Новые возможности для действий подводных сил появились после выхода из войны Финляндии. Условиями перемирия предусматривалось использование финского шхерного фарватера для выхода наших подводных лодок в Балтийское море. Финские порты Хельсинки и Турку были открыты для базирования сил нашего флота (в конце сентября — начале октября сюда были переведены 10 подводных лодок). С учетом изменения обстановки на Балтийском море в 1944 году подводным лодкам были нарезаны новые районы Боевых действий, которые охватывали коммуникации противника, проходившие главным образом между портами Виндава, Либава, Данциг, Любек, откуда началась эвакуация войск противника.
Эти участки моря были довольно большие, и подводные лодки действовали в них по методу крейсерства в ограниченных районах. В интересах подводных лодок велась воздушная разведка. Однако прямой связи между самолетами и подводными лодками не было, и это удлиняло сроки прохождения радиограмм, вследствие чего содержание их нередко устаревало. В основном подводные лодки вели поиск противника самостоятельно.
6 октября северо-западнее Мемеля подводная лодка Щ-407 атаковала и потопила вражеский транспорт «Neptun». В следующем Боевом походе был обнаружен крупный теплоход «Zeeburg», стоявший на якоре, и подводная лодка, подойдя ближе, успешно его атаковала. Выйдя из залива, Щ-407 продолжила поиск судов противника в своем районе. 5 декабря обнаружила транспорт противника и пыталась его атаковать, но выполнить маневрирование под одним электромотором не смогла, и атака не получилась.
Четыре транспорта противника потопила в 1944 году подводная лодка Щ-307. Подводная лодка Щ-310 (командир капитан-лейтенант С.Н. Богорад) потопила шесть транспортов. В торпедном варианте, подводная лодка «Лембит» (командир капитан 3 ранга А.М. Матиясевич) уничтожила два транспорта и траулер. Подводные лодки Щ-318 (командир капитан 3 ранга Л.А. Лошкарев), К-51 (командир капитан 3 ранга В.А. Дроздов), К-53 (командир капитан 3 ранга Д.К. Ярошевич) торпедным оружием потопили по одному-два судна противника. Подводная лодка Л-3 (командир капитан 3 ранга В.К. Коновалов) поставила западнее о. Борнхольм два десятка мин, на которых 20 ноября подорвался немецкий миноносец Т34, а 24 ноября — транспорт «Shpreey». После постановки мин подводная лодка действовала в торпедном варианте. В районе о. Борнхольм ею были потоплены два транспорта. Подводная лодка «Лембит» 9 октября выставила на подходах к Кольбергу пять минных банок, по четыре мины в каждой банке. 23 октября здесь подорвалось буксирное судно противника. 3 декабря «Лембит» выставила несколько минных банок у мыса Брюстерорт. Позже в этом районе от взрывов на минах затонули два транспорта. На минном поле, выставленном Л-21 (командир капитан 3 ранга С.С. Могилевский), противник потерял два транспорта. До конца года подводными заградителями в общей сложности было поставлено 77 мин. От взрывов на этих минах затонули пять транспортов, два боевых корабля и буксир противника.
В итоге длившейся около трех месяцев кампании 1944 года подводными лодками Балтийского флота было уничтожено 33 транспортных судна противника, совершено 34 Боевых похода (из них 23 — для действий на морских коммуникациях), выполнена 61 торпедная атака, израсходовано 132 торпеды. Артиллерийское оружие применяли три подводные лодки: С-18, К-51, С-4. Объектами артиллерийских атак стали малые транспортные средства. В связи с тем, что противник большей частью совершал переходы морем в темное время суток, возросло в процентном отношении число ночных торпедных атак, однако их успешность была ниже дневных. В течение трех месяцев боевых действий против вражеского судоходства Балтийский флот не потерял ни одной подводной лодки.
1945 годЯнварское наступление советских войск вдоль побережья Балтийского моря привело к окружению в районах Кенигсберга, р. Вислы и полуострова Хела крупных группировок немецко-фашистских войск. Прижатый к морю противник вынужден был думать в первую очередь о спасении. Для этой цели он задействовал все находившиеся в районе корабли и транспортные суда. Нашим подводникам была поставлена задача — всемерно воспрепятствовать эвакуации врага. У морских баз Виндава и Либава, откуда отправлялись фашистские суда с живой силой и техникой, подводным лодкам назначались позиции в виде секторов. В феврале — марте 1945 года в связи с массовой эвакуацией гитлеровцев с южной части побережья было увеличено число подводных лодок, действовавших между Данцигской и Померанской бухтами, а в апреле — мае, чтобы сорвать эвакуацию вражеских войск с курляндского плацдарма, подводные лодки были вновь сосредоточены на либавском направлении.
Для Боевой деятельности подводных лодок в 1945 году характерно применение различных методов их использования: позиционного, позиционно-маневренного и крейсерства в ограниченных районах. Их действия согласовывались с действиями сухопутных войск — подводные лодки сосредоточивались на тех направлениях, которые в данный момент считались главными. Исключительного результата добился экипаж подводной лодки С-13 (командир капитан 3 ранга А.И. Маринеско). Эта лодка действовала в южной части Балтийского моря. Вечером 30 января потопив лайнер «Vilhelm Gustlov», а 10 февраля к северу от маяка Ярославец потопила транспорт «General Shtoiben», следовавший в охранении миноносца и катера-торпедолова. 17 апреля 1945 года подводная лодка Л-3 (командир капитан 3 ранга В.К. Коновалов) потопила захваченное гитлеровцами норвежское транспортное судно «Goiau». Два похода совершила в 1945 году подводная лодка Щ-310 (командир капитан 3 ранга С.Н. Богорад), потопив три транспорта противника.
Подводные заградители поставили в 1945 году 72 мины, на которых подорвались два транспорта и девять боевых кораблей противника. За четыре месяца Боевых действий балтийские подводники уничтожили 26 транспортных судов, совершили 27 Боевых походов, выполнили 52 торпедные атаки, израсходовали 152 торпеды.
За весь период войны подводные лодки Балтийского флота, участвовавшие в Боевых действиях, выполнили 239 торпедных атак, израсходовали 479 торпед. В среднем на каждое потопленное или поврежденное судно расходовалось четыре торпеды. Было поставлено 278 мин, на которых подорвались 20 транспортов и 16 боевых кораблей противника.
Артиллерийское оружие подводные лодки применяли ограниченно и только при условии, если был израсходован торпедный боезапас или торпедная атака была невозможна. Артиллерийским огнем было уничтожено 7 транспортов и 2 малых боевых корабля.
