Осенью 1894 года в университете происходят студенческие волнения. Вскоре после того, как в Ливадии скончался Александр III, университетское начальство поручило профессору В. О. Ключевскому произнести надгробную речь.
В конце лекции, когда историк стал прославлять умершего императора, в аудитории раздались свистки. Передовое студенчество с негодованием встретило эту часть речи Ключевского. Университетское начальство всполошилось. О происшествии на лекции Ключевского было сообщено полиции. В университетских коридорах замелькали фигуры сыщиков и жандармов; стали производиться расследования. 47 студентов были исключены из университета. Мало того, исключенные студенты были высланы из Москвы. В число высланных попали даже те студенты, которых не было на лекции Ключевского: начальство, воспользовавшись историей, происшедшей на лекции, постаралось очистить университет от неугодных ему элементов.
Прогрессивные деятели университета, лучшие профессора, предприняли попытку убедить университетское начальство смягчить участь пострадавших. Деятельное участие в этих хлопотах принял и Александр Григорьевич Столетов. Но все попытки оказались безуспешными. Начальство наотрез отказалось смягчить меры наказания для студентов.
Тогда великому князю Сергею Александровичу — московскому генерал-губернатору — была направлена петиция.
Эту петицию подписали 42 профессора, в числе которых были К. А. Тимирязев, А. Г. Столетов, В. В. Марковников.
Попечитель учебного округа, уже известный нам граф Капнист, с негодованием узнал об отправке петиции великому князю. Всем подписавшим петицию был объявлен выговор. Обрушившись против участников коллективного письма, раздосадованный Капнисг особенно резкое обвинение предъявил Столетову, объявив его зачинщиком всей истории с подачей петиции. Столетов сделал подробный разбор всех обвинений, предъявленных попечителем участникам петиции. Этот разбор подписали все 42 профессора и направили его министру. Тем временем реакционные профессора стали распускать слухи, что Столетов не только зачинщик подачи петиции, но что он виновен и в подстрекательстве студентов к выступлению.
Вскоре же после этого в профессорском кабинете разыгралась возмутительнейшая сцена. Рассказ об этой сцене сохранил профессор А. К. Тимирязев, слышавший о ней от своего отца. Один из наиболее реакционно настроенных профессоров — граф Л. А. Камаровский, рассказывая о своей последней беседе с министром просвещения, заявил: «Ну, господа, теперь все мы можем быть вполне спокойны, никаких студенческих беспорядков больше не будет. Министр мне сказал, что при первой же попытке вот этот молодчик, — при этом Камаровский кивнул в сторону Столетова, — вылетит вон из университета».
В такой обстановке приходилось жить великому физику.
Здоровье Столетова становится все хуже. Все чаще навещают его болезни. Ночной кашель по целым зимам не оставляет его, мучает изнурительная бессонница, от времени до времени беспокоят боли в верхней челюсти. Ему все труднее выходить из дому. В 56 лет он, выходец из рода, не случайно носившего фамилию Столетовых, становится в результате непрерывной травли больным стариком. Он все более и более замыкается.
«В 1895 году, — вспоминал А. П. Соколов, — Александр Григорьевич особенно много занимается по вечерам чтением художественной литературы. До самых последних дней своей жизни он интересуется новостями отечественной и иностранной литературы. В последнее время чаще всего он засиживался за «Отверженными» В. Гюго и еще более за книгой А. В. Никитенко «Записки и дневник. Моя повесть о самом себе и о том, чему свидетель в жизни был». Этот откровенный рассказ профессора и академика, человека, бесспорно, весьма талантливого, мало-помалу впавшего в глубокий пессимизм и к концу жизни горько сознавшегося в бесполезности своей трудовой жизни, очевидно, лучше всего гармонировал с удрученным настроением самого Александра Григорьевича, испытавшего тоже тяжелое разочарование под конец своей тридцатилетней деятельности. Это чтение, которому он обыкновенно предавался на ночь, доставляло ему, как он сам выражался, «душевное успокоение».
«Какая-то печать гнетущего, глубоко затаенного нравственного страдания легла на все последние годы его жизни, — писал К. А. Тимирязев, — как будто перед ним вечно стоял вопрос: почему же это везде, на чужбине и в среде посторонних русских ученых, встречал он уважение и горячее признание своих заслуг и только там, где, казалось, имел право на признательство, там, где плоды его деятельности были у всех на виду, ему приходилось сталкиваться с неблагодарностью, мелкими уколами самолюбия, оскорблениями. Но он еще крепился, пытаясь стать выше «позора мелочных обид».
Мало хорошего было в жизни Столетова в это время. Но, как всегда, радостно отзывался ученый на все успехи русской науки. Хорошую, согревающую сердце весть получает он из Петербурга от Ф. Ф. Петрушевского. Старый товарищ пишет, что 7 мая 1895 года на заседании Русского физико-химического общества происходили вещи поистине чудесные. Молодой ученый А. С. Попов показывал приборы, которыми с помощью электромагнитных волн можно передавать сигналы на расстояние. Узнав о рождении радио, Столетов не подозревал, что вскоре этому новому русскому изобретению помогут приборы, которые будут созданы на основе его, Столетова, открытий.
Короткую радость принесло ему весной 1895 года известие о том, что наконец-то продвинулось дело о создании физического института. Хлопоты об организации физического института Столетов не прекращал все время. Эти хлопоты делил с ним А. П. Соколов. Сколько просьб, сколько ходатайств подали Столетов и Соколов в правительственные учреждения, сколько визитов к высокопоставленным лицам наносили они, убеждая отпустить средства на постройку института! В конце концов ученым удалось получить принципиальное согласие начальства, но на этом дело и остановилось. То постройку откладывали, ссылаясь на то, что у государства нет средств на нее, так как в России голод и холера. То требовалось заняться сначала расширением и обновлением библиотеки, зоологического музея, музея древностей. Столетову казалось, что дело уже вовсе заглохло, но весной 1895 года его надежды воскресли — неожиданно пришло предложение представить смету на постройку института. Составив вместе с Соколовым смету, Столетов ждал дня, когда они получат распоряжение насчет постройки здания. Но дело снова заглохло. Так шло время.
Преследуемый университетским начальством, Столетов мечтает переехать в Киев, к своему старому товарищу М. П. Авенариусу. Он уже списывается с Авенариусом, но в сентябре получает горькое известие; Михаил Петрович Авенариус скончался. Память своего ушедшего друга Столетов почтил большой прочувствованной статьей. Подготавливая ее, он обращается к родственникам, коллегам и ученикам Авенариуса, и они шлют ему свои рассказы о профессоре. Столетов не хочет пропустить ни одной черты в деятельности Авенариуса. Для него драгоценна каждая, пусть самая незначительная, казалось бы, подробность жизни и деятельности передовых русских ученых.
