В Вильне положение православных было совсем иное, чем в Киеве. В ней преобладающее значение имели латинское духовенство и особенно иезуиты, стоявшие за унию. Открыто бороться здесь с униатским митрополитом православным пастырям было невозможно, и они нашлись вынужденными покориться ему, по крайней мере наружно. Покорился известный виленский протопоп Иван Парфенович, прежде столько ратовавший против унии со всем своим духовенством: он и теперь остался наместником митрополита в Вильне и исполнял его поручения. Покорились и прочие виленские священники с своими приходскими церквами, так что у православных в Вильне не осталось ни одной церкви. Покорился и архимандрит виленского Свято-Троицкого монастыря Софроний, хотя это было ему очень тяжело, как показал следующий случай. В генваре 1597 г., т. е. спустя каких-нибудь три месяца по принятии унии, когда виленские бурмистры, райцы и лавники по делам своего бурмистровского братства собрались в братском доме, пред ними внезапно предстал троицкий архимандрит Софроний и начал говорить: «Я пришел заявить вашей милости, что больше не хочу быть в Троицком виленском монастыре архимандритом и настоятелем, ибо терплю ненависть от всех людей за то, что поминаю на ектениях митрополита и молюсь за него Богу. Доселе я делал это против моей совести и убеждения, но отселе я не буду просить Бога за митрополита и не хочу быть старшим в монастыре, желаю лучше быть простым чернецом где-либо и сохранить чистою свою совесть, нежели молиться за теперешнего митрополита». Затем Софроний положил на стол пред бурмистрами и райцами церковные и монастырские ключи и молвил: «От вашей милости я имел эти ключи и опять отдаю их вам». Когда его спросили, зачем он так поступил, и не подговорил ли кто его, и не нашел ли он себе где другого места, он отвечал: «Я хочу лучше жить где-либо под покровительством какого-нибудь пана, который будет защищать меня от митрополита, нежели оставаться здесь, в Вильне, и быть ему послушным; добровольно принял я от вас Троицкий монастырь, добровольно и отдаю его в ваши руки». Получив известие об этом от бурмистров, митрополичий наместник Парфенович пригласил Софрония к себе, и Софроний сознался пред ним, что хотя отказался от настоятельства добровольно, но по наущению некоторых соборных священников, и выразил сожаление, что поступил необдуманно, почему и просил Парфеновича походатайствовать пред бурмистрами о возвращении ему, Софронию, Троицкого монастыря. Такое-то колебание приходилось испытывать тогда виленскому православному духовенству!
Одно Свято-Троицкое братство в Вильне смело сопротивлялось митрополиту и унии, но за то много и терпело. Еще в августе 1596 г. король приказал сановникам виленского магистрата, чтобы они возбранили братству строить свою церковь во имя Святого Духа, так как она назначалась будто бы не столько для хвалы Божией, сколько для большего распространения ереси, т. е. православия, хотя сам же дал в 1592 г. разрешение на эту постройку. Но члены братства не послушались и начали строить свою церковь неподалеку от Троицкого монастыря, на противоположной стороне улицы. В следующем году, вероятно, король подтвердил свой приказ виленскому магистрату, потому что в марте (17) магистрат послал возного Петра Юрьевича Новоша на место, где строилась братская церковь, чтобы остановить постройку. Но возному объявили, что церковь строится на плаце панов Воловичев двумя знатными православными паньями: женою воеводы брестского Зеновича, урожденною Волович, и женою воеводы смоленского Абрамовича, также урожденною Волович (вероятно, сестрами). Против этого были бессильны не только магистрат, но и все запрещения короля, потому что литовские дворяне имели право на своих землях строить какие угодно церкви. В начале 1598 г. церковь была уже окончена и освящена, и православные жители Вильны, у которых не оставалось более ни одной церкви в городе, кроме этой вновь сооруженной, готовились встретить в ней светлый праздник Воскресения Христова. Это-то время и избрали враги православия, чтобы нанести им самое тяжкое оскорбление. Под вечер в Великую субботу толпа студентов иезуитской Академии человек в пятьдесят, предводимая ксендзом Гелиашевичем, пришла на братский двор, где находились и братская школа – коллегиум, и церковь. Сначала они зашли в школу, и здесь Гелиашевич с гордостию вызывал на диспут жившего в школе чернеца – учителя отца Никифора, а один из студентов (Антон Десараний) завел спор с русским педагогом Ольшевским, который с питомцем своим, сыном князя Богдана Огинского, подкомория