Вскоре для М. И. Панкратьева нашлась подходящая номенклатурная должность, хотя и со значительным понижением, в системе Наркомата юстиции СССР. Нарком Н. М. Рычков внес представление в ЦК ВКП(б) об утверждении его в должности заместителя начальника Управления военных трибуналов. Отмечалось, что при проверке работы Прокуратуры Союза ССР в связи с передачей дел новому Прокурору СССР "крупных недочетов в работе прокуратуры не обнаружено", и Панкратьев, по их мнению, с новой работой справится. В личной беседе, состоявшейся в ЦК ВКП(б), Панкратьев заявил, что предлагаемая работа его вполне удовлетворяет. Назначение произошло в октябре 1940 года.
В обязанности второго заместителя начальника Управления военных трибуналов входило изучение практики работы трибуналов военизированных железных дорог, водных бассейнов и войск НКВД, обобщение опыта их деятельности, производство ревизий с выездом на периферию и т. п. Здесь Панкратьев работал полтора года. 18 апреля 1942 года он был направлен в действующую армию и возглавил военный трибунал Брянского фронта. Начальник Управления военных трибуналов диввоен- юрист Зейдин, способствовавший новому назначению Панкратьева, писал в характеристике, что он "обладает большим кругозором и достаточной теоретической практикой", "идеологически и морально устойчив".
В октябре 1943 года М. И. Панкратьев стал председателем военного трибунала 2-го Прибалтийского фронта. В этой должности он служил до конца Великой Отечественной войны. Судя по служебным характеристикам этого периода, он вполне удовлетворял требованиям командования — "правильно строил карательную политику, вел беспощадную борьбу с врагами Родины", а в период наступательных боев "добился оперативности в разборе дел". Проверки, проводимые Главным управлением военных трибуналов, вскрывали в его деятельности лишь отдельные недостатки. В частности, в январе 1945 года его внимание было обращено на то, что отдельные военные трибуналы "допускали послабление при избрании мер наказания за хищения и разбазаривание военного имущества, по отдельным делам об убийствах, грабежах и насилии над населением". В апреле 1945 года М. И. Панкратьев уже рапортовал начальству, что трибуналы суровее наказывают за указанные преступления.
В августе 1945 года, в связи с реорганизацией фронтов, Панкратьева утверждают в должности председателя военного трибунала Прибалтийского военного округа. На ней М. И. Панкратьев оставался пять лет. Ревизия, проведенная в марте 1946 года, установила, что Панкратьев "правильно обеспечивает руководство судебной практикой военных трибуналов округа". Однако уже на следующий год в его адрес стали высказываться критические замечания. В справке от 30 января 1947 года, подписанной начальником 2-го отдела Главного управления военных трибуналов Пелевиным и утвержденной Зейдиным, отмечалось, что Панкратьев "живое оперативное руководство" военными трибуналами стал подменять бумажным, перестал сам вести процессы, не выезжал в подведомственные трибуналы, а его заместители были на местах лишь в единичных случаях, военные следователи и судьи допускали волокиту по делам. Однако, несмотря на столь серьезную критику, в справке делался вывод о том, что М. И. Панкратьев занимаемой должности соответствует.
За время службы в Прибалтийском военном округе М. И. Панкратьев редко бывал в Москве, где жили его жена и дочь. Ольга Сергеевна руководила лабораторией на кондитерской фабрике "Ударница", а дочь Галина после окончания школы с золотой медалью поступила на исторический факультет МГУ Связь Михаила Ивановича с семьей настолько ослабла, что даже о свадьбе дочери он узнал последним. Она вышла замуж за сына советского посла в Голландии Бориса Сергеевича Крылова.
По всей видимости, М. И. Панкратьев и дальше продолжал бы успешно служить на военно-судебном поприще, если бы не допустил одну серьезную "политическую" промашку. Суть ее была изложена в записке: "Министр юстиции СССР т. Горшенин просит ЦК ВКП(б) освободить т. Панкратьева от должности председателя Военного трибунала Прибалтийского военного округа… свою просьбу… мотивирует тем, что 20 декабря 1949 года на общем открытом собрании военных трибуналов и прокуратуры Прибалтийского военного округа т. Панкратьев в своем выступлении допустил ряд антипартийных, клеветнических и политически ошибочных высказываний".
Что же случилось на открытом партийном собрании? В тот день торжественные заседания проходили повсеместно — страна отмечала семидесятилетие И. В. Сталина. М. И. Панкратьев поделился своими воспоминаниями о встречах (впрочем, немногочисленных) с И. В. Сталиным. Вначале Панкратьев, отдавая должное вождю, сказал, что Сталин "далеко предвидел вперед", "глубоко анализировал события и делал выводы", но затем Панкратьева "занесло". Он простодушно стал рассказывать о том, о чем следовало бы умолчать.
Панкратьев также поделился подробностями своего участия в приеме, организованном в Кремле в 1939 году в честь шестидесятилетия Сталина.
Конечно, все эти откровенные высказывания М. И. Панкратьева в официальный протокол собрания включены не были. Тем не менее некоторые особенно "бдительные" слушатели поспешили сообщить о них в Москву. Например, помощник военного прокурора Прибалтийского военного округа Ч. в письме отметил, что подобное воспоминание либо "было вызвано желанием скомпрометировать тов. Сталина в глазах присутствующих, либо Панкратьев является болтуном, разгласившим на открытом партийном собрании государственную тайну". И такое письмо оказалось не единственным.
М. И. Панкратьев был вызван в Москву, признал "допущенные им грубые ошибки и недостойное поведение" и согласился с тем, что оставаться в занимаемой должности он не может.
В своем объяснении от 15 мая 1950 года он писал, что допустил "непродуманное и политически ошибочное выступление", в котором "раскрыл некоторые секреты", объясняя это тем, что подошел к своему выступлению "по-делячески, а не как политический работник". Постановлением Секретариата ЦК ВКП(б) от 13 марта 1950 года (подписано Г. М. Маленковым) предложение министра юстиции СССР Горшенина об освобождении Панкратьева было принято. За "неправильное поведение в бытность председателем военного трибунала Прибалтийского военного округа" ему объявили строгий выговор с предупреждением и занесением в учетную карточку.
В октябре 1950 года М. И. Панкратьев был отправлен в отставку. Хотя было ему всего сорок девять лет, никакой номенклатурной должности ему больше не доверили. С декабря 1954 года он состоял на учете в партийной организации Октябрьского районного комитета ДОСААФ и был там вначале руководителем семинара в системе партпросвещения, а затем всего лишь инструктором внештатного отдела пропаганды военных знаний.
