Собор открылся не позже октября 1553 г. и продолжался и в следующем году. На этом Соборе, имевшем свои заседания в царских палатах, присутствовали под председательством митрополита Макария Ростовский архиепископ Никандр и епископы: Афанасий Суздальский, Кассиан Рязанский, Акакий Тверской, Феодосий Коломенский и Савва Сарский вместе с многочисленным духовенством. Присутствовал и царь с своими братьями и со всеми боярами. Пред лицом Собора Башкин вновь исповедал свои заблуждения, каялся в них и начал обличать своих единомысленников с очей на очи. Сам государь "начат их испытовати премудре", но они хотя убоялись царя, так крепко поборавшего по благочестию, однако ж запирались и не сознавались. Только некоторые из них сказали сами на себя, что они не поклонялись святым иконам и положили зарок и впредь им не поклоняться. Для обличения еретиков на Собор принесена была книга преподобного Иосифа Волоколамского - знак, что лжеучение их Собор считал однородным с ересию жидовствующих и как бы ее отраслию. Царь весьма похвалил эту книгу, а митрополит и весь священный Собор назвали ее светилом православия. К изумлению, один из числа самих святителей - Кассиан Рязанский начал поборать за еретиков и особенно за своего старца Исаака Белобаева, приведенного на Собор из дальней пустыни Соловецкого острова, а вместе начал хулить книгу преподобного Иосифа и говорить, что ее свидетельства не подлинны, за что и подвергся небесной казни: у него отнялись рука, нога и язык, и он, расслабленный, оставил свою епископию и отошел в монастырь. Из всех заподозренных в ереси и судившихся на Соборе только об одном, именно о бывшем игумене Троицкого Сергиева монастыря Артемии, дошла до нас соборная грамота, из которой можно видеть, в чем обвинялся он и какие давал ответы.
До игуменства своего Артемий жил в псковском Печерском монастыре, потом поселился в какой-то белозерской пустыни и оттуда вызван был в Москву. Здесь царь велел остановиться ему в Чудовской обители, а священнику Сильвестру поручил поприсмотреться к нему, поиспытать его. И когда Сильвестр нашел, что Артемий имеет "довольно книжнаго ученья и исполнен добраго нрава и смирения", то по просьбе троицких братий и по повелению государеву Артемий поставлен был в игумена к Троице (в 1551 г.). У Артемия был ученик Порфирий; этот ученик в качестве старца-странника не раз приходил для духовной беседы к благовещенскому священнику Симеону, который, заметив, что он "от Писания говорит недобро", передал все слышанное Сильвестру. Сильвестр пригласил странника к себе и во время неоднократной беседы с ним заметил то же самое и свои сомнения пересказал царю. Царь обратил свое внимание на самого Артемия и начал примечать "вся слабостная учения" Порфирия и в его учителе. Но Артемий скоро оставил игуменство "за свою совесть" и отошел в пустыню. Когда начались разыскания по поводу ереси Башкина, тогда приведен был в Москву из своей пустыни и Артемий вместе с учеником своим Порфирием и другими старцами. Артемию было сказано, будто он вызван, чтобы "говорить книгами", или состязаться, с Башкиным; но, услышав в Москве, что Башкин указывает и на него как на своего сообщника, тайно бежал из Андроникова монастыря, где был помещен, в свою белозерскую Порфириеву пустынь. Его, однако ж, вновь взяли оттуда и представили пред лицо Собора. Здесь прежде всех выступил против Артемия сам Башкин и как письменно, так и словесно свидетельствовал, что Артемий изрекал хулы на поклонение святым иконам, на таинство Евхаристии, на предания святых отцов и многие другие. Но Артемий ни в чем не сознался и на все убеждения митрополита покаяться отвечал: "Я так не мудрствую, я верую во Отца и Сына и Святого Духа, в Троицу Единосущную". Кроме Башкина еще шесть свидетелей один за другим говорили против Артемия. Собственный его келейник и ученик Леонтий рассказал только, как Артемий бежал тайно из Андроникова монастыря в свою пустынь. Артемий сознался, что бежал от наветующих, будто он неистинствует