в вере, любви и надежде на Бога.
В период послушничества Прохора, при настоятеле о. Пахомии, предприняты были в Саровской пустыне многие нужные постройки. В числе их на месте келии, в которой болел Прохор, строилась больница для лечения недужных и успокоения престарелых, и при больнице церковь о двух этажах с престолами: в нижнем во имя свв. Зосимы и Савватия, чудотворцев Соловецких, в верхнем - во славу Преображения Спасителя. Прохор после болезни, молодой ещё послушник, был посылаем за сбором денег в разные места на сооружение церкви. Благодарный за своё исцеление и попечение начальства, он с охотою понёс трудный подвиг сборщика. Странствуя по ближайшим к Сарову городам, Прохор был и в Курске, на месте своей родины, но не застал уже матери своей в живых. Брат Алексей, со своей стороны, оказал Прохору немалую помощь для построения церкви. Вернувшись домой, Прохор, как искусный столяр, построил собственными руками престол из кипарисного дерева для нижней больничной церкви в честь преподобных Зосимы и Савватия.
