Со временем нищенствующие монахи начали вместо епископов сообщать народу папские распоряжения или приводить их в исполнение. Они представляли сеть невидимой полиции, охватившую всю Европу. Раньше, когда поступала в Рим жалоба на злоупотребления какого-либо прелата, составляли комиссию из двух-трех епископов или местных аббатов и поручали ей произвести следствие и представить отчет или реформировать церковь или монастырь, где было обнаружено злоупотребление. Вскоре эти важные обязанности стали поручаться одним только нищенствующим монахам, через которых папская власть давала знать о себе во всех епископских дворцах и во всех аббатствах Европы.
Нетрудно понять, что эта роль следователей, навязанная нищенствующим монахам, вызвала столкновение между новыми орденами и старым строем, который они стремились изменить. Впрочем, это было одним из незначительных поводов к антагонизму, проявившемуся в скором времени. Гораздо более серьезной причиной к несогласиям было предоставление нищенствующим монахам права проповеди и исповеди. Ленивые и чувственные, всецело поглощенные увеличением своих доходов, священники не заботились о душах своих прихожан и в то же время не допускали никакого постороннего вмешательства, которое могло бы сократить их доходы. В многолюдном Монпелье была всего только одна церковь, где можно было исповедоваться. В Иперне, имевшем до двухсот тысяч жителей, в 1247 году было только четыре приходские церкви.
В уставе доминиканцев 1228 года было обусловлено, что никто из братии не может проповедовать в епархии без согласия местного епископа и что проповедник не должен обличать пороки духовенства. В уставе св. Франциска это было также предусмотрено. Но когда в 1227 году Григорий IX ознаменовал свое вступление на папский престол предоставлением обоим орденам права проповедовать, исповедовать и отпускать грехи повсеместно, странствующие монахи, вопреки своим уставам, постепенно захватили все приходы и взяли на себя все заботы о душах людей к великому неудовольствию местного духовенства, которое из-за этого теряло свои главные доходы и влияние.
Еще более увеличивало поводы к столкновениям то обстоятельство, что миряне повсюду оказывали самый лучший прием пришельцам и предпочитали их своим священникам. Горячность их проповеди и слава их святости привлекали народ толпами и к кафедре, и к исповедальне. Они были несравненно более ловкими руководителями душ, чем их нерадивые соперники из белого духовенства, и народ думал, что наложенная ими епитимия более приятна Богу, а данное ими отпущение грехов более действенно. Духовенство утверждало, что они были обязаны своим успехом индульгенциям, но монахи не без основания возражали на это, что миряне приглашают их, а не священников к себе и своим женам главным образом потому, что приходские священники — пьяницы и развратники.
Прибывая куда-нибудь, брат сейчас же ставил свой переносной алтарь. Если кающиеся толпились около исповедальни, он оставался в населенном пункте на несколько дней, а иногда поселялся навсегда. Если в местности жило много людей, то к нему присоединялись другие братья. Благочестивые люди щедро одаривали их; они строили скромную часовню, затем монастырь и, наконец, целый ряд зданий, которые затмевали приходскую церковь и привлекали к себе людей. Мало того, умирающие в последние минуты жизни облекались в рясу нищенствующих монахов, завещая свое тело братьям и делая их своими наследниками; отсюда возникали новые ссоры, обострявшиеся все более и более и напоминавшие ссоры хищников над падалью. В Пампелуне в 1247 году несколько покойников оставались долгое время непогребенными из-за горячих споров между канониками и францисканцами. Когда согласились делить бренные останки, доля приходских священников колебалась в пределах от половины до четверти; но это соглашение дало только повод к новым пререканиям. Почти всегда, когда дело доходило до явного разрыва, папа Иннокентий IV решал дело в пользу монахов.
Правда, в конце своего правления в ноябре 1254 года Иннокентий IV неожиданно издал буллу в пользу белого духовенства. Монашествующим орденам запрещалось допускать в свои церкви в воскресные и праздничные дни прихожан других церквей; они не имели права исповедовать без особого на то разрешения приходских священников; они не должны были говорить проповедей в своих церквах перед обедней, чтобы не отвлекать молящихся от приходских церквей; наконец, они не должны были проповедовать в этих церквах, когда там проповедовали сами епископы или кто-либо по их поручению. Для монашествующих орденов эта булла была поистине ужасна, так как одним ударом уничтожала здание, воздвигнутое ценой стольких трудов и лишений.