в христианском законе; самих же наветующих, несмотря на неоднократные допросы, не поименовал. И Собор поставил Артемию в вину, зачем он не бил челом царю и митрополиту на этих наветующих и не свел с себя навета, а тайно бежал из Москвы. Бывший ферапонтовский игумен Нектарий заявил пред Собором: "Артемий говорил мне о Троице: в книге Иосифа Волоцкого написано негораздо, что Бог посылал в Содом двух ангелов, т. е. Сына и Святого Духа; да Артемий же новгородских еретиков не проклинает, и латинян хвалит, и поста не хранит: во всю Четыредесятницу ел рыбу и в день Воздвижения у царя за столом ел рыбу; да он же, Артемий, ездил из Пскова, из Печерского монастыря в Новый городок к немцам и восхвалял их веру..." Артемий на это отвечал: "Когда случалось мне из пустыни бывать у христолюбцев, я ел рыбу и у царя в день Воздвижения ел рыбу; в Городок к немцам ездил и спрашивал у немецкого князя, нет ли у них человека, с кем бы мне поговорить книгами; я имел в виду поговорить о том, таков ли христианский закон у римлян, как у нас; но мне такого книжного человека не указали". Собор вменил Артемию в вину и то, что он нарушал пост к соблазну православных, и то, что ездил к немцам для означенной цели, ибо он сам ведает, говорил Собор, что наша есть истинная православная вера, а латинская вера отречена от православной святыми отцами и предана проклятию. Тот же Нектарий обличал Артемия во многих богохульных и еретических речах; но Артемий называл все это клеветою, и три старца-пустынника, на которых сослался Нектарий как на слышавших те богохульные речи, действительно не подтвердили его слов и сказали, что "про Артемия хулы на Божественное Писание и христианский закон не слыхали ничего". Третий свидетель, бывший игумен Троицкого Сергиева монастыря Иона, писал на Артемия, что он говорил хулу о крестном знамении: "Нет-де в том ничего; прежде-де сего на челе своем знамение клали, а ныне своим произволением большие кресты на себе кладут; да и на Соборе-де о том крестном знамении слово было да не доспели ничего". Артемий отвечал, что про крестное знамение Ионе не говаривал, а про Собор говорил, и именно про Собор нынешний, - и это поставлено Артемию в вину. Четвертый свидетель, келарь Троицкого Сергиева монастыря Адриан Ангелов, показал пред Собором: "Говорил Артемий в Корнильеве монастыре, в келье игумена Лаврентия, что нет пользы петь панихиды и обедни по умершим, тем они муки не избудут". Артемий отвечал: "Я говорил про тех, которые жили растленным житием и грабили людей, что когда начнут петь по них панихиды и обедни, то нет им пользы и чрез то им муки не избыть". Собор справедливо осудил эту ложную мысль и обвинил Артемия за то, что отнимает у грешников надежду спасения, подобно Арию, который учил, что не должно творить приношения за умерших. Затем старец Троицкого Сергиева монастыря Игнатий Курачов показал: "Я слышал от Артемия про канон Иисусов: таки Иисусе, таки Иисусе, а про акафист: радуйся да радуйся". На это Артемий дал такое объяснение: "Говорят в каноне: Иисусе сладкий, а как услышат слово Иисусово, что надобно исполнять Его заповеди, то в горесть прелагаются; говорят в акафисте: радуйся да радуйся, Чистая, а сами о чистоте нерадят; значит, только по обычаю говорят, а не по истине". Собор назвал такое объяснение "развратным и хульным" и заметил, что канон и акафист Пречистой Богородице надобно всякому христианину держать честно. После трех последних свидетелей, которые все были из Сергиева монастыря, где несколько времени игуменствовал Артемий, явился обвинителем против него кирилло-белозерский игумен Симеон, который еще до Собора писал царю: "Как пришло повеление быть Артемию в Москве, он находился в нашей обители, и, когда я сказал ему, что Матфея Башкина поймали в ереси, он, Артемий, молвил: "Не ведают того, что ересь; сожгли Курицына да Рукового и нынче сами не знают, за что их сожгли". Артемий сначала утверждал на очной ставке с Симеоном, что не говорил ему про новгородских еретиков, но