Устройство епархиального управления и суда в Литовской митрополии оставалось то же, какое было в Московской. У епархиальных владык видим наместников, десятинников, или десятников, бояр, подскарбиев, маршалков. На владык собирались с духовенства, белого и монашествующего, пошлины, и в числе их главные: сборное и подъезд, как в Московском государстве. Руководством по делам церковного управления и суда кроме общих церковных правил служили: а) так называемый Свиток Ярославов, подтвержденный грамотою великого князя Александра, и б) другие грамоты, какие по временам давали великие князья литовские владыкам, церквам, монастырям.
Число монастырей, если даже ограничиться лишь теми, о которых упоминается в современных актах и других известиях, было уже в Литовской митрополии значительно. Между ними встречаем монастыри древние и вообще прежде основанные: в Киеве Печерский, Николаевский Пустынный и Михайловский; в Вильне Свято-Троицкий; в Троках Рождество-Богородичный; в Полоцке Николаевский на Лучне; близ Новогрудка Лаврашев; близ Луцка Красносельский; в Кобрине Спасский; в Мстиславле Онуфриевский. Еще более встречаем тогда монастырей, вновь основанных, или возобновленных, или по крайней мере в первый раз упоминаемых, именно: в местечке Черее (ныне Могилевской губернии) Черейский, основанный епископом Смоленским Мисаилом (1454); в Слуцке – Троицкий (около 1455 г.); во Львове Онуфриевский и Униовский, или Уневский (около 1463 г.); в Гродне Коложский Борисоглебский (1480); в Смоленске Архангело-Михайловский (1430); близ Луцка или в его уезде Пересопницкий Богородичный (1490) и Жидичинский Николаевский (прежде 1492 г.); в Овруче Иоакимо-Анновский и Богородичный (1496); в Мстиславле Пустынский Богородичный (1496); в Минске Вознесенский (1499); в Дермани – Дерманский Троицкий (1499); во Владимире Волынском Спасский (1500); недалеко от Пинска Лещинский Богородичный (1503). Важнейший из этих монастырей, Киево-Печерский, был патриаршим ставропигиальным. Монастыри Михайловский в Киеве, Рождество-Богородичный в Троках, Николаевский на Лучне в Полоцке, Иоакимо-Анновский и Богородичный в Овруче находились в непосредственном ведении и в подаванье самого великого князя, который и раздавал их по своему усмотрению. Монастыри слуцкий Троицкий и Мстиславские Онуфриевский и Пустынский находились под патронатством и в подаванье местных князей. Все эти монастыри по управлению и суду были более или менее независимы, а иные (Киево-Печерский и трокский Богородичный) и совсем независимы от своих епархиальных владык.
Известны также по современным актам и сказаниям некоторые соборы и приходские церкви Литовской митрополии. Соборы, например: в Киеве – Софийский кафедральный, в Вильне – Пречистенский кафедральный, в Новогрудке – Борисоглебский кафедральный, в Смоленске – Успенский кафедральный, в Полоцке – Софийский кафедральный, во Владимире – Пречистенский кафедральный, в Мстиславле – Троицкий замковый, в Пинске – Дмитриевский замковый. Приходские церкви: в Вильне – Николаевская, в Кобрине – Петропавловская, Николаевская и Пречистенская, в Смоленске – Николаевская, в Турове – Покровская, в Мстиславле – Николаевская, в Витебске – Михаило-Архангельская, Свято-Духовская, Благовещенская и др. Подобно монастырям, некоторые и из приходских церквей находились в ведении и подаянье князей, бояр и вообще местных владельцев, которые иногда были и римской веры. Эти-то патроны имели власть отдавать свои церкви, кому сами хотели. Так, князь кобринский Иван Семенович (из потомков князя Любарта, сына Гедиминова) пожаловал (1465) одному из слуг своих в вечное и потомственное владение церковь святых апостолов Петра и Павла в Кобрине со всеми ее имениями и доходами, ссылаясь на бывший уже пред тем пример, а половину своего дворища записал (1469) на кобринскую Николаевскую церковь в вечное владение другому своему слуге, также по прежде бывшему примеру, тем самым предоставлялось слугам с нисходящим от них потомством и право священства при пожалованных им церквах. Тот же князь отдал (1479) Пречистенскую церковь города Кобрина в вечное и потомственное владение попу Иакову, с тем чтобы в случае смерти его, если внуки его от дочери будут малолетни для священства, она могла до возраста их держать при церкви наемного попа.
