В начале 1591 г. Рагоза посетил свою Галицкую митрополию – чего, сколько известно, доселе ни разу не делали Киевские митрополиты – и к 17 генваря прибыл во Львов. Здесь в числе множества православных встретила его и братская школа и приветствовала довольно обширным стихотворением, в котором выражала свою радость при виде архипастыря, свои мольбы к нему, свои на него надежды. Одни стихи частию были петы ликами, или хорами, учеников, частию произнесены отдельными отроками в церкви в присутствии всего народа, другие же произнесены на другой день в самой школе при посещении ее митрополитом. Находясь во Львове, Рагоза прежде всего (17 генваря) приказал напечатать в братской типографии определение Брестского Собора 1590 г. касательно трех известных отступлений и разослать по всей Львовской епархии к непременному руководству: распоряжение, конечно, вызвано было тем, что сам епископ Гедеон хотя подписал на Соборе это определение, но не хотел держаться его относительно приношения и освящения пасхи и находил себе последователей в епархии. Потом митрополит как епархиальный архиерей освятил для ставропигиального братства небольшую церковь во имя трех святителей, устроенную в колокольне, так как Успенская церковь братства еще в 1586 г. сгорела, и благословил вновь строить эту церковь; 23 генваря совершил литургию в Онуфриевском монастыре и рассмотрел привилегии братства на этот монастырь; 24-го издал грамоту, которою благословлял дидаскалов школы, Стефана и Кирилла, и способных спудеев (студентов) проповедовать не только в братской церкви, но и в других с дозволения местных настоятелей, а 25-го публично судил в церкви своего викария, епископа Гедеона, по жалобам на него братства и, признав Гедеона виновным, запретил ему угнетать братство под страхом лишения сана, что подтвердил потом и Вселенский патриарх грамотою от 4 марта.
Несмотря, однако ж, на такое отношение к Гедеону, митрополит, еще находясь в Галиции, поручил ему обозреть соседнюю Перемышльскую епархию, в которой скончался тогда епископ Арсений Брылинский. Гедеон нашел эту епархию в крайнем расстройстве. Священники не покорялись своему епископу, не ездили к нему на Соборы, не брали у него святого мира для таинства, совершали всякого рода беззаконные браки и венчали мужчин на похищенных ими девицах, беззаконно расторгали браки, а, что всего хуже, сами по смерти своих жен держали у себя наложниц и некоторые, будучи второженцами, священствовали. Вследствие чего и в народе господствовала полная распущенность: иные мало знали о Боге, не умели ни веровать, ни молиться и больше обращались к волхвам и чародеям, нежели к Богу. Гедеон издал грамоту (12 марта), в которой, изложив все эти недостатки, замеченные им в Перемышльской епархии, убеждал духовенство исправиться, угрожал ему неблагословением и клятвою от митрополита, которому обязан был донесть обо всем, а тех священников, которые не перестанут жить беззаконно и бесстыдно, поручал наместнику Перемышльского владыки отлучать от всякого священнослужения и в конце грамоты присовокупил: «Что же касается до листов, напечатанных и разосланных из Львова, чтобы на Воскресение Христово брашен в церковь не приносить и не освящать, то пусть те листы не соблазняют вас и всех православных людей, хотя и подписаны епископами, но пусть будут, по стародавнему христианскому обычаю, приносы в церковь и освящение брашен на Воскресение Христово, с несомненною верою и доброю совестию; лишь бы только не волхвовали над теми освященными брашнами и не творили чар, а, уделивши часть освященного брашна нищим, все остальное разом потребляли». Таким образом, исполняя одно распоряжение митрополита, Гедеон в то же время открыто шел против другого его распоряжения и не только не хотел сам, но и учил других, и притом в чужой епархии, не покоряться определению Собора и патриарха.