когда Симеон указал на кирилловского старца Никодима Бруднова и последний засвидетельствовал, что и он слышал те Артемиевы речи, тогда Артемий молвил: "Не упомню, так ли я говорил про новгородских еретиков; я новгородских еретиков не помню и сам не знаю, за что их сожгли; может быть, я сказал, что я не знаю, за что их сожгли и кто их судил, но не говорил, что они (т. е. судившие) того не знают, - я сказал только про себя". Наконец Артемий дал пред Собором показание и сам на себя, хотя показание совсем другого рода. "Когда меня нарекли, - сказал он, - во игумена к Троице и велели меня свидетельствовать, я исповедовал отцу духовному мои блудные грехи, а он мне говорил: "То-де переступи (опусти)". Но духовник, став с очей на очи с Артемием, сказал: "Я спрашивал тебя о убийственных и блудных грехах, и ты мне их не открыл". Тогда Артемий начал говорить: "Другой священник, тут стоявший, молвил: "То-де переступи", а имени его не помню, тогда было семь свидетелей". За такое недостоинство свое, в котором Артемий сам теперь сознался, и за клевету на отца духовного Собор немедленно лишил Артемия священного сана и отлучил по церковным правилам. А за те вины, которые взводили на Артемия другие и в которых он сознался, Собор определил: чтобы Артемий не мог своим учением и писаниями вредить другим, живя где захочет, сослать его в Соловецкую обитель, там поместить его в самой уединенной келье, лишить его всякой возможности переписываться или иначе сноситься с кем бы то ни было, даже с иноками, чтобы он не соблазнил кого-либо из них, и поручить наблюдение за ним только духовнику и игумену; в этом заключении оставаться Артемию до тех пор, пока он совершенно не покается и не обратится от своего нечестия; если он истинно покается и игумен донесет о том, тогда Собор рассудит и примет его, Артемия, в единение с Церковию по священным правилам; а если не покается, то держать его в заключении до его кончины и только пред смертию удостоить его святого причастия. Но Артемий не захотел оставаться в Соловецком монастыре и бежал оттуда в Литву. Осуждение Артемия Собором крайне не нравилось одному современнику, князю Курбскому, который, называя Артемия "неповинным и святым мужем", утверждает, будто его осудили по одним клеветам и злобе. Но слова Курбского как во многих других случаях, так и здесь оказываются пристрастными и несправедливыми. Рассматривая внимательно одно то, в чем сознался Артемий, мы должны сказать, что хотя он веровал в Пресвятую Троицу и не был еретиком, проповедовавшим какое-либо определенное еретическое учение, но он любил вообще повольнодумничать о священных предметах веры и хотел казаться, как ныне выражаются, либералом и на словах и в некоторых действиях; что этим своим вольничаньем, если бы оно ограничивалось даже тем немногим, в чем он сознался, он не мог не оказывать вредного влияния на православных, особенно людей простых, и что потому Артемий осужден отнюдь не неповинно, а ссылка его в Соловецкий монастырь была мерою благоразумною, если не необходимою. С другой стороны, если бы Артемий не чувствовал ничего за собою и признавал себя совершенно невинным, зачем он бежал из Москвы, едва только услышал, что его подозревают в единомыслии с Башкиным? Зачем бежал потом и из Соловецкого монастыря, а не покаялся и не воссоединился с православною Церковию, что ему не было преграждено? До какой же степени был святым мужем этот старец-пустынник, свидетельствует его собственное сознание, вследствие которого он немедленно лишен был Собором священного сана. Ныне сделались известными послания Артемия, писанные им в Литве, в которых он является будто бы даже поборником православия против Симона Будного и других еретиков, тогда действовавших в нашем Западном крае. Но если действительно таково содержание посланий, то это показывает только, что Артемий, наученный горьким опытом, отбросил свое прежнее либеральничанье и сделался твердым христианином в последние годы своей жизни, проведенные им в Литве.
