Тогда царь дал Собору другое свое писание. В нем Иоанн напоминал святителям, как в семнадцатое лето своего возраста (в 1547 г.) он по их соборному благословению возревновал о "великом и неистощимом богатстве, с давних лет сокрытом и преданном забвению", именно о святых чудотворцах русских, заступниках родной земли; как в девятнадцатое лето его возраста (в 1549 г.) на новом Соборе установлены празднества в честь этих чудотворцев, молитвами которых он, Иоанн, начал править свое царство, и как в двадцать первое лето от своего рождения (в 1551 г.) он созвал еще Собор, только что начавшийся, а за год пред тем благословился у святителей исправить Судебник. "И по благословению вашему, - продолжал царь, - я исправил Судебник, и написал уставные грамоты - вот он пред вами вместе с грамотами. Прочтите и рассудите и, если дело это достойно, подпишите Судебник и грамоты. Рассудите и утвердите по правилам святых апостолов и святых отцов и по прежним законам прародителей наших, чтобы всякие обычаи строились по Богу в нашем царстве при вашем святительстве, а при нашей державе. А которые обычаи в прежние времена, после отца моего, великого князя Василия Ивановича, и до настоящего времени поисшатались или по своеволию законы которые порушены или по небрежению ослаблены, о всем о том вы посоветуйтесь между собою довольно и возвестите нам. Мы вашего святительского совета и дела требуем и советоваться с вами желаем, а об наших нуждах и земских нестроениях вам возвещаем. И вы, рассудя по правилам святых апостолов и святых отцов, утверждайте общим вашим согласием. Я же вам, отцам своим, с братиею и своими боярами челом бью" (гл. 4). Очень вероятно, что после такого обращения царя к членам Собора они прежде всего занялись рассмотрением и утверждением Судебника и уставных грамот, представленных царем, хотя соборная книга о том умалчивает.
Переходя к церковным делам, для которых преимущественно и созван был Собор, царь дал Собору на бумаге 37 вопросов для обсуждения и в первом из них говорил: "Отец мой Макарий, митрополит всей России, и все архиепископы и епископы! Воззрите на свои паствы, врученные вам от Бога, и помыслите о святых Божиих церквах, и о честных иконах, и о всяком церковном строении, чтобы по святым церквам звонили и пели по Божественному уставу и по священным правилам. Ибо ныне мы видим и слышим, что многие церковные чины совершаются не сполна, не по священным правилам и не по уставу. И вы бы, о всех тех церковных чинах рассудив, указ чинили, а равно и о всяком священническом, и иноческом, и церковном причте, и уставили бы поповских старост над всеми священниками и прочие чины по правилам. Ибо вам поручено пасти Церковь Божию, и установлять церковных чиновников, и поучать, да и мы от них спасение получим..." и пр. В последующих вопросах указаны были более частные предметы, на которые царь хотел обратить внимание Собора (гл. 5). Отцы Собора обсудили все эти царские вопросы и сделали по ним свои определения (гл. 6-40). Царь предложил еще 32 вопроса, на которые также Собор дал свои ответы (гл. 41), и вслед за тем изложил и много других своих постановлений: частию на первые вопросы царские, частию на вторые, а части о предметах, прямо не указанных в вопросах царя (гл. 42-97). Наконец, по совету царя, митрополита и прочих святителей "царское предисловие", т. е. все речи царя пред началом Собора, царские вопросы и соборные на них ответы были "преданы писанию" и отправлены в Троицкий Сергиев монастырь к бывшим: митрополиту Иоасафу, архиепископу Ростовскому Алексию, архимандриту чудовскому Вассиану, игумену троицкому Ионе, проживавшим в том монастыре, равно как и ко всем соборным старцам. Это была первая редакция книги Стоглав, в которой, вероятно, еще не было разделения на главы и, без сомнения, недоставало двух нынешних последних глав, судя по их содержанию. Иоасаф вместе с прочими названными лицами, выслушав "царское и святительское уложение", изъявил свое согласие на "соборное уложение" и послал свой ответ (гл. 99). Но в ответе счел нужным сделать свои замечания против некоторых постановлений Собора и при этом не ссылался на главы соборной книги, что было бы весьма удобно, если бы главы в ней существовали, а указывал на предметы постановлений без всякого порядка (гл. 100). Собор по прочтении ответа митрополита Иоасафа признал большую часть его замечаний справедливыми и по ним изменил и дополнил некоторые свои постановления. В это-то уже время книга Стоглав могла получить окончательную свою редакцию на Соборе: с постановлениями, уже измененными по замечаниям митрополита Иоасафа, и с разделением на главы, из которых 99-ю составляет сказание о посылке соборной книги на рассмотрение Иоасафа, а 100-ю - его ответ Собору. Была ли тогда книга Стоглав подписана всеми, присутствовавшими на Соборе, - неизвестно, но она могла остаться и неподписанною, потому что заключала в себе не одни постановления Собора, а и деяния его, вовсе не требовавшие подписей.
