Неприятель проявлял активность и на суше. 30 июня противник пытался сбросить в Дунай войска от Сату-Ноу. Командующий послал Григорьева на плацдарм, чтобы ликвидировать угрозу. Начальник штаба использовал дополнительно к артиллерии мониторов и береговых батарей пушки и пулеметы бронекатеров. Благодаря решительным действиям моряков удалось восстановить положение [844] .
После отхода 14-го корпуса флотилии пришлось с боем вывести мониторы с озера Кагул, где они располагались незаметно для противника. С 9 июля охрана границы по Дунаю была возложена на флотилию. Для обороны берега и Измаила сформировали полк из моряков, измаильского истребительного батальона и частей НКВД. Флотилия продолжала вести успешные боевые действия, отбивая попытки врага прорваться к городу.
Однако неприятель продолжал наступать на Кишинев и далее на Одессу. Флотилия получила приказ прорываться к Одессе. 17 июля отправили тыловые подразделения. Следующим вечером выходили главные силы: часть на кораблях, часть по суше. Без потерь незаметно сняли войска с плацдарма на правом берегу. К утру 20 июля 100 вымпелов, выведенных из Дуная, собрались у одесских причалов. Отсюда флотилия, оставив в Одессе береговые батареи и часть кораблей, получила назначение в Николаев [845] .
К началу августа после ремонта кораблей флотилия насчитывала 3 монитора, 17 бронекатеров, отряд катерных тральщиков, 2 канонерские лодки; ее подчинил командующий фронтом генерал армии И.В. Тюленев. По его приказу моряки обстреливали войска противника.
13 августа корабли вели бой в черте Николаева; моряки оставили город последними. Затем флотилия перебазировалась с Южного Буга на Днепр, участвовала до последнего момента в обороне Херсона и, наконец, взаимодействовала с Тендровским боевым участком, который контролировал вход в Днепровско-Бугский лиман. Несмотря на непривычные условия действий, моряки продолжали вести бои, пока в конце сентября флотилию не увели в Севастополь для ремонта и пополнения. В дальнейшем она участвовала в обороне Крыма. С флотилией Григорьев прошел боевые действия на Дунае в июне-июле, на Южном Буге и Днепре в июле-сентябре и в Керченском проливе (октябрь – ноябрь). Моряки поддерживали сухопутные войска, а когда становилось невозможно удерживать позиции, эвакуировали их по воде. Для лучшего взаимодействия штаб и командный пункт флотилии размещали на суше, вблизи штабов сухопутных войск. Григорьев возглавлял штаб, пока флотилию не расформировали 20 ноября 1941 года. Корабли передали Азовской военной флотилии [846] .
Последней должностью на Дунайской флотилии у Григорьева явились обязанности коменданта переправы Еникале – коса Чушка – Тамань в Керченском проливе. Вскоре после завершения переправы 51-й армии на Тамань он получил новое назначение. В ноябре 1941 – июле 1942 года Григорьев был начальником штаба Новороссийской военно-морской базы. В июле 1942 – мае 1943 года моряк состоял начальником отдела речных и озерных флотилий Управления боевой подготовки ВМФ. В мае-сентябре 1943 года Григорьев являлся начальником штаба Волжской военной флотилии [847] .
Весной 1943 года командование Волжской военной флотилии сменили после того, как в апреле-мае суда, доставлявшие с Каспийского моря нефтепродукты, стали подрываться на минах. Посчитали, что боевого контр-адмирала Д.Д. Рогачева необходимо заменить более обстоятельным контр-адмиралом Ю.А. Пантелеевым. Сменили и начальника штаба, и члена Военного совета. Прибывший в мае с Тихого океана новый член Военного совета Н.П. Зарембо узнал от друга Григорьева, что из-за разрушений в порту Сталинграда штаб разместили в 60 километрах от города, на пароходе «Железнодорожник». Зарембо считал своего друга человеком собранным и целеустремленным. Теперь основной задачей являлась очистка фарватеров от мин. Для траления было мобилизовано более 200 судов, которые следовало отремонтировать, оснастить и вооружить как тральщики. Занимались и подготовкой экипажей из мирных волгарей [848] .
За летнюю кампанию 1943 года по Нижней Волге прошло более 8 тысяч судов, из которых только 20 подорвались на минах [849] .
В этом, безусловно, была и заслуга капитана 2-го ранга Григорьева, его штаба. Командующий Волжской военной флотилией Ю.А. Пантелеев вспоминал о Григорьеве как о прекрасном товарище и отличном организаторе [850] .
Было организовано сотни постов наблюдения, которые замечали места падения мин. Десятки тральщиков и пловцы-минеры уничтожали обнаруженные мины. Нередко морякам приходилось отбивать огнем налеты германских бомбардировщиков [851] .
Кончились боевые действия на Волге. В конце августа поступил приказ часть кораблей Волжской военной флотилии передать во флотилию Днепровскую, командовать которой назначили Григорьева. К этому времени Григорьев во внеочередном порядке был произведен в капитаны 1-го ранга, награжден орденом Красного Знамени. Но назначение командующим флотилией явилось для него полной неожиданностью [852] .
По пути на реку Десну, где собирали корабли передового отряда (около 40 боевых единиц с обстрелянными экипажами), Григорьев заехал в Москву и имел разговор с наркомом ВМФ, в прямом подчинении которого находилась Днепровская флотилия. Кузнецов сказал Григорьеву, что избрали его из нескольких кандидатур и доверие необходимо оправдать. Нарком обрисовал перспективу для флотилии перейти в дальнейшем на Висленский бассейн, а далее, возможно, дойти по рекам и до Берлина [853] .
Днепровскую флотилию создали для поддержки наступления советских войск на Украине и Белоруссии 14 сентября 1943 года. В этот день приказом наркома ВМФ был сформирован передовой отряд из дивизиона бронекатеров (10 единиц), дивизиона минных катеров (10 катеров) и плавучей батареи [854] .
Капитан 1-го ранга В.В. Григорьев командовал Днепровской военной флотилией с 22 сентября 1943 по декабрь 1945 года. Вместе с ним по железной дороге с Волги на Десну были перевезены 18 бронекатеров, катеров-тральщиков и плавучая батарея [855] . В сентябре-ноябре 1943 года корабли из Сталинграда на Десну доставили по железной дороге. Из Москвы прибыли 26 полуглиссеров. Флотилии предстояло оказывать поддержку войскам на Припяти и Десне и организовать противоминную оборону Днепровского бассейна. Главный штаб ВМФ спланировал для выполнения этих задач с 1 декабря 1943 по 15 апреля 1944 года сформировать 2 бригады речных кораблей, бригаду траления, службу наблюдения и связи, 2 зенитных дивизиона и посты противоминного наблюдения. К концу марта сформировали 1-ю бригаду речных кораблей и 3-ю бригаду траления, 2 зенитных дивизиона; 2-ю бригаду еще формировали. Штаб флотилии с 15 ноября по 7 февраля находился в Чернигове, а затем в Киеве. Зимой моряки занимались ремонтом кораблей и боевой подготовкой. Командование отрабатывало преимущественно задачи, которые предстояло решать в боях на реке во взаимодействии с войсками. Во время оперативной игры 3–6 марта выяснились недостатки в организации, которые пришлось устранять при развертывании флотилии в марте-мае [856] .