Положительные изменения намечаються в 1708 г., когда валашский господарь Михаил Рогович передал русскому монастырю находящуюся в Валахии обитель Нтошаны. Однако очень скоро, в 1730 г., щедрый жест валашского господаря был сведён на нет: монастырь Нтошаны был захвачен турками, а его церковь превращена в мечеть.
Усиливающиеся противоречия между Россией и Турцией в нач.
XVIII в. имели отрицательные последствия и для русского монастыря на Афоне. Турецкие власти начали всячески препятствовать доступу русских монахов на Святую Гору, что привело к упадку русской обители. Известный русский монах-путешественник Василий Барский, посетивший монастырь Св. Пантелеймона в 1744 г., отмечает, что «… у монастыря только название русское, в обители подвизаются греческие, сербские и болгарские иноки». В. Барский сообщает также, что «монастырь очень бедствует, сильно разрушен и придерживается идиоритмического устройства».
От полного разрушения русскую обитель спасает молдавский господарь Иоанн Каллимах (1758–1761). Он передаёт ей одну из часовен своего дворца — Богдан-серай. а также монастырь Иоанна Предтечи. Благодаря Иоанну Каллимаху в русском монастыре ведутся восстановительные работы, которые продолжает его преемник Скарлат Каллимах (1773–1821) — до начала греческой национально-освободительной революции 1821 г. Помощь этой греческой семьи, происходящей из Константинопольского квартала Фанар, была настолько значительной, что побудила Вселенского Патриарха Каллиника специальным указом (1806) переименовать русский монастырь Св. Пантелеймона в Каллимахидон (монастырь Каллимахов).
Всему этому, однако, предшествовал переход русского братства из обители Фессалоникийца в третий центр, в прибрежную зону, там, где сегодня находится нынешний монастырь Св. Пантелеймона. Фессалоникиец получает название Старый Русик и становится в дальнейшем зависимым от монастыря Св. Пантелеймона.
Свою историю на новом месте русская обитель берёт с 1760 г. Основана она там, где ещё в конце XVII в. монах Христофор построил келью, небольшую церковь и причал (арсану).
Монастырь Св. Пантелеймона в первые годы своего основания придерживался идиоритмического устройства, но в 1803 г. специальной грамотой Вселенского Патриарха Каллиника был объявлен киновией. Патриарх Каллиник, предвидя в будущем процветание русской обители, решительно отверг предложение Священного Кинота упразднить русский монастырь, а его имущество передать другим монастырям за неуплаченные долги. Своё мнение он мотивировал тем, «что неприлично и неполитично было бы упразднить русскую афонскую обитель в такое время, когда Россия своими последними войнами с Турцией приобрела столь решительное влияние на судьбу восточных христиан».
Первые русские иноки стали прибывать сюда в 1835 г. Среди них были видные люди России, в т. ч. князь Ширинский-Шихматов. Иеромонах Аникита (имя князя после пострижения) много содействовал благоустройству русского монастыря Св. Пантелеймона, выделив для этих целей значительную часть своего большого состояния.
Наплыв русских монахов особенно усилился с 1840 г. Их прибытию содействовала не только Русская Церковь, но и вся государственная машина. В 1845 г. русский монастырь посещает великий князь Константин Николаевич, в 1869 г. — великий князь Алексей Александрович, а в 1881 г. — великий князь Константин Константинович вместе с великой княжной Александрой Петровной.
Представительница царского двора не сошла, конечно, с корабля и довольствовалась созерцанием красот Афона с палубы.
В 1850 г. численность русских монахов становится равной численности греческих, а в дальнейшем стремительно растёт и начинает значительно превосходить её. Этот факт вызвал трения между русскими и греками, последние боялись, и не без основания, полного численного превосходства русских на Святой Горе.
Тем временем умер старейший из монахов игумен монастыря Герасим. Новым игуменом русского монастыря Св. Пантелеймона в 1875 г. становится Макарий (Сушкин) и пребывает на этом посту до 1889 г. При нем монастырь укрепил своё материальное положение, значительно расширился и выдвинулся на ведущие позиции среди афонских монастырей. Русские монахи с присущей им щедростью каждое воскресенье организовали раздачу продовольствия, одежды и денег малоимущим монахам и мирянам. Монастырь вёл активную научную и просветительскую деятельность, издавал журнал «Собеседник» и имел собственную типографию. О размахе и организации работы свидетельствует тот факт, что только для вышеуказанных целей в монастыре было задействовано 30 человек.
