Главная забота строителя состояла в том, чтобы украсить новую обитель храмами Божиими. На верху горы с первых же лет красовались три храма. Некоторые из братии, ревнуя о больших подвигах к своему спасению, с благословения Исаакия удалялись на время Великого поста в пещеры, которые общими трудами братии были значительно углублены в гору и распространены. Там было устроено несколько малых келий для искавших безмолвия и высечена одна большая пещера, в которой желательно было отшельникам устроить церковь. Дозволение это было дано по особому ходатайству Царевен Марии и Феодосии Алексеевн, благодетельствовавших Сарову. 30 мая 1711 года церковь была освящена во имя Антония и Феодосия и всех Киево-Печерских чудотворцев.
До сего времени Господь испытывал Исаакия, так сказать, лично в нем самом, теперь же испытания начались в обители, основанной его трудами. В 1712 году вспыхнул лесной пожар, который подошел к обители и всю ее спалил. Уцелела лишь одна церковь Живоносного Источника, хотя потерпела значительные повреждения. Немедленно после пожара Исаакий приступил к возобновлению монастыря, и из пепла воздвиглись снова здания еще в большем блеске и красоте. Народная молва распространяла, слухи, что монахи нашли большой клад и на эти деньги строят монастырь и покупают земли. В сентябре 1712 года, когда в обители успокоились все иноки и богомольцы, пришедшие на праздник Воздвижения Креста Господня, в темную и глухую ночь несколько человек перелезли через монастырскую ограду и бросились к храму ломать двери. Стук разбудил всех, и грабителей прогнали. 30 ноября в ночь, когда монашествующие готовились идти к утрене, в монастыре раздался крик и сверкнуло пламя. Выбежав, монахи очутились окруженными вооруженными людьми, которые иных привязали, иных заперли в келье. Разведя среди монастыря костер, разбойники приступили к пытке монахов, дабы узнать, где у них скрыто богатство. Не узнав ничего, разбойники обратились к грабежу храмов и монастыря. Все увезли, что могли. По милости Божией убитых до смерти не было, но изувеченных много, особенно пострадал иеромонах Дорофей, за отсутствием Исаакия управлявший обителью. Второе подобное испытание ниспослано Господом го апреля 1731 года также в отсутствие настоятеля. Опять напали разбойники во время утрени, побили молящихся в церкви иноков, одного убили, некоторых изувечили, и, разогнав монахов, грабители унесли и попортили много вещей. Но эти испытания были лишь только началом. Покончив, насколько возможно было, успокоение и устроение обители после разгрома разбойниками, Исаакий опять отправился в Москву. По прибытии туда вскоре постигла его тяжкая болезнь, угрожавшая смертью. Дабы лучше приготовиться к часу смертному, Исаакий пожелал пострижения в схиму и обратился с просьбой об этом к бывшему тогда в Москве знакомому ему строителю Красногривской пустыни иеромонаху Макарию. Последний согласился исполнить желание Исаакия только с тем условием, если он примет на себя точное и непременное исполнение особых заповедей, которые даст ему Макарий. Не надеясь выздороветь, Исаакий согласился исполнить все заповеди, какие ему угодно будет дать. Тогда Макарий связал Исаакия такой заповедью: «по принятии схимы строителем и ни в каком начальстве у братии не быть, и не священнодействовать, и из монастыря не выходить, и братию в церкви от Писания не учить, и в пении церковном и за трапезою с братиею простою стоять и сидеть в последних». Исаакий принял эту заповедь, а Макарий облек его в схиму, переименовав прежним именем — Иоанном. Между тем болезнь стала мало-помалу ослабевать, и схимонах в состоянии был возвратиться в свою обитель Саровскую и здесь совершенно выздоровел. За время болезни Иоанна в пустыни многое оказалось запущенным и среди братии стали обнаруживаться беспорядки и неурядицы. Но связанный обетами, данными при схиме, Иоанн не мог ни во что вмешаться, а братия по-прежнему обращалась к нему во всех своих нуждах. Иоанн обращался за советами к тому же Макарию, но последний, по простоте своей, только наистрожайше подтверждал свои заповеди. Тогда братия пустыни решилась подать челобитную Государю, прося указа и архиерейского благословения, чтобы по-прежнему о. Иоанну быть настоятелем и духовником. Просьба братии была уважена, о. Иоанну прислали Государев указ. В указе прописаны канонические правила и примеры из истории Церкви, из которых видно, что монастырями управляли и схимонахи, какпрп. Пафнутий Боровский и другие.
Теперь о. Иоанн занялся внешним устройством пустыни. Окрестные жители помогали Иоанну с большим усердием. Саровская пустынь при своем основании имела лишь около 30 десятин, и, очевидно, такое скудное имущество не могло поддерживать существования монастыря. Но Бог, благоволивший воздвигнуть в пустыни св. обитель, Сам Своими дивными и непостижимыми судьбами обеспечил навсегда ее существование. Посетители делали вклады, и о. Иоанн в течение 17 лет, по 1729 год, приобрел земли по 63 купчим от 96 владельцев, из которых было 7 русских, 16 новокрещенных и 73 мурзы и татар темниковских и кадомских. Отец Иоанн вытерпел также немало спорных процессов с наследниками земель. Каких трудов, хлопот, беспокойства и неприятностей стоило строителю приобретение этих имений, трудно и представить в уме, не только выразить словами. Процесс с Полочениновыми дошел до Сената, потребовал присутствия о. Иоанна в Петербурге и грозил уничтожением обители, которую могли приказать срыть. В 1730 году Высочайшая воля решила многолетний спор и навсегда утвердила и обеспечила существование Саровской пустыни. Так трудно устраиваются истинные обители Божий на земле, где властвует и начальствует над людьми, забывающими Господа, враг человечества.