Церкви, как и монастыри, почти все, в самой даже Вильне, были деревянные и не отличались богатством утвари. В слуцком Троицком монастыре, бывшем под покровительством местных князей, находилось, по описи 1494 г., всего восемь риз священнических, четыре стихаря диаконских и четыре подьячих, в том числе и полотняные; десять икон, один крест большой деревянный и другой серебряный и. позлащенный, воздвизальный; два потира серебряных и один цинковый, дискос и шесть лжиц серебряные, сребропозлащенная панагия и пять серебряных ковшей. Но во многих местах сосуды для таинства Евхаристии и лжицы для приобщения употреблялись деревянные.
Доныне сохранились в Вильне от того времени только две церковные драгоценности: крест и икона. Крест шестиконечный деревянный, обложенный позолоченным серебром, с частицею Животворящего Древа и со многими частицами мощей святых и имеющий на самой средине другой четвероконечный крест небольшой, с распятием, устроен в 1495 г. смоленским окольничим Александром Васильевичем и ныне находится и употребляется в виленском кафедральном соборе. Другая драгоценность – икона Божией Матери, та самая, которою благословил великий князь московский Иван III дочь свою Елену, когда отпускал ее в Вильну. По смерти Елены икона много лет находилась в Пречистенском соборе и потом перенесена в виленский Свято-Троицкий монастырь, где находится и ныне и особенно чтится народом.
Главным источником для содержания православного духовенства в Литве, как и в Московском государстве, служили земельные владения, ненаселенные и населенные. Эти владения, архиерейские дома, монастыри и церкви большею частию получали в дар то от великого князя, то от местных князей и бояр, то от других благочестивых христиан, а иногда приобретали и покупкою. Церковные крестьяне освобождались от подсудности светским властям и от государственных повинностей, только не от всех. Тяжебные дела духовных владельцев о земельных владениях восходили на суд самого великого князя.
Кроме известных уже нам посланий нареченного митрополита Мисаила к папе Сиксту IV и не принятого в Литве митрополита Спиридона ко всей его духовной пастве, мы не находим тогда в Литовской митрополии никаких следов оригинальной духовной литературы, если не относить к ней местных летописей, в которых говорилось и о событиях Церкви. Довольствовались списыванием и употреблением готовых книг и сочинений, которые употреблялись и в Руси Восточной. В слуцком Троицком монастыре, судя по описи его 1494 г., находились: а) Апокалипсис; б) писания некоторых отцов Церкви и учителей Церкви, преимущественно аскетические: Ефрема Сирина, аввы Дорофея, Феодора Студита, Григория Синаита, Иоанна Лествичника, Симеона Нового Богослова; в) соборники, или сборники: Измарагд, Соборник годовой, Соборник постный, Соборник жития святых, два Пролога, Патерик Печерский; г) книги канонического содержания: Правила великие, или Кормчая, Никон, т. е. известные сборники Никона Черногорца; д) книги богослужебные и читавшиеся при богослужении: два Евангелия – тетры, Апостол тетр и другой апракос, три Служебника, два Требника, две Псалтири, Часослов, два Устава, две Триоди, двенадцать месячных Миней, Евангелие толковое. Некоторые из тогдашних книг сохранились до настоящего времени. В Виленской публичной библиотеке находятся: четыре рукописных Евангелия XV в, – Туровское, Городенское, Волковыцкое и Поникловское и одна Триодь того же века – Николаевская. В библиотеке Литовской Духовной семинарии находятся в списках XV в.: Апостол (за № 21), Поучения святого Кирилла Иерусалимского и пространное житие святого Иоанна Златоустого (№ 25), Диалоги святого Григория Двоеслова и пространное житие святого Григория Омиритского (№ 23); Минея месячная за четыре месяца, с генваря по май, в двух книгах (№ 15), писанная в 1487 г. по повелению пана Солтана, королевского маршалка; Сборник (№ 14) без начала и конца в двух частях, из которых в первой содержатся жития святых, преимущественно русских, а во второй – службы святым, почти исключительно русским. Сборник этот, как можно догадываться, писан между 1461–1465 гг. в Москве, откуда и прислан в Литву, может быть, в числе тех 13 книг, которые посланы были в 1497 г. великой княгине Елене ее отцом Иваном Васильевичем. С последних годов XV в. могли мало-помалу входить в употребление по церквам Литовской митрополии и печатные богослужебные книги, каковы: Шестоднев, Часослов, Псалтирь следованная, Триодь постная и Триодь цветная, изданные в 1491 г. в Кракове Швайпольтом Феолем; затем Часослов, изданный в 1493 г. в Венеции магистром Андреем Торесанским; Октоих, изданный в 1494 г. в Зете, или Цетине, иеромонахом Макарием; Псалтирь следованная, изданная в 1495 г. там же и тем же иеромонахом; Евангелие напрестольное, изданное в Брашове в конце XV или в начале XVI в. неизвестным.