Все это, конечно, не было бы возможным без щедрой поддержки со стороны Священного Синода и правительства России. На нужды монастыря выделялось ежегодно 100 тыс. золотых руб. Субсидия была отменена в 1917 г. правительством Керенского. Весьма распространенную практику получили и «милостынные сборы» в России в пользу монастыря. Особенно обильным был сбор в 1863–1867 гг., когда иеросхимонах Арсений путешествовал по России со святыней. В Одессе, Санкт-Петербурге и Константинополе у монастыря были подворья, откуда поступала экономическая помощь. Кроме того, нужно отметить и многочисленные пожертвования со стороны частных лиц.
В конце XIX — начале XX вв. на Афон для поклонения чудодейственным мощам св. Пантелеймона прибывало огромное количество русских паломников. Ежегодно через Одессу, где проходил сбор паломников, в русский монастырь приезжало до 30 тыс. человек. Все они находили приют в монастыре, размещались в странноприимном доме (фондарике) и получали бесплатное питание. По древней традиции, монастырь предоставляет каждому, кто постучится в его ворота, ночлег, бесплатную миску супа и стакан вина. Благочестивые русские христиане, конечно же. не оставались в долгу, делая щедрые пожертвования на нужды монастыря.
Октябрьская революция 1917 г. имела трагические последствия и для русского монашества на Афоне. Отныне сюда перестала поступать всяческая помощь из России, а русские монахи оказались отрезанными от своей родины. Положение усугублялось и подозрительным отношением ко всем новоприбывающим её монахам из России. Опасаясь проникновения коммунистической идеологии на Святую Гору, страны — гаранты международного статуса Афона, закрывали практически все двери для пополнения русской монашеской общины из России. Впредь её незначительное увеличение будет идти только за счёт русских эмигрантов, проживающих в Западной Европе. Вот что пишет по этому поводу русский писатель Б. Зайцев: «Однако приток всё-таки есть. Он идёт теперь не из России, а из эмиграции. Русский Париж, русская Сербия дают пополнение Афону. Многое меняется на наших глазах. Если прежде на Афон шли преимущественно из купечества, мещан, крестьянства, то теперь я вижу молодого иеромонаха — офицера Добровольческой Армии, вижу бывшего художника, сына министра, знаю инженера и т. д.»
Русская Православная Церковь, сама находившаяся в тяжёлом положении, была не в состоянии оказывать помощь монастырю. Лишь в 1948 г. Патриарху Алексию I, в рамках празднования 500- летия со дня провозглашения Патриаршества в России, удалось установить контакты с представителями Греческой Церкви, приглашёнными на юбилейные торжества. Вопрос, интересовавший, в первую очередь, русского Патриарха, касался разрешения на прибытие на Афон русских монахов.
Конец «холодной войны» и вхождение Русской Церкви во Всемирный Совет Церквей (1961) ослабили прежние противоречия. В 1965 г. правительство Греции предоставило греческое гражданство (обязательное условие для подвижничества на Святой Горе) пяти монахам из Советского Союза и разрешило им прибыть на Афон.
Из пяти монахов двое не смогли приехать на Афон по причине плохого состояния здоровья, а третий попросил политическое убежище на Западе. После столь необычного поворота дела только в 1970 г. два оставшихся монаха, архим. Авель и монах Виссарион, получают разрешение советских властей прибыть на Афон. Архимандрит Авель сумел не только завоевать доверие и уважение греческой монашеской братии (дело для того времени непростое), но и стать в 1975 г. после довольно долгого перерыва, игуменом монастыря Св. Пантелеймона.
Изменения, произошедшие в бывшем СССР, оказали благотворное влияние и на жизнь русского монастыря. Число русских монахов возросло, сегодня их более 50 человек.
Так на Афоне называют записки, которые подаются на поминовение.
Главный храм обители — собор в византийском стиле в честь св. вмч. Пантелеймона — заложен в 1812 г. Освящён в 1815 г. Второй соборный храм — в честь Покрова Божией Матери — устроен на верхнем этаже основного братского корпуса.
В Русском Свято-Пантелеимоновом монастыре на Афоне пребывают: часть Честного и Животворящего Креста Господня; частица камня от Гроба Господня; честная глава св. вмч. и целителя Пантелеймона; честная глава блж. старца Силуана; части мощей св. Иоанна Предтечи; свт. Иоанна Златоуста; св. прав. Иосифа Обручника; апостола Фомы; св. вмч. Георгия Победоносца; св. мч. Трифона; св. мч. Евстратия; св. Кирика; свмч. Харалампия; свв. вмцц. Марины и Параскевы; верхняя часть главы евангелиста Луки; глава св. мч. Анфима, еп. Никодимийского; глава прпмч. Игнатия Афонского: глава прпмч. Евфимия Афонского; глава прпмч. Акакия Афонского; часть левой ноги апостола Андрея Первозванного в серебряном ковчеге в виде стопы; часть правой руки св. прав. Иоанна Русского; мелкие частицы мощей (более 300) греческих, русских, грузинских и других святых