По Промыслу Божию угодно было подвергнуть веру старца о. Иоанна тяжелому испытанию. В 1733 году по ложному доносу на Саровскую пустынь пало подозрение в сношении ее иноков с неким Радышевским. 14 апреля 1734 года о. Иоанн был арестован по распоряжению страшной в то время тайной канцелярии, отправлен в Петербург и там заключен в крепость. Когда прибыли посланные арестовать его чиновник тайной канцелярии и солдаты, о. Иоанна не было в обители, так как он отлучился по монастырским надобностям в г. Темников. Возвращаясь оттуда, о. Иоанн встретил на дороге эту военную команду. Его привели в Саров, но не впустили в обитель и не дозволили иметь сообщение с братией. Настоятель о. Дорофей и братия вышли за ворота монастырские, куда вывели о. Иоанна, окруженного стражей, и чудный старец простился со всеми, сотворив три земных поклона без слов. Рыдания братии надрывали сердца, ибо все предчувствовали, что не придется им более свидеться в здешней жизни.
Смиренного пустынножителя и первоначальника Саровской пустыни и ревностного обличителя раскола, иеросхимо-наха Иоанна обвинили в государственном преступлении и в сообщничестве с немирными раскольниками. Даже знаменитый Ушаков с тайной канцелярией не решились делать ему об этом вопросов, настолько повлияли на них кроткие ответы и смиренный вид старца. Следствие по делу Радышевского все более и более распространялось и захватывало множество лиц духовных и светских, а престарелый о. Иоанн должен был томиться в узах и заключении. Почти четыре года продолжались его страдания. Перед кончиной Господь сподобил его принять напутствие Св. Тайнами. Он умолил духовника доставить в Саровскую пустынь строителю о. Дорофею письмо, как бы свое последнее завещание братии о нёопуститель-ном исполнении правил устава общежития, о мире и любви между собой и безропотном несении послушания. Отец Иоанн почил о Господе 4 июля 1737 года на 67-м году от рождения. Его погребли при церкви Преображения Господня, что в Колтовской, по близости этой церкви к тайной канцелярии.
Настоятель Саровской пустыни Дорофей. Иеромонахи Филарет, Маркел и Исаакий. Строитель иеромонах Ефрем. Разноречивые печатные показания о приезде А. С. Мелъгуновой в Саров и Дивеево. Переезд матери Александры на жительство в д. Осиповку, смерть дочери и решение ее распродать имения и отпустить крестьян на волю. Построение Мелъгуновой храмов Божиих и добрые ее дела. Голодные годы, в особенности 1775-й, и чудо в Саровской пустыни. Поездки матери Александры в Казань и Киев. Жизнь ее в Дивееве, труды и тайные благотворения. Настоятель Саровской пустыни о. Пахомий, старец игумен Назарий. Иеросхимонах Дорофей, схимонах Марко и другие. Иеросхимонах Иосиф, иеромонахи Матфей, Питирим и Иоаким. Казначей о. Исайя. Устройство общины при Казанской церкви. Отношения матери Александры к юному послушнику и затем иеродиакону Серафиму
Еще в 1731 году иеросхимонах Иоанн выбрал себе преемника, ближайшего ученика своего — Дорофея, в миру Димитрия, которого жестоко избили разбойники при нападении на Саровскую пустынь. Он был родом из Кадомского уезда и также духовного звания. По имеющимся документам значится, что он пришел в пустынь в 1705 году и пострижен в монашество через три года. Отец Дорофей был в послушании у первоначальника и пережил с ним все скорби и труды. Подражая примеру учителя, он служил для всех образом смирения и ходил с братией на покосы и рыбные ловли. Вся жизнь его была полна трогательных примеров терпения, милосердия, благочестия, ревности к славе Божией и пламенной любви к Богу. Как свидетельствовали современники его, о. Дорофей учил всех своим благоразумием, твердостью характера, бескорыстием и утверждал между ними порядок общежития примерной жизнью, трудолюбием, послушанием и братолюбием. Слух о его святой жизни все более и более собирал к нему искавших безмолвного жития. Наставления этого опытного старца были необыкновенно мудры и полезны. При нем окончательно утвердился устав о панагии, принятый первоначальником Иоанном согласно с чиноположением древних обителей. Поэтому монахи ходят, по отпусте божественной литургии, в трапезу, неся впереди настоятеля пречистую просфору, находящуюся во время службы на горнем месте, за престолом. За просфорой и настоятелем братия идут чинно, по два, все в мантиях, и поют 144-й псалом: «Вознесу Тя, Боже мой». Окончив псалом, читают трапезные молитвы, и настоятель глаголет: «Христе Боже! Благослови ястие и питие рабом Твоим, яко Свят еси всегда, ныне и присно и во веки веков». Потом настоятель отделяет две части от просфоры, полагая их на блюдо, и одну, отделенную во имя Христово, разрезает на мелкие частицы, которые и обносят сидящей уже за столом всей братии для вкушения. Другая, отделенная в честь Божией Матери, полагается на панагиаре, на приготовленном для сего месте, и по окончании трапезы совершают возвышение панагии по чину, установленному в Следованной Псалтири.
