Духовное начальство знало о. Серафима и понимало, как полезно было бы для многих сделать такого старца аввою, настоятелем где-нибудь в обители. Открылось место архимандрита в городе Алатыре. О. Серафима предназначили было туда настоятелем монастыря с возведением в сан архимандрита. В прошлом и в текущем столетиях Саровская пустынь не раз давала из своей братии хороших настоятелей в другие обители. Но старец Серафим убедительнейше просил тогдашнего Саровского настоятеля Исаию отклонить от него это назначение. Строителю Исаии и братии Саровской жаль было отпустить от себя старца Серафима, усердного молитвенника и мудрого наставника. Желания обеих сторон сошлись вместе: все стали просить другого иеромонаха из Сарова же, старца Авраамия, принять на себя звание архимандрита в Алатырский монастырь, и брат, единственно из повиновения, принял на себя это звание.
Во всех искушениях и нападениях на о. Серафима диавол имел целью удалить его из пустыни. Однако же все усилия врага остались безуспешны: он был побеждён, отступил со стыдом от своего победителя, но в покое его не оставил. Изыскивая новые меры к удалению старца из пустыни, злой дух начал воевать против него через злых людей. 12-го сентября 1804 года подошли к старцу три неизвестных ему человека, одетые по-крестьянски. Отец Серафим в это время рубил дрова в лесу. Крестьяне, нагло приступив к нему, требовали денег, говоря, что "к тебе ходят мирские люди и деньги носят". Старец сказал: "Я ни от кого ничего не беру". Но они не поверили. Тогда один из пришедших кинулся на него сзади, хотел свалить его на землю, но вместо того сам упал. От этой неловкости злодеи несколько оробели, однако же не хотели отступить от своего намерения. О. Серафим имел большую физическую силу и, вооружённый топором, мог бы не без надежды обороняться. Эта мысль и мелькнула было мгновенно в его уме. Но он вспомнил при сём слова спасителя: "Вси бо приемши нож ножем погибнут" (Мф. 26, 52), не захотел сопротивляться, спокойно опустил на землю топор и сказал, кротко сложивши крестообразно руки на груди: "Делайте, что вам надобно". Он решился претерпеть всё безвинно, Господа ради.
Тогда один из крестьян, поднявши с земли топор, обухом так крепко ударил о. Серафима в голову, что у него изо рта и ушей хлынула кровь. Старец упал на землю и пришёл в беспамятство. Злодеи тащили его к сеням келии, по дороге яростно продолжая бить, как звероловную добычу, кто обухом, кто деревом, кто своими руками и ногами, даже поговаривали о том, не бросить ли старца в реку?.. А как увидели, что он уже был точно мёртвый, то верёвками связали ему руки и ноги и, положив в сенях, сами бросились в келию, воображая найти в ней несметные богатства. В убогом жилище они очень скоро всё перебрали, пересмотрели, разломали печь, пол разобрали, искали-искали и ничего для себя не нашли; видели только у него св. икону, да попалось несколько картофеля. Тогда совесть сильно заговорила у злодеев, в сердце их пробудилось раскаяние, что напрасно, без всякой пользы даже для себя, избили благочестивого человека; какой-то страх напал на них, и они в ужасе убежали.
Между тем, о. Серафим от жестоких смертных ударов едва мог прийти в чувство, кое-как развязал себя, поблагодарил Господа, что сподобился ради Его понести раны безвинно, помолился, чтобы Бог простил убийц и, проведши ночь в келии в страданиях, на другой день с большим трудом, однако же сам, пришёл в обитель во время самой литургии. Вид его был ужасен! Волосы на бороде и голове были смочены кровью, смяты, спутаны, покрыты пылью и сором; лице и руки избиты; вышиблено несколько зубов; уши и уста запеклись кровью; одежда измятая, окровавленная, засохла и по местам пристала к ранам. Братия, увидев его в таком положении, ужаснулась и спрашивала: что с ним такое случилось? Ни слова не отвечая, о. Серафим просил пригласить к себе настоятеля о. Исаию и монастырского духовника, которым в подробности и рассказал всё случившееся. И настоятель, и братия глубоко опечалены были страданиями старца. Таким несчастием о. Серафим вынужден был остаться в монастыре для поправления здоровья. Диавол, воздвигший злодеев, по-видимому, торжествовал теперь победу над старцем, воображая, что навсегда изгнал его из пустыни.
