Главная льгота, которою пользовались владельцы духовного звания, состояла в том, что их земли и вотчины, подобно вотчинам самого государя, были освобождены из-под зависимости от местных государственных властей или чиновников и в административном, и в судебном, и в финансовом отношениях, тогда как владения прочих частных вотчинников не были свободны от этой зависимости, по крайней мере, в двух последних отношениях. Другая льгота, восполнявшая первую, была та, что духовные владельцы сами ведали свои вотчины с полною самостоятельностию и имели в них, по примеру государя - в его вотчинах и во всем государстве, своих особых чиновников, свои собственные органы власти. Для управления государством государь поставлял над городами и уездами своих наместников, а над волостями и станами волостелей с подведомыми им низшими чинами: тиунами, недельщиками, праведчиками, доводчиками, приставами, становщиками и другими. От этих-то властей, которым подчинены были в их округах по управлению, суду и отбыванию податей и повинностей все лица и земли, освобождены были церковные имения, как и дворцовые; этим-то чинам, состоявшим на государственной службе, строго было заповедано, чтобы они в церковных вотчинах, как и дворцовых, не вмешивались ни во что, не вступались ни в земли, ни в поселян, не судили их ни в чем, кроме душегубства, разбоя и татьбы с поличным, и даже не въезжали к ним ни за чем и не брали с них ни кормов, ни подвод и ничего другого. Для управления своими дворцовыми вотчинами государь имел особых чиновников: во главе всех - дворецкого, который жил при дворце, заведовал всею хозяйственною в нем частию, всеми должностными лицами по этой части и домовою прислугою, всеми имениями великого князя и доходами с них и облечен был высшею судебною властию в пределах своего ведомства, а затем в дворцовых волостях - волостелей, в отдельных вотчинах - приказчиков, в селах - посольских, равно как и низших чиновников - тиунов, недельщиков, приставов и других, которые употреблялись по делам управления, суда и собирания доходов в дворцовых вотчинах. По примеру государя и наши архиереи имели каждый при своем архиерейском дворе дворецкого, сосредоточивавшего в себе главное заведование как имуществом и прислугою архиерейского дома, так и всеми архиерейскими вотчинами и служившими в них лицами; иногда наместников - в тех городах и уездах, где находились архиерейские имения, каков был, например, в городе Владимире наместник митрополита из светских людей, служивший именно по делам вотчинным, волостелей, приказчиков, посольских - в архиерейских волостях, отдельных вотчинах и селах, а равно и прочих служилых людей - тиунов, доводчиков, недельщиков, приставов и др. У монастырей если и не было дворецких для главного заведования вотчинами, потому что оно сосредоточивалось обыкновенно в лице самого настоятеля и монастырского Собора, не было также наместников и волостелей, то были свои приказчики, посольские, тиуны, недельщики, доводчики и другие. Даже церкви и церковные причты, владевшие обыкновенно немногими землями и вотчинами, хотя большею частию сами непосредственно заведовали ими, иногда имели для того и своих приказчиков. Из всех перечисленных чинов дворецкие, наместники, волостели, приказчики, иногда и посольские совмещали в себе, каждый в круге своего ведомства, троякую власть: по управлению, по суду и по собиранию доходов и оброков. Но одни из этих чинов (дворецкие) были не у всех духовных владельцев; другие (наместники, волостели, посельские) не у всех и не всегда, а самыми постоянными и у всех духовных владельцев управителями имений являются приказчики. Права и обязанности чиновных лиц, непосредственно заведовавших населенными вотчинами, определялись в особых наказах или уставных грамотах, какие выдавали им, равно как самим поселянам, духовные владельцы.
