Отряды мамелюков были истреблены. Но в Каире Наполеон получил известие о том, что Нельсон истребил французскую эскадру у устьев Нила, под Абукиром. Эта победа англичан, казалось, разрушала все, что было Наполеоном достигнуто раньше. Но Наполеон не потерял своего самообладания. Он сказал своему другу и собрату по оружию, Мармону: «Потеря нашего флота, пожалуй, заставит нас совершить в этой стране гораздо большие подвиги, чем мы имели в виду сначала. Надо только держать голову над волнами — и они улягутся!»…
Однако положение его было трудное. Невозможно было получить ни откуда ни подкреплений, ни даже известий. И французские отряды были совершенно предоставлены собственным силам среди чуждой природы и враждебного населения. Но Наполеон не знал, что значит отчаиваться или теряться. Не взирая на то, что он оказался почти отрезанным от Франции, он все же старался укрепить свое положение в Египте и почти очистил его от мамелюков, которых разбил наголову, а остатки их отрядов заставил отступить к Нильским порогам. Арабов и коптов он старался привлечь на свою сторону и все народности допустил к местному самоуправлению. Он завел типографии и учредил Египетский институт, президентом которого назначил Монжа. Известно, какое огромное значение в области египтологии имели работы этого института. Но эта мирная работа была прервана войной. Народ, недовольный контрибуциями, разоружением и налагаемыми на него повинностями, взбунтовался. Было произведено нападение на французские посты, но Наполеон с неумолимой строгостью и жестокостью подавил восстание и, созвав улемов в Каире, сказал им следующее: «Объявите народу, что тот, кто умышленно восстанет против меня, не найдет спасения ни на этом, ни на том свете. Разве есть такие слепые, чтобы не видеть, что судьба руководит каждым моим шагом или есть такие неверующие, чтобы сомневаться, что все в этом мире подчиняется судьбе?… Я могу потребовать отчета за каждую сокровеннейшую мысль, так как я знаю все, что от меня скрывают! Придет день — и всем станет ясно, что я следую высшим велениям и никакие человеческие усилия против меня ничего не поделают!»…
Наполеон почти ничего не знал, что делается в Европе, и не ожидал, что Абукирская битва так скоро окажет влияние на европейскую политику, и Франция будет свергнута с той высоты, на которую он возвел ее своими победами. Правда, существуют указания на то, что, уезжая в Египет, где он рассчитывал покрыть себя новой военной славой, он предвидел, что Франция может потерпеть поражение, и тогда все обратятся к нему. Но коалиционная война началась все же раньше, чем он думал. Само собой разумеется, что и турки тотчас же перешли в ряды врагов Франции. Наполеон был в Суэце, разыскивал следы древнего канала — он мечтал о прорытии Суэзского перешейка и соединении двух морей, когда получил известие о наступлении турецких войск. В его распоряжении оставалось только 13.000 солдат, но тем не менее он тотчас же выступил на границу Сирии. Вместе со своими солдатами он совершил чудеса храбрости, но в то же время и ужасающие жестокости. Он взял турецкие форты, а три тысячи человек, сдавшихся ему, он расстрелял на берегу. В его оправдание приводится то, что у него не было средств прокормить такое количество военнопленных. Но весьма вероятно, что он имел в виду произвести устрашающее действие на врага. Однако он ошибся. В крепости Сен-Жан д'Акра, резиденции паши, он наткнулся на такое стойкое сопротивление, какого ожидать не мог. Оказалось, что там были англичане, явившиеся на помощь туркам, и Наполеон должен был отступить. Возвращение назад по жгучим пескам пустыни было ужасно. Солдаты были совершенно истощены и брели как тени. Болезни опустошали их ряды не меньше, чем неприятельские пули. Но едва они дотащились до Каира, как снова пришлось выступить против врага, вдвое превышавшего их силы. Произошла беспримерная битва на мысе Абукира. Французы дрались с мужеством отчаяния, так как для них тут все было поставлено на карту. И они совершили чудеса. Шесть тысяч турок погибли, частью от пуль, частью же были оттеснены к морю и погибли в его волнах. Четыре тысячи положили оружие, и ни один из них не ушел.
Пребывание Наполеона в Египте и Сирии продолжалось почти два года, с 1797 по 1799 год. О своем возвращении в Европу он уже подумывал осенью 1797 года, как только до него дошли известия о коалиционной войне. Когда же Франция начала терпеть неудачу за неудачей, то директория сама пожелала призвать Наполеона, для того чтобы он стал во главе республиканских армий. Но письмо директории не дошло до него. Когда же он узнал из английских газет о том, что творится во Франции, где директория потеряла всякое значение, и о положении Франции на театре войны, то решил, не дожидаясь разрешения из Парижа, прямо ехать туда. Египетскую колонию, о которой мечтал Наполеон, все равно нельзя было сохранить при отсутствии всякой поддержки со стороны Франции, теперь обессиленной и ожидающей нашествия врагов. Спасти Францию могли только новые победы, но на море они были уже невозможны после Абукира, и оставалось только сражаться на суше.
Наполеона много раз обвиняли в том, что он покинул остатки своей армии в Египте, под начальством генерала Клебера (вскоре убитого одним туземцем-фанатиком), и бежал во Францию, исключительно преследуя свои личные интересы и надеясь на развалинах власти директории создать свою собственную власть. Несомненно, конечно, что он тогда уже мечтал о господстве во Франции, но судьба его была тесно связана с судьбой Франции, и, спасая свое дело, он спасал и Францию.
Сорок восемь дней носился он по морю, прежде чем достиг, наконец, берегов Франции. Несколько раз он подвергался опасности попасть в руки англичан. С изумительной смелостью он проскользнул ночью, потушив огни, мимо английского крейсера, которому Нельсон, не подозревавший, впрочем, о дерзкоотважном поступке Наполеона, поручил сторожить морской проход между мысом Бон и Мальтой.
Маленькая эскадра Наполеона, состоявшая из трех кораблей, наконец, благополучно достигла Аяччио, и Наполеон, опять увидел свою родину, которую он должен был покинуть шесть лет тому назад, как изгнанник, осыпаемый проклятиями своих соотечественников. Теперь же население Аяччио встречало его восторженно. В глазах пылких корсиканцев он был героем, прославившим своими победами корсиканское имя. В толпе, которая, не взирая на карантин, установленный из опасения чумной заразы (в египетских войсках чума производила большие опустошения), теснилась к кораблям, находилась одна крестьянка, которая, увидав Наполеона на палубе фрегата, закричала ему по-итальянски: «Сын мой! Сын мой!» — и Наполеон радостно закивал ей, крича: «Матушка! Матушка!» Оказалось, что это была его кормилица, пришедшая взглянуть на своего питомца. Он не забыл потом о ней, когда достиг вершины могущества, и осыпал щедрыми милостями ее и ее семью.