Первые восемь суток были для больного очень тяжки: не принимая ни пищи, ни воды, он не имел и сна от нестерпимой боли. В монастыре не надеялись, чтобы он пережил свои страдания. Настоятель, старец Исаия, на седьмой день болезни, не видя перелома к лучшему, послал в Арзамас за врачами. Освидетельствовавши старца, врачи нашли болезнь его в следующем состоянии: голова у него была проломлена, рёбра перебиты, грудь оттоптана, всё тело по разным местам покрыто смертельными ранами. Удивлялись они, как это старец мог остаться в живых после таких побоев. По старинной методе лечения врачи считали необходимым открыть кровь больному. Настоятель, зная, что больной и без того много потерял её от ран, не соглашался на эту меру, но, по настоятельному убеждению консилиума врачей, решился предложить о том о. Серафиму. Консилиум опять собрался в келии о. Серафима. Он состоял из трёх врачей; с ними было три подлекаря. В ожидании настоятеля, они опять осмотрели больного, долго на латинском языке рассуждали между собою и положили: пустить кровь, обмыть больного, к ранам приложить пластырь, а в некоторых местах употребить спирт. Согласились также насчёт того, что помощь необходимо подать как можно скорее. О. Серафим с глубокою признательностью в сердце примечал их внимательность и попечение о себе.
Когда всё это происходило, кто-то вдруг крикнул: "Отец настоятель идёт, идёт отец настоятель!" В эту минуту о. Серафим уснул; сон его был краткий, тонкий и приятный. Во сне увидел он дивное видение: подходит к нему с правой стороны постели Пресвятая Богородица в царской порфире, окружённая славою. За Нею следовали свв. Апостолы Пётр и Иоанн Богослов. Остановясь у одра, Пресвятая Дева перстом правой руки показала на больного и, обратясь Пречистым Ликом Своим в ту сторону, где стояли врачи, произнесла: "Что вы трудитесь?" Потом опять, обратясь лицом к старцу, сказала: "Сей от рода Нашего" - и кончилось видение, которого присутствующие не подозревали.
Когда вошёл настоятель, больной опять пришёл в сознание. Отец Исаия с чувством глубокой любви и участия предложил ему воспользоваться советами и помощью врачей. Но больной, после стольких забот о нём, при отчаянном состоянии здоровья своего, к удивлению всех, отвечал, что он не желает теперь пособия от людей, прося отца настоятеля предоставить жизнь его Богу и Пресвятой Богородице, Истинным и Верным Врачам душ и телес. Нечего было делать, оставили старца в покое, уважая его терпение и удивляясь силе и крепости веры. Он же от дивного посещения исполнился неизречённой радости, и сия радость небесная продолжалась часа четыре. Потом старец успокоился, вошёл в обыкновенное состояние, почувствовав облегчение от болезни; сила и крепость стали возвращаться к нему; встал он с постели, начал немного ходить по келии и вечером, в девятом часу, подкрепился пищею, вкусил немного хлеба и белой квашеной капусты. С того же дня он опять стал понемногу предаваться духовным подвигам.
Ещё в прежнее время о. Серафим, занимаясь однажды работами в лесу, при порубе дерева был придавлен им и от этого обстоятельства потерял свою природную прямоту и стройность, сделался согбенным. После нападения разбойников от побоев, ран и болезни согбенность ещё больше увеличилась. С этого времени он начал ходить, подкрепляясь топориком, мотыкою или палкою. Так, эта согбенность, это уязвление в пяту, служили всю жизнь венцом победы великого подвижника над диаволом.
Со дня болезни старец Серафим провёл в монастыре, не видя своей пустыни, около пяти месяцев. Когда здоровье возвратилось к нему, когда он почувствовал себя опять крепким к прохождению пустыннической жизни, то просил настоятеля Исаию снова отпустить его из монастыря в пустынь. Настоятель же, по внушению братии и сам, искренне жалея старца, упрашивал было его остаться навсегда в монастыре, представляя возможным повторение подобных крайне несчастных случаев. Отец Серафим отвечал, что ни во что вменяет такие нападения и готов, подражая свв. мученикам, страдавшим за имя Господне, даже до смерти перенести всякие оскорбления, какие бы ни случились. Уступая христианской неустрашимости духа и любви к пустынножительству, о. Исаия благословил желание старца, и старец Серафим снова возвратился в свою пустынную келию.
С новым поселением старца в пустыне диавол претерпел совершеннейшее поражение. Крестьяне, избившие старца, были найдены; они оказались крепостными людьми помещика Татищева, Ардатовского уезда, из села Кременок. Но о. Серафим не только простил их самих, но и упрашивал настоятеля обители не взыскивать с них, а затем такую же просьбу написал помещику. Все были до такой степени возмущены поступком этих крестьян, что казалось невозможным простить их, а о. Серафим настаивал на своём: "В противном случае, - говорил старец, - я оставлю Саровскую обитель и удалюсь в другое место". Строителю же, о. Исаии, своему духовнику, он говорил, что лучше его удалили бы из обители, нежели нанесли крестьянам какое-либо наказание. О. Серафим представил отомщение Господу Богу. Гнев Божий действительно настиг этих крестьян: в непродолжительном времени пожар истребил жилища их. Тогда они пришли сами просить у о. Серафима, со слезами раскаяния, прощения и святых его молитв.