По смерти Арсения Брылинского, епископа Перемышльского, местные власти желали видеть на своей архиерейской кафедре его племянника, человека еще молодого и женатого, и, может быть встретив или опасаясь встретить несогласие на то со стороны митрополита, обратились с просьбою к самому патриарху. И патриарх Иеремия писал Рагозе: «Архонты Перемышля своим прошением убеждают нас дать твоей святыне позволение, чтобы ты рукоположил племянника покойного Перемышльского владыки, но как он воин, и молод, и имеет жену, и потому оказывается недостойным архиерейского сана, то да не дерзнешь хиротонисать его во епископа под опасением запрещения и отлучения, неразрешимого и вечного. Да и никого другого, подобного ему, не рукополагай... Повелеваю твоему преосвященству поступать как должно и отнюдь не посвящать в архиерейство нерассудно мирских сановников или других имеющих жен, но посвящать иеромонахов, игуменов, архимандритов – да будет так, а не иначе». Ни имени, ни фамилии лица, о котором ходатайствовали пред патриархом из Перемышля, мы не знаем, но знаем, что на место Арсения Брылинского во епископа Перемышльского был поставлен (прежде 30 августа) Михаил Копыстенский, тоже человек женатый; не он ли и был племянником Арсения? Во всяком случае, значит, митрополит не исполнил приказания патриарха. И выходит: епископы не слушались митрополита, а митрополит не слушался патриарха, и всякие угрозы запрещением, низложением, отлучением от Церкви потеряли силу.
Другую грамоту к Михаилу Рагозе патриарх прислал (17 мая 1591 г.) от имени своего патриаршего синода. В грамоте прежде всего решались четыре вопроса, которые, как можно догадываться, предложены были письменно нашим митрополитом. Первый вопрос: в какое время за литургией должно учить народ в церкви; второй: в каком месте совершать крещение; третий: под какими условиями совершать брак православных с армянками и четвертый: каков должен быть учитель Церкви и проповедник? Патриарх с своим синодом отвечал, что учить народ за литургией можно по прочтении Апостола и после херувимской песни; совершать крещение, как и все таинства, должно в церкви или молитвенном доме; армянки пред вступлением в брак с православными должны не только отречься от армянской ереси, но и принять православное крещение, а учитель народа и проповедник должен быть сам чистой и непорочной жизни. Затем патриарх продолжал: «Слышно, что некоторые у вас порицают „новодрукованную Граматику“ (изданную львовским братством), да не возбраняется ни от кого это общеполезное дело под страхом запрещения и отлучения. Слышно также, что у вас по окончании литургии не раздается антидор и не прикладываются к святым иконам, – отселе да творится и у вас, как у нас, и верующие, приемля антидор, да лобызают святые иконы. А игумен ставропигиального монастыря, настоятель братской церкви и начальник училища да будут под властию митрополита Киевского, а не Львовского епископа... Считаю нужным напомнить и о том, чтобы во епископы отнюдь не хиротонисать священника, имеющего жену, но только вдовствующего и бывшего мужем одной жены. Тот, кто приемлет епископию как некоторую мзду за свою воинскую службу, далек от церковных законов; решающиеся принять епископский сан должны прежде постричься в монашество и облечься в монашескую одежду, и в таком виде приводить их к рукоположению».
Львовское ставропигиальное братство в силу определения Брестского Собора прошлого года начало распространяться и за пределы Львова. В городе Гологорске той же епархии составилось братство при церкви святого великомученика Димитрия, и священник этой церкви Василий принял устав братства львовского, за что и подвергся (16 апреля) проклятию от епископа Гедеона, обвинявшего его в том, будто он производил смущение и соблазны в людях, возбраняя им приносить в церковь пасхи для освящения. А 30 августа по образцу львовского образовалось братство в городе Гродке Перемышльской епархии и приняло устав львовского братства с письменного разрешения самого своего епископа. Но самое замечательное братство возникло тогда по образцу львовского в городе Бресте Владимирской епархии. Епископ Владимирский и Брестский Мелетий Хрептович, архимандрит киево-печерский, дал гражданам Бреста свой лист, которым дозволял им построить при соборной Николаевской церкви «вольную городскую русскую школу», чтобы в ней могли обучаться дети не только жителей города, но и всех, кто только пожелает, и предоставил этим гражданам быть «опекунами и дозорцами» соборной церкви и всех ее имений и оберегать ее от всяких неправд и притеснений. Граждане действительно соорудили дом для школы против своего городского собора и тогда просили короля, чтобы он утвердил лист, данный им епископом Мелетием, освободил их училищный дом от всяких господарских и городских повинностей и дозволил им учредить при соборной церкви духовное братство по образцу львовского. Король своею грамотою (28 генваря) исполнил все эти просьбы. И новое братство снеслось с львовским и получило от него для себя его устав.