По управлению имениями, архиерейскими и монастырскими, главная обязанность приказчика или вообще управителя, как бы он ни назывался приказчиком, волостелем или посольским, - состояла в том, чтобы всячески радеть об этих имениях и получаемых с них доходах. Он охранял архиерейские или монастырские земли от стороннего завладения; менял их, продавал, прикупал к ним новые, разумеется по воле владельцев; призывал на эти земли поселенцев, заключал с ними условия, наделял их участками, взыскивал с них оброки, принимал и хранил хозяйственные запасы, расходовал их и во всем отдавал отчет владельцам. Некоторые из этих действий, каковы: мена, продажа, покупка земель, приглашение новых поселенцев - в монастырях часто производились непосредственно настоятелями, а в архиерейских домах дворецкими. Затем на приказчике или управителе лежала обязанность иметь попечение и о самих поселенцах. Без его ведома и разрешения крестьяне подведомой ему вотчины не могли ни менять, ни продавать свои недвижимые и некоторые даже движимые имущества; без его дозволения не могли вступать в брак ни между собою, ни с лицами сторонними; не могли принимать в свои домы людей прохожих. Приказчик следил, чтобы крестьяне не играли зернью, не держали в своем селе или деревне скоморохов, волхвов, баб-ворожей, татей, разбойников и других лихих людей. Вообще, крестьяне каждой вотчины подчинены были своему приказчику во всех отношениях и должны были слушаться его во всем, хотя, с другой стороны, в случае неудовольствий на него, имели право приносить жалобы самим владельцам. В помощь приказчику обыкновенно назначался владельцами доводчик, который был главным исполнителем его распоряжений, а самими крестьянами избирались из среды их старосты и целовальники, также десятские, пятидесятские, сотские, заказчики, служившие орудиями приказчика для ближайшего полицейского надзора за крестьянами и отвечавшие за сохранение порядка и благочиния между ними. Следует присовокупить, что, заботясь о житейском быте и поведении своих поселян, архиереи и монастыри не оставляли без попечения и их духовных нужд, строили и содержали в своих имениях церкви и помещения для духовенства, давали церковным причтам, хотя и небольшие, наделы из собственной земли: например, Кирилло-Белозерский монастырь к концу XVI в. имел в своих вотчинах (51 село и сельцо, 1 слободу и 3 волости) 80 церквей, в некоторых больших вотчинах по две, даже по три церкви, в том числе и теплые, а церковной пашни при всех этих церквах числилось 36 вытей, т. е. от 180 до 360 десятин в одном поле.
Суд над церковными крестьянами существовал троякого рода. В важнейших делах уголовных - душегубстве, разбое и татьбе с поличным они судились, как и все подданные государства, местными государственными чинами наместниками, волостелями и другими по общим государственным законам. В прочих уголовных делах и в тяжбах между собою судились своими духовными владельцами. А в спорах и тяжбах с лицами посторонними подлежали так называвшемуся суду сместному. Только немногие духовные владельцы производили суд над своими крестьянами сами непосредственно: это преимущественно настоятели церквей и тех монастырей, у которых крестьян было немного. Все прочие обыкновенно предоставляли производство суда в своих вотчинах местным своим управителям, т. е. приказчикам, волостелям, посольским. Есть основание думать, что каждый из этих управителей не иначе мог судить подведомых ему крестьян как в присутствии трех, четырех или пяти и шести избранных из среды их "добрых" мужей, хотя, быть может, такое правило и не было общим во всех церковных имениях. Есть также основание думать, что, по крайней мере, в вотчинах некоторых монастырей, например Иосифо-Волоколамского, управитель окончательно решал на месте своею властию только менее важные судные дела, а по делам более важным приказывал крестьянам "ставиться" к определенному сроку в монастырь. Здесь на особом дворе вне монастыря их выслушивали назначенные для того старцы, которые дела "обычные" решали сами и тотчас же отпускали подсудимых, а о делах "необычных" докладывали игумену или келарю. Игумен обсуждал эти дела с келарем и с соборною братиею и чрез тех же старцев объявлял свои решения ждавшим на дворе крестьянам и отпускал их. В иных монастырях и на суде игумена с соборными старцами сидели при этом по два или по три "лучших" людей, избранных самими крестьянами из их среды. Равным образом и в имениях архиерейских были судные дела, которые архиереи решали не чрез своих волостелей, приказчиков, посельских, а сами непосредственно или чрез своих наместников и дворецких. На несправедливые решения своих местных судей приказчиков, посельских и других, на их пристрастие, притеснения, поборы церковные крестьяне могли жаловаться самим своим владельцам, и судьи подлежали строгой ответственности. А в случаях недовольства церковных крестьян решениями своих владельцев, также в случаях исков, направленных этими крестьянами, равно как и всякими другими людьми, лично на управителей церковных имений и на самих владельцев - настоятелей монастырей и церквей и на архиереев, все такого рода иски поступали непосредственно к великому князю, который или решал их сам, или поручал решать своему боярину "введеному", а иногда дворецкому. В сместном суде над церковными крестьянами по спорам их с людьми сторонними участвовали вместе с княжескими или царскими чиновниками иногда сами настоятели монастырей, а от архиереев - их дворецкие и наместники, но гораздо чаще только низшие управители церковных имений - волостели, приказчики, посольские. Если судьи обеих тяжущихся сторон решали дело согласно, то решение это приводилось в исполнение судьями той стороны, ведомству которой подлежал подсудимый. Если же судьи вдавались в пререкания и не постановляли согласного решения, то обязаны были докладывать дело и ставить тяжущихся пред князя, который и решал дело окончательно. Были еще судебные дела особого рода, касавшиеся церковных вотчин, дела не по спорам и тяжбам крестьян церковных со сторонними людьми, а по спорам и тяжбам самих духовных владельцев между собою и с посторонними лицами о земельных участках и других недвижимых имуществах, которые владельцы эти считали своими, - такого рода дела разбирались и решались не сместным судом, а одними судьями гражданскими и в высшей инстанции самим государем с его боярам.