троцкого, посещал братскую коллегию и теперь в ней находился. Из школы отправились в церковь, в которой большие двери были уже заперты, вторглись в алтарь с крайним бесчинством и сбросили с престола крест и Евангелие; оттуда через царские двери выступили на средину храма, где стояла Плащаница, схватили ее и бросали из стороны в сторону, а когда слуги церковные, убиравшие церковь к празднику, стали уговаривать бесчинников, то подверглись от них брани и даже побоям. На самый праздник Воскресения Христова, когда началось богослужение, студенты снова явились толпою в братскую церковь и, обступив Плащаницу, пытались ее опрокинуть, издевались над церковными церемониями, толкали молящихся, а женщин кололи шпильками и, выдвинувшись вперед к алтарю, не пропускали никого к святому причащению, так что поп Герасим, вышедши из алтаря, едва упросил их немного посторониться. Еще более дерзости и наглости позволили себе буйные воспитанники иезуитов в тот же день на вечерне в братской церкви, куда пришли они теперь вооруженными. Они разместились кучками: одни стали у дверей церковных, другие – в притворе, третьи – посреди церкви, четвертые – с певчими на крылосе – и везде толкали людей и кололи шпильками, а женщин по устам, по лицу, по ушам потирали пальцами и руками, произнося бесстыдные слова. Несколько раз наносили удары сзади диакону Михаилу во время его хождения по церкви и, заняв место вокруг амвона, не пропускали туда священнослужителей для совокупного пения, а когда бакалавр греческого языка в братской школе Демьян Капишовский попросил бесчинников немного податься, то его ударили в лицо и повлекли было из церкви. С трудом уговорили их оставить церковь, но из церкви они бросились в братский коллегиум и ранили здесь попавшегося им навстречу слугу брестского воеводы Зеновича. Потом выбежали на улицу, где ждали их несколько сот их товарищей студентов и великое множество мещан, мастеровых и торговцев римской веры. Вся эта толпа, вооруженная ружьями, луками, камнями, топорами, начала штурмовать коллегиум и соседний дом братский, в котором остановилась приехавшая для богомолья жена смоленского воеводы Абрамовича. Буяны выломали ворота и железные решетки, повыбили окна, повредили стены зданий, пробили кровлю на друкарне, переранили школьную и церковную прислугу. На другой день утром, во время литургии, те же студенты с оружием в руках, разделившись на три группы, напали на домы братские, на коллегиум и на церковное кладбище, били и преследовали мещан, шедших в церковь, ранили одного братчика и наконец вторглись в самую церковь и произвели в ней великую тревогу и замешательство. Делая нападения на братскую церковь, иезуиты рассчитывали, что православные не вытерпят, окажут сопротивление студентам в самой церкви, произведут смуту, кровопролитие, а это послужит законным основанием для закрытия церкви. Но православные вытерпели, как ни горько было им поругание их святыни, они плакали от огорчения и молились, но сопротивления не оказали. Старосты виленского Свято-Троицкого братства, которое отселе справедливее могло называться Свято-Духовским по имени своей собственной церкви, а с ними и жена смоленского воеводы Абрамовича принесли (5 мая) жалобу на иезуитов в трибунальный суд. Но трибунальный суд отказался разобрать это дело и определил отослать его на генеральный сейм. Тогда приносившие жалобу обратились в виленский градский суд и просили по крайней мере допросить свидетелей и занести их показания в виленские городские книги.
В Слуцке митрополит поставил (15 июня 1598 г.) своим наместником и протопопом какого-то отца Афанасия Спасского, без сомнения принявшего унию, подчинил ему всех священников как города Слуцка, «соборных, и окрестных, и придельных, так и околичных», и дал ему уполномоченность, если кто из священников станет не покоряться своему верховному пастырю или его наместнику, тотчас запрещать непокорному священнослужение, а церковь его запечатать и донести о том митрополиту. Такие меры насилия сильно вооружали православных против Рагозы, так что, когда он, объезжая епархию, прибыл в Слуцк, местные жители совсем было забросали его камнями, и если он остался жив, то благодаря только своей карете, его скрывавшей, за что все домы в городе обложены были ежегодною пенею, которую и выплачивали потом много лет. В самом Новогрудке, где обыкновенно жил митрополит, сопротивление ему со стороны православных было еще труднее, потому особенно, что и новогрудский воевода Скумин-Тышкевич, столько прежде восстававший против унии, теперь принял ее и сделался ее покровителем.