Смерть Иннокентия стала для них настоящим спасением. Новый папа Александр IV был всецело на стороне орденов. 31 декабря, через десять дней после своего избрания, он обратился к обоим орденам с грамотами, прося их молитв и предстательства за него перед Богом; в тот же день особой энцикликой он отменил «ужасную буллу» Иннокентия и признал ее не имеющей силы. Кроме того, Александр предложил всем проповедникам воздерживаться от нападок на нищенствующих под угрозой потери своих бенефиций.
Победа нищенствующих монахов была полная. Это возбудило против них глубокую вражду всего духовенства, которое боялось за свои привилегии, богатства и авторитет и понимало, что новая папская милиция окончательно подчинит его Риму и лишит последней независимости. При этом нужно сказать, что доминиканцы и францисканцы совершенно не имели высоких добродетелей, которыми отличались их основатели. Лишь только ордены стали распространяться, как появились лжемонахи, смеющиеся над обетом бедности и пользующиеся проповедью как источником для грязных доходов. В 1233 году папа Григорий IX был вынужден строго напомнить главному капитулу доминиканцев, что бедность, проповедуемая орденом, должна быть действительной, а не притворной. Постоянное употребление папами братьев в качестве политических лазутчиков, естественно, отвлекало их от их духовных обязанностей, привлекало в их среду людей честолюбивых и неспокойных и, наконец, наложило на эти ордены светский характер, совершенно противоположный их первоначальной идее.
«Ангельская религия» францисканцев была подвержена всем печальным превратностям человеческой слабости. Это обнаружилось еще при жизни св. Франциска, который сложил с себя обязанности генерала ордена вследствие злоупотреблений, которые начали проявляться; причем он заявил, что согласился бы оставаться генералом ордена, если бы братья следовали по указанному им пути. Столкновения между теми, кто вступал в орден по убеждению, и теми, кто вступал в него из честолюбия, были неизбежны. Св. Франциску не нужно было быть пророком, чтобы предсказать на смертном одре близкие соблазны, междоусобные распри и преследование тех, кто не пожелает разделять заблуждения. Это предчувствие исполнилось с поразительной точностью, равно как и другое предсказание святого — о том, что скоро наступит день, когда орден будет настолько обесчещен, что членам его будет стыдно показываться среди народа. Преемник Франциска Илия сильно подвинул развитие ордена, но в направлении, противоположном тому, которое было дано ему первоначально. Самый ловкий и хитрый политик Италии, он увеличил влияние и деятельность францисканцев до таких пределов, что нарушения устава, ставшие очень частым явлением, так сильно смутили членов братии, что они принудили Григория IX сменить Илию.
Братья прибегали ко всем тонкостям диалектики, чтобы согласовать обладание несметными богатствами с предписанным уставом отрицанием всякой собственности. Убогие хижины, в которых приказывал жить св. Франциск, обратились в великолепные дворцы, которые воздвигались по всем городам и как бы соперничали своим блеском с богатыми соборами и роскошными аббатствами, окружавшими их. Св. Бонавентура, занявший в 1257 году пост генерала ордена францисканцев, разослал своим провинциалам энциклику, заканчивавшуюся следующими словами: «Бесчестная и низкая ложь — проповедовать полную нищету и в то же время ни от чего не отказываться; на народе просить милостыню, как нищий, а дома у себя утопать в роскоши». Но упреки св. Бонавентуры не изменили дела, и борьба внутри ордена продолжалась и дошла до того, что были признаны еретиками те, кто строго следовал уставу.
В следующем столетии францисканцы и доминиканцы одинаково дали волю своим светским вожделениям. Св. Бригитта в своих «Откровениях», признанных церковью внушенными свыше, прямо говорит, что эти монахи, «вопреки их обету нищеты, собрали несметные богатства, что они думают только о том, как бы увеличить их, что они одеваются так же роскошно, как епископы, и что многие из них щеголяют такими украшениями и драгоценностями, которых не носят самые богатые из мирян».