Вскоре после этого, 25–26 марта 1940 года, М. И. Панкратьев провел еще одно крупное мероприятие — первое Всесоюзное совещание прокуроров морского и речного флота, на котором выступил с большой речью.
С 10 по 13 мая 1940 года в Прокуратуре Союза ССР также впервые проводилось Всесоюзное совещание прокуроров уголовно-судебных отделов. В нем приняли участие Прокурор Союза ССР Панкратьев, его заместители Сафонов и Симонов, Прокурор РСФСР Волин, начальники управлений и отделов Прокуратуры СССР, уголовно-судебных отделов союзных и автономных республик, краев и областей.
Панкратьев подготовил также Всесоюзное совещание прокуроров гражданско-судебного надзора, но провести его не успел, так как был освобожден от занимаемой должности. Оно проходило 25–27 июля 1940 года под руководством заместителя Прокурора Союза ССР Сафонова.
За время руководства Прокуратурой Союза ССР Панкратьев подписал целый ряд приказов и директив по вопросам организации следственной работы. Многие из них носили явно конъюнктурный характер и касались выполнения важнейших постановлений партии и правительства. Так, 9 июня 1939 года, в связи с постановлением СНК СССР, ЦК ВКП(б) и ВЦСПС,
Панкратьев издал приказ, в котором предложил "безоговорочно привлекать к ответственности" всех лиц, допустивших нарушения закона при выплате пособий рабочим и служащим по временной нетрудоспособности. Расследование по таким делам предписывалось производить "в самом строгом порядке". Прокуроры республик, краев и областей должны были держать эти дела на особом контроле.
15 августа 1939 года Совнарком СССР принял постановление "О порядке контроля за расходованием фондов заработной платы по бюджетным и хозяйственным организациям". Спустя неделю М. И. Панкратьев направил на места приказ, в котором потребовал от своих подчиненных привлекать к уголовной ответственности руководителей и главных бухгалтеров учреждений и организаций за предоставление Госбанку заведомо неправильных сведений о расходовании фондов зарплаты, а также за выплату зарплаты сверх сумм, выданных банком для этих целей, за повышение зарплаты вследствие неукомплектованности штатов и другие финансовые нарушения. Такие дела он предложил расследовать в течение пяти дней.
В конце 1939 — начале 1940 года М. И. Панкратьев подписывает самые различные приказы — о возбуждении уголовных дел по фактам "массового истребления колхозниками и единоличниками скота, находящегося в их личном пользовании", небрежного хранения шерсти в Наркомтекстиле или недостаточной экономии никеля, вольфрама, молибдена и ванадия на предприятиях. Многие приказы Панкратьева касались вопросов уголовно-судебного, гражданско-судебного и общего надзора органов прокуратуры, а также организационных вопросов. В целях развития соревнования между коллективами отделов и управлений и поощрения кадровых работников Панкратьев учредил переходящее знамя лучшего отдела (управления) и выделил деньги для премирования наиболее отличившихся работников.
В марте 1940 года М. И. Панкратьев обязал прокуроров республик, краев и областей улучшить контроль за исполнением приказов Прокурора Союза ССР — выяснилось, что они нередко просто подшивались в наряд, оперативные работники с ними не знакомились, исполнение не контролировалось. Панкратьев предложил заносить их в специально заведенные для этих целей книги (отдельно — секретные и несекретные), в день поступления приказа назначать ответственных лиц за его исполнение и обязательно знакомить с ним под расписку всех оперативных работников.
Большое внимание М. И. Панкратьев уделял подбору и расстановке кадров в органах прокуратуры. Он внимательно относился к прокурорским работникам, проявлял о них заботу и, когда мог, пресекал любые незаконные действия в отношении них. Характерен случай, происшедший с и. о. прокурора Буда-Кошлевского района Гомельской области Ц. Он был снят с работы Прокурором Белорусской ССР и привлечен к уголовной ответственности за волокиту в рассмотрении жалоб и утерю двадцати пяти переписок с гражданами. Интересно, что прокуратура Гомельской области, привлекая к ответственности за волокиту собственного работника, также заволокитила его дело. Следовало учесть, что Ц. не имел юридического образования, а был "выдвиженцем". Первые три месяца он работал помощником прокурора, а затем ему приказали принять дела районного прокурора. В течение нескольких месяцев он оставался в прокуратуре совершенно один, причем аппарат прокуратуры Гомельской области никакой помощи ему не оказывал. Во время следствия были найдены восемь переписок по жалобам и установлено, что одиннадцать обращений граждан потерял еще его предшественник. В конце концов дело было прекращено, но места своего Ц. лишился и, имея семью из четырех человек, долгое время находился без средств к существованию. Прокурор Союза ССР М. И. Панкратьев восстановил Ц. на работе и указал Прокуратуре Белорусской ССР на недопустимость формального подхода к воспитанию и обучению молодых кадров.
Как Прокурор Союза ССР, к тому же не пользующийся популярностью, Панкратьев, конечно же, не мог что-либо противопоставить тем беззакониям, которые продолжались в стране. Уже через несколько месяцев после его назначения некоторые старейшие работники центрального аппарата обратились с письмом в ЦК ВКП(б), к тогдашнему секретарю А. А. Жданову — о том, что постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года "Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия" указало на "грубейшие искривления советских законов органами НКВД и обязало эти органы и прокуратуру не только прекратить эти преступления, но и исправить грубые нарушения законов, которые повлекли за собой массовое осуждение ни в чем не повинных, честных советских людей к разным мерам наказания, а зачастую и к расстрелам". И далее: "Эти люди — не единицы, а десятки и сотни тысяч — сидят в лагерях и ждут справедливого решения, недоумевают, за что они были арестованы и за что, по какому праву мерзавцы из банды Ежова издевались над ними, применяя средневековые пытки".
В письме утверждалось, что не происходит выправления "линии мерзавца Ежова и его преступной клики", а идет обратный процесс и что пришедший на смену Вышинскому Панкратьев "не может обеспечить проведение в жизнь" решения СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года, "в силу своей неавторитетности в прокурорской среде, а особенно в глазах работников НКВД". Это якобы наглядно проявляется на заседаниях Особого совещания, где "решающее значение и окончательное слово" принадлежит не представителю надзора — прокурору, а Берии и его окружению. Прокуроры просили Жданова "взяться за это дело первостепенной важности". "Подумайте только, — продолжали они, — что сотни тысяч людей, ни в чем не повинных, продолжают сидеть в тюрьмах и лагерях, а ведь прошел почти год со дня решения ЦК партии. Неужели это никого не беспокоит? Поговорите с прокурорами специальных прокуратур (железнодорожной, водной), и они Вам расскажут факты, от которых волосы встают дыбом, и покажут эти "дела", этот позор для Советской власти". Наряду с этим прокуроры просили "исправить грубейшую ошибку" с назначением Панкратьева. "Дайте нам высокоавторитетного руководителя, способного дать по рукам и Берии". Старые работники напоминали в письме о том, что прокуроров нельзя на протяжении десятка лет держать "в полуголодном состоянии", что "полуграмотные юнцы" в аппарате НКВД имели оклады вдвое большие, чем прокуроры центрального аппарата, работающие по десять — пятнадцать лет.