О чем же происходили совещания Стоглавого Собора, о чем состоялись его определения? Предметы для занятий Собора были указаны в 69 вопросах царя и были вообще многочисленны и разнообразны, но круг их еще расширялся самими отцами Собора при их совещаниях и постановлениях. Можно сказать, что круг этот обнимал собою всю обширную область церковной жизни и касался более или менее всех ее сторон: и учения, по крайней мере Символа веры и училищ; и богослужения с его обрядами во всех подробностях; и управления, или святительского суда, также во всех подробностях; и поведения духовенства, белого и монашествующего, особенно устройства монастырей; и поведения мирян, их суеверий, нравов и обычаев, семейных и общественных; и отношений церковной власти к власти гражданской и к самому государю. Стоглавый Собор имел в виду как бы обновить всю Русскую Церковь, исправить все недостатки, какие существовали в ней и усилились в последнее время, и указать ей путь для правильного развития всех отраслей ее жизни. На Стоглавом Соборе, между прочим, вновь рассмотрены разные вопросы, которыми занимались наши прежние Соборы, например Владимирский 1274 г. и Московский 1503 г., но рассмотрено и множество других вопросов, которых вовсе не касались на наших прежних Соборах. И в этом отношении Стоглавый Собор далеко превосходит все, дотоле у нас бывшие. Уложение его, или книга Стоглав, явилась в царствование Иоанна IV почти таким же сводом узаконений для Русской Церкви, каким явился тогда же пересмотренный Судебник для Русского государства.
Что сказать, в частности, о царских вопросах, предложенных Собору? Это, собственно, не вопросы, за исключением весьма немногих, а положительные указания на разные недостатки в Церкви, на которые царь хотел обратить внимание Собора и требовал соборного решения. Одни из вопросов кратки, но другие довольно обширны и содержат живые обличения недостатков и беспорядков. Вопросы называются царскими не потому, чтобы они были написаны самим царем, а потому только, что изложены от имени царя и им предложены Собору. "Некогда дошло до слуха боговенчанного царя, - говорят сами отцы Собора, начиная свои ответы на первые царские вопросы, - что во многих святых церквах многие церковные чины несполна совершаются по правилам и не по уставу. И он, боголюбивый царь, не оставил этого без внимания, а разжегшись Духом Святым, вскоре повелел написать о тех многоразличных церковных чинах, которые совершаются не по уставу, и передал на Соборе отцу своему Макарию митрополиту, и повелел ему о всех тех чинах рассудить и учинить указ" (гл. 6). Да и трудно допустить, чтобы молодой царь, едва только оставивший забавы и развлечения детства и проведший прежние годы без всякого научения и руководства, мог уже обладать такими обширными сведениями, какие замечаются в вопросах даже о мельчайших подробностях богослужения и обрядов, равно как о многих местных обычаях, суевериях и беспорядках в разных городах, селах, монастырях и пр. А частые указания на порядки и обыкновения в областях Новгородской и Псковской, встречающиеся в вопросах, невольно приводят к мысли: не написаны ли последние кем-нибудь из двух ближайших советников Иоанна - митрополитом Макарием или священником Сильвестром, которые оба по прежней службе своей были из Новгорода и могли знать тот край более, нежели другие места, хотя и сам Иоанн посетил уже Новгород и Псков, что и замечено от его имени в вопросах (вопрос 34). Этим-то советникам, и в особенности митрополиту Макарию, по всей вероятности, принадлежала и самая мысль о созвании Стоглавого Собора, а не одно составление царских вопросов; царю же принадлежала и принадлежит только честь, что он с любовию принял добрую мысль и ревностно устремился к ее осуществлению; по крайней мере, предполагать такой глубокий и всесторонний взгляд на потребности отечественной Церкви в самом Иоанне, еще юном, неопытном и не получившем почти никакого образования, неестественно. Впрочем, кем бы ни были написаны вопросы по повелению государя, они написаны и размещены без всякого определенного порядка, как попало. Иногда одна и та же мысль изложена в нескольких вопросах, разделенных между собою другими вопросами, тогда как с большею точностию и удобством могла бы быть изложена в одном вопросе. А иногда в одном вопросе затронуто несколько разнородных предметов, хотя одни изъясняются тут же, а другие уже в дальнейших вопросах. Некоторые из вторых царских вопросов повторяют то самое, что было сказано в первых вопросах, или относятся к ним по своему содержанию как части к целому. Чтение царских вопросов, предложенных Стоглавому Собору, может производить в душе самое тягостное впечатление о тогдашнем состоянии нашей Церкви и народа. Но надобно помнить, что царь намеренно указывал в своих вопросах на одни недостатки и нравственные недуги своего времени, требуя от Собора мер для их исправления и уврачевания, а вовсе не имел нужды изображать пред Собором светлые стороны современной жизни, которые, без сомнения, были. Притом царь указывал на эти недостатки и недуги не как на общие явления, а большею частию как на исключения из правила, как на недостатки многих, некоторых или только местные. Потому соединять все эти указания вместе, обобщать и по ним одним начертывать картину тогдашнего состояния Русской Церкви было бы несправедливо.